#!/bin/csh

# Run from the 'buildWithUseCases' nightly cron job:
#   buildOneUseCase <targetDir> <USE_BAM> <USE_TABIX> <KNETFILE_HOOKS> <USE_HAL> <args>

set targetDir = ${1}
shift argv
setenv USE_BAM ${1}
shift argv
setenv USE_TABIX ${1}
shift argv
setenv USE_SAMTABIX ${1}
shift argv
setenv USE_HTS ${1}
shift argv
setenv KNETFILE_HOOKS ${1}
shift argv
setenv USE_HAL ${1}
shift argv

echo
echo '***' Starting make argv=$argv USE_BAM=${USE_BAM} USE_TABIX=${USE_TABIX} USE_SAMTABIX=${USE_SAMTABIX} USE_HTS=${USE_HTS} KNETFILE_HOOKS=${KNETFILE_HOOKS} USE_HAL=${USE_HAL} on `date`
cd ${targetDir}
if ("$1" == "alpha") then
  git pull >& /dev/null
else
  make -j 24 clean
  setenv CGI_BIN "/dev/shm/cgi-bin"
endif
make -j 24 $argv
set ret = $status
if ($ret) then
    echo '***' ERROR stopped make ret code=$ret USE_BAM=${USE_BAM} USE_TABIX=${USE_TABIX} USE_SAMTABIX=${USE_SAMTABIX} USE_HTS=${USE_HTS} KNETFILE_HOOKS=${KNETFILE_HOOKS} USE_HAL=${USE_HAL}
    exit $ret
endif
echo '***' Finished make USE_BAM=${USE_BAM} USE_TABIX=${USE_TABIX} USE_SAMTABIX=${USE_SAMTABIX} USE_HTS=${USE_HTS} KNETFILE_HOOKS=${KNETFILE_HOOKS} USE_HAL=${USE_HAL}
