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# May-June 2015 - Augustus gene track added to all genome browsers
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# generic example procedure:

    mkdir /hive/data/genomes/<db>/bed/augustus
    cd /hive/data/genomes/<db>/bed/augustus
    time (doAugustus.pl -buildDir=`pwd` -bigClusterHub=ku \
        -species=<speciesSpec> -dbHost=hgwdev \
           -workhorse=hgwdev <db>) > do.log 2>&1

    cat fb.<db>.augustusGene.txt
    # 25248650 bases of 100286401 (25.177%) in intersection

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# the specific <speciesSpec> argument is as follows for each set of
# databases:

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-species=human

ailMel1 balAcu1 bisBis1 bosMut1 bosTau1 bosTau2 bosTau3 bosTau4 bosTau5
bosTau6 bosTau7 bosTau8 bosTauMd3 bubBub1 calJac1 calJac3 camFer1 canFam1
canFam2 canFam3 canFamPoodle1 capHir1 cavPor3 cerSim1 chiLan1 chlSab1 chlSab2
choHof1 chrAsi1 conCri1 criGri1 dasNov1 dasNov2 dasNov3 dipOrd1 echTel1
echTel2 eidHel1 eleEdw1 eptFus1 equCab1 equCab2 equPrz1 eriEur1 eriEur2
felCat4 felCat5 felCat8 galVar1 gorGor1 gorGor2 gorGor3 gorGor4 hetGla1
hetGla2 hg15 hg16 hg19 hg38 jacJac1 lepWed1 lipVex1 loxAfr1 loxAfr2 loxAfr3
macFas5 manPen1 megLyr1 mesAur1 micMur1 micMur2 micOch1 mm10 mm5 mm6 mm7 mm9
monDom1 monDom4 monDom5 musFur1 myoBra1 myoDav1 myoLuc1 myoLuc2 nanGal1
nasLar1 nomLeu1 nomLeu2 nomLeu3 ochPri2 ochPri3 octDeg1 odoRosDiv1 orcOrc1
oryAfe1 oryCun1 oryCun2 otoGar1 otoGar3 oviAri1 oviAri3 panHod1 panPan1
panTig1 panTro1 panTro3 panTro4 papAnu2 papHam1 perManBai1 phyCat1 ponAbe2
proCap1 pteAle1 ptePar1 pteVam1 rheMac1 rheMac3 rhiRox1 rn3 rn4 rn5 rn6
saiBol1 sarHar1 sorAra1 sorAra2 speTri1 speTri2 susScr1 susScr2 susScr3
tarSyr1 tarSyr2 triMan1 tupBel1 tupChi1 turTru1 turTru2 ursMar1 venter1
vicPac1 vicPac2

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-species=chicken

acaChl1 allMis1 allSin1 amaVit1 anaPla1 anoCar1 anoCar2 apaSpi1 apaVit1 aptFor1 
aquChr1 aquChr2 araMac1 balPav1 bucRhi1 calAnn1 capCar1 carCri1 chaVoc1 chaVoc2 
cheMyd1 chlUnd1 chrPic1 chrPic2 colLiv1 colStr1 corBra1 corCor1 cotJap1
cucCan1 egrGar1 eurHel1 falChe1 falPer1 ficAlb2 fulGla1 galGal2 galGal3 galGal4 
gavGan0 gavSte1 geoFor1 halAlb1 halLeu1 lepDis1 macEug1 macEug2 manVit1 melGal1 
melUnd1 merNub1 mesUni1 nanPar1 nipNip1 opiHoa1 ornAna1 ornAna2 pelCri1 pelSin1 
phaCar1 phaLep1 phoRub1 picPub1 pseHum1 pteGut1 pygAde1 serCan1 strCam1 taeGut1 
taeGut2 tauEry1 tinGut1 tinGut2 tytAlb1 xenTro1 xenTro2 xenTro3 xenTro7 zonAlb1

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-species=zebrafish

Fugu_Rubripes_V3 astMex1 braFlo1 braFlo2 calMil1 cynSem1 cypVar1 danRer1 
danRer10 danRer2 danRer3 danRer4 danRer5 danRer6 danRer7 dicLab1 esoLuc1 fr1 
fr2 fr3 gadMor1 gasAcu1 hapBur1 latCha1 lepOcu1 letCam1 mayZeb1 neoBri1 notCor1 
oreNil1 oreNil2 oryLat1 oryLat2 petMar1 petMar2 poeFor1 poeRet1 punNye1 sebNig1 
sebRub1 stePar1 takFla1 tetNig1 tetNig2 xipMac1

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-species=caenorhabditis

bruMal2 burXyl1 caeAng1 caeAng2 caeJap1 caeJap2 caeJap3 caeJap4 caePb1 caePb2 
caePb3 caeRem1 caeRem2 caeRem3 caeRem4 caeSp111 caeSp51 caeSp71 caeSp91 cb1 cb2 
cb3 cb4 ce10 ce11 ce2 ce3 ce4 ce5 ce6 ce7 ce8 ce9 haeCon2 oncVol1 panRed1 
priPac1 priPac2 priPac3 strRat1 strRat2

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-species=fly

dm1 dm3 dm6 dp2 dp3 dp4 droAlb1 droAna1 droAna2 droAna3 droBia2 droBip2 droEle2 
droEre1 droEre2 droEug2 droFic2 droGri1 droGri2 droKik2 droMir2 droMoj1 droMoj2 
droMoj3 droPer1 droPse3 droRho2 droSec1 droSim1 droSuz1 droTak2 droVir1 droVir2 
droVir3 droWil1 droWil2 droYak1 droYak2 droYak3


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-species=honeybee1

apiMel1 apiMel2 apiMel4

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-species=saccharomyces

sacCer1 sacCer2 sacCer3

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-species=tribolium2012

triCas2

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-species=culex

anoGam1

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-species=brugia

bruMal1 bruMal2
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