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i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22099378 345 - 122082543 GAGAGTGTTG---TTT------TCTGAGCCCCAC--A--GACACTTGCTATCTAAACATTGCT---TCCTACA--TCTGAAGCACATAAGCTCTT-----TAGTCAC-----ATCCTTACTTCACAGAATGAAGGGTCTCTCC-TGTCCTCCAGGTCTAACACGAACAATCATAACCACAGAA-GAGGATAGACTAGGGCTTCTCAGCTTTGTCACCACCGACATTT--GAATGGGACAGTCATTGGCTGAGGAGCC----------TTGGAGATCATCAAGCAGAATTCCTGGTCTCTA----CCAG----------------------------------------------------CCAGGCATTGCCAGACGCCCTGCGGGA----ATCGTGAAGCCAGCCACTG---GAGAATCA---GATTATGCAACGGCAGAGGGAGAAAGTCA
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21450729 431 +  61074082 AAGAGCCTTGTACTTTATGTTCTCCTAGTCTCTGCCATGAACACTCCTTGTGTAAACGCTATATACTCTTGCAATC-CTAAGGACAGAGTGTCTTCAAAGTAGTCGC---------TTAGTGCATGGCATGAAGGACTATTCCTTGTCCTCAAGATGCAGCTTGGGCTATCCTGAGCACAA-GAGGAGGTGACCcagagcttctcaactttagtgttgttgatattttgggctgaaaaattcattgctgtggggaccatctttcacattgttgtatattaagcagaatccctgccctttaccaactaaatgctggtagcataccctaagtgtgatgatcaaaaaatgtct----------ccagacattggcaaacaaccctggggatgaggg-gcaaaaattgcccctatttgagaataactgGGTTATATAGTGGCCAAAGGAGAAATTCA
i canFam3.chr9              I 132 I 3

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     1042 3 +     88070 AAA
s panTro4.chr17             16095444 3 +  82630442 AAA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48104362 3 +  73212453 AAA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2043511 3 -   2193130 AAA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26664699 3 -  74645514 GAA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64916634 3 +  75148670 AAA
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46135612 3 - 159171411 AAA
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22099723 3 - 122082543 ATA
i mm10.chr11                C 0 C 0
e canFam3.chr9              21451160 3 +  61074082 I

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     1045 82 +     88070 GCAAAACTTAATC----ACATTGGT----GTTGGAGTTACTGTCTCATCAAGCCATTGGGATTTATCATTGTCTCCTTCCAGAGTCAAGA
s panTro4.chr17             16095447 82 +  82630442 GCAAAACTTAATC----ACATTGGC----GTTGGAGTTACTGTCTCATCAAGCCATTGGGATTTATCATTGTCTCCTTCCAGAGTCAAGA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48104365 81 +  73212453 GCAAAACTT-ATC----ACATTGGT----GTTGGAGTTACTGTCTCATCAAGCCATTGGGATTTATCATTGTCTCCTTCCAGAATCAAGA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2043514 81 -   2193130 GCAAAACTT-ATC----ACATTGGT----GTTGGATTTACTGTCTCATCAAGCCATTGAGATTTATCATTGTCTGCTTCCAGAGTCAAGA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27509230 81 -  80904711 GCAAAACTT-ACC----ACATTGAT----GTTGGAGTTACTGTCTCATCAAGCCATTGGGATTTATCATTGTCTCCTTCCAGAGTCAAGA
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26664702 81 -  74645514 GCAAAACTT-ACC----ACATTGAT----GTTGGAGTTACTGTCTCATCAAGCCATTGGGATTTATCATTGTCTCCTTCCAGAGTCAAGA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64916637 81 +  75148670 GCAAAACTT-AAC----ACATTGAT----GTTGGAGTTACTGTCTCATCAAGCCATTGGGATTTATCATTGTCTCCTTCCAGAGTCAAGA
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46135615 85 - 159171411 GCAAAACTT-ATCCTGTACATTGGT----GTTGGAGTTACTTTCTCCTCAAGCCATTGGGATTTATCGTTGTCTCCTTCCAGAGTCAAGA
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22099726 80 - 122082543 GCGAAACTT-ACC-TGCACGTGGGTGTTGGTTGGAGTCACTGTCACCACAGGACATTAGGATTGAAT-CTATCTCCT-------TCAGAC
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21451163 84 +  61074082 GTGGAACTT-AACCAGTACAT-GGT----GTCAGGGTTACTATCTCATCAGGCCATTGAGATTTATCTCCATTTCCTTCCAGAGTCAAGA
i canFam3.chr9              I 3 C 0

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     1127 14 +     88070 GGGGAGTTGGCCAg
s panTro4.chr17             16095529 14 +  82630442 GGGGAGTTGGTCAg
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48104446 14 +  73212453 GGGGAGTTGGCCag
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2043595 14 -   2193130 GGGGAGTTGGCCAg
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27509311 14 -  80904711 GTGGAGCTGGCCAg
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28030476 14 -  80997621 GTGGAGCTGGCCAg
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26664783 14 -  74645514 GGGGAGCTGGCCAG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64916718 14 +  75148670 GGGGAGCTGGCCAg
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46135700 14 - 159171411 CGGGAGTTGGCTgg
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22099806 14 - 122082543 GAGGAGTTAGCCAG
i mm10.chr11                C 0 I 886
e canFam3.chr9              21451247  0 +  61074082 C

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     1141 312 +     88070 ccggatgctgtggctaaagcctataatcccagcacttcgggaggccgaggtgggtgaatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacgtggtgaaaccgcatctctactaaaaatacaaaaattagctggtcatggtggcgcacgcctgtagtcccagctact-aggaggctgaggcaggagaattgcttgaatct---ggaaggaggttgcagtgagccaagatcacttcactgcactccagcctgggcgacagagagagattctgtct---AAa----cacacacacacacacac-------------------------------acacac------------acacacacaca------------
s panTro4.chr17             16095543 318 +  82630442 ccagatgctgtggctaaagcctataatcccagcactttgggaggccgaggcgggtgaatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagctggtcatggtggtgcacgcctgtagtcccagctact-aggaggctgaggcaggagaattgcttgaatcc---ggaaggaggttgcagtgagccaagatcacttcactgcactccagcctgggtgacagagagagattctgtct---AAa----cacgcacacacacacac-------------------------------acacac------------acacacacacacac------aGA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48104460 297 +  73212453 ccggatgctgtggctaaagcctataatcccagcactttgggaggccgaggtgggtgaatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtggaaacccatctctactaaaaatacaaaaattagctggtcatggtggcgcacacctgtagtcccagctact-aggaggctgaggcaggagaattgcttgaatccaggaggaggaggttgcagtgagccaagatcactccagtgcactccagcctgggcgac--agagagattctgtct---aaa----aaCACACACACACACAG-------------------------------A----------------------------------------
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2043609 329 -   2193130 ccggatgctgtggctaaagcctgtaatcccagcactttgggacaccaaggtgggtgaatcacctgaggt-aggagttggagaccagcctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaactacaaaaattagctggtcatggtggcacacgcctgtagtcccacctact-aggaggctgtggcaggacaattgcatgaaccggggaggaggaggttgcagtgagccaagatcactccactgcactccagcctgggcgacagagagagattctgtcttaaaaa----cacgcacacacacacac-------------------------------acagag------------aaagagagagagaaagagagaga
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27509325 314 -  80904711 ccggatgctgtggctaatgcctgtaatcccagcactttgggaggtccaggcgggtgaatcatctgaggtcaggagttcaaaaccagcctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagttggtcatggaggcgcacacctgtagtcccagttact-aggagattgaggcaggagaattgcttgaacccgggaggaggaggttgcagtgagccaagatcg------------ccaacctgggtgacagagacagactctgtct---aaa----aaaacaaaaacaaaaaa-------------------------------aCAGCT-------------gagagagagagagagagagaga
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
e mm10.chr11                22099820 886 - 122082543 I
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     1453 521 +     88070 GGAGTTGGCTAGGGTTTTGAACctctgtgccaagcactggactaagcatttcatatggattaCAGCAATTCTttgaagtaatatgtattctctcctattttttcacctatacataagatgcagaattcgaaggacaaacaatccaagtgcccatcaat--ggacaattaaattgtggtatattcacccaatgggatattatact---gtgaagatgactggaaaatggcgacatgcaatagcatggatgaatcttactaacatagtgttgattgatataaacaagctccagaaaaccatacgtgtgtgtatatatttatgtatattaatataa--tgtgtgtatatATATACACACACTCAAACATATATGTGTGTATTGTTCAAAAACCACAGACACAC--ATATGTATGAGTATACATGCATTTATACACATATGTACACACACAAACAC--------------------ATATATATA-----AAGGGAGTGAT----AA------AATTCACGATTGTCATGGCTAATAAGTAACATGC--AAATGAC------------------TAAAACCCAG--------------------TTCTT
s panTro4.chr17             16095861 521 +  82630442 GGATTTGGCTAGGGTTTTGAACctctgtgccaagcactggactaagcatttcatatggattaCAGCAATTCTttgaagtaatatgtattctctcctattttttcacctatacataagatgcagaattcggaggacaaacaatccaagtgcccatcaat--ggacaattaaattgtggtatattcacccaatgggatattatact---gtgaaaatgactggaaaatggcgacatgcaatagcatggatgaatcttactaacatagtgttgattgatataaacaagctccagaaaaccatatgtgtgtgtatatatttatgtatattaatataa--tctgtgtatatatatacacacactcaaacatatatgtgtgtattgttcaaaaaCCacagacacac--atatgtatgagtatacatgcatttatacacatatgcacacacacaaacac--------------------atatatata-----AAGGGAGTGAT----AA------AATTCACGATTGTCATGGCTAATAAGTAACATGC--AAATGAC------------------TAAAACCCAG--------------------TTCTT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48104757 521 +  73212453 GGAGTTGgctaggattttgaacctctgtgccaagcactggactaagtatttcatatggattaCAGCAATTCTttgaagtaatatgtattctctcctattttttcccctatacataagatgcagaatttgaaggacaaacaatccaagtgcccatcaat--ggacaagtaaattgtggtatattcacccaatgggatattatact---gtgaaaatgactggaaaatggtgacatgcaatagcatggatgaatcttactaacataatgttgactgatataaacaagctccagaaaaccatacgtgtgtgtatatatttatgtaTATTAatacaa--tgtgtgtatatatatacacacactcaaacatatatgtgtgtatcattcaaaaaccacagacacac--atatgtatgagtatacctgcatttatacacatatgcacacacacaaacac--------------------atatatata-----AAGGGAGTGGT----AA------AATTCACGATTGTCATGGCTAATAAGTAACATGC--AAATGAC------------------TAAAACCCAG--------------------TTCTT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26665126 533 -  74645514 ggagttggCTAGGGTTTTGAACCTCTGTACCAAGTACTGGACTAAGTATTTCATACGGATTACAGCAATTCTGTGAAGTAATATGTATTCTCTCCTA----TTC-CCTGTACATAAGATGCAGAATTTGAAGGACAAACAATCCAAGTGCCCATCCAT--GGACAAGTAAATTgtagtatattcacacaatgggaTATCATACT---GTGAAAATGACTGG-ACATGGTGACATGCAATAGCATGGGTGAATCTTAACAACATAATGTTGATTGATATAAACAAGCTCCGGAAAAccatacgtgtgtgtatatatttatgtatattaatataa--tgtgtgtatatatatacacacactcaaacATACGTGAGTGTATTGTTCAAAAACCGCAGGcacac--atatgtatgagtatacatgcctttatacacatacgcacatacacaaacat--atatatatacacacacacacatatatg-----aaggGAGTGAT----AA------AATTCACGATTGTCATGGCTAATAAGTAACATGC--AAATGAC------------------TAAAACCCAA--------------------TTCTT
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64917106 537 +  75148670 gGAGTTGGCTAGGGTTTTGAACCTCTGTACCAAGCATTGGACTAAGTATTTCATATGGATTACAGCAATTCTGTgaagtaatatgcattctctcctattttttc-cctgtacataagatgcagaatttgaaggacaaacaatccaagtgcccatccat--ggacaagtaaattgtagtatattcacacaatgggatatcatact---gtgaaaatgacagg-acatggggacatgcaatagcatgggtgaatcttaccaacataatgttgattgatataaataagctccagaaaaccatacgtgtgtgtatatatttatgtatattaatataa--tgtgtgtatatatatacacacaGTCAAACATACGTGAGTGTATTGTTCAAAAACCGCAGGCACAC--atatgtatgagtgtacatgcatttatacacatacacacatacacaaacat--atatatatacacacacacatatataTA-----AAGGGAGTGAT----AA------AATTCATGATTGTCGTGGCTAGTAAGTAACATGC--AAATGAC------------------TAAAACCCAA--------------------TTCTT
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46136029 485 - 159171411 gGACTTGACTAGGATTTTG----------CCGAGCACTGGACTAAGTATTTCATATGGATTACAGCAATTCTGTgaagtaatattaatactctcttattttctcctttatatataagatgcagaatttgaaagacaaa-aatccaagtgcccatcaat--agacaaataaattgtggtatatccgcacaatggggtatcatact---atgaaaataactggacaatggtgacctgcaatagcatgggcgaatcttactaacataaaattgattgatattaacaaactccagaaaaccataaatgtgtgtatatatgtatgtatattaatataa--tgtgtg--------------------------------tgtattgttgagaaaccacagacacacaaatatttatgagtatacatgcatgtatgcacata--caaacacacaaacac----------------acatatatatata-----tagggagtgataaacaa------aattcatgattgtCATGGCTAATAAGTAACATAC--AAATAA-------------------TAAAACCCAG--------------------TTCTT
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s canFam3.chr9              21451247 502 +  61074082 GGAGCTGGTCAGAGTTTTAAATCTCTGTCCCAAGCAC-AGACCCAGTGTTTAATGTAAATCATAGCAATTCTGTGAAGTAAGAT-------------TTCTTTC-CCTCTACTTTAG-----GAGTATGAGTGACaaataatccaaggaccaataaatagagacaagaaaattgtggtatattcacacaat-aaatactatgctacagtgaaaataactggacaatggccatatgcaa-aatggggatgaacctaacgagtgtagagt----tgatataaacaagcc-------------------------------------tcaagatca--catgtttata-----------gctcaaaaa----------caacacccataatacatgcatacac--atatgtatgaggatacacacatatatgcatacatatatatgtacatacaa--atatatacc---------ttatgtatgttcacaagggaatgct----aaacacagaatttaagatagCCACAGGGAGTAAGTAACATACAAAAATAACATACAATGTAAATACATATAATATACAAATGGCATATAGAATAGTGGTTTCTG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e mm10.chr11                22099820 886 - 122082543 I

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s panTro4.chr17             16096382 50 +  82630442 TCCAAAG-CCTAGGTTCTGTAT------GGATCATGATATGTCTCAATGTGGTCAC--A
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48105278 50 +  73212453 TCCAAAG-CCTAGATTCTGTAT------GTATCATGATATGTCTCAATGTGGTCAC--A
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2044463 50 -   2193130 TCCAAAG-CCTAGGTTCTGTAT------GGATCATGATATGTCTCAATGTGGTCAC--A
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28031353 51 -  80997621 TCCAAAG-CCTAGGTTCTGTGT------GGATCATCATATTTCTCAATGTGGTCAC-AA
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26665659 51 -  74645514 TCCAAAG-CCTAGGTTCTGTGT------GGATCATCATATGTCTCAATGTGGTCAC-AA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64917643 51 +  75148670 TCCAAAG-CCTAGGTTCTGTGT------GGATCATTATATTTCTCAATGTGGTCAC-AA
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46136514 53 - 159171411 TCCAAAGCCCTATGTTCTGTAT------GGATCATCGTATTTCTCAGTGTGGTCACAAA
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22100706 57 - 122082543 tcgaaat-gctgagtcctgtctcccgccccATGACTGTATCTCTTGCTGTAGTCAC-GC
i mm10.chr11                I 886 C 0
s canFam3.chr9              21451749 50 +  61074082 TCCAAAG-TTTGTGTTTTTTTA------TGATCATCATGTTTTTTGATGTGATCAC--A
i canFam3.chr9              C 0 I 3

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     2024 3 +     88070 GGT
s panTro4.chr17             16096432 3 +  82630442 GGT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48105328 3 +  73212453 GGT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2044513 3 -   2193130 GGT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27510229 3 -  80904711 GGT
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28031404 3 -  80997621 GGT
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26665710 3 -  74645514 GGT
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64917694 3 +  75148670 GGT
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22100763 3 - 122082543 AAT
i mm10.chr11                C 0 C 0
e canFam3.chr9              21451799 3 +  61074082 I

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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48105331 71 +  73212453 GTCTTTG-TTGATACACTAGGTGTTTTTAGTGCCTTGAACTACAGCAA---GACAGA------TGTT------CTTGCTATTGAGAG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2044516 71 -   2193130 GTCTTTG-TTGATATACTAGGTGCTTTTAGTGCCTTGAACTACAGCAA---GACAGG------TGTT------CTTGCTATTGAGAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64917697 71 +  75148670 GTCTTTG-TTGATACAGTGGGTGTTTTTAGTGCCTTGAACTATAGCAA---GACAGT------TGTT------CTTGTGATTGAGAG
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22100766 81 - 122082543 GCCTTGGAATGATGTTGCAGGTGTCTTCAGAGCCTTTAATCACATTAAGTTGATAGAAAATATTTTT------TTCTCAACTGGGGT
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21451802 71 +  61074082 GCCCTTG-GTGATACACTAGATGTGTTTAGTGCCGTGAACCACAGCAA---AATGAA------AGGT------GTCACTATTTAGAG
i canFam3.chr9              I 3 I 324

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     2098 239 +     88070 TTT---CCTTTAGGAGAAAAGAAAACAAGAGCAGAATCACTTAGAGAAAAATGGATGT-AGAATGGATTGCTTTAAAACTATAAAAGTGG-------------------------TATAGGATATTG------------GACTGAAGTTGATGTG-ATTTTTCAAACATGCTCATG-TTCCCAGTTTGATTGACATATTTGGTAAGACTGAAAGTATTAAATACATC-CTCTGGGAAGATGAAGAGCTTTGGGG-GTAAATAT-TCAGCAATAAAACACAGTGCA
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26665784 240 -  74645514 CTT---CCTttaggaggaaagaaaacaagagcaGAATCACTTAGAGAAAAATGGATGT-AGAATGGATTgctttaaaactataaaagtgg-------------------------TATAGGATATTG------------GACTGAAGTTGATGTG-ATTTTTCAATTATACTCATG-TTCCCATTTTGATTGACATATTTGGTAAGACTGAAAGTATTAAATACTTC-CTTTGGGAAGATGAAGAGCTTTGGGGTGtaaatat-tcagcaataaaacACAGTGCA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22100847 250 - 122082543 ATTTTATTTTTCAAGAAAAAAAAAGTAAAAGCAAAATCAGTTGGAGAAAAACAGACAA-GAAATGAA--GCTTT----CTGTTGATGTGG----GAGGGGTGGCCCGGCACGGAATTTCAGTTTTCA------------AACTCAAATTGATGTC-CTATTTCAAGTATTTGTATGTTTCTTATTCTGGTTGACTTCTTTGGTGAG---------ATTAAATATCTCTCTCTCGGGGGATAAAGAACTTTGGG--GTAAACATATCAGAATTATAGGGGTGTGCA
i mm10.chr11                C 0 I 628
s canFam3.chr9              21452197 250 +  61074082 GTT---TCTTTAGGAGGAAGAAAGACAAGAACAGAATCA----GAGAAAAATGGATCTAAAAATGGATTGTTTTAAAACAATAAAAGTGGTATGTATGAA---------------TACAGGACATTGACACCCTTTTCAGGTTGAAGTTGAAATA-GTTTCTCAAATATATCCATA-TTCCCAGTATGATTGACTTATATGACAAGACCAAAAGTAT--------TT-CTTTTGAAAGATGAA-AGCTTTGGGTTATAGACAG-TCAAGAACAGAACAGACTGCA
i canFam3.chr9              I 324 C 0

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     2337 7 +     88070 TGGATTC
s panTro4.chr17             16096745 7 +  82630442 TGGATTC
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48105641 7 +  73212453 TGGATTC
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2044828 7 -   2193130 ATAAAAC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64918008 7 +  75148670 TGGATTC
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0

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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             I 4646 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64920167  984 +  75148670 TGTGGGTTTTGTTTGCCAACCTGTGTGCTCCCACGCAGCCTGCTATCAGTCTGGCACTGGTCAGCCTCCTTGTCTGGTTAGCTCATGTCAGCCATCCCGCTCGGAATCTACCTGTTGTCAGGAAAAGTGCTGCAATGCCAGTCCCTGCCAGCAAAACTCCTGCCAGGAATCTGTCTGCATGTCTGGATCATGTCAGGCAGCTTGTGGCCAATCAGTCTGCTGTGATGCTGGATCCTGCCAGCCATCCTGCTCTGAAGTGACCACCTGTCCGGAAACTTCTTGCCTACCAACCGTCTGTACAGTTAGTCCATGCCAACCAACTTGGTGCCAAGGAAGTTCATGTCAACCCGTCAGTGGTGAAGGCCAGCCCTGTAAATCAACTTATTATCAACCCATCTGCTATATTTTCAAGCCTTGCCAATCAGCCCTCTACATGCCTGTTTCCTGCCAGCCATCGACTTGTGTGTTCAGTTCTTGCAATACTACTTGCTGCGTGCCTTCCCTTTGCCAGCCACTTCACTGCCAACCGGCTGCTTCCACATGCTTCATCTACCAGCCAGTGGCTAACTGCCAGGTCCCTTGTTCCGCAAAGGACTGTTGCAAACCAGCTTCCTGTGACACTGTGATTTCTGGCCAACCAACTTGTGATGGACCCACTTCTTATAACCAGAGTGGCTGCAAAT---------------CAGCTTGCTGTGTGACTGGTTTAGGCACATCACCCAGTGGTGCCTCCAATTGCT------------------------------------------TGCCA-------------------ACTTCATGCCAATCCAGCTGTGAGTCCAGCTTCTGCAAGGCAACACTTTGTTAATGGAGCACTCTTCACACCTCCTCTGAGGGTCTGCCGCTGTCTACAAATGCATAGCCATCCCTGGGTGCCTGCCTCC-------CACCGA----------------GTACAAATGCTGCCTGCTTTCTAACTTTACCGTGAGTCTACCTCCACATTCTTTCCACGTGCAGACCAGGTAACTTGTCCAGGCAC----AAAGAGATCTTTCTTAACCA
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 I 307
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i mm10.chr11                C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0

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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              I 307 C 0
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i mm10.chr11                C 0 I 5401
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i canFam3.chr9              C 0 C 0

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     5958 32 +     88070 TATTGGCCATAGAGAATAGCTTAGGGTTAATT
s panTro4.chr17             16100365 32 +  82630442 TATTGGCCATAGAGAAAAGCTTAGGGTTAATT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2048457 32 -   2193130 TATTGGCCATGGAGAATAGCTTAGGGTTAATT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28035351 32 -  80997621 TATTGGCCATGGAGAATTGCTTAGGGTTAATT
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26670730 32 -  74645514 TATTGGCCATGGAGAATTGCTTAGggttaatt
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 I 2570
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
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s panTro4.chr17             16100397 12 +  82630442 CATTTAAGAttc------
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48113944 18 +  73212453 CATTTAAGAGTCtttttt
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2048489 12 -   2193130 CATTTAAGAttt------
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46140832 17 - 159171411 TACCTAAGGTTCATTTT-
i calJac3.chr5              C 0 I 1631
s canFam3.chr9              21456020 17 +  61074082 AACTTAACACTGttttt-
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e mm10.chr11                22105238 5401 - 122082543 I
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     6007 26 +     88070 ---tttttttttttttttttgacacagag
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48113962 26 +  73212453 ---tttttttttttttttttgacacagag
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2048501 20 -   2193130 ---------tttttttttttgatacggag
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s canFam3.chr9              21456037 29 +  61074082 taaaagatttttaattttatgagagagag
i canFam3.chr9              C 0 I 1456
e mm10.chr11                22105238 5401 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46140849 1631 - 159171411 I
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27514262 90 -  80904711 ttttgctcttattgcccaggctggagtgcaatggcatgatctcagctcactccaacctccacctcccagattcaagcaattctcctgcct
i rheMac3.chr16             C 0 I 2425
s macFas5.chr16             28035411 90 -  80997621 ttttgctcttattgcccaggctggagtgcaatggcatgatctcagctcactgcaacctccacctcccagattcaagcaattctcctgcct
i macFas5.chr16             C 0 I 2426
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i papAnu2.chr16             C 0 I 2431
e mm10.chr11                22105238 5401 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21456066 1456 +  61074082 I
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     6123 3 +     88070 GGG
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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e canFam3.chr9              21456066 1456 +  61074082 I
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt     6126 231 +     88070 acattgtgtcagctggctaaggagaaatattcataggatccctttgtattatcatagagcaggcaatgaagggtgtacctgtaggtgagcagcaataatttggtaactagcaAACAAATCTTCATAGTTCACA------TTTTTCTGTCACTGAGGTATACTTTGGATCTGTAGAGAGACTATTAATT---GTTTTATCCCCAGTTTTAGAATCACAAGGGTCGTAGTCTTGAAAGAAGG
s panTro4.chr17             16100524 231 +  82630442 acattgtgtcagctggctaaggagaaatattcataggatcactttgtattatcatagagcaggcaatgaagggtgtacctgtaggtgagcagcaataatttggtaactagcacaCAAATCTTCATAGTTCACA------TTTTTCTGTCACTGAGGTATACTTTGGATCTGTAGAGAGACTATTAATT---GTTTTATCCCCAGTTTTAGAATCACAAGGGTCGTAGTCTTGAAAGAAGG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48114081 231 +  73212453 acattgtgtcagctggctaaggggaaatattcataggatccttctgtattatcatagagcaggcaatgaacggtgtacctgtaggtgagcagcaataatttggtaactagcataCAAATCTTCATAGTTCACA------TTTTTCTGTCACTGATGTATACTTCGGATCTGTAAAGAGACTATTAATT---GTTTTATCCCCAGTTTTAGAATCACAAGGGTCGTAGTCTTGAAAGAAGG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2048614 231 -   2193130 acattgtgtcagctggctaaggagaaatattcataggatccctctgtattatcatagagcaggcaatgaagtatatacttgtaggtgagcagcaataatttggtaaatagcacaTACATCTTCATAGTTCACA------TTTTTCTATCACTGATGTATACTTTGGATCTGTAGAGAGATAATTATTG---GTTCTATCCCCAGTTTTAGAATTACAAGTGTGGTAGTCATGAAAGAAGG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27516777 233 -  80904711 acattgtgtcagctggccaaggagaaatattcataggatccctctgtattatcatagagcaggcaatgaagggtgtacttgtaggtgagcagcaataatttagtaactagaacaCAAATCTTCATAGTTCACA----TTTTTTTTTGTCACTGATGTATACTTTGGAGCTGTAGAGAGATTATTAGTG---GTTCTATCCCCAGTTTCAGAATCGCAAGGGTCACAGTCATGAAAGAAGA
i rheMac3.chr16             I 2425 C 0
s macFas5.chr16             28037927 233 -  80997621 acattgtgtcagctggccaaggagaaatattcataggatccctctgtattatcatagagcaggcaatgaagggtgtacttgtaggtgagcagcaataatttagtaactagaacaCAAATCTTCATAGTTCACA----TTTTTTTTTGTCACTGATGTATACTTTGGAGCTGTAGAGAGATTATTAGTG---GTTCTATCCCCAGTTTCAGAATCGCAAGGGTCACAGTCATGAAAGAAGA
i macFas5.chr16             I 2426 C 0
s papAnu2.chr16             26673310 238 -  74645514 ACATTGTGTCAGCTGGCCAAGGAGAAATATTCATAGGATCCCTCTGTATTATCATAGAGCAGGCAATGAAGGGTGTACTTGTAGGTGAGCAGCAAAAATTTAGTAACTAGAACACAAATCTTCatagttcaca--tttttttttttgtcactgatGTATACTTTGGATCTGTAGAGAGATTATTAGTGGTTGTTCTATCCCCAGTTTCAGAATCACAAGGGTCACAGTCATGAAAGAAGA
i papAnu2.chr16             I 2431 C 0
s chlSab2.chr16             64924239 237 +  75148670 acattgtgtcagctggccaaggagaaatattcataggatccctctgtattatcatagagcaggcaatgaagggtgtacttgtaggtgagcagcaataatttagtaactagaacaCAAATCTTCATAGTTCACATTTTTTTTTTTTTGTCACTGATGTATACTTTGGAGCTGTAGAGAGATTATTAGTG---GTTCTATCCCCAGTTTCAGAATCGCAAGGGTCACAGTCATGAAAGAAGA
i chlSab2.chr16             I 2570 C 0
s calJac3.chr5              46142480 231 - 159171411 acattgtgtcagctggccaaggataaatattcataggatctctctgttttatcatagagcaggcaatgaagggtatacttgcaggtgagcagcaaaaaattagtaactagaacaCAGATCTTTCTAGCTCACA------TTTTTCTGTCACTGATGTATACTTTGGAGCTGCAGAGAGATTGTTAATG---GTTGTATCCTCAGTTTTAGAATCACAAGGGTCATAGTAATGAAAGAAGG
i calJac3.chr5              I 1631 C 0
e mm10.chr11                22105238 5401 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21456066 1456 +  61074082 I

a score=244616.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt     6357 114 +     88070 TTCTGGGTC-AAAAAAGAGGGGGATGGCCATAAGAACAAAATCTAGCACCTGAACATGGAAGGGTCCAGGTGGAGAATTTCTACCTGCAGTTGAATTGACTAATGTCAGCACTGA
s ponAbe2.chr17             48114312 114 +  73212453 TTCTGGGCC-AAAAAAGAGGCTGATGGCCATAAGAACAAAATCTAGCACCTGAACATGGAAGGGTCTAGGTGGAGAATTTCAACCCGCAGTTGAATTGACTAATGTCAGCATTGA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2048845 115 -   2193130 TTCTGGGTCAAAAAAAGAGGGGGATGGCCATAAGAACAAAATCTAGCACCCGAACATGGAAGGATGTAGGTGGAGAATTTCTACCTGCAGTTGAATTGACTAATGTCAGCATTGA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27517010 114 -  80904711 TTCTGGGTC-AAAAAAGAGGGAGATGGCCATAAGAACAAAATCTAGCATCTGAACATGGAAATGTCTAGCTGGAGAATTTCTACCCATAGTTGAATTGACTAATGTCAGCATTGG
i rheMac3.chr16             C 0 I 6
s macFas5.chr16             28038160 114 -  80997621 TTCTGGGTC-AAAAAAGAGGGAGATGGCCATAAGAACAAAATCTAGCATCTGAACATGGAAATGTCTAGCTGGAGAATTTCTACCCATAGTTGAATTGACTAATGTCAGCATTGG
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26673548 105 -  74645514 TTCTGGGTC-aaaaaaaGGGGGGATGGCCATAAGAACAAAATCTAGCATCT---------AGTGTCTAGGTGGAAAATTTCTACCCATAGTTGAATTGACTAATGTCAGCATTGG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64924476 114 +  75148670 TTCTGGGTC-AAAAAAGAGGGGGATGGCCACAAGAACAAAATCTAGCATCTGAACATGGAAATGTCTAGCTGGAGAATTTCTACCCATAGTTGAATTGACTAATGTCAGCATTGG
i chlSab2.chr16             C 0 I 6
s calJac3.chr5              46142711 114 - 159171411 TTCTGAGGC-AAAAAAGAGTGGGATGGCCATAAGAACAAAATCTAGCACCTGAACATGGCAAGGTCTACGTGGAGAATTTCTATCAGGAGTTGAATTGACTAATGTCAGTATTGG
i calJac3.chr5              C 0 C 0
e mm10.chr11                22105238 5401 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21456066 1456 +  61074082 I
e panTro4.chr17             16100755   0 +  82630442 C

a score=2963.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt     6471 34 +     88070 ATCTCTTCTTGAATTGAATTCAAGAAGCATTGAA
s ponAbe2.chr17             48114426 34 +  73212453 ATCTCTTCTTGAATTGAATTCAAGAAGCATTGAA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2048960 34 -   2193130 ATCTCTTCTTGAATTGAATTCAAGAAGCACTGAA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s macFas5.chr16             28038274  6 -  80997621 ---------------TAATTC-------------
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26673653  6 -  74645514 ---------------TAATTC-------------
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46142825  6 - 159171411 ---------------TAATTC-------------
i calJac3.chr5              C 0 C 0
e mm10.chr11                22105238 5401 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21456066 1456 +  61074082 I
e chlSab2.chr16             64924590  6 +  75148670 I
e rheMac3.chr16             27517124  6 -  80904711 I
e panTro4.chr17             16100755  0 +  82630442 C

a score=280996.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt     6505 117 +     88070 TGCTTCTTGAATCCCTAGATATAGGTGGGCTTATCATTTCAACAGTTCAAGTAGCTAGATCTGTTCTAGTCTTCTAATGGGTATTTTCCTTTTATTTCTAACTATGTATGGGTATTG
s ponAbe2.chr17             48114460 117 +  73212453 TGCTTCTTGAATCCCTAAATATAGGTGGGCTTATCATTTCAACAGTTCAAGTAGCTAGATCTGTTCTAGTCTTCCGATGGGTATTTTCCTTTTATTTCTAACTATGTATGGGTATTG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2048994 117 -   2193130 TGCTTCTTGAATACCTAGATATAGCTGGGCTTATCATTTCAACAGTTCAAGTAGCTAGATCTGTTCTAGTCTTCTGATGGGTATTTTCCTTTTATTTCTAACTATGTATGGGTATTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27517130 117 -  80904711 TGCTTCTTGAATCCCTAGATACAGGTGGGCTTATCATTTCAACAGTTCAAGTAGCTAGATCTGTTCTAGTCTTCTGATAGGTATTTTCCTCTTATTTCTAACTATGTATGGCTATTG
i rheMac3.chr16             I 6 C 0
s macFas5.chr16             28038280 117 -  80997621 TGCTTCTTGAATCCCTAGATACAGGTGGGCTTATCATTTCAACAGTTCAAGTAGCTAGATCTGTTCTAGTCTTCTGATAGGTATTTTCCTCTTATTTCTAACTATGTATGGCTATTG
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26673659 116 -  74645514 TGCTTCTTGAATCCCTAGATACAGGTGGGCTTATCATTTCAACAGTTCAAGAAGCTAGATCTGTTCTAGTCTTCTGATGggtattttcct-ttatttctaacTATGTATGGCTATTG
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i chlSab2.chr16             I 6 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 I 299
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 I 616
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i macFas5.chr16             C 0 I 711
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i papAnu2.chr16             C 0 I 714
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i chlSab2.chr16             C 0 I 690
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i calJac3.chr5              I 299 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  I 616 C 0
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i rheMac3.chr16             I 711 C 0
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i macFas5.chr16             I 711 C 0
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i papAnu2.chr16             I 714 C 0
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i chlSab2.chr16             I 690 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 I 769
e mm10.chr11                22105238 5401 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21456066 1456 +  61074082 I
e panTro4.chr17             16100755 0 +  82630442 C

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i ponAbe2.chr17             C 0 T 4277
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             T 4277 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
e mm10.chr11                22105238 5401 - 122082543 I
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e calJac3.chr5              46143832 769 - 159171411 I
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i ponAbe2.chr17             C 0 I 4631
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 M 221
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i mm10.chr11                I 253 I 109
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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e papAnu2.chr16             26678907 822 -  74645514 I
e macFas5.chr16             28043513 823 -  80997621 I
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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e papAnu2.chr16             26678907 822 -  74645514 I
e macFas5.chr16             28043513 823 -  80997621 I
e rheMac3.chr16             27522398 824 -  80904711 I

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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i canFam3.chr9              I 107 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i canFam3.chr9              I 188 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 I 24510
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i papAnu2.chr16             C 0 I 77124
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i chlSab2.chr16             C 0 I 2808
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i mm10.chr11                I 447 I 128
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I

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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i mm10.chr11                I 128 I 392
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
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e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
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e macFas5.chr16             28046752 69628 -  80997621 I
e rheMac3.chr16             27525655 24510 -  80904711 I

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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2066801 23 -   2193130 --ACAGTCGTCATGAACCACCCTTC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e mm10.chr11                22118033 392 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
e papAnu2.chr16             26682162 77124 -  74645514 I
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s panTro4.chr17             16107127 390 +  82630442 ctatatcattaataatataggctcaccttcctcacttc----------tactgtataaattttgtctcttgtttgtattcttcccgaagcacagtaaaggtgaggatgttgaatgtctcgttcacttctgtaatcacagcacctggcacagtacttaacacacagtaagtgctcaataaatcttatttaaataaaggaTTGTTTTAATATCCAGATGTAAGTCTTTATTCTTATTCACTCTCCC----GAAGTCCCAACTACTGGTAGAATAAGGAAATGAGACTGTGTGAGGGTACCAAGTAATTTGC------TGTCATATTCGA---------GACTCCATAGACCCG-GTTATGTCTCTAGACTGGTAGgggcagggagcatagcacacacagtgagtgtagtgtagacagcttag
i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i mm10.chr11                I 392 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i mm10.chr11                C 0 C 0
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e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069013 4 -   2193130 GCAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
e mm10.chr11                22119471 1745 - 122082543 I
e canFam3.chr9              39590217 444 -  61074082 T
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27525655 24510 -  80904711 I

a score=140357.000000
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s panTro4.chr17             16109316 246 +  82630442 CAA-TATTGATCAGTTGCAGAGACTTAAG------AGAACAGTCTTAGGGATTTGATATTTTAAGATTGTTAGAGGGAA---AAGGGGATGACAATTTTTCCTTGGCTGAGATCTTGAGTTCATGTCAAGGATCCATGAAGATGACTAGCAGCTGG----------------------------CACTCTGATATATAGGAAATAAGGAAGAGAAAAATCAAAGTGAAGCCAGCTCCACTTCACTAAGCAGCCTCACA------ATTTA-ACA---ATATAACACATCAAATGT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48134932 246 +  73212453 CAA-TATTGATCAGTTGCAGAGACTTAAG------AGAACAGTCTTAGGGATCTGATATTTTAAGACTGTTAGAGGGAA---AAGGGGATGACAATTTTTCCTTGGCTGAGATCTTGAGTTCATGTCAAGGATCCATGAAGATGACTAGCAGCTGG----------------------------CACTCTGATATATAAGAAATAAGGAAGAGAAAAATCAAAGTGAAGCCAGCTCCACTTCACTAAGCAGCCTCACA------ATTTA-ACA---ATATAACACATCAAATGT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069017 246 -   2193130 GAA-TATTGATCAGTTGCAGAGACTTAAG------AGAACAGTCTTAGGGATTTGATATTTTAAGATTGTTAGAGGGAA---AGGGGGATGACAATTTTTCCTTGGCTGAGATCTTGAGTTCATGTCAAGGATCCATGAAGATAACTAGCAGCTGG----------------------------CACTCTGACATATAGGAAATGAGGAAGAGAAAAATCAAAGTGAAGCCAGCTCCACTTCACTAAGCAGCCTCACA------ATTTA-ACA---ATATAACACATCAGATGT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s canFam3.chr9              21496531 263 +  61074082 CAG-TACTGGTCA-CTGCGGAGAGCTAAC------TATGCACTCATAAGAATGTG----TTTATATGCTGTAGAAAGAAGTGAAGGTGATGATCACTTTTTGGAGACTGAGAGTGTGAATCAGTG------------GATGTTGACCAGCATCTGGGGTTGACCAAATGTTGTGGCTCAGCAATTGCTATAGTAAACCAGAGATACT--AGAATACAATCAAATTGAAGTAGATTGCATTTC-CTCCGTAGACTCATGAGCATTGTTGA-GAA---AGATGACAGGGGCAGTGT
i canFam3.chr9              I 1030 T 17021
e mm10.chr11                22119471 1745 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27525655 24510 -  80904711 I

a score=3898.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26240 6 +     88070 TTGGCA
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069263 6 -   2193130 TTGGCA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26706789 6 -  74645514 TGGGTG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
e mm10.chr11                22119471 1745 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21496794 17021 +  61074082 T
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27525655 24510 -  80904711 I

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26246 21 +     88070 ACAGTATGTTGGTTGTCAACA
s panTro4.chr17             16109568 21 +  82630442 ACAGTATGTTGGTTGTCAACA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48135184 21 +  73212453 ACAGTATGTTGGTTGTCAACA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069269 21 -   2193130 ACAGTATACTGGTTGTCAACA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26706795 21 -  74645514 AGGGCATGGTGGCTGTCAGCA
i papAnu2.chr16             C 0 I 565
s canFam3.chr9              21479773 21 +  61074082 ACAGCAGGTTGGTTGGCAGCA
i canFam3.chr9              T 17021 C 0
e mm10.chr11                22119471 1745 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27525655 24510 -  80904711 I

a score=1932.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26267 6 +     88070 AAGTCA-
s panTro4.chr17             16109589 6 +  82630442 AAGTCA-
i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069290 6 -   2193130 AAGTCA-
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 I 114
e mm10.chr11                22119471 1745 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
e papAnu2.chr16             26706816 565 -  74645514 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27525655 24510 -  80904711 I

a score=11246.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26273 17 +     88070 GGGGAGTGGGAGTTAGT
s panTro4.chr17             16109595 17 +  82630442 GGGGAGTGGGAGTTAGT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48135211 17 +  73212453 GGGGAGTGGGAGTTAGT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069296 17 -   2193130 GGGGAGTGGGAGTTAGT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s canFam3.chr9              21479915 17 +  61074082 GTGGAGCAGCAACTGGA
i canFam3.chr9              I 114 C 0
e mm10.chr11                22119471 1745 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
e papAnu2.chr16             26706816 565 -  74645514 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27525655 24510 -  80904711 I

a score=1503.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26290 6 +     88070 ---TCATTG
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069313 6 -   2193130 ---TCGTTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s mm10.chr11                22121216 6 - 122082543 ---tcatca
i mm10.chr11                I 1745 C 0
s canFam3.chr9              21479932 6 +  61074082 GCGGCA---
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
e papAnu2.chr16             26706816 565 -  74645514 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27525655 24510 -  80904711 I

a score=2020.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26296 2 +     88070 GT
s panTro4.chr17             16109618 2 +  82630442 GT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48135234 2 +  73212453 GT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069319 2 -   2193130 GT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26707381 2 -  74645514 GC
i papAnu2.chr16             I 565 C 0
s mm10.chr11                22121222 1 - 122082543 -t
i mm10.chr11                C 0 I 1
s canFam3.chr9              21479938 2 +  61074082 GC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64933299 2808 +  75148670 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
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a score=24354.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26298 9 +     88070 AAGGCTGGT
s panTro4.chr17             16109620 9 +  82630442 AAGGCTGGT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069321 9 -   2193130 AAGTCTGGT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550165 9 -  80904711 AAGGCTGGC
i rheMac3.chr16             I 24510 C 0
s papAnu2.chr16             26707383 9 -  74645514 AAGGCTGGC
i papAnu2.chr16             C 0 T 22574
s chlSab2.chr16             64936107 9 +  75148670 AAGGCTGGC
i chlSab2.chr16             I 2808 C 0
s mm10.chr11                22121224 9 - 122082543 atGGCTGGC
i mm10.chr11                I 1 C 0
s canFam3.chr9              21479940 9 +  61074082 AAGGCTGGC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T

a score=121793.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26307  62 +     88070 AGCAGCTGGACTCACAGTAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGGGCTGCAGCAGG------------------------------------------TGGTCACACAG
s panTro4.chr17             16109629  62 +  82630442 AGCAGCTGGACTCACAGTAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGGGCTGCAGCAGG------------------------------------------TGGTCACACAG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48135245  62 +  73212453 AGCAGCTGGACTCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGGGCTGCAGCAGG------------------------------------------TGGTCACACAG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069330  62 -   2193130 AGCAGCTGGACTCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGATGGGCTGCAGCAGG------------------------------------------TGGTCACACAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550174  62 -  80904711 AGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGG------------------------------------------TGGTCACACAG
i rheMac3.chr16             C 0 I 9
s papAnu2.chr16             26684818 104 -  74645514 AGCAGCTGGACCCACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGctggcagcagctggtcacacaggtgggctggcagcagctggtcacacag
i papAnu2.chr16             T 22574 C 0
s chlSab2.chr16             64936116  62 +  75148670 AGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGG------------------------------------------TGGTCACACAG
i chlSab2.chr16             C 0 I 9
s mm10.chr11                22121233  50 - 122082543 AGCAGCTAGACCCACAGCAGCAGAGATGGTGGCACACTGTGCTGCAGAAG------------------------------------------------------
i mm10.chr11                C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T

a score=72984.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26369 65 +     88070 ACGGTCCTGTAGCAGGTGATTGCACAGCAAATTGGGCCAC----------------------AGCAAGGCGGGCGGGAG----------CTGGACCC
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069392 65 -   2193130 ATGGTCCTGTAGCAGGTGATTGCACAGCAAGTTGGGCGAC----------------------AGCAAGGCAGGCAGGAG----------CTGGACCC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26684922 65 -  74645514 gtgggctggcagcagGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGC----------------------AGCAAGGCTGGCAGCAG----------CTGGACAC
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s mm10.chr11                22121283 93 - 122082543 ATAGTCCTGCAGAAGGTGGCTTCACAGCAAGTTGGTTGGCCCCAGTTGGTCTGGTAACAGAGAGTGAGGCAACTGAGAGTGCAGTGTGTTTGG----
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21479985 67 +  61074082 -TGGTCCTACAGCAGGTGGTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGC-------------------AGCAAGGTTGGCAGCAG----------CTGGACCC
i canFam3.chr9              C 0 I 91
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e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27550236  9 -  80904711 I

a score=910.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26434 1 +     88070 A
s panTro4.chr17             16109756 1 +  82630442 A
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48135372 1 +  73212453 A
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069457 1 -   2193130 A
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26684987 1 -  74645514 A
i papAnu2.chr16             C 0 I 57
e mm10.chr11                22121376 0 - 122082543 C
e canFam3.chr9              21480052 91 +  61074082 I
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64936178 9 +  75148670 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27550236 9 -  80904711 I

a score=604932.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26435 278 +     88070 CAGCAGATGCTCCTGTAGCAGGTGGTCTTGCAGCACATAGGCTGGCAGCAAGGGG----------------------------------------------AGCAA---CACTGGGTCATGATGTCAGGGGTGGAGGG-TGGGCTCCTGTTTAGAGGTAAATTTCCCGGAATCTGATG---ACTCCTTCCAATCTGGACCTTCTATACACTAAGCCTCCAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGTTGTTTACATTGTTTTCCGTAGTCAGTTTGGG-ATTATTGAAGAGGATGTTGTTTCCTAAATATTATAGATCTTCTG
s panTro4.chr17             16109757 278 +  82630442 CAGCAGATGCTCCTGTAGCAGGTGGTCTTGCAGCACATAGGCTGGCAGCAAGGGG----------------------------------------------AGCAA---CACTGGGTCATGATGTCAGGGGTGGAGGG-TGGGCTCCTGTTTAGAGGTAAATTTCCCGGAATCTGATG---ACTCCTTCCAATCTGGACCTTCTATACACTGAGCCTCCAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGTTGTTTACATTGTTTTCCATAGTCAGTTTGGG-ATTATTGAAGAGGAAGTTGTTTCCTAAATATTATAGATCTTCTG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48135373 278 +  73212453 CAGCAGATGGTCCTGTAGCAGGTGGTCTTGCAGCACATAGGCTGGCAGCAAGGGG----------------------------------------------AGCAA---CAGTGGGCCATGATGTCAGAGGTGGAGGG-TGGGCTCCTGTTTAGAGGTAAATTTCCCAGAATCTGATG---ACTCCTTCCAATCTGGACCTTCTATACACTGAGCCTCTAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTATTGTTGTTTACATTGTTTTCCATAGTCAGTTTGGG-ATTATCGAAGAGGAAGTTGTTTCCTAAATGTTATAGATCTTCTG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069458 274 -   2193130 CAGCCGATGGTCCTGTAGCAGGTGGTCTTGCAGCACATAGGCTGGCAGCAAGGGG----------------------------------------------AGCAA---CAGTGGGTCATGGTGTCAG-GGTGGAGGC-TGGGCTCCTGTTTAGAGGTAAATTTCCCAGAATCTGATG---ACTCCTTCCAATCTGGACTTTCTATACACTGAGCCTCCAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCC---TTGTTGTTTACATTGTTTTCCACAGTCAGTTTGGG-ATTATCAAAGAGGAAGTTGTTTCCTAAATGTTATAGATCTTCTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550245 278 -  80904711 CAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGACAGCAAGGGG----------------------------------------------AGCAA---CAGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGG-TGGGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAATGTGATG---ACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGCCTCCAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTACATTGTTTTCCACAATCCTTTTGGG-ATTGTCAAAGGGGAAGTTCTTTCTTAAAAGTTATGAATCTGTTG
i rheMac3.chr16             I 9 C 0
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i papAnu2.chr16             I 57 I 6192
s chlSab2.chr16             64936187 278 +  75148670 CAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGGCAGCAAGGGG----------------------------------------------AGCAA---CAGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGG-TGGGTTTCTGATCAGAGGTGAGTTTCCCAGAATGTGATG---ACCCCTTGCAATTGGGACCTTTTATACACCTGGCCTCCAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTACATTGTTTTCTATAGTCAGTTTGGG-ACTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTCCTAAAGATTATGAATCTTTTT
i chlSab2.chr16             I 9 C 0
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i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21480143 284 +  61074082 CAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCATGTAGGCTGGCAGTAAGGGG----------------------------------------------AGCAGAATGAACCAGTCATGCTGTCAGTGGTGGAAGG-TGAGCTTCTGTTTTGCGTTGTGGTTTTTAGATTCTGTTACCTATTCCTTCCATTCTGGGGCTTTTATACACTGGACCTCCTGACATTTGGACCAATGGGCACGACGTT-CCTTGTTGTTGTTTAAATAATTTTCAATAATCACTGAGGGAAGTGTAAAAGAGGAAGTTG-TTCCGAAATGTTATGAATCCTTAG
i canFam3.chr9              I 91 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26713 68 +     88070 AGAGTAAGGGCTTAATCTGTTTCTTAATTGAGAATAACTGTTAGAAACTTTG-----TTTCAGATAAAAGGAA
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48135651 68 +  73212453 AGAGTAAGGGTTTAATCTGTTTCTTAATTGAGAATAACTGTTAGAAACTTTG-----TTTCAGATAAAAGGAA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069732 68 -   2193130 AGAGTAAGGGTTTAATCTGTTTCTTAATTGAGAATAAGTGTTAGAAACTTTG-----TTTCAGATAAAAGGAA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             I 6192 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 I 36764
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i mm10.chr11                C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T

a score=116677.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26781 61 +     88070 GGTGGTCACATCATTGACATCCTTCCTGCTCTGGTCATCATGTGGTCATGTG--ATAGTTCCT
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069800 61 -   2193130 GGTGGTCACATCGTTGACATCCTTCCTGCTCTGGTCATCATGTGATCATGTG--ATAGTTCCC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550591 61 -  80904711 GCCCATCTCATCATCAGCATCTTTCCTGCTCTGACCATCGTCTGGTCATATG--ATAGTTCCT
i rheMac3.chr16             C 0 T 24994
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64973296 61 +  75148670 ATCAGTCTCATTATCAGCATCATTCCTGCTCTGACCATCATCTGGTCATGTG--ATAGTTCCT
i chlSab2.chr16             I 36764 T 40055
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T

a score=148942.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    26842 185 +     88070 ACTGGCCTT-GGAAGGTCAGGGCAGGTGTCTCTCCCCAG-CTTGTTCTT----------------TGGGGAGTGTCTGTGGGG----AGGAGCATGATGCTGATAGGTTCACAGTGATGAACTGAATCCATGCCTGCG-TCAAGGCTATTCACCTA-CA-AGGCCTGATTCAAGAATAACAGGCACCT------ACCTG--TCTTTGTGCAACCTACT
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48135780 185 +  73212453 ACTGGCCTT-GGAAGATCAGGGCAGATATCTCTCCCCAG-CTTGTTCTT----------------TGGGGAGAGTCCATGGGG----AGGAGCATGCTGCTGATAGGTTCACAGTGATGAACTGAATCCATGCCTGGG-TCAAGGCTGTTCACCTA-CA-AGGCCTGATTCAAGAAGAGCAGGCACCT------ACCTG--TCTTTGTGCAACCTACT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2069861 185 -   2193130 ACTGGCCTT-GGAAGGTCAGGGCAGGTGTCTCTCCCCAG-CTTGTTCTT----------------CGGGGAGTGTCTGTGGGG----AGGAACATGATGCTGATAGGTTCACAGTGATGAACTGAACCCATGCCTGGG-TCAAGGCTGTTCACCTA-CA-GGGCTTGATTCAAGAATAACAGGCACCC------ACCTG--TCTTTGTGCAACCTACT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691644 198 -  74645514 GGTGACTGG-GGAGGCTCAGGA-AGTTCTCTCTGCCCAGTCTCATCCTT-TGGCTCTATGTAGACTGGGAAGTGTCTGTGGGG----AGAAGCATGATGTTGATATATTCACAGTGGTGAATTGAATCCATGCTTGGGACCAAGACTGTTCACCCACCA-AAGCTTGATTCAAGGTTAACAGGA----------ATCTC--TCTATGTACGACCTACT
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s canFam3.chr9              21480555 205 +  61074082 GCTGGCCTGAGGAGTGTCAG--CAGTGGTCCTTCCCCAGCTCTGGTCTCTGGGTTGTCTGTAG--ATGGAAATGTCCCTGGGGGAGTGGGGACATGAGGTCCCTCTGTTCACAGGGAGCACCGGAATCCATGCCTGAGCCCAAGTCAGTCTCCCCA-CA-AAGCCTGATGGGAGACACCCTGATGGC-------ATCTGCTTCTTGGAGCACCCTACC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64973357 40055 +  75148670 T
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    27027 8 +     88070 CCGGATGT
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2070046 8 -   2193130 CTGGATGT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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s canFam3.chr9              21480760 8 +  61074082 CCATCTGC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46145330 277 - 159171411 I
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e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27550652 24994 -  80904711 T

a score=1985.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    27035 4 +     88070 GTat
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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e rheMac3.chr16             27550652 24994 -  80904711 T

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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48137045 6 +  73212453 ACTTTA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2071126 6 -   2193130 acttta
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i calJac3.chr5              I 277 C 0
e mm10.chr11                22122012 4010 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21480772 23414 +  61074082 I
e chlSab2.chr16             64973357 40055 +  75148670 T
e papAnu2.chr16             26691842 9567 -  74645514 T
e macFas5.chr16             28116810 69945 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27550652 24994 -  80904711 T

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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48137051 231 +  73212453 cttttcatgcagacaccagtcatattgaatcagaggcccagtttattccaatgtgatcttaccttaactacttacattctcaatgaccctattGGGAGATGAATTTCTGAGGAAACAGATCAATCCAAATATtgaagtatctcagagtgtgtccatggccaatgataaccgcaaatgagtaacaggaatcactgtggacaatagcacagtaactagagggtcagacccttc
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             T 9567 T 343
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i calJac3.chr5              C 0 T 400
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s panTro4.chr17             16111668 64 +  82630442 aggcaggaggttctggcttacatcatcaggcaattatctagacaacagaagtgctggccagtgg
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48137282 64 +  73212453 aggcaggaggttctgggttactccatcaggcaattatctagacaacagaagtgctggccagtgg
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
e mm10.chr11                22122012 4010 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21480772 23414 +  61074082 I
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e chlSab2.chr16             64973357 40055 +  75148670 T
e papAnu2.chr16             26682505 343 -  74645514 T
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48137346 57 +  73212453 tgaagggagtatagaacttgtggtaactaatggag-atgatgaatctcagGTGAACCT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i calJac3.chr5              T 400 C 0
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e chlSab2.chr16             64973357 40055 +  75148670 T
e papAnu2.chr16             26682505 343 -  74645514 T
e macFas5.chr16             28047087 335 -  80997621 T
e rheMac3.chr16             27550652 24994 -  80904711 T

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    28467 3 +     88070 TAT
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i macFas5.chr16             T 335 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64934486 398 +  75148670 atgttttga----tatatatatattcattgtgaaataatcatatatttattagctcacatagttaccatttcctttttatttttgtggtgtgaacacttaagatccactttctcagcaaatttcaggtatacaataaagtattttaaactatatccacgttagagtgcaccagatctgcagaacttattcatcttatataactgaTGTTGGTC-ATGAAAATGTGCTTGTTCTTTGTCTCCTTTACCCCATCACCCAGTGACTATCCCAATCAGTGGCTTTTCTCTCTTTCTGGAATCTTCAGAGCATTCCACATATACAGTCTCAAAAGATGGCATCTGTATTTTATAAAGAATAACTTAAGTTCCTTTTGTTTTGTCAATATGTATTCAGGAGAAGAAGAA
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46146667 386 - 159171411 atgttttg------atacatatattcattgtgaaataatcacatatttattaactcacatggttaccatttcctttttatttttgtggtgtgaacatttaaga-caactttctcagcaaatttcaggtctacagtaaagtatttta-------tccacattagtgtacaccagatctgcagaacttattcatcatatataactgaTGTTGGCCAAAGAGAATGTGACAGTTCTTTGTCTCCTTTACCCCATCACCCAATGACTATCACAGTCAGTGGCTTTTCTCTTTTTCTGGAATTTTCAGAGCATACCAGAGATACACTCTCAAAAGATGGCATCTGTATTTTATAATGAATAACTTAAGTTTATTCTGCTGTGTCGATATGTATTCAAGAGAAGAA---
i calJac3.chr5              C 0 T 386
e mm10.chr11                22122012 4010 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21504826 15840 +  61074082 I

a score=41713.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    30052 31 +     88070 GGAAGCCATATAAGAATGGAAATGTTATCTG
s panTro4.chr17             16113377 31 +  82630442 GGAAGCCGTATAAGAATGGAAATGTTATCTG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48138956 31 +  73212453 GGAGGCCATATAAGAATGGAAATGTTATCTG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2073062 31 -   2193130 GGAAGCCATATAAGAATGGAAATCTTATCTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27527234 19 -  80904711 GGAGGCCATATAAGAATGG------------
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28048323 19 -  80997621 GGAGGCCATATAAGAATGG------------
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26683744 19 -  74645514 ggaggccATATAAGAATGG------------
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64934884 19 +  75148670 GGAGGCCATATAAGAATGG------------
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
e mm10.chr11                22122012 4010 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21504826 15840 +  61074082 I
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    30083 10 +     88070 CAAATGTTAC
s panTro4.chr17             16113408 10 +  82630442 CAAATGTTAC
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48138987 10 +  73212453 CAAATGTTAC
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2073093 10 -   2193130 CAAATGTTAC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27527253  9 -  80904711 -AAACGTTAC
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28048342  9 -  80997621 -AAACGTTAC
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26683763  9 -  74645514 -AAACGTTAC
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64934903  9 +  75148670 -AAACGTTAC
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s canFam3.chr9              21520666 10 +  61074082 CAGATGTTCC
i canFam3.chr9              I 15840 T 41632
e mm10.chr11                22122012 4010 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    30093  99 +     88070 CTGCAAATACAGGAGATTACTCCTCCA--TTGTTGAG--TCAACTTAAGTGCATGTCTTGCGAATGTAGAGTCCC-AATGTAATTTTTACTT-TAATGAGAGTTA
s panTro4.chr17             16113418  99 +  82630442 CTGCAAATACAGGAGATTACTCCTCCA--TTGTTAAG--TCAACTTAAGTGCATGTCTTGCTAATGTAGAGTCCC-AATGTAATTTTTACTT-TAATGAGAGTTA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48138997  99 +  73212453 CTGCAAATACAGGAGATTACTCCTCCA--CTGTTAAG--TCAACTTAAGTGCATGTCTTGCTAATGCAGAGTCCC-AATGTAATTTTTACTT-TAATGAGAGTTA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2073103  99 -   2193130 CTGCAAATACAGGAGATTACTCCTCCA--TTGTTAAG--TCAACTTAAGTGCATGTCTTGCTAATGCAGAGTCCC-AATGTAATTTTTACTT-TAATGAGAGTTA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27527262  99 -  80904711 CTGCAAATACAGGAGATTATTCCTCCA--TTGTTAAG--TCACCTTAAGTGCATGTCTTGCTAGTGCTGAGTCCC-AATGTAATTTTTATTT-TAATGAGAGTTA
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28048351  99 -  80997621 CTGCAAATACAGGAGATTATTCCTCCA--TTGTTAAG--TCACCTTAAGTGCATGTCTTGCTAGTGCTGAGTCCC-AATGTAATTTTTATTT-TAATGAGAGTTA
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26683772  99 -  74645514 CTGCAAATACAGGAGATTATTCCTCCG--TTGTTAAG--TCACCTTAAGTGCATGTCTTGCTAATGCTGAGTccc-aatgtaatttttattt-taatgagagtTA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64934912  99 +  75148670 CTGCAAATACAGGAGATTATTCCTCCA--TTGTTAAG--TCACCTTAAGTGCATGTCTTGCTAATGCTGAGTTCC-AATGTAATTTTTATTT-TAATGAGAGTTA
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s canFam3.chr9              39589773 105 -  61074082 CTGCATATATGAGGGATTGTTTCTTCCATTTGTAAAGAATAAATACATTTGCATAGCTTACTAGTGTTCAGTACTAAATATTATTGCTACTTCTATTGACATGTC
i canFam3.chr9              T 444 T 2534
e mm10.chr11                22122012 4010 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    30192 150 +     88070 AATATAAGTGCTCTTGGACAGAAAGAGAAGACCCAACCTTAAATCTGAGTCTG--CA-TTTTTAGCTAAATAACATCACACATTAAAATTTTCCTCAGCTGGAAAGTAGAGGTAATAAAACATGACCATCTGTTTTTATAATCAAATTAGGTA
s panTro4.chr17             16113517 151 +  82630442 AATGTAAGTGCTCTTGGACAGAAAGAGAAGACCCAACCTTAAATCTGAGTCTG--CATTTTTTAGCTAAATAACATCACATATTAAAATtttcctcagctggaaagtagaggtaataaaacatgaccgtctgtttttataatcaaattaggta
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48139096 150 +  73212453 AATATAAGTGCTCTTGGACAGAAAGAGAAGACCCAACCTTAAATCTGAGTCTG--CA-TTTTTAGCTAAATAACATCACACATTAAAATTTTCCTCAGCAGGAAAGTGGAGGTAATAAAACATGACTGTCTGTTTTTACAATCAAATTAGGTA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2073202 150 -   2193130 AATATAAGTGCTCTTGGACAGAAAGAGAAGACCCTACCTTAAATCTGAGTCTG--CA-TTTTTAGCTAAATAACATCACACGTTAAAATTTTCCTCAGCTGGGAAGTGGAGGTAATAAAACATGACGGTCTGTTTTTATAATCAAATTAGGTA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27527361 147 -  80904711 CATGTAAGTGCTCTTGAACAGAAAGAGAAGACCCAACCTTGAATCTGAGTCTGTCCA-TTTTTAGCTAAATAACATCACACATTAAaatttt-ctcagctgggaagtggaggtaataaaacatga----ctgttttcagaatcaaattaggta
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28048450 151 -  80997621 CATGTAAGTGCTCTTGAACAGAAAGAGAAGACCCAACCTTGAATCTGAGTCTGTCCA-TTTTTAGCTAAATAACATCACACATTAAaatttt-ctcagctggaaagtggaggtaataaaacatgactgtctgttttcagaatcaaattaggta
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26683871 151 -  74645514 CATGTAAGTGCTCTTGGACAGAAAGAGAAGACCCAACCTTGAATCTGAGTCTGTCCA-TTTTTAGCTAAATAACATCACACGTTAAAATTTT-CTCAGCTGGaaagtggaaataataaaacatgacTGTCTGTTTTCAGAATCAAATTAGGTA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i canFam3.chr9              T 41632 C 0
e mm10.chr11                22122012 4010 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T

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s panTro4.chr17             16113668 659 +  82630442 acatgtatgGTATGCAATATGTGTGTAAATCCCATATCAGGAATG---------CTGTAAAATA-AAAAAAAA-CCACCATGTGAGATGAAGGACAGCTTTCAGTTTATTAAGAAACATATAGGTAAGAGTCCCTGT------TTCTAGGGAGATAACCC---AAAATGATCATGAAAGG----AATAAGGATAAAAGAACCAT-GAGGAGGACACTGAAAATGAAAACATGATTGTGAAGACTATTGATCAGTTGCAAA--------------A---------------CCTAAGTTT------------CTTAGAGAAAGAGAATGAAGCTCTTGACTTTAGAGTCAAGCTGAGACCATGACTCCAAATTGAAAATACAGGAAGGTGGCACAGGATCTACAAGGTGTAAGGAAAAA-AGAATCAGGATGAAGTACTCTACCCTCACTCAAGCTGATTTACAAAATGTTAAACATGCAGAGAAGTCATAAAAATTAGGGTGAGCAAAGTTCACCCTAAGTTCACTTCGTTGGTTTTCATCACAGTTTGAAAGTAAATTTGTCCCCCAGAAGATAAATCCGTTGCCAGAGGGTTACTGTATGGGGA-TGATGGTCCTCTGCAGAACTGATCAGCAG-----CAAGCAG--GCTG--------ACAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTGGAAGCAAGTGGTCCTGCAGCAGGTTGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48139246 661 +  73212453 ACATGTATGGTATGCAATATGTGTGTAAATCCCATATCAGGAATG---------CCCTAAAATA-AAAAAAAACCCACCATGTGAGATGAAGGACAGTTTTGAGTTTATTAAGAAACATATAGGTAAGAGTCCCTGT------TTCTAGAGAGATAACCC---AAAATGATCATGAAACA----AATAAGGATAAAAGAACCAC-GAGGAGGACATTGAAAATGAAAACATGATTGTGAAGATTATTGATCAGTTGCAAA--------------A---------------CCTAAGTTT------------CTTAGATAAACAGAATGAAGCTCTTGACTTTAGAGTCAAGCGGAGACCATGACTCCAAATTGAAAATACATGAAGGTGGCACATGATCCGCAAGGTGTAAAGAAAAAGAGAATCAGGATGAAGTACTCTACCCTCACTCAAGCTGATTCACAAGATGTTAAACATGCAGAGAAGTCATAAAAATTAGGGTGAGCAAAGTTCACCCTAAGTTCACTTTGTTGGTTGTCATCACAGTTTGAAAGTAAATTTGTCCCCCAGAAGATAAATCTGTTGCCAGAGGGTTACTGTATGGGGA-TGATGGTCCTCTGCGGAACTGATCAGCAG-----CAAGCAG--GCTG--------ACAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTGGAAACAAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27527508 658 -  80904711 acatgtaTGGTATGCAATATGTGTGTAAATCCCATATCAGGAATG---------CTGTAAAATTAAAAAAAAA----ACATGTGAGATGCAGGACAGTTTTGAGTTTATTAAGAAACATAAAGGTAAGAGTCCCTGT------TTCTAGGGAGATAACCC---AAAATGATCATGAAAGG----AATAAGGATACAAGAACCAT-GGGGAGGACATTGAAAATGAAAACATGACTGTGAAGACTATTGATCAGTTGCAAA--------------A---------------CCTAAGTTT------------CTTAGGGAAACAGAATGAAGCTCTTGACTTTAGAGTCAAGTTGAGACCATGACTCCAAATTGAAAATACATAAAGGTGGCACATGATCCACAAGGTGTAAAGAAAAAGAGAATCAGGATGAAGTACTCTACCCTCACTTAAGCTGATTCACAAAGTGTTAAACATGCAGAGAAGTCACAAAAATTAGGGTGAGCAAGGTTCACCCTAAGTTCACTTTGTTGGTTGTCATCGAAGTTTGAAAGTAAATTTGTCCTCTAAAAGATAAATCTGTTGCCAGAGGGTTATTGTATGGGGA-TGATGGTCCTCTGTGGAACCGATCAGCAG-----CAAACAG--GCTG--------GCAGCAACTGCTCACACAGGTGGGCTGGAAACAAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGG
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28048601 657 -  80997621 acatgtaTGGTATGCAATATGTGTGTAAATCCCATATCAGGAATG---------CTGTAAAATT-AAAAAAAA----ACATGTGAGATGCAGGACAGTTTTGAGTTTATTAAGAAACATAAAGGTAAGAGTCCCTGT------TTCTAGGGAGATAACCC---AAAATGATCATGAAAGG----AATAAGGATACAAGAACCAT-GGGGAGGACATTGAAAATGAAAACATGACTGTGAAGACTATTGATCAGTTGCAAA--------------A---------------CCTAAGTTT------------CTTAGAGAAACAGAATGAAGCTCTTGACTTTAGAGTCAAGTTGAGACCATGACTCCAAATTGAAAATACATAAAGGTGGCACATGATCCACAAGGTGTAAAGAAAAAGAGAATCAGGATGAAGTACTCTACCCTCACTTAAGCTGATTCACAAAGTGTTAAACATGCAGAGAAGTCACAAAAATTAGGGTGAGCAAGGTTCACCCTAAGTTCACTTTGTTGGTTGTCATCGAAGTTTGAAAGTAAATTTGTCCTCTAAAAGATAAATCTGTTGCCAGAGGGTTATTGTATGGGGA-TGATGGTCCTCTGTGGAACCGATCAGCAG-----CAAACAG--GCTG--------GCAGCAACTGCTCACACAGGTGGGCTGGAAACAAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGG
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26684022 655 -  74645514 ACATGTATGGTATGCAATATGTGTGTAAATCCCATATCAGGagtg---------ctgtaaa----aaaaaaaa----aaatgtgagatgcAAGACAGTTTTGAGTTTATTAAGAAACACAAAGGTAAGAGTCCCTGT------TTCTAGGGAGATAACCC---AAAATGATCATGAAAGG----AATAAGGATACAAGAACCATGGGGGAGGacattgaaaatgaaaacatgactGTGAAGACTATTGATCAGTTGCAAA--------------A---------------CCTAAGTTT------------CTTAGAGAAACAGAATGAAGCTCTTGACTTTAGAGTCAAGTTGAGACCATGACTCCAAATTGAAAATACATAAAGGTGGCACATGATCCACAAggtgtaaagaaaaagagaatcagGATGAAGTACTCTACCCTCGCTTAAGCTGATTCACAAAGTGTTAAACATGCAGAGAAGTCACAAAAATTAGGGTGAGCAAAGTTCACCCTAAGTTCACTTTGTTGGTTGTCATTGAAGTTTGAAAGTAAATTTGTCCTCTAAAAGATAAATCTGTTGCCAGAGGGTTATTGTATGGGGA-TGATGGTCCTCTGTGGAACCGATCAGCAG-----CAAACAG--GCTG--------GCAGCAACTGCTCACACAGGTGGGCTGGAAACAAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64935162 657 +  75148670 ACATGTACGATATGCAATACGTGTGTAAATCTCATATCAGGAATG---------CTGTAAAATA-AAAAAAAA----ACATGTGAGATGCAGGACAGTTTTGAGTTTATTAAGAAACATAAAGGTAAGAGTCCCTGT------TTCTAGGGAGATAACCC---TAAATGATCATGAAAGG----AATAAGGATATAAGAACCAT-GGGGAGGACATTGAAAATGAAAACATGACTGTGAAGACCATTGATCAGTTGCAAA--------------A---------------CCTAAGTTT------------CTTAGAGAAACAGAATGAAACTCTTGACTTTAGAGTCAAGTTGAGACCATGACTCCAAATTGAAAATACAGGAAGGTGGCACATGATCCACAAGGTGTAAAGAAAAAGAGAATCAGGATGAAGTACTCTACCCTCGCTTAAGCTGATTCACAAAGTGTTAAACATGCGGAGAAGTCACAAAAATTAGGGTGAGCAAAGTTCACCCTAAGTTCACTTTGTTGATTGTCATCGAAGTTTGAAAGTAAATTTGTCCTCCAAAAGATAAATCTATTGCCAGAGGGTTATTGTATGGGGA-TGATGGTCCTCTGTGGAATAGATCAGCAG-----CAAACAG--GCTG--------GCAGCAAGTGCTCACACACGTGGGCTGGAAACAAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGG
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s mm10.chr11                22126022 620 - 122082543 acatgtgaga-atgggttgcacatgtagatcttctatca--aatggctttaccTCGGAATAGTA-AAGACAGA----CAATATGGGATGGAATATGGT----ACATAATTAAGAA----TTTGTCAAGGCTCCCTAC------GTTTTCTGAGAGAGC------GGCTTCTCAGGAAGAA----GAAAGTAGCATAAG-ACTAT---GGAGTGCACTGTAGAATGAAGTGTGATTAGAAAGTGCATGAAGCTAAGGCATT--------------ATAGTGAATTTGCTCTCCTAAGTTA------------TTTAGAG-GATGGGGTAAAGACCTTGGCATAGCATTGAAGCTTAAGTGA-GACTTCTGCATGAGACGGCATGGGAGCTGCAA-----TCGCAGGAAGTGAATGAAAG------------CAAGAACTCTGGATTCACTTAAGGAAATT---AAGGT------------------TTAAAAAAATGATGATTAACAATTTT---TTTGGTGTTAGCCTAATGGCTTTTAGCAC-------AAGTAAGTGTGTTT------AGGTAAGTCGTG---CAGACATTTGTCCCCTGGGCATTGATCATCCTCCTCAGGGCTGA-CAGCAGCTGGACACACAGCTGCTGGGCTCACTGCAGCTGCTGGTCACAAGGACTGGTTTAAAATAGGTAGTCCTACAGCAAATGGTTTCATAGCAAGATGGTTGACAGCAGG
i mm10.chr11                I 4010 C 0
s canFam3.chr9              21479192 604 +  61074082 ATGCACATAGTATGGGACCC-TGTGCATACATTTTGTCATGAATG---------TTGAACAAGG-ACATGGAC---ACCATATGGGATGCAGAATGGTACAGGGTTTATTAAGAG--ATATAGGTGAGACCCTCCCCCCACCACTGCATGGAGGGAGGCCTTTGAAAGGTTCATGCAAGGATGAAAAGAGGATACAAGGACTGT-GAGGAA-----TGGAATAGAAAACTTGATCCTAAA---CTTTCATTAGTGTCAGATACTTATCTATGATG---------------CATGAATTTTTTTCTCTACACCTTAGTGGGATGGAAGTGAGATCTGCACTGTGTTGTATTGCAGATATGATGAATCCATA-TAACTATATAGGAAGCTGGCACATGATTTACA----GACAGAAAGAACAGACTCAGTGAGAAGGGACATATATTTCATAAAGGTACTTCACATTCTTTGGAATAGCCTAATGAGTCTTAAACATTACAGTGA-------------------------------------------TTGGAAATGGGT----------------------GATGGCAAACATTTTTTGCAC----A-TTGTATTTCTTTGTGAAGC-AACCAACAG-----CAAAATG--TTTG--------GCTGAAGCTGAACACC-------ACAACAAGAGAGTGGTCCTTTAGCAATTATTCTGACAGCAGGTTGGTTGGCAGCAAG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T

a score=282315.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    31000 95 +     88070 GCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGTAGACACTCGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGAT--GGGTGCA
s panTro4.chr17             16114327 95 +  82630442 GCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACAGTTGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGAC--GGGTGCA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48139907 95 +  73212453 GCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTGAGGCAACCAGGCAGGCAGACACTCATGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGAC--GGGTGCA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2074012 95 -   2193130 GCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTTAGGCCACCAGGCAGACAGACACACGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGAC--GGGTGCA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 I 4755
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28049258 95 -  80997621 GCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACACGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGAC--AGGTGCA
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26684677 95 -  74645514 GCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACACGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGAC--AGGTGCA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64935819 95 +  75148670 GCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGATCTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTAGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGAC--AGGTGCA
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s canFam3.chr9              21479796 97 +  61074082 GCTGACAACAGTTGGATCCACAGCCTTGGGCTAGGCACCCAGGCAGGCAGCAGCAGGTGGGTTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGGGTGCA
i canFam3.chr9              C 0 I 40
e mm10.chr11                22126642  0 - 122082543 C
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T

a score=203921.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    31095 70 +     88070 CAGGAGCTGGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGACCCACAGCAGATGG
s panTro4.chr17             16114422 70 +  82630442 CAGGAGCTGGGCTGGCAGAAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGACCCACAGCAGGTGG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140002 70 +  73212453 CAGGAGCCGGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGACCCTCAGCAGGTGG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2078862 70 -   2193130 CAGCAGCTGGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGACCCACAGCAGGTGG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  I 4755 C 0
s rheMac3.chr16             27528261 70 -  80904711 CAGGAGCTGGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACAGTTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGACCCACAGCAGGAGG
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28049353 70 -  80997621 CAGGAGCTGGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACAGTTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGACCCACAGCAGGTGG
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26684772 70 -  74645514 CAGGAGCTGGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACAGTTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGACCCACAGCAGGAGG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s canFam3.chr9              21479933 70 +  61074082 CGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCATGTGGGCTTGCAGCAGGTGGTCCTACAGCAGGTGG
i canFam3.chr9              I 40 C 0
e mm10.chr11                22126642  0 - 122082543 C
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T

a score=404747.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    31165 141 +     88070 GCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGG------------CTGGCAGCAGCTGG----TCACACAGGTGGGCTGGCAG------------CAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGG---GTGGCAGCAAGGCTG------------------------------GCAGCAGCTGGACACACAGCAGG
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140072 141 +  73212453 GCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGG------------CTGGCAGCAGCTGG----TCACACAGGTGGGCTGGCAG------------CAGGTTGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGG---GCGGCAGCAAGGCTG------------------------------GCAGCAGCTGGACACACAGCAGG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2078932 141 -   2193130 GCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGG------------CTGGCAGCAGCTGG----TCACACAGGTCGGCTGGCAG------------CAGGTGGTCCTACAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGG---GCGGCAGCAAGGCTG------------------------------GCAGCAGCTGGACACACAGCAGG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27528331 126 -  80904711 GCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAA-------------------------------------------GGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTGGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGG---GCGGCAGCAAGGCTG------------------------------GCAGCAGCTGGACACACAGCAGG
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28049423 153 -  80997621 GCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGG------------CTGGCAGCAGCTGG----TCACACAAGTGGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTGGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGG---GCGGCAGCAAGGCTG------------------------------GCAGCAGCTGGACACACAGCAGG
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26684842 153 -  74645514 GCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGG------------ctggcagcagctgg----tcacacaggtgggctggcagcagctggtcacacaggtgggctggcagcagGTGTTTTGACAGCAAGTTGG---GCGGCAGCAAGGCTG------------------------------GCAGCAGCTGGACACACAGCAGG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64935984 153 +  75148670 GCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGG------------CTGGCAGCAGCTGG----TCACACAGGTGGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTGGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGG---GCGGCAGCAAGGCTG------------------------------GCAGCAGCTGGACACACAGCAGG
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s mm10.chr11                22126642 186 - 122082543 GCTGGCAGCAGGATGTGCTGCAGCAGATGGGGATGCAGCACACCTGGCAGCAGGTGGGTGCTCTTATCTGTTGGCTTACAA------------C-GGTAGTCTTGTAGCATGTAGTTTCACAGCAAGTTGG---TTGGCAACAGGGTTGATAGAAGCCGTAGTTAGTGTAAATTTGGCCACAGCAGCTGGGCCCACAGCAGT
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21480003 132 +  61074082 TTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAGCAAGG------------TTGGCAGCAGCTGG----------------ACCCGCAG------------CAGCTGGACCCACTGCAGCCTTGTCCACAGCCACTGGACCCACAGCAGCTAGGCTG------------------------------GCAGCAGCTGGACACACAGCATG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T

a score=123295.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    31306 59 +     88070 AGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCACAGTGGTGGGCTTCCAGCAGGTG
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140213 59 +  73212453 AGGGCTGGCAGCAGAGTGTGCTGCGGCAGGTGGTCACAGTGGTGGGCTTCCAGCAAGTG
i ponAbe2.chr17             C 0 I 27
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2079073 59 -   2193130 AGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCGGCAGATGGTCACAGTGGTGGGCTGCCAGCAGGTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27528457 59 -  80904711 AGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCACACAGGTGGGCTTCCAGCAGGTG
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26684995 59 -  74645514 AGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCACAGTGGTGGGCTTCCAGCAGGTG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64936137 59 +  75148670 AGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCACACAGGTGGGCTTCCAGCAGGTG
i chlSab2.chr16             C 0 I 27
s mm10.chr11                22126828 44 - 122082543 -----------TGGGGTG----GCAGCAGCTGGTCACACAGGTTGGTCTCTGGCAGGTG
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s canFam3.chr9              21480135 32 +  61074082 TGGGCTTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTG---------------------------
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C

a score=20181.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    31365 12 +     88070 GTCCTGCAGCAG
s panTro4.chr17             16114692 12 +  82630442 GTCCTGCAGCAG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2079132 12 -   2193130 GTCCTGCAGCAT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27528516 12 -  80904711 GTCCTGCAGCAG
i rheMac3.chr16             C 0 I 15
s papAnu2.chr16             26685054 12 -  74645514 GTCCTGCAGCAG
i papAnu2.chr16             C 0 I 15
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i mm10.chr11                I 15 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e chlSab2.chr16             64936196 27 +  75148670 I
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C
e ponAbe2.chr17             48140272 27 +  73212453 I

a score=1215138.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    31377 619 +     88070 GTAGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGGTGGACTTCTGTTCAGAGGTGAATTTCCCAGGATCTGATG---ACCCCTTGCCCTCTGGACCTTTTATACAACTGGCCTCCAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTATGTTGTTTTCCACAGTCATTTTGGT-ATTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTTCTAAAGGTTATAAATCTTTTGAAAGTAAGGGTTTAATCTG-----TTGCTTAATTGTGGATTACTCATAGAAAC--TATTTCAGATAAAAGGAAG----CCCGTCTCATCATCAGCATTGTTCCTGCTCTGACCATCTTCTGGTGATGTG--ATAGTTCCTGGTGACCAGGGAGGCTCAGGAAGTTCTCTCTACCCAGCCTCATTCTTT-GGTTGTATGTAGGTTGGCAAGTGTCTGTGGGG----AGAATCATGATTCTGATATGGTCACAAAGACAAAATGAATCCATGCCTATGTTCAAGACTGTTCACCCACCAAAATCTGTTTCAAGA----CTAA-CAGGCATCTCTCTCT--GTACAACCCACACCACCTGTGTCTTTCACCTCCATCAAAGTCACTTGGGAAAAGGGTGATTGGT
s panTro4.chr17             16114704 619 +  82630442 GTAGGCTGACAGCAAGGGGAGAAAC---AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGGTGGACTTCTGTTCAGAGGTGAATTTCCCAGGATCTGATG---ACCCCTTGCCCTCTGGACCTTTTATACATCTGGCCTCCAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTATGTTGTTTTCCACAGTCATTTTGGT-ATTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTCCTAAAGGTTATGAATCTTTTGAAAGTAAGGGTTTAATCTG-----TTGCTTAATTGTGGATTACTCATAGAAACTTTATTTCAGATAAAAGGAAG----CCCGTCTCATCATCAGCATCGTTCCTGCTCTGACCATCTTCTGGTGATGTG--ATAGTTCCTGGTGACTGGGGAGGCTCAGGAAGTTCTCTGTACCCAGCCTCATTCTTT-GGTTGTATGTAGGTTGGCAAGTGTCTGTGGGG----AGAATCATGATGCTGATATGTTCACAAAGACAAAATGAATCCATGCCGGTGTTCAAGACTGTTCACCCACCAAAATCTGTTTCAAGA----CTAA-CAGGCA--TCTCTCT--GTAGAACCCACACCACCTGTGTCTTTCAGCTTCATCAAAGTCACTTGGGAAAAGAGTGATTGGT
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i ponAbe2.chr17             I 27 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2079144 618 -   2193130 GTAGGCTGACAGCAAGGGGAGCAGC---AGTGGGTCATTGTGTCAGGAGTGAAGGGTGGACTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAATCTGATG---ACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGCCTCCAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTACGTTGTTTCCCACAGTCATTTTGGT-ATTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTCCTAAAGATTATGAATCTTTTGAAAGTAAAGGTTTAATCTG-----TTGCTTAATTGTAGTTTACTCATAGAAAT-TTGTTTTCGATAAAAGGAAG----CCCATCTCATCATCTGCGTCATTCCTGCTCTGACCATCTTCTGATTATGTG--ATAGTTCCTGGTGACCAGGGAGGCTGAGGAAGTTCTTTCTACCCAGCCTCATTCTTT-GGTTGTATGTCAGTTGGCAAGTGTATGCAGGG----AGAATCATGATGCTGATATGTTCATGAAGACAAAATGAATCCATGCTCATGCTCAAGACTGTTCAACCACCAA--TCTGATTCAAGA----CTAA-CAGGCATCTCTCTCT--GTACAACCCACACCACCTGTGTCTTTCAGCTCCATCAAAGTCACTTGGGAAAAGGGTGATTGGT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             I 15 C 0
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i papAnu2.chr16             I 15 C 0
s chlSab2.chr16             64936223 620 +  75148670 GTAGGCTGGCAGCAAGGGGAGCAAC---AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGGTGGGTTTCTGATCAGAGGTGAGTTTCCCAGAATGTGATG---ACCCCTTGCAATTGGGACCTTTTATACACCTGGCCTCCAAA-GTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTACATTGTTTTCTATAGTCAGTTTGGG-ACTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTCCTAAAGATTATGAATCTTTTTAAAGTAAGGGTTTAATATG-----TCTCTTAATTGT-GTTTACTCATAGAAACTTTGTTTCAGATAAAAGGAAA----CCTGTCTCATCATCAGCATCGTTTCTGCTCTGACCATCTTCTCATTATGTG--TTTGTTCCTGGTGACTGGGGAGGTTCAGGAAGTTCTCTCTACCTAGCCTCTTTCTTT-GGCTATACCTAGGTTGGTAAGTGTCTGTGGGG----AGAAGCATGATGTTGATATATTCACAGTGGTGAATTGAATCCATGCTTGGGACCAAGACTGTTCACCTACCGAAGTTTGATTCAAGG----TTAA-CAGGCATCTCTCTAT--GTACGACCTACTTTACCTGTCTCTTCCAGTTCTACAAAAGCCACTTGGGAAGAGGGTGTTCGGC
i chlSab2.chr16             I 27 C 0
s mm10.chr11                22126899 609 - 122082543 CTAGGCTGATAGCAAGAGGAGTAGCAGGAGTTGGTAATGGTGTTAGGTGTTGGGGGTGGTGTACTGTTTACAGGTGAGTCTTCTAGAAACCTTTG---ACTTCATTTCAGTTGGGTCTTTTATACATCAGCTCATCCAG-GTTTGGACCAATGA-CAG---TTTTCCTTCT---TCTTTACACTGCTTTCCATATTAAAAGTTTA-TTTATCAAAGAAGAAGTTGTTCCTTAG----TAGGAATCTTTTAAAAT---GTATTTAATTTGTTTGTTTTCTTTTCTGGGAGTAACTCACAAGACC--TTTTTCAGATAAAAGGAAAGAGTCACGTGT-ACCATCAACCTCATCACAGCTCAGAGTATCTTGTGGTAATGGG--TTTGCGCCTCAAGGCAGAGAGGGTAGGGAGAGTGTTGCTTCTATAGCGTTCTTCCTT-TGTTTGGCTTTGATTGGGAGGTAGCTATGGAG----AAGGATGAGAGAGTGCTATGCTCACATCAATTAGCTGA----ATGCCTAGCTCCTTGTCTGTTCATCTA-CAAAACCTACCTCCAGA----TGGGTCAGGAGTGTGCTTTT--GTACCGGCTCTACTAC---TGGGTACCACTTGTGTCAAGTACACTTGGGGACATGGTATTCGGt
i mm10.chr11                C 0 I 7088
s canFam3.chr9              21480179 632 +  61074082 GTAGGCTGGCAGTAAGGGGAGCAGAATGAACCAGTCATGCTGTCAGTGGTGGAAGGTGAGCTTCTGTTTTGCGTTGTGGTTTTTAGATTCTGTTACCTATTCCTTCCATTCTGGGGCTTTTATACACTGGACCTCCTGACATTTGGACCAATGGGCACGAC-GTTCCTTGTTGTTGTTTAAATAATTTTCAATAATCACTGAGGGAAGTGTAAAAGAGGAAGTTGTT-CCGAAATGTTATGAATCCTTAGGAAATAATTGCTT-ATTTG-----CTTCTTAATTGAGAATAACTCATAGAAAC--ATTCTCAGAAGGAAGGAAG----GTGGTCACATCAGCAGCCTTGTTCTTGCTTCAGGGACCATGGGATCATGTGCTCTAGTTTCTGCTGGCCTGAGGAGTGTCAGCAGTGGTCCTTCCCCAGCTCTGGTCTCTGGGTTGTCTGTAGAT--GGAAATGTCCCTGGGGGAGTGGGGACATGAGGTCCCTCTGTTCACAGGGAGCACCGGAATCCATGCCTGAGCCCAAGTCAGTCTCCCCA-CAAAGCCTGATGGGAGACACCCTGA-T-GGCATCTGCTTCTTGGAGCACCCTACCCCATCTGCATATCCCAATTCCATCAAGGAC-CTTGGCCCAACGATGTCTGGC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e macFas5.chr16             28049576   0 -  80997621 C

a score=61347.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    31996 36 +     88070 ACAGTGTGTTCTATGTGTCAGAGCAGAACCAGAGCA
s panTro4.chr17             16115323 36 +  82630442 ACAGTGTGTTCTATGTGGCAGAGCAGAACCAGAGCA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140919 35 +  73212453 ACATTGTGTTTTATGTGTCAGAG-AGAACCAAAGCA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2079762 36 -   2193130 AGAGTGTGTTCTATGTGGCAGAGCAGAACCAAAGCA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27529163 35 -  80904711 AC-GTGCATTCTGTGTGTCAGAGCAGAATCAAAGCA
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26685701 35 -  74645514 AC-GTGCATTCTGTGTGTCAGAGCAGAATCAAAGCA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64936843 36 +  75148670 ACAATGTGTTCCATGTGGCAGAGCAGAGCCAAAGCA
i chlSab2.chr16             C 0 I 30657
s mm10.chr11                22134596 34 - 122082543 ACCATATGCTCCATAT--CAGGGTAGACTTAGAGGA
i mm10.chr11                I 7088 I 4
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C

a score=53578.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    32032 37 +     88070 GGTGGGTACGAGGAGAAGTCC-AGTGGGATTTAGATAG
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2079798 37 -   2193130 GGTGGGTACAAGGAGAAGTCC-AGTGGGCTTTAGATAA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27529198 37 -  80904711 GGTGGGTACAAGGAGAAGTCC-AGTGGGATTTAGATAG
i rheMac3.chr16             C 0 I 180
s papAnu2.chr16             26685736 37 -  74645514 GGTAGGTACAAGGAGAAGTCC-AGTGGGATTTAGATAG
i papAnu2.chr16             C 0 I 6197
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i chlSab2.chr16             I 30657 C 0
s mm10.chr11                22134634 35 - 122082543 TATGGGCATGGTAACATGTCAGAATGAGA---AGATAC
i mm10.chr11                I 4 I 2
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C

a score=50754.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    32069 45 +     88070 CATCAGGCAATCTTTGCCCtgggttgacca--ttcattctgatttgt
s panTro4.chr17             16115393 45 +  82630442 CATCAGGCAATCTTTGCCCTGggttgacca--ttcatcctgatttgt
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140991 45 +  73212453 CATCAGGCAATCTATGCCCtggggtgacca--ttcatcttgatttgt
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2079835 45 -   2193130 CATCAGGCAATCTTTGCCCtggggtgacca--ttcatcctgatttgt
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691970 45 -  74645514 CATCAAGCAATGTACCTGCTGGGGCGACCA--TTCATCCTGAtttgc
i papAnu2.chr16             I 6197 C 0
s chlSab2.chr16             64967571 45 +  75148670 CATAAAGCAATCTATCCCCTGGGGCGACCA--TTCGTTCTGACTTAC
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s mm10.chr11                22134671 37 - 122082543 AAGCATGCAG----------GAGTTCACTGTTTTTTTCCTGATCTTT
i mm10.chr11                I 2 I 51
s canFam3.chr9              21480879 40 +  61074082 ----AAGCAATTATCAACCTGTg-tgacca--gtggtcttgatttag
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27529235 180 -  80904711 I

a score=106855.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    32114 117 +     88070 ctgggagagaggggcttaccataatgaaaatg------tgggactttgtgtaacataagtgctttag--actcaggcaagccagcatgagctgTGGCTCTAGCCCTAACTCTGG-TAGTAGCATAG---
s panTro4.chr17             16115438 117 +  82630442 ctgggagagaggggcttaccagaatgaaaatg------tgggactttgtgtaacataagtgctttag--actcaggcaagccagcatgagctgTGGCTCTAGCCCTAACTGTGG-TACTAGCATAG---
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48141036 117 +  73212453 ctgaaagtgacgggcttaccaggatgagaatg------tggggctttctgtaacataactgctttag--attcaggcaaacctgcatgagctgTggttctagctctaactctgg-tactaacacag---
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2079880 117 -   2193130 cggggagtgaggggcttaccagaatgaaaatg------tgggactttctgtaacataagtgctttag--attcaggcaaaccagcactagctgTGGATCTAGCCCTAACTGTCG-TACTAGCATAG---
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26692015 124 -  74645514 ctgggactgaggggCTTACTAACATGAGAATGTGCGACTGGGAATTACTGTGACATAACTGCTCTAG--GTCCAGGCAAAGCAGTATGAGCTGTGGCTCTAGCCCTAATCCAGGTTACTGGCACAA---
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64967616 118 +  75148670 CTGTGAGTGTGGTGATTACCAGGATGAGAATG------TAGGACTTTCTATCACGTAACTGGTTGAG--ATTCAGACCAACCAGCATGTGCTGTGGCTCTAGCCTTAAACCTAGTTACTAGCACAG---
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s canFam3.chr9              21480919 111 +  61074082 tcagaattgtgggctttcccagcatg------------tggatctttcactgata----tgctggggtaatttgggcaaagcacaatgaCCTCATGACTCAACCCTAACTCAT--TTTTAACATATTTG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e mm10.chr11                22134708  51 - 122082543 I
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e macFas5.chr16             28049576   0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27529235 180 -  80904711 I

a score=8272.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    32231 16 +     88070 TCA--GTGCCATTTCTTT
s panTro4.chr17             16115555 16 +  82630442 TCA--GTGCCATGTCTTC
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48141153 16 +  73212453 tca--gggccatttcttc
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2079997 16 -   2193130 TCA--GTGCCATTTCTTC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26692139 16 -  74645514 TCA--TTgccatttctct
i papAnu2.chr16             C 0 T 6202
s chlSab2.chr16             64967734 14 +  75148670 TTA--GCGTCATCTCT--
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s mm10.chr11                22134759 16 - 122082543 TCATTTTGCTATCCTT--
i mm10.chr11                I 51 C 0
s canFam3.chr9              21481030 16 +  61074082 TTT--ACTTCACGTATGC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27529235 180 -  80904711 I

a score=909.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    32247 6 +     88070 TCTCTA
s panTro4.chr17             16115571 6 +  82630442 TCTCTA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48141169 2 +  73212453 tc----
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2080013 6 -   2193130 TCTATG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s mm10.chr11                22134775 6 - 122082543 TCTCTA
i mm10.chr11                C 0 I 3
s canFam3.chr9              21481046 6 +  61074082 ACTATG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e chlSab2.chr16             64967748 0 +  75148670 C
e papAnu2.chr16             26692155 6202 -  74645514 T
e macFas5.chr16             28049576 0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27529235 180 -  80904711 I

a score=19531.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    32253 13 +     88070 ----TCTTTCTCCATTT
s panTro4.chr17             16115577 13 +  82630442 ----TCTTTCTCCATTT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48141171 13 +  73212453 ----tctctgtctattt
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2080019 13 -   2193130 ----TCTTTCTCCATTT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             I 180 C 0
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i papAnu2.chr16             T 6202 C 0
s chlSab2.chr16             64967748 11 +  75148670 ------TCTCTCCATTT
i chlSab2.chr16             C 0 T 30604
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
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a score=-1120.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    32266 1 +     88070 -C
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2080032 1 -   2193130 -C
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             I 11654 C 0
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i mm10.chr11                C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 I 9850
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i mm10.chr11                C 0 I 10168
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    32589 20 +     88070 TCTTTTGCATAATCAGAGGT
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i canFam3.chr9              T 2534 C 0
e mm10.chr11                22135123 10168 - 122082543 I
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    32625 126 +     88070 TCATTTTGCACTCTTCATGTCAGCAGATCAGAAGGCAGAGAAAAGAGTTCCTTTTTGGTGAGGGGTAATTATCCTGTTTTCATGGCATGT--AGGAGAATGTATCTGTAGCTCAGGAGATTT-ACTGAA
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 T 4392
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 T 4686
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i rheMac3.chr16             T 4686 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             T 4392 I 815
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 I 6
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 I 6
e mm10.chr11                22135123 10168 - 122082543 I
e canFam3.chr9              39587489 2283 -  61074082 I
e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
e macFas5.chr16             28049576   0 -  80997621 C

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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             I 6 I 748
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i chlSab2.chr16             I 6 I 439
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 I 312
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e calJac3.chr5              46147053 386 - 159171411 T
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             T 8071 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    34485 24 +     88070 TCTGCAAATACAGGAGATTATTCC
s panTro4.chr17             16117809 24 +  82630442 TCTGCAAATACAGGAGATTATTCC
i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 I 10452
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i canFam3.chr9              I 2283 C 0
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i ponAbe2.chr17             I 16531 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             I 10452 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    34784 193 +     88070 AAAATAAAAAAAAA----CACCATGTGATAAGAAGAATGGTTTTGA----GTTTATTAAGAAACATATATGTAATG-GTCCCTGTTTCTAGGGAGAT-AGCCCAAAATGATCATGAAAAGAAGGATAC-AAGAAACACGAG----GAGGAC---ATTGAAAATGAAAACATGATTGTGAAGATCATTGATGA-------------GTTGCAA-AACCT------AAGCTTC-----------------------
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2082555 205 -   2193130 AAAAT-AAAAAAAA----CACTATGTGATATGAAGAAAGGTTTTGA----GTTTATTAAGAAACATATATGTAACG-GTCCCTGTTTCTAGGGAGAT-AACCCAAAGTGATCATGAAAAGAAGGATAC-AAGAAACACGAG----GAGGAC---ATTGAAAATGAAAACATGGTTGTGAAGATTATTCATCACAGTAATCTTCAGGTTGCAA-AACCT------AAGCTTC-----------------------
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26690035 201 -  74645514 aaaataaaacaaaa----caccatatGAGATGAAGGATGGTTCAGAATTTATTC----AGAAACATATAGGTAA-GAATCCCTGCTACTAGGGACAT-AGCCCAAAGTTACcgtgaaaagaagaaaga-agggtaaaagaaccatgaggacaaaattgaaaacaaaaatatgattgTAAAGATTATTGATCA-------------TTTGCAGAAATCT------AAGTTTC-----------------------
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64945663 200 +  75148670 CAAATAAAACAAAG----CACCATATGTGATGAAGAATGGTTCCGAATTTATTTATTAAGAAATATATAGGTAA-G-ATTCCTGGTTCTCGGGAGAT-AGCCCAAAGTGATCATTAAAAGAAGGAAGG-AGGATACAAGAATCATGAGTAT---ATTGAAAA-GAAAACATAGTTGTGAAGATTCTTAATCA-------------TTTGCAGAAACTT------AAGTTTC-----------------------
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46147536 196 - 159171411 AAAATAAATATAAAACCCCACTATGTAAGATGAAGAATGGTTTTGA----GTTTATTAAGAAATATATAGGCAAAA-ATTCCTGTTTCTAGGGAGAA-AACCAAAAGTGATCATGAAAAGAAGAAAGATACGAGCCATGAG----GAGGAC---ATCGAAAA-GGAAAAA-GACTGTGAAGATTATTGATCA-------------CTTACAA-AAACT------AACTTTC-----------------------
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22145291 172 - 122082543 AAAATATAATGACA----GACAATATGGAATGAATGGCAGCAGAGA----GTTTATT--------------TGA-A-TTACTTGTTTCTAGTGATACAAATCGGAAGTGAGCA--GAAAGAAGAAAAAGAGTACACAAAAATTGGGGGTA----ACCCAGAA-GAAAATACAGGT-TAAATAAAGTTA--CA-------------TTTTAGG-AAGTT------AT----------------------------
i mm10.chr11                I 10168 T 12731
s canFam3.chr9              39590076 198 -  61074082 ACAGTAAAATAAAA----CACAATATAGGGTGAATTATGATATAGC----CTTTATTAAGAAACATATAAGTAA-G-ATACTTGCATCT---------------------------AAAGATGAAAGC-AGGAGA-AAGAACCACGAGCAC---GTTGAAAA-ATATATATAATTATGAAGTTTATTAATCA-------------GTTTCAGGAACCTATGAAAAAGTTTTGGAGACTTATTTTCCTAACCTAC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28049576   0 -  80997621 C

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    34977 101 +     88070 TTGGAGAAAGAGAATGAAGCTCTTGACTTTAGAGTC-AAGCTGAGACCATGACTC-AAATTGAAAATACATGAGGCTGGCACATGATCTACA----AGGTATAAAGA
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2082760 102 -   2193130 TTAGAGAAAGAGAATGAAGCTCTTGACTTTAGAGTC-AAGCTGAGACCATCACTCCAAATTGAAAATACATGAGGCTGGCACATGATCTACA----AGGTATAAAGA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26690236 101 -  74645514 TTAGAAGGAGAGAATGAAGCTCTTGACTTTAGAGTCAAA-TGGGGACCATGACTCCACACTGAGAACACATGAAGCTGGCACATGATCCACA----AGGTGT-AAGG
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i mm10.chr11                T 12731 C 0
s canFam3.chr9              39590274  95 -  61074082 TTAGAGGGAACAGATGA---TCCTGACTTCAG-----AAACCAAGACGATAACTTAGTATCAAGGATTTATGAAACTGACACAAGATCCACA----TACTTGAAAGG
i canFam3.chr9              C 0 T 3025
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35078 108 +     88070 AAAAAAGAATCAGGATGAAGTACTCTGCCCTCCCTCAAGCTGATTCACAAG--ATGTTAAACATGCAGAGAAGTCATAAAAATTAGGGTGAG--CATGCTGGTTGTCAGCAA
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156079 110 +  73212453 AAAAGAGAATCAGGATGAAGTATTCTGCCCTTCCTCAAGCTGATTCACAAG--ATTTTAAACATGCAGAGAATTCATAAAAATTTGGGTGAGAACATGGTGGCTGTCAGCAG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27537718 110 -  80904711 AAAAGAGAATCAGGACGAAGTATTCTGCCATCCCTGAAGCTGATTCACAAA--ATATTAAACATGCAGAGAGTTCATAAAAATGTGGGCGACAGCATGGTGGCTGTCAGCAG
i rheMac3.chr16             C 0 I 38
s papAnu2.chr16             26690337 109 -  74645514 AAAAAGGAATCAGGGTGAAGTATTCTGCCCTCCCTCAAGCTGATTCACAAG--ATTTTaaacatgcaaagaaataa-aaaaaaattggtgaaagCATACTGTGTGTCAGTAA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 T 10439
s calJac3.chr5              46147834 108 - 159171411 AAGAGAGAATCAGGCTGAAGTATTCTGCCCTCACTCAAGCTGATTCATAAG--ATGTTAAACATGCAGAGAAGTCATAAAAATTAGGGTGAG--CATGCTGGTTGTCAGCAA
i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21491097  99 +  61074082 AGAATACAATCAAATTGAAGTAGATTGCATTTCCTC-CGTAGACTCATGAGCATTGTTGA-------GAAAGATGACAGGGGC-AGTGTAAG--CATGT--GTTCCCAGGAA
i canFam3.chr9              I 9850 C 0
e macFas5.chr16             28049576   0 -  80997621 C

a score=32301.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35186 29 +     88070 AGTTT-GAAAGTAAATTTGTCCTCCAAGAG
s panTro4.chr17             16118510 29 +  82630442 AGTTT-GAAAGCAAATTTGTCCTCCAAGAG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156189 24 +  73212453 ------TAAGGTAAATTAGTCCTCCAAAAG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2082970 29 -   2193130 AGTTT-GAAAGAAAATTTGTCCTCCAAGAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26690446 29 -  74645514 AGTTT-GAAAGTAAATTTGTCTTCTGAAAG
i papAnu2.chr16             C 0 I 318
s chlSab2.chr16             64935636 29 +  75148670 AGTTT-GAAAGTAAATTTGTCCTCCAAAAG
i chlSab2.chr16             T 10439 C 0
s calJac3.chr5              46147942 29 - 159171411 AGTTT-GAAAGTTAATTTGTCCTCCAAGTG
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22132940  9 - 122082543 -------------GATTTGTGT--------
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21491196 27 +  61074082 AGCTGAGGGAGTAACT---TCTTGTAAGAC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27537828 38 -  80904711 I

a score=91.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35215 15 +     88070 GAGGACAGAAGGTTG-----------
s panTro4.chr17             16118539 15 +  82630442 GAGGACAGAAGGTTG-----------
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156213 12 +  73212453 ATA---AGTCAGTTG-----------
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2082999 15 -   2193130 GAGGACAGAAGGTTG-----------
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64935665 12 +  75148670 ---ATAAATCTATTG-----------
i chlSab2.chr16             C 0 I 10436
s calJac3.chr5              46147971 15 - 159171411 GAGGACAGAAGGTTG-----------
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22132949 12 - 122082543 ---GACAGAAGTATG-----------
i mm10.chr11                C 0 I 1
s canFam3.chr9              21491223 21 +  61074082 -----AGGAACTTTGGGAAAATGGCG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e papAnu2.chr16             26690475 318 -  74645514 I
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27537828 38 -  80904711 I

a score=-383.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35230 1 +     88070 C
s panTro4.chr17             16118554 1 +  82630442 C
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156225 1 +  73212453 A
i ponAbe2.chr17             C 0 I 1
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083014 1 -   2193130 C
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s calJac3.chr5              46147986 1 - 159171411 T
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s canFam3.chr9              21491244 1 +  61074082 T
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e mm10.chr11                22132961 1 - 122082543 I
e chlSab2.chr16             64935677 10436 +  75148670 I
e papAnu2.chr16             26690475 318 -  74645514 I
e macFas5.chr16             28049576 0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27537828 38 -  80904711 I

a score=132067.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35231 61 +     88070 CAGAAGGTTGCTGTGTGAGGATGGTGGTCCTCTGGAGAGTTGGTCAGCAGCA--------------------------AGAAGGCTG
s panTro4.chr17             16118555 61 +  82630442 CAGAAGGTTGCTGTGTGAGGATGATGGTCCTCTGGAGAGTTGGTCAGCAGCA--------------------------AGAAGGCTG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156227 61 +  73212453 CAGAAGGTTGTTGTGTGAAGATGGTGGTTCTCTAGGGACTTGATCAGCAGCA--------------------------AAAAGGCTG
i ponAbe2.chr17             I 1 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083015 61 -   2193130 CAGAAGGTTGTTGTGTGAGGATGATGGTCCTCTGGAGAGTTGGTCAGCAGCA--------------------------AGAAGGCTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27537866 61 -  80904711 CAGAAAGTTGTTGTGAGAAGATAGTGGTTCTCTTGGGAGTTGATCAGCAGCA--------------------------AGAAGGCTG
i rheMac3.chr16             I 38 C 0
s papAnu2.chr16             26690793 61 -  74645514 CAGAAGATTGTTGCGTGAGGATGATGGTCCTCTGCCGTGCTGCTCAGCAACA--------------------------AGAAGGCTG
i papAnu2.chr16             I 318 I 10082
s chlSab2.chr16             64946113 61 +  75148670 CAGAAAGTTGTTGTGAGAAGATAGTGGTTCTCTTGGGAATTGATCAGCAGCA--------------------------AGAAGGCTG
i chlSab2.chr16             I 10436 C 0
s calJac3.chr5              46147987 61 - 159171411 CAGAGCGCCGTCTTGTGAGGATGATGGTCCTTTTGGGAACTGATCAGCAGCA--------------------------AGAAGGCTG
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22132962 74 - 122082543 ----------TTGTGT---GGTATTGTTCAGTTGGAAAGTTGATCAGTAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGACTCACAGCAGCAGGGTG
i mm10.chr11                I 1 I 4
s canFam3.chr9              21491245 60 +  61074082 -AGGATATATACTCCAGTGAGTGCTGAGTCTATGGCAAGTTGCTCAGCAGCA--------------------------GCAAGGCTG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C

a score=124074.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35292 42 +     88070 ACAGCAGCTGATCACAGAA---GTGGGCTGGAAGCAAGTGGTCCT
s panTro4.chr17             16118616 42 +  82630442 ACAGCAGCTGATCACAGAA---GTGGGCTGGAAGCAAGTGGTCCT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156288 42 +  73212453 GCAGCAGCTGGACACACAG---GTGGGCTGGAAGCAAGTGGTCCT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083076 42 -   2193130 ACAGCAGCTGATCACAGAA---GTGGGCTGGAAGCAAGTGGTCCT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27537927 42 -  80904711 GCAGCAGCTGGACACACAG---GTGGGCTGGAAGCAAGTGGTCCT
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26700936 42 -  74645514 GCAGCAGCTGGACACACAG---GTGGGCTGGAAGCAAGTGGTCCT
i papAnu2.chr16             I 10082 T 10124
s chlSab2.chr16             64946174 42 +  75148670 GCAGCAGCTGGACACACAG---GTGGGCTGGAAGCAAGTGGTCCT
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46148048 27 - 159171411 GCAGCAGCTGGTCACACAG---GTGGGCTG---------------
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22133040 42 - 122082543 GCAGCAGCTGGTCACACAG---GCTGGCTTACAGCAGGTGCTCCT
i mm10.chr11                I 4 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C

a score=706988.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35334 271 +     88070 GCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAG---GGCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGATTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACTCGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGATGGGTGCACAGGAGCTGGGCTGGC---------------AGCAGCTGGACCCACAG-ATGATTTG-----------GCCACAGCAGCTG---------------------------GACCCACAGCAGGTGGGCTGTTAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGG-----------------TCACA-CAGGTGGGCTGGCAGCAG------------------------------
s panTro4.chr17             16118658 271 +  82630442 GCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAG---GGCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTGAGGCAACCAGGCAGGTAGACAGTCGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGACGGGTGCACAGGAGCTGGGCTGGC---------------AGCAGCTGGACCCACAG-CTGGTTTG-----------GCCACAGAAGCTG---------------------------GACCCACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGG-----------------TCACA-CAGGTGGGCTGGCAGCAG------------------------------
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156330 271 +  73212453 GCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAG---GGCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTGAAGCAACCAGGCAGGCAGACAGTCGTGGGGTGGTAGCAGGCTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGCTCTGAC---------------CATAGCTGGACCCACAG-CTGGTTTG-----------GCCACAGCAGCTG---------------------------GACCCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGATGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGG-----------------TCACA-CAGGTGGGCTGGCAGCAG------------------------------
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083118 271 -   2193130 GCAGCACGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAG---GGCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGACAGACACATGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGACGGGTGCACAGGAGCTGGGCTGGC---------------AGCAGCTGGACCCACAG-CTGGTTTG-----------GCCACAGCAGCTG---------------------------GACCCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGG-----------------TCACA-CAGGTCGGCTGGCAGCAG------------------------------
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27537969 271 -  80904711 GCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAG---GGCTGGCAGCAGCTGGATCCATAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGGT---------------CACAGCTGGACCCACAG-CTGGTTTG-----------GCCACAGTAGCTG---------------------------GACCCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGACAGCAGCTGG-----------------TCACA-CAGGTGGGCTGGCAGCAG------------------------------
i rheMac3.chr16             C 0 I 6126
s papAnu2.chr16             26690854 259 -  74645514 GCAGCAGGTGGACACACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAG---GGTTGGCAGCAGCTGGATCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGACAGGCAGATGCATGTAGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGCTGGTTTGG---------------------------CCACAG-CTGGTTTG-----------GCCACAGTAGCTG---------------------------GACCCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGGTGG-----------------TCACA-CAAATGGGCTGGCAGCAG------------------------------
i papAnu2.chr16             T 10124 C 0
s chlSab2.chr16             64946216 234 +  75148670 GCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAG---GGCTGGCAGCAGCTGGATCCATAGCTCTGATTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGG---------------------------CCAC------------------------------AGCTG---------------------------GACCCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGG-----------------TCACA-CAGGTGGGCTG-------------------------------------
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46148075 271 - 159171411 GCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAACAG---GGCTGGCAGCAACTGGATCCACAGCTCTGGTTTAGGCAGCCAGGCAGGCAGACACACGTGGGGTGGTAGCAGGTCCTCGTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGAC---------------CACAGCTGGACCCACAG-CTGGTCTG-----------GCCACAGCAGCTG---------------------------GACCTACAACAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGGTGG-----------------TCACA-CAGGTGGGCTGGCAGCAG------------------------------
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22133082 280 - 122082543 ACAGCAGGTGGTTTCACAGCAG------------CTG---GGCTGGCAGCAGCTGGTTACACAG---------------------------------GTTGGCTTACAGCAGGTGGTCCTACAACAGGTGGTTTCACAGCAGCTGGGCTGGCAGCATGGTGGGCTGTAGCAGCTGGTCACACAGACTGGTTTGCAACAAGTGGTTTCACAGCAGCTGGGTTGGCAGCAGCTGATCACACAGGTTGGTTTACAGCAGGTGGTCCTACAGCAGGTGGTTTCACAGCAGCTGGGTTGGCAGCAGCTGA-----------------TCACA-CAGGTTGGTTTACAGCAG------------------------------
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21491350 262 +  61074082 GCAGCAGGTGGTGTGACAGCACGTTGGGCGGCAGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACCCGCAGC--------------------------------------------------------CACTGGAC----CCACAGCAGCTGGGCTGGC---------------AGCAGCTGGACACACAG-CATGTGGG-----------CTTGCAGCACGTG---------------------------GTCCTGCAGCAGGTGGTGTGACAGCACGTTGGGCGGCAGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACCCGCAGCCACTGGACCCACAGCAGCTGGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCATGTGGGCTTGCAGCAT
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28049576   0 -  80997621 C

a score=48676.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35605 18 +     88070 GTGGTCCTGCAGCAGGTG
s panTro4.chr17             16118929 18 +  82630442 GTGGTCCTGCAGCAGGTG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156601 18 +  73212453 GTTGTCCTGCAGCAGGTG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083389 18 -   2193130 GTGGTCCTACAGCAGGTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27544366 18 -  80904711 GTGGTCCTGCAGCAGGTG
i rheMac3.chr16             I 6126 I 5756
s papAnu2.chr16             26691113 18 -  74645514 GTGGTTCTACAGCAGGTG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64946450 10 +  75148670 --------GCAGCAGGTA
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46148346 16 - 159171411 CTGGACACACAGCAGG--
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22133362 18 - 122082543 GTGGTCCTACAGCAGGAG
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21491612 18 +  61074082 GTGGTCCTGCAGCAGGTG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C

a score=56340.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35623 25 +     88070 TTTTGACAGCAAGTTGGGTGGCAGC---
s panTro4.chr17             16118947 25 +  82630442 TTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGC---
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156619 25 +  73212453 TTTTGACAGCAAGTTGGGTGGCAGC---
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083407 25 -   2193130 TTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGC---
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550140 25 -  80904711 TTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGC---
i rheMac3.chr16             I 5756 C 0
s papAnu2.chr16             26691131 25 -  74645514 TTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGC---
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s mm10.chr11                22133380 13 - 122082543 ------------GTTTCACAGCAGC---
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21491630 28 +  61074082 GTGTGACAGCACGTTGGGAGGCAGCAGC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46148362  0 - 159171411 C
e macFas5.chr16             28049576  0 -  80997621 C

a score=124258.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35648 30 +     88070 AAGGCTGGCAGCAGCTGGACACAC------------AGCAGG
s panTro4.chr17             16118972 30 +  82630442 AAGGCTGGCAGCAGCTGGACACAC------------AGCAGG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156644 30 +  73212453 AAGGCTGGCAGCAGCTGGACACAC------------AGCAGG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083432 30 -   2193130 AAGGTTGGCAGCAGCTGGACACAC------------AGCAGG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550165 30 -  80904711 AAGGCTGGCAGCAGCTGGACACAC------------AGCAGG
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28049576 30 -  80997621 AGGGCTGGCAGCAGCTGGACACAC------------AGCAGG
i macFas5.chr16             C 0 I 1
s papAnu2.chr16             26691156 30 -  74645514 AAGGCTGGCAGCAGCTGGACACAC------------AGCTGG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64946485 30 +  75148670 AAGGCTGGCAGCAGCTGGACACAC------------AGCAGG
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46148362 30 - 159171411 AGGGCTGGCAGCAGCTGGACACAC------------AGCAGG
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22133393 42 - 122082543 TGGGCTGGCAGCAGCTGGTTATACATGTTGGCTTATAGCAAG
i mm10.chr11                C 0 I 1
s canFam3.chr9              21491658 28 +  61074082 AAGGCTCACAGCAGCTGGATCCAC------------AGCA--
i canFam3.chr9              C 0 C 0

a score=2548.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35678 1 +     88070 A
s panTro4.chr17             16119002 1 +  82630442 A
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156674 1 +  73212453 A
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083462 1 -   2193130 A
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550195 1 -  80904711 A
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691186 1 -  74645514 A
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64946515 1 +  75148670 A
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46148392 1 - 159171411 A
i calJac3.chr5              C 0 C 0
e mm10.chr11                22133435 1 - 122082543 I
e canFam3.chr9              21491686 0 +  61074082 C
e macFas5.chr16             28049606 1 -  80997621 I

a score=174634.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35679 58 +     88070 GGGCTGGCAGCAGGATGTGCTGCTGCAGGTGGTCACAGTGGTGGGCTTCCAGCAGGTT
s panTro4.chr17             16119003 58 +  82630442 GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCGGCAGGTGGTCACAGTGGTGGGCTGCCAGCAGGTG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48156675 58 +  73212453 GGGCTGACAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCACAGTGGTGGGCTTCCAGCAAGTG
i ponAbe2.chr17             C 0 T 16461
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083463 49 -   2193130 GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGTGGTCACTGTGGTGGGCTGC---------
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550196 58 -  80904711 GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCACACAGGTGGGCTTCCAGCAGGTG
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28049607 58 -  80997621 GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCACACAGGTGGGCTTCCAGCAGGTG
i macFas5.chr16             I 1 C 0
s papAnu2.chr16             26691187 58 -  74645514 GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCACAGTGGTGGGCTTCCAGCAGGTG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64946516 58 +  75148670 GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCACACAGGTGGGCTTCCAGCAGGTG
i chlSab2.chr16             C 0 T 10378
s calJac3.chr5              46148393 58 - 159171411 GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTTCCAGCAGGTG
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22133436 58 - 122082543 GGTTTCACAGTTGCTGGAATGGCAGCAGCTGGTTACACATGGTGGCTTATAGCAGGTG
i mm10.chr11                I 1 C 0
s canFam3.chr9              21491686 19 +  61074082 ---------------------------------------GCTGGGCTCGCAGAAGGTG
i canFam3.chr9              C 0 C 0

a score=212805.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35737 49 +     88070 GTCCTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCATGTAGGCTGACAGCAAGGGGAAC
s panTro4.chr17             16119061 49 +  82630442 GTCCTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGC
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140272 49 +  73212453 GTCCTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCATGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGC
i ponAbe2.chr17             T 16461 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083512 43 -   2193130 ------CAGCAGGTGGTCCTGCAGCATGTAGGCTTACAGCAAGGGGAGC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550254 49 -  80904711 GTCCTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGC
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28049665 49 -  80997621 GTCCTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGC
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691245 49 -  74645514 GTCCTGTGACAGGTGATCCTGCAGCACGTAGGCTGACAGCAAGAGGAGC
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64936196 49 +  75148670 GTCCTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGGCAGCAAGGGGAGC
i chlSab2.chr16             T 10378 C 0
s calJac3.chr5              46148451 49 - 159171411 GTCCTGCAGCAGGTGGTCCGGCAGCACGTAGGCTGGCAGCAAGGGGAGC
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22133494 49 - 122082543 GTCCTACAGCAGGTGGTTTCACAGCAGCTGGGCTGACAACAGGGTGGGC
i mm10.chr11                C 0 I 12644
s canFam3.chr9              21491705 49 +  61074082 GTCCTGCAGCACGTGGTCCTGCAGCACGTGGGCTGGCAGCATGGGGAGC
i canFam3.chr9              C 0 C 0

a score=762798.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    35786 219 +     88070 ---AGCAGT-GGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAAACAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-ATTGTTTTCCACAGTCATTGTGGTATTGTCAAAGGGGACGTTGTTTCCTAAAGGTTATGAATCTTTT
s panTro4.chr17             16119110 219 +  82630442 ---AACAGT-GGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGATGACTCCTTGCAATCTGGACCTTTTATGCACCTGGC--------CTCCAAAGTTTCCTCCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-ATTGTTTTCCACAGTCATTGTGGTATTGTCAAAGGGGACGTTGTTTCCTAAAGGTTATGAATCTTTT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140321 218 +  73212453 ---AGCAGT-GGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGCTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGATGACCCCTTGTAATCTGGACCTTTTATACACCTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTG-TGCTGTTTAC-TTTGTTTTCCACAGTCATTTTGGTATTGTCAAAGGGGACGTTGTTTCCTAAAGGTTATGAATCTTTT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083555 219 -   2193130 ---AGCAGT-GGGTCATTGTGTCACGAGTGAAGG-GTGGGCTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-GTTGTTTCCCACAGTCATTTTGGTATTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTCCTAAAGATTATGAATCTTTT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550303 219 -  80904711 ---AACAGT-TGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----GTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-ATTGTTTTCCACAATCCTTTTGGGATTGTCAAAGGGGAAGTTCTTTCTTAAAAGTTATGAATCTGTT
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28049714 219 -  80997621 ---AACAGT-TGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----GTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-ATTGTTTTCTATAGTCAGTCTGGGACTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTCCTAAAGATTATGAATCTTTT
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691294 220 -  74645514 ---AGCAGT-GGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAAG-GTGAGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCAAGAAT----TTGATGACCCCTTGCAGTCTGGACCTTTTGTAAACCTGGC--------CTCCAAAGTGTCCACCAATCTGCagggtttttctttgttgctgTTTACAATTGTTTTCTATAGTCAGTTTGGCATTGTCAAAGAGGAAGTCATTTCCCAAATGTTATGAATCTTTG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64936245 219 +  75148670 ---AACAGT-TGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGTTTCTGATCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----GTGATGACCCCTTGCAATTGGGACCTTTTATACACCTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-ATTGTTTTCTATAGTCAGTTTGGGACTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTCCTAAAGATTATGAATCTTTT
i chlSab2.chr16             C 0 I 20009
s calJac3.chr5              46148500 220 - 159171411 ---AGCAGTGGGGTCATGATGTCAGAAGTGGAGG-GTGGGCTCCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGGTGACTCCTTCCAATCTGGGCCTTTTATACATGTGGC--------CTTCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-ATTGTTTTCCACAGTCCGATTGGGATTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTTTGAAATCTTATGAATCTTTT
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22146187 213 - 122082543 ---AGGTGT-GGGTCATGGTGTCAGGAGAGGAGG-GTGATAGTCTATTCCCAGGTGAGTTTTACACAAT----GTAGCAAGTTCTTCCAGTCAGGGCCTTTTATACAACAGGC--------CTCCAAGGTTTGGACCAATCAGAAGGAGGTTTCTTTCTTGTT-----T-ATTATTTTCCATATTTAATTTGTGTTCATCAAGGAAGAATTCCTTACCC-AATGCTCTGAATCATTT
i mm10.chr11                I 12644 C 0
s canFam3.chr9              21491754 225 +  61074082 AGCACGATT-CACTCATGGTGTCGCCGGGGGAGGCGTGGGCTTCTGTTCTGAGGTGACGTTCTCAGATTCTGACTGATGCCTCCTTCCATTCTGGGGCTTTTATACACTGGACCCCCTCAACCCCAACGTATGGACCAATGGGCAGGACTTCCCT-------TGTTTAT-ACCGTTTTCCATAGTCACTGGCGGCTGGTAGAAGAGGAAG---TTCCCTAAGTGTTAGGAATCCCTA
i canFam3.chr9              C 0 C 0

a score=591.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    36005 8 +     88070 GAAAGT----AA
s panTro4.chr17             16119329 8 +  82630442 GAAAGT----AA
i panTro4.chr17             C 0 I 8
s ponAbe2.chr17             48140539 8 +  73212453 GAAAGT----AA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083774 8 -   2193130 GAAAGT----AA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550522 8 -  80904711 GAAAGTAA----
i rheMac3.chr16             C 0 I 8
s macFas5.chr16             28049933 6 -  80997621 GAAAGT------
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691514 6 -  74645514 AAAAGT------
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64956473 8 +  75148670 GAAAGT--AA--
i chlSab2.chr16             I 20009 I 5266
s calJac3.chr5              46148720 8 - 159171411 GAAAGT----AA
i calJac3.chr5              C 0 I 8
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i mm10.chr11                C 0 C 0
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i canFam3.chr9              C 0 C 0

a score=-25766.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    36013 58 +     88070 TTTTCAGAAGAAAATTATTTAATTTTCTGTTGCTTAA--TTTCTTAGTTTTCTGTTATTT------
s ponAbe2.chr17             48140547  9 +  73212453 GG-----------------------------GTTTAA--T--------------------------
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083782  8 -   2193130 --------AG---------------------GTTTAA-----------------------------
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s macFas5.chr16             28049939 12 -  80997621 ------AAGG---------------------GTTTAATA---------------------------
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691520 10 -  74645514 ------AAGG---------------------GTTTAA-----------------------------
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s mm10.chr11                22146407 22 - 122082543 --------------TTCATTACTTATCTGGTGATAA------------------------------
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21491986 15 +  61074082 ----------------------------GGTGCTTAA-----------------------CAGGTT
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e calJac3.chr5              46148728  8 - 159171411 I
e chlSab2.chr16             64956481 5266 +  75148670 I
e rheMac3.chr16             27550530  8 -  80904711 I
e panTro4.chr17             16119337  8 +  82630442 I

a score=986946.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    36071 387 +     88070 TCTGTTGCTTAATTGTAGTTTACTCATAGAAAG-TTTATTTTCGATAAA--AGGAAGCCCCTCTCAACATCTGCATCGTTCCTGATGTGACCATCTTCTGATTATGTGAT--AGTTCCTGGTGACCGGTTAGGCTCAGGA--AGTT-----CTCTCTACCCAGCCTCCTTCTTTGGTTGTATGTAGATTGGGAAGTGTCTGTTGCG----GGAAGCGTGATGCTGATGTGTTCACAATGACTAAATGAATTCATATCTGTGGCCTAGATTGTTCAGCCACCAAAGTCTGATTCAAGA--CTAAC--AGGCATTGCTCTCT--GTACAACCCACACCACCTGTGTCTTTCAGCTCCATCAAAGTCACTTGGGAAGAGGGTGATTGGTACAATGTGTTTTATGTGTCAGAG
s panTro4.chr17             16119345 387 +  82630442 TCTGTTGCTTAATTGTAGTTTACTCATAGAAAG-TTTGTTTTCGATAAA--AGGAAGCCCCTCTCAACATCTGCATCGTTCCTGATGTGACCATCTTCTTATTATGTGAT--AGTTCCTGGTGACCGGTTAGGCTCAGGA--AGTT-----CTCTCTACCCAGCCTCCTTCTTTGGTTGTATGTAGATTGGGAAGTGTCTGTGGGG----GGAAGCGTGATGCTGATGTGTTCACAATGACTAAATGAATTCATATCTGTGGCCTAGATTGTTCAGCCACCAAAGTCTGATTCAAGA--CTAAC--AGGCATTGCTCTCT--GTACAACCCACACCACCTGTGTCTTTCAGCTCCATCAAAGTCACTTGGGAAGAGGGTGATTGGTACAATGTGTTTTATGTGTCAGAG
i panTro4.chr17             I 8 C 0
s ponAbe2.chr17             48140556 386 +  73212453 -CTGTTGCTTAATTGTAGTTTACTCATAGAAAG-TTTGTTTTCAATAAA--AGGAAGCCCGTCTCATCATCTGCATCATTCCTGATGTGACCATCTTCTGATTATGTGAT--AGTTCCTGGTGACCAGTTAGGCTCAGGA--AGTT-----CTCTCTACCCAGCCTCCTTCTTTGATTGTATGTAGATTGGGAAGTGTCTGTGGGG----AGAAGCGTGATGCTGATGTGTTCACAATGACTAAATGAATTCATGTCTGTGGCCTAGACTGTTCACCCACCAAAGTCTGATTCAAGA--CTAAC--AGGTATTGCTCTCT--GTACAACCCACACCACCTGTGTCTTTCAGCTCCATCAAAGTCACTTGGGAAGAGGGTGATTGGTACATTGTGTTTTATGTGTCAGAG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2083790 386 -   2193130 TCTGTTGCTTAATTGTAGTTTACTCATAGAAA--TTTGTTTTCGATAAA--AGGAAGCCCATCTCATCATCTGCATCTTTCCTGATGTGACCATCTTCTGATTATGTGAT--AGTTCCTGGTGACCGGTTAGGCTCAGGA--AGTT-----CTCTCTACCCAGCCGCCTTCTTTGGTTGTGTGTAGATTGGGAAGTGTCTGTGGGG----GGCAGCGTGATGCTGATGTGTTCACAATGACTAAATGAATTCATGTCTGTGGCCTAGACTGTTCAGCCACCAAAGTCTGATTCAAGA--CTAAG--AGGCATTGCTCTCT--GTACAATCCACACCACCTGTGTCTTTCAGCTCCATCAAAGTCACTTGGGAAGAGGGTGATTGGTACAGTGTATTTTACGTGTCAGAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27550538 383 -  80904711 TCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCATAGAAAC-TTCGTTTCAGATGAA--AGGAAGCCCATCTCATCATCAGCATCTTTCCTGCTCTGACCATCGTCTGGTCATATGAT--AGTTCCTGGTGATCTGGGAGGCTCAGGA--AGTT-----CTCTCTGCCCAGCCTC-ATAGTTGGCTGTATGTAGACTGGGAAGCGTCTGTGGGG----AGAAGCATGATGCTGATCTACTTACCGTGACAAAAGGAATCCATGCCTGGGCCCAAGACTATTCACCCACCAAATTCTGATTCAAGA--CTAAC--AGGCATCTCTCTAT--G--CAACCCTGACCACCTGTGTCTTTCAGTTCTTTGAACATCACTTGGGAAGAGGGTGTCTGGCAGAGTGTGTTC-ATGTGGCAGAG
i rheMac3.chr16             I 8 T 21686
s macFas5.chr16             28049951 382 -  80997621 --TGTCTCTTAATTGTG-TTTACTCATAGAAAC-TTTGTTTCAGATAAA--AGGAAGCCTGTCTCATCATCAGCATCGTTTCTGCTCTGACCATCTTCTCATTATGTGTT--TGTTCCTGGTGACTGGGGAGGTTCAGGA--AGTT-----CTCTCTACCCAGCCTCTTTCTTTGGCTATACCTAGGTTGGTAAGTGTCTGTGGGG----AGAAGCGCAACGCTGATATGTTCACAATGACACAATGAATCCATACCTGTGCTCAAGACTGTTCAGCCACCAAAATCTGATTC-AGA--CTAAC--AGGCATCTCTCTCT--GTACAACCCACACCACCTGTGTCTTTCAGTTCCCTCAAAGTCACTTGGGAAGAGGGTGATTGGTA-CGTGCATCCTGTGTGTCAGAG
i macFas5.chr16             C 0 I 1
s papAnu2.chr16             26691530 387 -  74645514 TCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCATAGAAAC-TTTGTTTCAGATAAA--AGGAAGGCAGTCTCATCATCGGCTTGGTTCCTGCTCTGACCATCATCTGGTCATGTGAT--AGTTCCTGGTGACTGGGGAGGCTCAGGA--AGTT-----CTCTCTGCCCAGTCTCATCCTTTGGCTCTATGTAGACTGGGAAGTGTCTGTGGGG----AGAAGCATGATGTTGATATATTCACAGTGGTGAATTGAATCCATGCTTGGGACCAAGACTGTTCACCCACCAAAGCTTGATTCAAGG--TTAAC--AGGAATCTCTCTAT--GTACGACCTACTTTACCTGTCTCTTCCAGTTCTACAAAAGCCACTTGGGAAGAGGGTGTTCGGCACAATGTATTCCATGTGGCAGAG
i papAnu2.chr16             C 0 I 1
s chlSab2.chr16             64961747 384 +  75148670 TCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCATAGAAAC-TTTGTTTCAGATGAA--AGGAAGCCCATCTCATCATCAGCATCATTCCTGCTCTGACAGTCCTCTGGTGATGTGAT--AGTTCCTGGTGATCCCGGAGGCTCAGGA--AGTT-----CCGTCTTCCCCGCCTC-ATGGTTGTCTGTATGTGGCCTGGGAAGTGTCTGTGGGG----AGAAGCATGATGCTGATCTACTTACTGTAACAAAGGGAATCCATGCCTGGGCCCAAGACTACTCACCCAACAAATTCTGACTCAAGA--CTAAC--AGGCATCTCTCTGT--G--CCACCCACACCACCTGTGTCTTTCAGTTCTTTGAACATCACTTGGGAAGAGGGTGTCTGGCAGAGTGTGTTCCATGTGGCGGAG
i chlSab2.chr16             I 5266 I 5414
s calJac3.chr5              46148736 382 - 159171411 TCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCACAGAAACTTTTGTTTCAGATAAA--AGGAAGCCCGTGTCATCATTAGCATGGTTCCTGCTCTGACCATCTTCTGGTCATGTGAT--AGTTCCTGGTGACTGGGAAGGCTC---A--AGTT-----CTCTCTA-GCAACCTCCTTCTTTGGCTGTATGTAGATTGGGAAGTGTCTGCGGGG----AAAAGTGTGACGCTCATATATTTATAGTGACCAAAGGAACCCATGTCTGTGCCCAAAACTGCTCAGCTACCAAAATCTGATTCAAGG--CTAAC--AGGTAT--CTCTCT--GTAAAACACACACCACCTGTGTCTTTCAGTTCCATCAAAATCACTTGGGAAGAGGGTGTTTGGCACAGTGTGTTCTATGTGGCAGAG
i calJac3.chr5              I 8 I 1
s mm10.chr11                22146429 364 - 122082543 -------CTTACTTGAAG---ACTTACTTGAAG-TT--TTTCCAACAAATCAGGGA-TTCATCCCACCA---GTTTTGTTATAACTCTGATGGTCATCTGGGCCTTCGTT--AGCTCCTGACTGTATGGCAATATCAAGATTACTG-----TATTCTTGCAACCTTCTCCCCATATCCCTACTTAGAAGTATAAATGTCTCTGCAT----ATGAGTGTGGTG------TATTCACAATCAT----GGACTCCACACCTATTTCCCTGTCTTTTTGCCCG-CAATGTCCAATTCCAAA--CTGTCTTAGCTGTCAATCTCT--GTGTAAATTCCTCTCACTGTGTATCTGAGGCATAGTAAGGGTGCTGTGAGCTAGGGTTTCTGGAACAATGTGTTTCA--TAGCAGAG
i mm10.chr11                C 0 I 24
s canFam3.chr9              21492001 384 +  61074082 --------TTAATTGAGAGTAACTCATAGGAAC-ATTG--TCAGAGGGA--AGCAAGATGGTCACATTAGCAGCCTCGCTCTTGCTTCCGGGGCCATGGGATCACGTGATGCAGTTCCTGGGAAGTGGTTGG--TGAGTC--AGTTTCGTGCTCCTTGCCCAGT----TAGTTTGGTTGCATGCAGACTAGG-AGTATCCCTGAGGTGAAGGGAGCTTGATGGTGATATGTTCATAGTGATGAATTGCAATCATGCTGGAGCCCGAGTCTGTTTCCCCA-AAGTGCCTCATTCCAGACGCCCGC--AGGCATCTGTCTCTTGGAGCACCCTACCTCGTTTGCATAGGGCAGTGCATTCAAAGACACTTGGGTGGAGGACATCTGGCATCATGTCTTCCATATGTCAAGG
i canFam3.chr9              C 0 C 0

a score=39466.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    36458 23 +     88070 -AGAACCAAAGCAGGT------GGGTACA---A
s panTro4.chr17             16119732 23 +  82630442 -AGAACCAAATCAGGT------GGGTACA---A
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140942 23 +  73212453 -AGAACCAAAGCAGGT------GGGTACA---A
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2084176 23 -   2193130 -AGAACCAAAGCAGGT------GGGTACA---A
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s macFas5.chr16             28050334 23 -  80997621 -AGAATCAAAGCAGGT------GGGTACA---A
i macFas5.chr16             I 1 C 0
s papAnu2.chr16             26691918 26 -  74645514 -AGAGCCAAAGCAAAC------AGGTAGAAAGA
i papAnu2.chr16             I 1 C 0
s calJac3.chr5              46149119 23 - 159171411 -AGAATCGAAGTAGAT------GGGTACA---A
i calJac3.chr5              I 1 C 0
s mm10.chr11                22146817 29 - 122082543 -GGAATGAaaacaagcaaacgaaggaaca---a
i mm10.chr11                I 24 I 4
s canFam3.chr9              21492385 23 +  61074082 CCGAATCG-AGCAGGT------GGATAGA---A
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e chlSab2.chr16             64962131 5414 +  75148670 I
e rheMac3.chr16             27550921 21686 -  80904711 T

a score=40977.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    36481 26 +     88070 AGAGAAGTCCAG----TGTGATTTAGATAA
s panTro4.chr17             16119755 26 +  82630442 GGAGAAGTCCAG----TGGGATTTAGATAA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140965 26 +  73212453 GGAGAAGTCCAG----TGGGATTTAGATAA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2084199 26 -   2193130 GGAGAAGTCCAG----TGGGATTTAGATAA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s macFas5.chr16             28050357 26 -  80997621 GGAGAAGTCCAG----TGGGATTTAGATAG
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691944 26 -  74645514 GGAGGAGTTCAC----TGGAATTCTCAAAG
i papAnu2.chr16             C 0 T 6197
s chlSab2.chr16             64967545 26 +  75148670 AGAGAATTCCAC----TGGGATTTAGAGAG
i chlSab2.chr16             I 5414 C 0
s calJac3.chr5              46149142 26 - 159171411 AGAGAAGTCCAC----TGGGATTTAGACAG
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22146850 30 - 122082543 acaaacaCCCAGCACTTAGGAATAAGCAGA
i mm10.chr11                I 4 C 0
s canFam3.chr9              21492408 15 +  61074082 ---------------ACAGGACTAAACCAG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e rheMac3.chr16             27550921 21686 -  80904711 T

a score=400386.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    36507 153 +     88070 CATCAGGCAATCTTTGCCCtggggtgacca----ttcatcttgatt-------------tgtctgggagtgagggacttac-----------------------------caggatga---gaatgt---gggactttctgtaacat-aactactttagattcaggcaaacctgcatgagctgTAGCTCTAGCC----CTAACTCTGG-TA
s panTro4.chr17             16119781 157 +  82630442 CATCAGGCAATCTTTGCCCTGgggtgacca----ttcatcttgatt-------------agtctgggagtgagggacttac-----------------------------caggatga---taatgt---gggactttctgtcacat-aactgctttagattcaggcaaacctgcatgagctgTGGCTCTAGCCCTAACTAACTCTGG-TA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48140991 153 +  73212453 CATCAGGCAATCTATGCCCtggggtgacca----ttcatcttgatt-------------tgtctgaaagtgacgggcttac-----------------------------caggatga---gaatgt---ggggctttctgtaacat-aactgctttagattcaggcaaacctgcatgagctgTggttctagct----ctaactctgg-ta
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2084225 154 -   2193130 CATCAGGCAATCTTTGCCCtggggtgacca----ttcatcctgatt-------------tgtctgggagtgacgggcttac----------------------------gcaggatga---gaatac---ggggctttctgtaacat-aactgctttagattcaggcaaacctgcatgagctgTggctctagcc----ctaactctgg-ta
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27529235 153 -  80904711 CATCAGGCAATCTTTGCCCtggggtgacca----ttcatcttgatt-------------tgtctgggagtgatgggcttac-----------------------------caggatga---gaatgt---gggactttGTGTAACAT-AACTACTTTAGATTTAGTCAAACCAGCCTGAATTGTGGCTCTAGCC----CTAACTCTGG-TA
i rheMac3.chr16             T 21686 C 0
s macFas5.chr16             28050383 153 -  80997621 CATCAGGCAATCTTTGCCCtggggtgacca----ttcatcttgatt-------------tgtctgggagtgatgggcttac-----------------------------caggatga---gaatgt---gggactttGTGTAACAT-AACTACTTTAGATTTAGTCAAACCAGCCTGAATTGTGGCTCTAGCC----CTAACTCTGG-TA
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26685773 153 -  74645514 CATCAGGCAATCTTTGCCCTGGGGTGACCA----TTCATCTTGATT-------------TGTCTGGGAGTGATGGGCTTAC-----------------------------CAGGAGGA---GAATGT---GGGACTTTGTGTAACAT-AACTACTTTAGATTTAGTCAAACCAGCCTGAATTGTGGCTCTAGCC----CTAACTCTGG-TA
i papAnu2.chr16             T 6197 C 0
s chlSab2.chr16             64967571 154 +  75148670 CATAAAGCAATCTATCCCCTGGGGCGACCA----TTCGTTCTGACT-------------TACCTGTGAGTGTGGTGATTAC-----------------------------CAGGATGA---GAATGT---AGGACTTTCTATCACGT-AACTGGTTGAGATTCAGACCAACCAGCATGTGCTGTGGCTCTAGCC----TTAAACCTAGTTA
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46149168 153 - 159171411 CATCAAGCAATCTTTGCCCtggggtgacca----ttcatcctgatt-------------tgtctgggagtgaggggcttac-----------------------------caggaata---gaatgt---aggactttctgtgacat-aactgctttagattgaggccaaccagcatgagctgTGTCTC-AGCT----CTGATCCTGGTTA
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22146880 194 - 122082543 CATCAGGGGATGTGT------GGGTGAGCA----TGAGTCTTGACTCTGACTGGGGCAGCTCCTGGGGTAGATGTACTTTTAGCTTTAGAGCCAGACAAACTGGAGTGGGCAAGATGACTCCAGTGCACAGGGGCTGTCTGCAGCATCAAGGATCTTAGACT--GGTGATCTTTCCCATGATTCTCTTTTACTT----CTAACCCTAT-CT
i mm10.chr11                C 0 C 0
s canFam3.chr9              21492423 141 +  61074082 CATCCATGAACATACTTCCT-gagtgaccagcgtcctgctctgatt-------------tacccagaaatgggtgttttcc-----------------------------ca---------ggccgt---gggccgttcagtggtat-aagtggggcagtttgggatgagtcg---------gtgaccctCGTC----CTAACCTTGT-TA
i canFam3.chr9              C 0 T 11546

a score=57367.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    36660 25 +     88070 CTAACACA--------------ATCAGGGCCATTTCTTC
s panTro4.chr17             16119938 23 +  82630442 CTAACACA--------------ATCAAGGCCATTTCT--
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48141144 25 +  73212453 ctaacaca--------------gtcagggccatttcttc
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2084379 25 -   2193130 ctaacaca--------------gtcagggccatttcttc
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27529388 25 -  80904711 CTAGCATA--------------GTCAGTGCCATTTCTTC
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28050536 25 -  80997621 CTAGCATA--------------GTCAGTGCCATTTCTTC
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26685926 25 -  74645514 CTAGCATA--------------GTCAGTgccatttcttc
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64967725 25 +  75148670 CTAGCACA--------------GTTAGCGTCATCTCTTC
i chlSab2.chr16             C 0 T 5394
s calJac3.chr5              46149321 25 - 159171411 CCAGCACA--------------GTCCGTGCCATTTCTTC
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22147074 21 - 122082543 CT----CT--------------GTCCGGCCTTTCTCCTT
i mm10.chr11                C 0 I 7
s canFam3.chr9              21481018 39 +  61074082 TTAACATATTTGTTTACTTCACGTATGCACTATGTTTTG
i canFam3.chr9              T 11546 C 0

a score=638546.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    36685 233 +     88070 TCTCTCTGTCTATTTCTTTTTAATGAAGGAATTAGATGAGTTGAGATGATACCTGATTTGTCTTGGAGTTCCAACATA-TTTAAACATTTTTTAGGTATACCATTCATTTTGGAAGAATGCAAATTATTAATTTCCAACTTGATATA-----AC---------TGTAAATACATCTGTGTTCCCATTACCAGGTTAGGAAATAGAAATTAATCCCATTCCCTTTCAGTTATATTTCCTTACTCATCCC
s panTro4.chr17             16119961 231 +  82630442 --TCTCCGTCTATTTCTTTTTAATGAAGGAATTAGATGAATTGAGATGATACCTGATTTGTCTTGGAGTTCTAACATA-TTTAAACATTTTTTAGGTATACCATTCATTTTGGAAGAATGCAAATTATTAATTTCCAACTTGATATa-----ac---------tgtaaatacatctgtgttcccattaccaggttaggaaatagaaattaatcccattcgctttcagttatatttccttactcatccc
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48141169 233 +  73212453 tctctctgtctatttctttttaatgaaggaattagataagttgagatgatacctgatttgttttggagttctaacatA-TTTAAACATTTTTTAGGTATACCATTCATTTTGGAAGAATGCAAATTATTAATTTCCAACTTGATATA-----AC---------TGTAAATACATCTGTGTTGCCATTACCGGGTTAGGAAATAGAAATTAATCCCATTCCCTTTCAGTTATATTTCCTTACTCATCCC
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2084404 233 -   2193130 tctctctgtctatttctttttaatgaaggaattagatgagttgagatgatacctgatttgtcttggagttctaacatA-TTAAAACATTTTTAAGGTATCCCATTCATTTTGGAAGAATGCAAATTATTAATTTCCAACTTGATATA-----AC---------TGTAAATACATCTGTGTTCCCATTACCGGGTTAGGAAATAGAAATTAATCCCATTCCCTTTCAGTTATATTTCCTTACTCATCCC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27529413 225 -  80904711 TCTCTTTCTCCATTTCTTTTTAATGAAGGAATTAGATGAGTTGAGATGATATCTGATTCGTCTTGGAGTTCCAACATA-TTAAAACATTGTTTAGGTGCACCATTCATTTTGGAAGAATGCAAATTATTAATTCCCAATTTGATATA-----AC--TT-----TGTAAATACATCTATGTTCCCATTACTGGGTTATGAAATAGAAATTAATCCCATTCCCTTTCAG----------TTACTCATCCC
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s macFas5.chr16             28050561 225 -  80997621 TCTCTTTCTCCATTTCTTTTTAATGAAGGAATTAGATGAGTTGAGATGATATCTGATTCGTCTTGGAGTTCCAACATA-TTAAAACATTGTTTAGGTGCACCATTCATTTTGGAAGAATGCAAATTATTAATTCCCAATTTGATATA-----AC--TT-----TGTAAATACATCTATGTTCCCATTACCGGGTTATGAAATAGAAATTAATCCCATTCCCTTTCAG----------TTACTCATCCC
i macFas5.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26685951 225 -  74645514 tctctttctccatttctttttaatgaaggAATTAGATGAGTTGAGATGATATCTGATTCGTCTTGGAGTTCTAACATA-TTAAAACATTGTTTAGGTGCACCATTCATTTTGGAAGAATGCAAATTATTAATTCCCAATTTGATATA-----AC--TT-----TGTAAATACATCTATGTTCCCATTACCGGGttacaaaatagaaattaatcCCATTCCCTTTCAG----------TTACTCATCCC
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64962356 241 +  75148670 TCTCTCTACATATTTCTTTTTAATGAAGCAATTAGATGAGCTGAGATGATACCTGATTCATCGTGGAGTTCTAACATGTTTAAAACATTTTCTAGGTATACCATTCATTTGAGAAGAATGCAAGGTATTAATTTCCAACTTGATATAGTATTAT--AT-----TGTAAATATATTTAAGGCCCCATTACCCGATTAGGAAATAGAAATTAATCCCATTCTCTCCTAATTATATCCTCTTACTCATTCC
i chlSab2.chr16             T 5394 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i macFas5.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
e mm10.chr11                22147409 13865 - 122082543 T
e canFam3.chr9              21479679  65 +  61074082 I
e chlSab2.chr16             64946034  69 +  75148670 I
e macFas5.chr16             28052907   0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27561584 190 -  80904711 I
e panTro4.chr17             16124047 695 +  82630442 M

a score=22897.000000
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s ponAbe2.chr17             48145715 27 +  73212453 GTCAGTTGAGCAGAAGGTTGTTGTGTG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2090634 27 -   2193130 GTCAGTTGAGCAGAAGGTCGTTTTGTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26690783 27 -  74645514 gtcagttgGGCAGAAGATTGTTGCGTG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64946103 27 +  75148670 GTCAGTTGAGCAGAAAGTTGTTGTGAG
i chlSab2.chr16             I 69 C 0
s calJac3.chr5              46154767 14 - 159171411 -------------AATGTCGTTGTGTT
i calJac3.chr5              C 0 C 0
e mm10.chr11                22147409 13865 - 122082543 T
e canFam3.chr9              21479679 65 +  61074082 I
e macFas5.chr16             28052907  0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27561584 190 -  80904711 I
e panTro4.chr17             16124047 695 +  82630442 M

a score=19515.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    41223 13 +     88070 AGGATGATGGTCC
s ponAbe2.chr17             48145742 13 +  73212453 AGGATGATGATCC
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2090661 13 -   2193130 AGGATGATGGTCC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26690810 13 -  74645514 AGGATGATGGTCC
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64946130 13 +  75148670 AAGATAGTGGTTC
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46154781 13 - 159171411 AGGATGATGGTCC
i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i canFam3.chr9              I 65 I 17132
e mm10.chr11                22147409 13865 - 122082543 T
e macFas5.chr16             28052907  0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27561584 190 -  80904711 I
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a score=36052.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    41236 31 +     88070 TCTGTGGT--GCTGCTCAGCAACAAGAATGCTG
s ponAbe2.chr17             48145755 31 +  73212453 TCTGTGGT--GCTGCTCAGCAACAAGAAGGCTG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2090674 31 -   2193130 TCTGCGGT--GCTGCCCAGCAACAAGAAGGCTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64946143 31 +  75148670 TCTTGGGA--ATTGATCAGCAGCAAGAAGGCTG
i chlSab2.chr16             C 0 I 26412
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i calJac3.chr5              C 0 I 27
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i canFam3.chr9              I 17132 C 0
e mm10.chr11                22147409 13865 - 122082543 T
e macFas5.chr16             28052907  0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27561584 190 -  80904711 I
e panTro4.chr17             16124047 695 +  82630442 M

a score=141466.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    41267  58 +     88070 GCAGCAGCTGGACACACAGCAGGCTGG------------------------------------------------GCAGTAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCA
s ponAbe2.chr17             48145786  58 +  73212453 GCAGCAGCTGGACACACAGCAGGCTGG------------------------------------------------GCAGTAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCA
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2090705  58 -   2193130 GCAGCAGCTGGACACACAGCAGGCTGG------------------------------------------------GCGGCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27561774  58 -  80904711 GCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGG------------------------------------------------GCGGCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCA
i rheMac3.chr16             I 190 C 0
s papAnu2.chr16             26690854  58 -  74645514 GCAGCAGGTGGACACACAGCAGGCTGG------------------------------------------------GCGGCAGCAGGGTTGGCAGCAGCTGGATCCA
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64972586  58 +  75148670 GCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGG------------------------------------------------GCGGCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCA
i chlSab2.chr16             I 26412 C 0
s calJac3.chr5              46154852  58 - 159171411 GCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGG------------------------------------------------GCGGCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCA
i calJac3.chr5              I 27 C 0
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i mm10.chr11                T 13865 C 0
s canFam3.chr9              21496922 106 +  61074082 GCAGCAGCTAGACACACAGCATGTGGGCTTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTGTGACAGCACGTTGGGCGGCAGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACCCG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28052907   0 -  80997621 C
e panTro4.chr17             16124047 695 +  82630442 M

a score=312768.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    41325 132 +     88070 CAGCTCTGGTTGAGGCAACCAGGCAGGCAGACAGTCGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGCTCTGGCCACAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGAC
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i panTro4.chr17             M 695 C 0
s ponAbe2.chr17             48145844 132 +  73212453 CAGCTCAGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGGCAGTCGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGCTCTGGCCATAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGAC
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2090763 132 -   2193130 CAGCTCAGGTCTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACTTGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGCTATGGCCATAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGAC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27561832 132 -  80904711 TAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGGCCACAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTTGAC
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26690912 120 -  74645514 CAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGACAGGCAGATGCATGTAGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGCTGGTTTGG------------CCACAGCTGGTTTGGCCACAGTAGCTGGAC
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46154910 132 - 159171411 CAGCTCTGGTTTAGGCAGCCAGGCAGGCAGACACACGTGGGGTGGTAGCAGGTCCTCGTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGACCACAGCTGGAGCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGAC
i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i mm10.chr11                C 0 I 105
s canFam3.chr9              21497028  72 +  61074082 ------------------------------------------------------------CAGCCACTGGACCCACAGCAGCTGGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCATGTGGGCTTGCAGCACGTGGTC
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28052907   0 -  80997621 C

a score=653082.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    41457 225 +     88070 CCACAGCAGATGGGCTGGTAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAA---------------------------------------------GGCTGGCAGCAGCTGGTCACACA---G---GTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGTGGCAGTAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACAATGG-----------------------------------------TGGGCTGCCAGCAGGTAGTCCTGCAGCAA
s panTro4.chr17             16124874 225 +  82630442 CCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAA---------------------------------------------GGCTGGCAACAGCTGGTCACACA---G---GTGGGCTGGCAGCAGGTTGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGTGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACAATGG-----------------------------------------TGGGCTGCCAGCAGGTAGTCCTGCAGCAA
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48145976 225 +  73212453 CCACAGCAGGTGGGCTGGTAGCAGGGCGTGCTGCAGCAGGAA---------------------------------------------GGCTGGCAGCAGCTGGTCACACA---G---GTGGGCTGGCAGCAGGTTGTCCTGCAGCCGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAACAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACAGTGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAAGTGGTCCTGCAGCAG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2090895 225 -   2193130 CCATAGCAGGTGGGCTGGTAGCACGGTGTGCTGCAGCAGGAA---------------------------------------------GGCTGGCAGCAGCTGGTCACACA---G---GTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTACAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGTGGCAGCAAGGCTGGCAACAGCTGGACACACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACAATGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTAGTCCTGCAGCAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27561964 210 -  80904711 CCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAA---------------------------------------------GGCTGGCAGCAGCTGGTCACACA---G---GTGGGCTGG---------------CAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACACAGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAG
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691032 225 -  74645514 CCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAA---------------------------------------------GGCTGGCAGCAGGTGGTCACACA---A---ATGGGCTGGCAGCAGGTGGTTCTACAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCTGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACAGTGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGTGACAG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64972776 195 +  75148670 CCACAGCAGGTG---------------------------------------------------------------------------GGCTGGCAGCAGCTGGTCACACA---G---GTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTACAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAACAAGGCTGGCAACAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACACAGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAG
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46155042 225 - 159171411 CCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGATGTGCTGCAGCAGGAA---------------------------------------------GGCTGGCAGCAGCTGGTCACACA---G---GTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGCTGGT-------CACACAGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAG
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22133809 222 - 122082543 TCACAGCAGCTGGGCTGGCAACAGGGTGGGCTGCAGCAGCTAGTTATACAGA---------------------------------TTGGCTTATAGCAGGTGGTTTCACACATG---CTGGGCTGGCAGCAGCTGTTTATACTG--GTTGGCTT-ACAGCAGGT------------GGTCCTACAGCAGGTGGTTTCACAGCAGCTGGGCTGGTAGCGGGATGGACTGCAAC---TGGT-------CACATAGG-----------------------------------------TTGGTCTGCAGCAGGTAGTCCTGCAGCAA
i mm10.chr11                I 105 I 4
s canFam3.chr9              21497100 321 +  61074082 CTGCAGCAGGTGGTGTGACAGCACGTTGGGAGGCAGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACCCGCAGCCACTGGACCCACAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGACACACA---GCATGTGGGCTTGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTATGACAGCATGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACAGCATGTGGGCTTACAGCTCGAGGTCCTGCAGGAGGTGGTGTGACAGCACGTTGGGAGGCAGCAGCAAGGCTCACAGCAGCTGGATCCACAGCATCTGGGCTCGCAGCAGGTGGTCCTGTTGCAG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28052907   0 -  80997621 C

a score=55774.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    41682 19 +     88070 GTGGTCCTGCAGCAGGTAG
s panTro4.chr17             16125099 19 +  82630442 GTGGTCCTGCAGCAGGTAG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48146201 19 +  73212453 GTGGTCCTGCAGCATGTAG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2091120 19 -   2193130 GTGGTCCTGCAGCATGTAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27562174 19 -  80904711 GTGGTCCTGCAGCACGTAG
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691257 19 -  74645514 GTGATCCTGCAGCACGTAG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64972971 19 +  75148670 GTGGTCCGGCAGCACGTAG
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46155267 19 - 159171411 GTGGTCCGGCAGCACGTAG
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s canFam3.chr9              21497421 19 +  61074082 GTGGTCTTGCAGCACGTGG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e mm10.chr11                22134031  4 - 122082543 I
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a score=658534.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    41701 238 +     88070 GCTGACAGCCAGGGGAGCAAC---AGTGGGTCATGTTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGCTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGGAT----TTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACATGTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGATTTTTCTTTCTTGCTGTTTACAGTTGTTTTCCATAGTCAGTTTGGCATTGTCAAAGAGGAAGTCATTTCCTAAATGTTATGAATCTTTG
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48146220 237 +  73212453 GCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTGGGTCATGGTGTC-GGGGTGGAGG-GTGGGCTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGATGACTCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACATGTGGC--------CTCCAAAGTTTCCATCAGTCAGCAGGATTTTTCTTTCTTGCTGTTTACAATTGTTTTCCATAGTCTGTTTGGCGTTGTCAAAGAGGAAGTCATTTCCTAAATGTTATGAATCTTTG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2091139 238 -   2193130 GCTGACAGCAAGGGGAACAAC---AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGACTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----TTGATGACCTCTTGCAATCTGGACCTTTTATACGCGTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACAAGTCAGCAGGATTTTTCCTTCTTGCTGTTTACAATTGTTCTCCATAGTCAGTTTGGCATTGTCAAAATCGAAGTCATTTCCTAAATGTTATGAATCTTTG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27562193 237 -  80904711 GCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----GTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-ATTGTTTTTCATACTCCCTTTGCGATCGTCAAAGGGGAAGTTGTTTCTGAAATCTTATGAATCTGTT
i rheMac3.chr16             C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691276 238 -  74645514 GCTGACAGCAAGAGGAGCAGC---AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAAG-GTGAGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCAAGAAT----TTGATGACCCCTTGCAGTCTGGACCTTTTGTAAACCTGGC--------CTCCAAAGTGTCCACCAATCTGCagggtttttctttgttgctgTTTACAATTGTTTTCTATAGTCAGTTTGGCATTGTCAAAGAGGAAGTCATTTCCCAAATGTTATGAATCTTTG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64972990 237 +  75148670 GCTGGCAGCAAGGGGAGCAAC---AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTGGACG-GTGGGTTTCTATTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-ATTGTTTTTCATACTCCCTTTGTGATCGTCAAAGGGGAAGTTGTTTCTGAAATCTTATGAATCTGTT
i chlSab2.chr16             C 0 T 36763
s calJac3.chr5              46155286 237 - 159171411 GCTGGCAGCAAGGGGAGCAGC---AGTGGGTCATGATGTCAGAAGTGGACG-GTGGGCTCCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGGTGACTCCTTCCAATCTGGGCCTTTTATACATGTGGC--------CTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTAC-ATTGTTTTCCACAGTCCGATTGGGATTGTCAAAGGGGAAGTTGTTTTTGAAATCTTATGAATCTTTT
i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i mm10.chr11                I 4 C 0
s canFam3.chr9              21497440 243 +  61074082 GCTGGCAGCACGGGGAGCAGCACGATTCACTCATGGTGTCGCCGGGGGAGGCGTGGGCTTCTGTTCTGAGGTGACGTTCTCAGATTCTGACTGATGCCTCCTTCCATTCTGGCGCTTTTATACACTGGACCCCCTCAACCCCAACGTATGGACCAATGGGCAGGACTTCCCT-------TGTTTAT-ACCGTTTTCCATAGTCACTGGCGGCTGGTAGAAGAGGAAGT---TCCCTAAATGTTAGGAATCCCTA
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28052907   0 -  80997621 C

a score=783518.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    41939 349 +     88070 GAAAGTAAGGGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTAAATTACTCGTAGAAAC-TTTGTTTCAGATAAAAGGAAGGCAGTCTCATCATCAGCTTCGTTCCTGCTCTGACCAGCATCTCGTCATGTGAT--AGTTCCTG----GTGACTGGGGAGGCTCAGGAAGTTCTCTCTGCCCAGTCTCATC-CTTTGGCTGTATGTAGACTGGGAAGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGTTGATATATTCACAGTGGTGAATTGAATCCATGCTTGGGACCAAGACTGTTCACCCACC--------AAAGTCTGATTCAAGA--CTGA--TAGGCATCTCTCTAT--GTACAACCTACTTTACCTGTCTCTTCCAGTTCT
s panTro4.chr17             16125356 348 +  82630442 GAAAGTAAGGGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTAAATTACTCGTAGAAAC-TTTGTTTCAGATAAAAGGAAGGCAGTCTCATCATCAGCTTCGTTCCTGATCTGACCAGCATCTCGTCATGTGAT--AGTTCCTG----GTGACTGGGGAGGCTCAGGAAGTTCTCTCTGCCCAGTCTCATC-CTTTGGCTGTATGTAGACTGGGAAGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGTTGATATATTCACAGTGGTGAATTGAATCCATGCTTGGGACCAAGACTGTTCACCCACC---------AAGTCTGATTCAAGA--CTGA--CAGGCATCTCTCTAT--GTACAACCTACTTTACCTGTCTCTTCCAGTTCT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48146457 349 +  73212453 GAAAGTAAGGGCTTAATCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCGTAGAAAC-TTTGTTTCAGATTAAAGGAAGGCAATCTCATCATCAGCTTTGTTCCTGCTCTGACCATCATTTCGTCATGTGAT--AGTTCCTG----GTGACTGGGGAGTCTCAGGAACTTCTCTCTGCCCAGTCTCATC-CTTTGGCTGTATGCAGACTGGGAAGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGTTGATATATTCACAGGGGTGAATTGAATCCATGCTTGGGACCAAGACTGTTCACCCACC--------AAAGTCTGATTCAAGA--CTGA--CAGGCATCTCTCTAT--GTACAACCTACTTTACCTGTCTCTTCCAGTTCT
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2091377 349 -   2193130 GAAAGTAAGGGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCACAGAAAC-TTTGTTTCAGATAAAAGGAAGGCAGTCTCATCATCAGCTTCGTTCCTGCTCTGACCATCATCTCGTCATGTGAT--AGTTCCTG----GTGACTGGGGAGGCTCAGGAAATTCTCTCTGCCCAGTCTCATC-CTTTGGCTGTATGTAGACTGGGAGGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGTTGATATATTCACAGTGGTGAATTGAATCCGTGCTTGGGACCAAGACTGTTCACCCACC--------AAAGTCTGATTCAAGA--CTGA--CAGGCATCTCTCTAT--GTGCAACCTACTTTACCTGTCTCTTCCAGTTCT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s rheMac3.chr16             27562430 346 -  80904711 GAAAGTAAGTGTTTAATCTGTTTGTTAATTGAGAATTACTCATAAAAAC-TTCGTTTCAGATAAAAGGAAGTCAGTCTCATTATCAGCATCATTCCTGCTCTGACCATCATCCGGTCATGTGAT--AGTTCCTG----GTGATGTGGGAGG--CAGATAGTTCTCTCTGCCCCGCCTCAT--GGTTGGCTGTATGTAGACTGGGAAATGTCTGTGGGCAGT----CGCGTGATGCTGATATATTCACAGTGATGCATTGAATCCATGCCCAGCCCCAACCCTGTTCACCCACA--------AAAGTCTAATTCAAGA--GTAA--CAAGCATCTTTCTCG--CTACAACCTACTCCCTCTGTGTCTTCCAGTTCT
i rheMac3.chr16             C 0 T 29236
s papAnu2.chr16             26691514 349 -  74645514 AAAAGTAAGGGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCATAGAAAC-TTTGTTTCAGATAAAAGGAAGGCAGTCTCATCATCGGCTTGGTTCCTGCTCTGACCATCATCTGGTCATGTGAT--AGTTCCTG----GTGACTGGGGAGGCTCAGGAAGTTCTCTCTGCCCAGTCTCATC-CTTTGGCTCTATGTAGACTGGGAAGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGTTGATATATTCACAGTGGTGAATTGAATCCATGCTTGGGACCAAGACTGTTCACCCACC--------AAAGCTTGATTCAAGG--TTAA--CAGGAATCTCTCTAT--GTACGACCTACTTTACCTGTCTCTTCCAGTTCT
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64936464 348 +  75148670 TAAAGTAAGGGTTTAATATGTCTCTTAATTGTG-TTTACTCATAGAAAC-TTTGTTTCAGATAAAAGGAAACCTGTCTCATCATCAGCATCGTTTCTGCTCTGACCATCTTCTCATTATGTGTT--TGTTCCTG----GTGACTGGGGAGGTTCAGGAAGTTCTCTCTACCTAGCCTCTTT-CTTTGGCTATACCTAGGTTGGTAAGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGTTGATATATTCACAGTGGTGAATTGAATCCATGCTTGGGACCAAGACTGTTCACCTACC--------GAAGTTTGATTCAAGG--TTAA--CAGGCATCTCTCTAT--GTACGACCTACTTTACCTGTCTCTTCCAGTTCT
i chlSab2.chr16             T 36763 C 0
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i calJac3.chr5              C 0 C 0
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i mm10.chr11                C 0 I 4
s canFam3.chr9              21497683 352 +  61074082 GAGAATAGGTGCTTAA--CAGTTTTTAATTGAGAGTAACTCATAGGAAC-ATTG--TCAGAGGGAAGCAAGATGGTCACATTAGCAGCCTCGTTCTTGCTTCCGGGGCCGTGGGATCACGTGATGCAGTTCCTGGGACGTGGTTGGTGAGTC------AGTTTCGTGGTCCTAGCCCAGTTAGTTTGGTTGCATGCAGACTGGGAA-TATCCCTGAGGTGAAGGGAGCTTGATGGTGATATGTTCATAGTGATGAATTGCAACCATGCTGGAGCCCGAGTCTGTTTCCCCAA---------AGTGCCTCATTCCAGACGCCCG--CAGGCATCTGTCTCTTGGAGCACCCTACCTCGTTTGCATAGGGCAGTGCA
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28052907   0 -  80997621 C

a score=152111.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    42288 76 +     88070 ATAAAAGCCTCTTGGGAAGAGGGTGTTCAGCACAATGTGTGCTATGTGGCAGAGCAGAGCCAAAGCAAACACGTAG
s panTro4.chr17             16125704 76 +  82630442 ATAAAAGCCTCTTGGGAAGAGGGTGTTCAGCACAATGTGTTCTATGTGGCAGAGCAGAGCCAAAGCAAACACGTAG
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48146806 76 +  73212453 ATAGAAGCCTCTTGGGAAGAGGGTGTTCGGCACAATGTGTTCCACGTGGCAGAGCAGAGCCAAAGCAAACACATAG
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2091726 75 -   2193130 ATAAAAGCCTCTTGGGAAGAGGGTGTTC-GAATAATGTGTTCCATGTGGCAGAGCAGAGCCAAAGCAAACAGGTAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691863 76 -  74645514 ACAAAAGCCACTTGGGAAGAGGGTGTTCGGCACAATGTATTCCATGTGGCAGAGCAGAGCCAAAGCAAACAGGTAG
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64936812 76 +  75148670 ACAAAAGCCACTTGGGAAGAGGGTGTTCGGCACAATGTGTTCCATGTGGCAGAGCAGAGCCAAAGCAAACAGGTAG
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46155867 76 - 159171411 ATCAAAATCACCTGGGAAGAGGGTGTTTGGCACAGTGTGTTCTATGTGGCAGAGCAGAATTGAAGTAGTTGAGTAC
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22134565 74 - 122082543 ACCAAAGTCACCTGGGAGGAAGATATCTGGCACCATATGCTCCATAT--CAGGGTAGACTTAGAGGAGTAATATGG
i mm10.chr11                I 4 I 12180
s canFam3.chr9              21498035 75 +  61074082 TTCAAAGAAACTTGGGTGGAGGACATCTGGCATCATGTCTTCCATATGTCAAGGCCGAATC-GAGCAGGTGGATAG
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28052907  0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27562776 29236 -  80904711 T

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    42364 209 +     88070 AAAGAGGAGGGGTTCACTGGAATTCACAAAGCATCAAGCAATCT-ACGTGCTGCggtgaccattcacc-----ctgatttgtctgggactgaggggcttaccagcatgagaatg---tgggactGGG--AATTACTGTGACA-------TTACTGCTTGAGGTCCAGGCAAAGCAATATGAG-C--TGTGGCTCTAGC------------CCTA----ATCCAGGTT-----ACTGGCA--------CAATCATTGCCA---------------
s panTro4.chr17             16125780 209 +  82630442 AAAGAGGAGGGGTTCACTGGAATTCACAAAGCATCAAGCAATCT-ACGTGCTGCggtgaccattcatc-----ctgatttgtctgggactgaggggcttaccagcatgagaatg---tgggactGGG--AATTACTGTGACA-------TTACTGCTTTAGGTCCAGGCAAAGCAATATGAG-C--TGTGGCTCTAGC------------CCTA----ATCCAGGTT-----ACTGGCA--------CAATCATTGCCA---------------
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48146882 209 +  73212453 AAAGAGGAGGTGTTCACTGGAATTCACAAAGCATCAAGCAATCT-ACGTGCtggggtgaccattcatc-----ctgatttgcctgggactgaggggcttaccagcatgagaatg---tgggactGGG--AATTACTGTGACA-------TTACTGCTTTAGGTCCAGGCAAAGCAGTATGAG-C--TGTGGCTCTAGC------------CCTA----ATCCAGGTT-----AATGGCA--------CAATCATTGCCA---------------
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2091801 209 -   2193130 AAAGAGGAGGAGTTCACTGGAATTCACAAAGCATCAAGCAATCT-ACGTGCtggggtgaccattcatc-----ctgatttgcctgggactgaagagcttaccagcatgagagtg---tgggactggg--aattactgtgaca-------taactgctttaggtccaggcaaagcagtatgag-c--tgTGGCTCTAGC------------CCTA----ATCCAGGTT-----GCTGGCA--------CAATCATTGCCA---------------
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26691939 209 -  74645514 AAAGAGGAGGAGTTCACTGGAATTCTCAAAGCATCAAGCAATGT-ACCTGCTGGGGCGACCATTCATC-----CTGAtttgcctgggactgaggggCTTACTAACATGAGAATG---TGCGACTGGG--AATTACTGTGACA-------TAACTGCTCTAGGTCCAGGCAAAGCAGTATGAG-C--TGTGGCTCTAGC------------CCTA----ATCCAGGTT-----ACTGGCA--------CAATCATTgcca---------------
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64936888 209 +  75148670 AAAGAGGAGGAGTTCACTGGAATTCTCAAAGCATCAAGCAATCT-ACCTGCtggggcgaccattcatc-----ctgatttgcctgggactgaggggcttactaacatgagaatg---tgcgactggg--aattactgtgaca-------taactgctctaggtccaggcaaagcagtatgag-c--tgTGGCTCTAGC------------CCTA----ATCCAGGTT-----ACTGGCA--------CAATCACTGCCA---------------
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46155943 200 - 159171411 AAAGAGAA---GTCCACTGGGATTTAGATAGCATCAAGCTATCTAATGCCCtggggtgaccattcatc-----ctgatttgtctgggagtgaggggcttaccaggaatagaatg---taggac--------tttctgtgaca-------taactgctttagattgaggccaaccagcatgag-c--tgTGTCTC-AGC------------TCTG----ATCCTGGTT-----ACCAGCA--------CAGTCCGTGCCA---------------
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22146819 227 - 122082543 AATGAaaacaagcaaac--gaaggaacaaacaaacaaacaCCCA-GCACTTAGGAATAAGCAGACATC-----AGGGGATGTGTGGG-------------TGAGCATGAGTCTTGACTCTGACTGGGGCAGCTCCTGGGGTAGATGTACTTTTAGCTTTAGAGCCAGACAAACTGGAGTGGG-CAAGATGACTCCAGTGCACAGGGGCTGTCTGCAGCATCAAGGATCTTAGACTGG----------TGATCTTTCCCA---------------
i mm10.chr11                I 12180 T 12303
s canFam3.chr9              21498110 201 +  61074082 AAACAGGACTAAACC--------------AGCATCCATGAACAT-ACTTCCTg-agtgaccagcagtcctgctctgatttacccagaaatgggtgttttccc------aggccg---tgggcc---g-----ttcagtggta-------taagtg----------gggcagtttgggatgagtc--ggtgactctCGT------------CCTA----ACCTTGTTA-----ACCAGCAGAGTGAGTTATTTAATGACACTGACTCCACAGTTA
i canFam3.chr9              C 0 C 0
e macFas5.chr16             28052907   0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27562776 29236 -  80904711 T

a score=5400.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt    42573  69 +     88070 ----TTtctctgtctctgtctc--tgtctctgtctctg----------tctctg------------------------------------------tctctctctctctctctctctctgtctctCT
s panTro4.chr17             16125989 111 +  82630442 ----TTtctttgtctctgtctc--tgtctctgtctctg----------tctctgtctctctctctgtctctctctctctctctgtctctctctctttctctctctctttctctctctctgtctctCT
i panTro4.chr17             C 0 C 0
s ponAbe2.chr17             48147091  43 +  73212453 ----TTtctctgtctctgtctc--tgtctctgtc--------------tctctg------------------------------------------tc----------------------tctctct
i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1   2092010  29 -   2193130 ----TTtctctgtctctg------------------------------tctctc------------------------------------------tc----------------------tctctct
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
s papAnu2.chr16             26692148  41 -  74645514 ----tttctctgtctctgtctc--tgtctctg----------------tctctc------------------------------------------tc----------------------tctctct
i papAnu2.chr16             C 0 C 0
s chlSab2.chr16             64937097  57 +  75148670 ----TTtctctgtctctgtctc--tgtctctgtctctgtctctgtctctctctc------------------------------------------tc----------------------tctctTT
i chlSab2.chr16             C 0 C 0
s calJac3.chr5              46156143  15 - 159171411 ----TTTCT---------------------------------------TCTGTA------------------------------------------TT----------------------TC-----
i calJac3.chr5              C 0 C 0
s mm10.chr11                22134743  63 - 122082543 ----CTTCTGTATTACTATCTC-ATTTTGCTATCCTT-----------TCTCTA------------------------------------------TT-----CTCTTTCTCAGTTGCT-TTTCTTT
i mm10.chr11                T 12303 C 0
s canFam3.chr9              21498311  69 +  61074082 CTGTTttctcttcctcccttcccctccccccgtgcat-----------tccctt------------------------------------------ct-----cctcctcttttcccttgtctttct
i canFam3.chr9              C 0 I 5841
e macFas5.chr16             28052907   0 -  80997621 C
e rheMac3.chr16             27562776 29236 -  80904711 T

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt    42642 6 +     88070 GTTTTC
s panTro4.chr17             16126100 6 +  82630442 GTTTTC
i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17             C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1  C 0 C 0
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i papAnu2.chr16             C 0 C 0
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i chlSab2.chr16             C 0 C 0
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i canFam3.chr9              T 1647 I 2025
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i panTro4.chr17             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2101376 349 -  2193130 TCTCTGATGCACGTGAAT---TGAATGATTGGCTGGTAT---AGGCC-------A--ATAGGATCCCTGCATTCATGACAGCTGCTAAATGCAGACCCTGCTGCTGTATCATGTAGCTGTTGCTCACTGACTGGTGGGCAATTAATTTGGGAAGACTTTTGTGAACCCAAATGTTATCTCTTGCCAAATAC-TAGAGATTA-TTCTTTCCACTGTTAAATAA---ACTCAAGTGCATAACTTGCTAGTGCTAAGTCCCAATGTCATTTCTACTTTATTGAGAGTT--TAATGTAAGTGTCTTTGGACAGAAAGAGAAGACGCAACCTTGCATCAGAGTCTGTCCACTATTAGCTACATAACGTCACACATT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 I 239
s rheMac3.chr16                    27536950 349 - 80904711 TATCTGATGCAGGTGAAT---TGAATGATTGGCTGGTAT---AGGCC-------A--ATAGGATCCCCACATTCAGGACAGCTGCTGAATGCAGCCCTTGCTGCTGTACCATGTAGCTGTTGCTCACTGATGCGTGGGCAATTAATTTGGGAAGACTTTTGTGAACGAAAATGTTATCTCTTGCCAAACAC-CAGAGATTA-TTCTTTCCATTGTTAAATAA---ACTCAAGTGCATAACTTGCTAGTGCTGAGTCCCAATGTCATTTCTACTTTATTGAGAGTT--AATTGTAAGTGTCTTTGGACAGAAAGAGAAGATGCAATCTTGCATCAGAGTCTGTCCACTGTTAGCTACATAACATCACACATT
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28058338 349 - 80997621 TATCTGATGCAGGTGAAT---TGAATGATTGGCTGGTAT---AGGCC-------A--ATAGGATCCCCACATTCAGGACAGCTGCTAAATGCAGCCCTTGCTGCTGTACCATGTAGCTGTTGCTCACTGATGCGTGGGCAATTAATTTGGGAAGACTTTTGTGAACGAAAATGTTATCTCTTGCCAAACAC-TAGAGATTA-TTCTTTCCATTGTTAAATAA---ACTCAAGTGCATAACTTGCTAGTGCTGAGTCCCAATGTCATTTCTACTTTATTGAGAGTT--AATTGTAAGTGTCTTTGGACAGAAAGAGAAGATGCAATCTTGCATCAGAGTCTGTCCACTGTTAGCTACATAACATCACACATT
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26699968 343 - 74645514 tatttgatgcAGGTGAAT---TGAATGATTGGCTGGTAT---AGGCC-------A--ATAGGATCCCCACATTCAGGACAGCTGCTGAATGCAGCCCTTGCTGCTGTACCA------TGTTGCTCACTGATGGGTGGGCAATTAATTTGGGAAGACTTTTGTGAACCAAAATGTTATCTCTTGCCAAACAC-TAGAGATTA-TTCTTTCCATTGTTAAATAA---ACTCAAGTGCATAACTTGCTAGTGCTGAGTCCCAATGTCATTTCTACTTTATTGAGAGTT--AATTGTAAGTGTCTTTGGACAGAAAGAGAAGATGCAATCTTGCATCAGAGTCTGTCCACTGTTAGCTACATAACATCACACATT
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64945197 349 + 75148670 TATTTGATGCAGGTGAAT---TGAACGATTGGCTGGTAT---AGGCC-------A--ATAGGATCCCCACATTCAGGACAGCTGCTAAATGCAGCCCTTGCTGCTGTACCATGTAGCTGTGGCTCACTGATGGGTGGGCAATTAATTTGGGAAGACTTTTGTGAACCAAAATATTACCTCTTGCCAAACAC-TAGAGATTA-TTCTTTCCATTGTTAAATAA---ACTCAAGTGCATAACTTGCTAGTGCTGAGTCCCAATGTCATTTCTACTTTATTGAGAGTT--AATTGTAAGTGTCTTTGGACAGAAAGAGAAGATGCAGTCTTGCATCAGAGTCTGTCCACTGTTAGCTACATAACATCACACATT
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random      837 347 -    12755 TCTTTAATGCAGGTGAAT---TGAATGATTGGCTGGTAT---AGGCTGAGACAAA--ATAAAATCCCTGCATTCAGGGCAGCTGCTAAATGCAGCCCCTACTGCTGTACCATGTAGCTGTTCCTCATTGACCTGTGGGAAACTGATTTGGGAAGACCTTTGTGAACTGAAATGTTGTCTCTTGCCAAATAT-TAGAGGTTGTTTTTTTCCCTTGTGAGGTAA---ACTCAAGTGGCTAACTTGCTACTGC---------AAGTCCTTTCTACTTTATTGAGAGTT--AAATGTAAGTG-CTTTGGACAGAAAGAAAAGACGCAACCTTGGTTCCAAGTCTGTCCACTATTAGCTACGTAACATCACACATT
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21520514 348 + 61074082 TCTTTGATGCGGAGGGGTGCATGAGGGACTGGATGGGGCCCAAGGCA-------ACCAAAGGGCTCCTGTGCACAGGAACTCTAC--AAGGAAGGGCCCACTGCCCTCACACAGGGATTCTGGTCACTGAGGTGTAGGACACAA---TGTCTACAACTTTGT---CCCAGATGTTCC------CCACATATGTAGGGGAGA-CCAGTTCCATGGTCAATGAAGACACTCAACTGAATAGCTTGCTGGAGCTCAGGGCCAGGGTGTTTCCTAACTGGTCTGCAGATGGGAATGTGAGCGCCCTTCAGCCAGGGCAGGAGATACAGCCTGGCATCTGATTCTGCCC-CTGTCAGCTCTGTGACATGATGTCAT
i canFam3.chr9                     I 120 C 0

a score=1812187.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           50604 595 +    88070 AAAACtttcccagttggaaaatggaggcaataatacatgactgtctgttttgagaatcaaattgggtaatacatatGGTATGTGATATATGTGTAAATC-CCATATCAGGAATGTTTTCAAATAAAACA-AATCACCATATGGTATGAATAATAGTTCCAAATTTATTTATT-------------------------------------AAGAAATATATATGTAAG-ATC-CCTGGTTATAGGGAGATAACCC---AAAGTGATCATTAAAAGAAGGAAGCAGGATACAAGAATCATGAGTATATTGAAA-AGAAAACATAGTTGTGAAGATTCTTAATCATTTGCAGC---------------------AACTTAAGTTTC---TTAAGTGA-----AGAGAATGAAGCTCTTGACTTT---TGAGTCAAAGCTGAGACCATGACTCAAAATTGAGAACACATGAAGCTGGCACATGATTCACAAGGTATAA-GAAAAAGAGAA----------------TCAGGATGAAG-------TATTCTGCCCTCCCTCAAGCTGATTCACAAGATTTTAAATATGCAGAGAATTCATAAAAATTTGGGTGAGAACATGGTTGCTGTCAGCAGT-----AAGGTAAATTAGTCCTCCAAAAGATAAGTCAGTTGAGCAGAAGGTTGTTGTGTGAAGATGGTTGT
s panTro4.chr17                    16133161 595 + 82630442 AAaattttcccagttggaaaatggaggcaataatacatgactgtctgttttgagaatcaaattgggtaatacatatGGTATGTGATATATGTGTAAATC-CCATATCAGGAATGTTTTCAAATAAAGCA-AATCACCATATGGGATGAATGATAGTTCCAAATTTATTTATT-------------------------------------AAGAAATATATAGGTAAG-ATC-CCTGGTTATAGGGAGATAACCC---AAAGTGATCATTAAAAGAAGGAAGCAGGATACAAGAATCATGAGTATATTGAAA-AGAAAACATAGTTGTGAAGATTCTTAATCATTTGCAGC---------------------AACTTAAGTTTC---TTAAGTGA-----AGAGAATGAAGCTCTTGACTTT---TGAGTCAAAGCTGAGACCATGACTCAAAATTGAGAACACATGAAGCTGGCACATGATTCACAAGGTATAA-GAAAAAGAGAA----------------TCAGGATGAAG-------TATTCTGCCCTCCCTCAAGCTGATTCACAAGATTTTAAACATGCAGAGAATTCATAAAAATTTGGGTGAGAACATGGTTGCTGTCAGCAGT-----AAGGTAAATTAGTCCTCCAAAAGGTAAGTCAGTTGAGCAGAAGGTTGTTGTGTGAAGATGGTGGT
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48155660 595 + 73212453 aaaattttcccagttggaaaatggaggcaataatacatgactgtctgttttgagaatcaaattggataatacatatGGTATGTGATATATGTGTAAATC-CCACGTCAGGAATGCTTTCAGATAAAACA-TATCACCATATGGGATGAATAATAGTTCCAAATTTATTTATT-------------------------------------AAGAAATATATAGGTAAG-ATC-CCTGGTTATAGGGAGATAACCC---AAAGTGATCATTAAAAGAAGGAAGCAGGATACAAGAATCATGAGTATATTGAAA-AGAAAACATAGTTGTGAAGATTCTTAATCATTTGCAGC---------------------AACTTAAGTTTC---TTAAGTGA-----AGAGAATGTAGCTCTTGACTTT---TGAGTCAAAGCTGAGACCATGACTCAAAATTGAGAACACATGAAGCTGGCACATGATTCACAAGGTATAA-GAAAAAGAGAA----------------TCAGGATGAAG-------TATTCTGCCCTTCCTCAAGCTGATTCACAAGATTTTAAACATGCAGAGAATTCATAAAAATTTGGGTGAGAACATGGTGGCTGTCAGCAGT-----AAGGTAAATTAGTCCTCCAAAAGATAAGTCAGTTGAGCAGAAGGTTGTTGTGTGAAGATGGTGGT
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2101964 632 -  2193130 aaaAttttcccagttggaaaatggaggcaataatacatgactgtctgttttgagaatcaaattgggtaatacatatagtatgtgagagATGTGTAAATC-CCGTATCAGGAACGTTTTCAAATAAAACA-AATCACCATATGGGATGAATAATCGTTCCAAATTTATTTATTAAGCGAGATTCTGTCTCaaaaaaataaaaaataaaaaaagaaatatataagtaaG-ATC-CCTGGTTATAGGGAGATAACCC---AGAGTGATAGTTAAAAGAAGGAAGGAGTATACAAGATTCATGAGTATATTGAAA-AGAAAACATAGTTGTGAAGATTCTTAATCATTTGCAGA---------------------AACTTAAGTTTC---TTAAGTGA-----AGAGAATGAAGCTCTTGACTTT---TGAGTCAAAGCTGAGACCATGACTCAAAATTGAGAACACATGAAGCTGGCACATGATCCACAAGGTATAA-GAAAAAGAGAA----------------TCAGGATGAAG-------TATTCTGCCCTCCCTCAAGCTGATTCACAAGATTTTAAACATGCAGAGAATTCATTAAAATTTGGGTGAGAGCATGGTGGCTGTCAGCAGT-----AAGGTAAATTAGTCCTCCAAAAGATAAGTCAGTTGAGCAGAAGGTTGTTGTGTGAAGTTGGTGGT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         I 239 C 0
s rheMac3.chr16                    27537299 595 - 80904711 AAaattttcccagttggaaaatggaggcaataatacactactgtctgttttgagaatcaaattgggtaatacatACAGTAGGTGATATATGCGTAAATC-CCATATCAGGAATGCTTTCAAATAAAACA-AAGCACCATATGTGATGAAGAATGGTTCCGAATTTATTTATT-------------------------------------AAGAAATATATAGGTAAG-ATT-CCTGGTTCTCGGGAGATAGCCC---AAAGTGATCATTAAAAGAAGGAAGGAGGATACAAGAATCATGAATATATTGAAA-AGAAAACATAGTTGTGAAGATTCTTAATCATTTGCAGA---------------------AACTTAAGTTTC---TTAGGTGA-----AGAGAATGAAGCTCTTGACTTT---AGAGTCAAAGTTGAGATCATGACTCCAAATTGAGAACACACAAAGCTGGCACATGATCCACAAGGTGTAA-GAAAAAGAGAA----------------TCAGGACGAAG-------TATTCTGCCATCCCTGAAGCTGATTCACAAAATATTAAACATGCAGAGAGTTCATAAAAATGTGGGCGACAGCATGGTGGCTGTCAGCAGC-----AAAGTAAACTAGTCCCCCAAAAGATAAGTCAGTTGAGCAGAAAGTTGTTGTGAGAAGATAGTGGT
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28058687 595 - 80997621 AAaattttcccagttggaaaatggaggcaataatacactactgtctgttttgagaatcaaattaggtaatacatACAGTAGGTGATATATGCGTAAATC-CCATATCAGGAATGCTTTCAAATAAAACA-AAGCACCATATGTGATGAAGAATGGTTCCGAATTTATTTATT-------------------------------------AAGAAATATATAGGTAAG-ATT-CCTGGTTCTCGGGAGATAGCCC---AAAGTGATCATTAAAAGAAGGAAGGAGGATACAAGAATCATGAATATATTGAAA-AGAAAACATAGTTGTGAAGATTCTTAATCATTTGCAGA---------------------AACTGAAGTTTC---TTAGGTGA-----AGAGAATGAAGCTCTTGACTTT---AGAGTCAAAGTTGAGATCATGACTCCAAATTGAGAACACACAAAGCTGGCACATGATCCACAAGGTGTAA-GAAAAAGAGAA----------------TCAGGACGAAG-------TATTCTGCCATCCCTGAAGCTGATTCACAAAATATTAAACATGCAGAGAGTTCATAAAAATGTGGGCGACAGCATGGTGGCTGTCAGCAGC-----AAAGTAAACTAGTCCCCCAAAAGATAAGTCAGTTGAGCAGAAAGTTGTTGTGAGAAGATAGTGGT
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26700311 592 - 74645514 AAAATTTTCCCAGTTGGAAAATGGAGGCAATAAAACACTACTGTCTGTTTTGAGAATCAAATTGGGTAATACATATAGTAGGTGATACATGCGTAAATC-CCATATCAGGAAtgctttcaaataaaaca-aagcacCATATGTGATGAAGAATggttctgaatttatttatt-------------------------------------aagaaatatatgGGTAAG-ATT-CCTGGTTCTTGGGAGATAGCCC---AAAGTGATCattaaaagaaggaaggaggataCAAGAATCATGAgtatattgaaa-agaaaacatagttgTGAAGATTCTTAATCATTTGCAGA---------------------AACTTAAGTTTC---TTAGGTGA-----AGAGAATGAAGCTCTTGACTTT---AGAGTCAAAGTTGAGATCATGACTCCAAATTGAGAACACACAAAGCTGGCACATGATCCACAAGGtgtaa-gaaaaagagaa----------------tcaaGATGAAG-------TATTCTGCCATCCCTGAAGCTGATTCACAAGATATTAAACATGCAGAGAGTTCATAAAAATGTGGGCGACAGCATGGTGGCTGTCAGCAGC-----AAAGTAAACTGGTCCCCCAAAAGATAAGTCAGTTGAGCAGAAA---GTTGTGAGAAGATGGTAGT
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64945546 595 + 75148670 AAaattttcccagttggaaaatggaggcaataatacactactgtccgttttgagaatcaaattgggtaatacatataGTAGGTGATACATGCGTAAATC-CCATATCAGGAATGCTTTCAAATAAAACA-AAGCACCATATGTGATGAAGAATGGTTCCGAATTTATTTATT-------------------------------------AAGAAATATATAGGTAAG-ATT-CCTGGTTCTCGGGAGATAGCCC---AAAGTGATCATTAAAAGAAGGAAGGAGGATACAAGAATCATGAGTATATTGAAA-AGAAAACATAGTTGTGAAGATTCTTAATCATTTGCAGA---------------------AACTTAAGTTTC---TTAGGTGA-----AGAGAATGAAGCTCTTGACTTT---AGAGTCAAAGTTGAGATCATGACTCCAAATTGAGAACACACAAAGCTGGCACATGATCCACAAGGTATAA-GAAAAAGAGAA----------------TCAGGATGAAG-------TATTCTGCCGTCCCTGAAGCTGATTCACAAGATATTAAACATGCAGAGAGCTCATAAAAATGTGGGCGACAGCATGGTGGCTGTCAGCAGC-----AAAGTAAACTAGTCCCCCAAAAGATAAGTCAGTTGAGCAGAAAGTTGTTGTGAGAAGATAGTGGT
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     1184 594 -    12755 AAATTTTTCGCAGTTGGAAAATGGAGGCAATACAACATGACTGTCTATTTTGAGAATCAAATTGGGTAATACATATAGTGTGTGATGTGTGTGTAAATC-CCATATCAGGAATGCTTTGAAAGAATCCA-AGACACCATATGAGATGAAGAATGGTTCTGAATTCATTTATT-------------------------------------GAGGAGTATATAGGTAAGAATC-CCTGTTTTTAGGGAGATAACCC---AAAGTGATCACTAAAAGAAGAAAGGAGGATACACGAATCATGAGTACATTGAAA-AGAAAACATAATCGTGAAGATTCTTGATCAGTTGCAGA---------------------AACTTAAGTTTT---TTAGGGGA-----AGAGAATGAAGCTCTTGACTTT---AGAGTCAAAGCTGAGACCATGATTCTAAATTGGGAACACATAAAGCTGGCACATGATCCACAAGGTGTAAGGAAAAAGAGAA----------------TCAAGATGAAG-------TACTCTGACCTCCCACAAGCTGATTGACAAGATTTTAAACATGTAGAGAATTCATAAAAATGTGGACGAGAGCATGGTTTCTG---GCAGC-----AAAGTAAATTGGTCCCCCAAAAGATAAGTTGGTTGAGCAGAAAGCTGTTGTGTGAGGATAGTGGT
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21520862 634 + 61074082 GGGATTTTATCA-TCTCCAAGTGGAGATACAAATTTGTGGGGGATTA-TAGGAGGCTCTAAATGGATAATGCACGTGGTATGGAACTTGTGTATACATCGTGATGTTGTGAGCACT---GAAGAAGACATGGACACCATATGGGATGCAGAATGATACACGGTTTATTAA---------------------------------------AAGG----TATAGGTGAG-ACCTCCCCCCTGCATGGAGGGAGCCCTTTGATGTGTTCATGCAAGGATGAGAAAAGGATACAAGGACTGTGAGGACACGGAAAGAGAAAACATGAT-GCCAAGACT-TTCATTAGTGGCAGACCTCTGTACAATAGGCATAAGGACTTGTGTCTCTAATTTAGTGATACAGATAGGATGAAGATCTTGACTATGAAGGAGTCAAGGCAAAGGTCGTGATTCCAAATC-AGGATGCATGAG--TGGCACATGATCCATAAGATGAAA-GAAGAAGAGAATAATAATCCATAAGATTAAGGAAGAAGGGATAAATGGTCCACATTTCATCAAGCTTACTCATTAGCTTGTAAATAGGCAGATGAGTGACAAAAACATTGGCAATTGTATGCTGGCTTTGAGAAACGTTTGACAGTAACTTTGTTTCCCAAACAGCAATTTTTTT------------TTTTTCCGATGATGGCTCT
i canFam3.chr9                     C 0 T 18894

a score=107176.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51199 30 +    88070 TCTCTTGGGACTTGATCAGCAGCAAGAAGG
s panTro4.chr17                    16133756 30 + 82630442 TCTCTTGGGACTTGATCAGCAGCAAGAAGG
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48156255 30 + 73212453 TCTCTAGGGACTTGATCAGCAGCAAAAAGG
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2102596 30 -  2193130 TCTCTTGGGACTTGATCAGCAGCAAGAAGG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27537894 30 - 80904711 TCTCTTGGGAGTTGATCAGCAGCAAGAAGG
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28059282 30 - 80997621 TCTCTTGGGAGTTGATCAGCAGCAAGAAGG
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26700903 30 - 74645514 TCTCTTGGGAGTTGATCAGCAGCAAGAAGG
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64946141 30 + 75148670 TCTCTTGGGAATTGATCAGCAGCAAGAAGG
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     1778 30 -    12755 TCTCTTGGGAGTTAATCAGCAGCAAGAAGG
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 I 6028
s canFam3.chr9                     21502602 30 + 61074082 TCTATAGCAAGTTGCTCAGCAGCAGCAAGG
i canFam3.chr9                     T 18894 C 0

a score=92736.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51229 22 +    88070 CTGGCAGCAGCTGGACACACAG
s panTro4.chr17                    16133786 22 + 82630442 CTGGCAGCAGCTGGACACACAG
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48156285 22 + 73212453 CTGGCAGCAGCTGGACACACAG
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2102626 22 -  2193130 CTGGCAGCAGCTGGACACACAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27537924 22 - 80904711 CTGGCAGCAGCTGGACACACAG
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28059312 22 - 80997621 CTGGCAGCAGCTGGACACACAG
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26700933 22 - 74645514 CTGGCAGCAGCTGGACACACAG
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64946171 22 + 75148670 CTGGCAGCAGCTGGACACACAG
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     7836 22 -    12755 CTGGCAGCAGCTGGACACACAG
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random I 6028 C 0
s canFam3.chr9                     21502632 22 + 61074082 CTGGCAGCAGCTGGATCCACAG
i canFam3.chr9                     C 0 I 150

a score=51683.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51251 13 +    88070 GTGGGCTGGAAGC
s panTro4.chr17                    16133808 13 + 82630442 GTGGGCTGGAAGC
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48156307 13 + 73212453 GTGGGCTGGAAGC
i ponAbe2.chr17                    C 0 I 4474
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2102648 13 -  2193130 GTGGGCTGGAAGC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27537946 13 - 80904711 GTGGGCTGGAAGC
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28059334 13 - 80997621 GTGGGCTGGAAGC
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26700955 13 - 74645514 GTGGGCTGGAAGC
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64946193 13 + 75148670 GTGGGCTGGAAGC
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     7858 13 -    12755 GTGGGCTGGCAGC
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21502804 13 + 61074082 GTGGGCTTGCAGC
i canFam3.chr9                     I 150 C 0

a score=195877.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51264 49 +    88070 AAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCGGGGCGGCAGCAGGG---
s panTro4.chr17                    16133821 49 + 82630442 AAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGGG---
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48160794 49 + 73212453 AAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGGG---
i ponAbe2.chr17                    I 4474 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2102661 49 -  2193130 AAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGGG---
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27537959 49 - 80904711 AAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGGG---
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28059347 49 - 80997621 AAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGGG---
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26700968 49 - 74645514 AAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGGG---
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64946206 49 + 75148670 AAGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGGG---
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     7871 49 -    12755 AGGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTCTCACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAGGG---
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 T 6112
s canFam3.chr9                     21502817 52 + 61074082 AGGTGGTCCTACAGCAGGTGGTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAGCAAGG
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=347974.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51313 112 +    88070 CTGGCAGCAGCTGGATCCACAGCTCTGGTTGAGGCAACCAGGCAGGCAGACAGTCGTCGGGTAGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGCTCTGGCCA
s panTro4.chr17                    16133870 112 + 82630442 CTGGCAGCAGCTGGATCCACAGCTCTGGTTGAGGCAACCAGGCAGGCAGACAGTCGTGGGGTAGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGCTCTGGCCA
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48160843 112 + 73212453 CTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTGAGGCAACCAGGCAGGCAGACAGTCGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGCTCTGACCA
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2102710 112 -  2193130 CTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACAGTCGTGGGGTAGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGATGCTCTGGCCA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 I 6917
s rheMac3.chr16                    27538008 112 - 80904711 CTGGCAGCAGCTGGATCCATAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGGTCA
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28059396 112 - 80997621 CTGACAGCAGCTGGATCCATAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGGTCA
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26701017 112 - 74645514 CTGGCAGCAGCTGGATCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACTTGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGGCCA
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64946255 112 + 75148670 CTGGCAGCAGCTGGATCCATAGCTCTGATTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGGCCA
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     1808 112 -    12755 CTGGCAGCAGCTGGATCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGAAGGCAGACACACGTGGGGTAGTAGCAGGTTCTCGTGCAGTACACAGGTGCACAGGAGCTGGTCTGGCCA
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random T 6112 C 0
s canFam3.chr9                     21502869  52 + 61074082 CTGGCAGCAGCTGGACCCGCAGC--------------------------------------------------------CACTGGACC----CACAGCAGCTGGGCTGGCAG
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=75615.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51425 30 +    88070 CAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAG
s panTro4.chr17                    16133982 30 + 82630442 CAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAG
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48160955 30 + 73212453 TAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAG
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2109739 30 -  2193130 CAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         I 6917 T 6947
s rheMac3.chr16                    27538120 30 - 80904711 CAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAG
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28059508 30 - 80997621 CAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAG
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26701129 30 - 74645514 CAGCTAGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAG
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64946367  1 + 75148670 C-----------------------------
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     1920 30 -    12755 CAGCTGGAGCCACAGCTGGTTTGGCCACAG
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21502921 30 + 61074082 CAGCTGGACACACAGCATGCGGGCTTGCAG
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=760589.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51455 236 +    88070 CAGCTGGACCCACAGCAGAT---------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCTGGCAGCAGGTTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCAGACAG---GTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGCTGGGCGGCAGCA------------------------------------------------AGGCTGGCAGCAGCTAGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACAGTGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGT
s panTro4.chr17                    16134012 236 + 82630442 CAGCTGGACCCACAGCAGAT---------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAG---GTGGGCTGGCAGCAGGTGATCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGCTGGGTGGCAGCA------------------------------------------------AGGCTGGCAGCAGCTAGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACAGTGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGT
i panTro4.chr17                    C 0 I 15
s ponAbe2.chr17                    48160985 236 + 73212453 CAGCTGGACCCACAGCAGGT---------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAG---GTGGGCTGGCAGCAGGTTGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCA------------------------------------------------AGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACAGTGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAAGTGGTCCTGCAGCAGGT
i ponAbe2.chr17                    C 0 I 15
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2102822 236 -  2193130 CAGCTGGACCCACAGCAGGT---------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAG---GTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGTGACAGCA------------------------------------------------AGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCGGCAGGTGGT-------CACAGTGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         T 6947 I 15
s rheMac3.chr16                    27538150 221 - 80904711 TAGCTGGACCCACAGCAGGT---------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGACAGCAGCTGGTCACACAG---GTGGGCTG---------------GCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCA------------------------------------------------AGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACACAGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGT
i rheMac3.chr16                    C 0 I 15
s macFas5.chr16                    28059538 221 - 80997621 TAGCTGGACCCACAGCAGGT---------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAG---GTGGGCTG---------------GCAGCATGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCA------------------------------------------------AGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACACAGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGT
i macFas5.chr16                    C 0 I 15
s papAnu2.chr16                    26701159 320 - 74645514 CAGCTGGACCCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTGGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAATtgggtggcagcaaggctggcaACAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAG---GTGGGCTG---------------GCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCA------------------------------------------------AGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACACAGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGT
i papAnu2.chr16                    C 0 I 15
s chlSab2.chr16                    64946368 220 + 75148670 -AGCTGGACCCACAGCAGGT---------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAG---GTGGGCTG---------------GCAGCAGGTATTTTGACAGCAAGTTGGGCGACAGCA------------------------------------------------AGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGT-------CACACAGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGT
i chlSab2.chr16                    C 0 I 20296
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     1950 206 -    12755 CAGCTGGACCCACAGCAGGT---------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCTGG------------------------------CAGCAGCTGGTCACACAG---GTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCA------------------------------------------------AGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGCTGGT-------CACACAGG-----------------------------------------TGGGCTTCCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGT
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 I 15
s canFam3.chr9                     21502951 335 + 61074082 CAGGTGGTCCTACAGCAGGT---------------------------------------------------------------------------------------------------GGTCTGACAGCACGTTGGGCGGCAGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCATGCGGGCTTGCAGCAGGTGGTCCTACAGCAGGTGGTCTGACAGCACGTTGGGCGGCAGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACCCGCAGCCGCTGGACCCACAGCAGCTGGGTTGGCAGCAGCTGGACACAGAGCATGCGGGCTTGCAGCACGTGGTCCTGCAGCAGGTGGTGTGACAGCACGTTGGGCGGCAGCAGCAAGGCTCGCAGCAGCTGGATCCACAGCAGCTGGGTTCGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGT
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=691894.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51691 209 +    88070 AGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACA--------CCTGGCTTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTACACTGTTTTCCACAGTCCCTTTGGGATTGTCAAAGGGG-
s panTro4.chr17                    16134263 209 + 82630442 AGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTGGGTCATGGTGTCAGGGATGGAGG-GTGGGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACA--------CCTGGCTTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGCTGCTGTTTACACTGTTTTCCACAGTCCCTTTGGGATTGTCAAAGGGG-
i panTro4.chr17                    I 15 C 0
s ponAbe2.chr17                    48161236 209 + 73212453 AGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGCTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----TTGATGACCCCTTGTAATCTGGACCTTTTATACA--------CCTGGCTTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTAACATTGTTTTCCACAGTCCCTTTGGTATTGTCAAAGGAG-
i ponAbe2.chr17                    I 15 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2103073 207 -  2193130 AGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTGGGTCATGGTTTCAGGGGTGGAGG-GTGGGCTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACA--------CCTGGCCTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTACATTGTTTTCC-CAGTCCGTTTGTGATTCTCAAAGG-G-
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         I 15 C 0
s rheMac3.chr16                    27538386 207 - 80904711 AGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGTTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----GTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACA--------CCTGGCCTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGCTGCTGTTTACATTGTTTTCCACAGTGCGTTTGTGATC-TCAAAGG-G-
i rheMac3.chr16                    I 15 I 11899
s macFas5.chr16                    28059774 207 - 80997621 AGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAAG-GTGGGCTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----GTGATGACCCCTTACAATCTGGACCTTTTATACA--------CCTGGCCTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGCTGCTGTTTACATTGTTTTCCACAGTGCGTTTGTGATC-TCAAAGG-G-
i macFas5.chr16                    I 15 C 0
s papAnu2.chr16                    26701494 207 - 74645514 AGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC---AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGCTTCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----GTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACA--------CCTGGCCTCCAAAGTTTCCACCAATCATCAGGACTTTTCCTTGCTGCTGTTtacattgttttccacagtgcATTTGTGATC-TCAAAGG-G-
i papAnu2.chr16                    I 15 C 0
s chlSab2.chr16                    64966884 208 + 75148670 AGGCTGGCAGCAAGAGGAGCAAC---AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGG-GTGGGCTTCTGTTCAGAGGTGAATTTCCCAGAAT----CTGATGACCCCTTGCAATCTGGACTTTTTATACA--------CCTGGCCTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTACATTGTTTTCCACAATCCTTTTGGGATTGTCAAAGG-G-
i chlSab2.chr16                    I 20296 I 1
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     2171 208 -    12755 AGGCTGGCAGCAAGGGGAGCAGC---AGTGGGTCATGATGTCAGGGATGGAGG-GTGGGCTCCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCCAGAAT----CTGGTGACTCCTTCCAATCTGGACCTTTTATACA--------TGTGGCCTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTGCTGTTTACATTGTTTTCCACAGTCTGTTTGGGATTGTCAAAGG-G-
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random I 15 I 1
s canFam3.chr9                     21503286 218 + 61074082 GGGCTGGCAGCACGGGGAGCAGCACGATTCACTCATGGTGTCGCAGGTGGAGGCGTGGGCTTCTGTTCTGAGGTGACGTTCTCAGATTCTGACTGATGCCTCCTTCCATTCTGGGGCTTTTATACACTGGACCCCCTCACCCCCAACGTATGGACCAATGGGCAGGACTTCCC-------TTGTTTATACCGTTTTCCATAGTCACTGGCGGCTGGTAGAAGA-GG
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=25624.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51900 39 +    88070 AAATTGTTTCTGAAAACTTATGAATCTTTTGAAAGTAA--G
s panTro4.chr17                    16134472 39 + 82630442 CAATTGTTTCTGAAATCTTATGAATCTTTGGAAAGTAA--G
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48161445 39 + 73212453 ACGTGGTTTCCTAAAAGTTATGAATCTTTTGAAAGTAA--G
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2103280 30 -  2193130 TAGTTGTTTCCTTAAGGTTAAACAGATT---------A--A
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27550492 39 - 80904711 AAGTTCTTTCTTAAAAGTTATGAATCTGTTGAAAGTAAG--
i rheMac3.chr16                    I 11899 T 11908
s macFas5.chr16                    28059981 30 - 80997621 TAGTTGTTTCCTTAAGGTTA--AAC------AGACTAA---
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26701701 30 - 74645514 TAGTTGTTTCCTTAAGGTTA--AAC------AGATTAA---
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64967093 39 + 75148670 AAGTTCTTTCTTAAAAGTTATGAATATGTTGAAAGTAA-G-
i chlSab2.chr16                    I 1 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     2380 39 -    12755 AAGTTGTTTCTGAACTCTTATGAATCTTTTGAAACTAA--A
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random I 1 C 0
s canFam3.chr9                     21503504 36 + 61074082 ---AAGTTCCCTAAGTGTTAGGAATCCCTAGAGAATGG--G
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=208959.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           51939 70 +    88070 GGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCATAGAAACTTCCTTTCAGATAAAAGGAAGCCCATCTCA
s panTro4.chr17                    16134511 70 + 82630442 GGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCATAGAAACTTCCTTTCAGATAAAAGGATGCCCATCTCA
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48161484 70 + 73212453 GGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCTTAGAAGCTTCCTTTCAGATAAAAGGAAACCCGTCTCA
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2103310 70 -  2193130 GGTTTAATCTCTCTCTTAATTGTGAATTACTCATAGAAACTTTGTTGCAGATAAAAGGAAGCCCATCTCA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27538623 70 - 80904711 GGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTTAATTACTCATAGAAACTTCGTTTCAGATAAAAGGAAGCCCATTTCA
i rheMac3.chr16                    T 11908 I 11908
s macFas5.chr16                    28060011 70 - 80997621 GGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTTAATTACTCATAGAAACTTCGTTTCAGATAAAAGGAAGCCCATTTCA
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26701731 70 - 74645514 GGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCATAGAAACTTCGTTTCAGATAAAAGGAAACCCATTTCA
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64967132 70 + 75148670 GGTTTAATCTGTTTCTTAATTGTGAATTACTCATAGAAACTTCGTTTCAGATAGAAGGAAGCTCCTCTCA
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     2419 70 -    12755 GATTTAATCTGTTTCTTAATTGTGAATTATTCATGGAGATGTTGTTTCAGATAAAAGGAATGAGGTCTCA
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21503540 66 + 61074082 TGCTTAACATGTT--TTAATTGAGAGTAACTCATAGGAAGATTGT--CAGAGGGAAGCAAGGTGGTCACG
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=195184.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           52009 68 +    88070 TCATCAGCATCATTCCTGCTCTGACCATCATCTAGTCATGTGAT--AGTTCTTG----GTGATCTGGGAAGCTC---
s panTro4.chr17                    16134581 68 + 82630442 TCATCAGCATCATTCCTGCTCTGACCATCATCTAGTCATGTGAT--AGTTCTTG----GTGATCTGGGAAGCTC---
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48161554 68 + 73212453 TCATCAGCATCATTCCTGCTGTGACCATCATCTAGTCATGTGAT--AGTTCTTG----GTGATCTGGGAAGCTC---
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2103380 68 -  2193130 TCATCAGCATCATTCCTGCTCTGACTATCATCTGGTCATGTGAT--AGTTCCTG----TTGATCTGGGAGGCTC---
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27550601 68 - 80904711 TCATCAGCATCTTTCCTGCTCTGACCATCGTCTGGTCATATGAT--AGTTCCTG----GTGATCTGGGAGGCTC---
i rheMac3.chr16                    I 11908 T 11976
s macFas5.chr16                    28060081 68 - 80997621 ACATCAGCATCTTTCCTGCTCTGACCATCATCTGGTCATGTGAT--AGTTCCTG----GTGATCCGGGAGGCTC---
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26701801 68 - 74645514 TCATCCGCATCTTTCCTGCTCTGACCATCATCTGGTCATATGAT--AGTTCCTG----GTGATCCAGGAGGCTC---
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64967202 68 + 75148670 TCATCGGCATCATTCCTGCTCTGACAATCCTCTGGTCATGTGAT--AGGTCCTG----GTAATATGGGAGACTC---
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     2489 68 -    12755 TCATCAGCATCATTCTTGCTCTGACCATCTTCTGGTCATGTGAT--CATTCCTA----GTGACCAGGGAGGCTC---
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21503606 77 + 61074082 TTAGCAGCCTCGTTCTTGCTTCCGGGGCCGTGGGATCACGTGATGCAGTTCCTGGGAAGTGGTTGGTGAGTCAGTTT
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=302572.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           52077 97 +    88070 AGGAAATTCTCTCTGCCCAGCCTCAC--AGTTGGCTGTATGTAGACTGGGAAGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGCTGATATATTTACGGTGACAAAA
s panTro4.chr17                    16134649 97 + 82630442 AGGAAGTTCTCTCTGCCCAGCCTCAC--GGTTGGCTGTATGTAGACTTGGAAGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGCTGATATATTTACGGTGACAAAA
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48161622 97 + 73212453 AGGAAGTTCTCTCTGCCCAGCCTCAT--GGTTGGCTGTACGTAGACTGGGAAGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGCCGATATATTTACGGTGACAAAA
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2103448 97 -  2193130 AGGAAGTTCTCTCTGCCCAGCCTCAT--GGTTGGCTGTATGTAGCCTGGGAAGTGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGCTGATATATTTACAGTGACAAAA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27538693 97 - 80904711 AGGAAGTTCTCTCTGCCCAGCCTCAT--AGTTGGCTGTATGTAGACTGGGAAGCGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGCTGATATATTTATGGTGACAAAA
i rheMac3.chr16                    T 11976 C 0
s macFas5.chr16                    28060149 97 - 80997621 AGGAAGTTCTCTCTGCCCAGCCTCAT--AGTTGGCTGTATGTAGACTGGGAAGCGTCTGTGGGGAGA----AGCATGATGCTGATATATTTATGGTGACAAAA
i macFas5.chr16                    C 0 M 801
s papAnu2.chr16                    26701869 97 - 74645514 AGGAAGTTCTCTCTGCCCAGCCTCAT--AGTTGGCTGTATGTAGACTGGGAAGTGTCTGTGAGGAGA----AGCATGATGCTAATATATTTATGGTGATAAAA
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64967270 97 + 75148670 ACGTACTTCTCTCTGCCCAGCCTCAC--GGTTGGCTGAATGTGGTCTGAGAAGTGCCTGTGGGGACA----AGTATGATGTAGATAAATTTATGGTGACAAAA
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     2557 96 -    12755 ATGAAGTTCTCT-TGCCCAGCCTCAC--GTTTGGCTGTGTGTAGGCTGGGCAGTGTCTTTGGGGAGA----AGCATGATCCCGATATATTTACAGTGACAAAA
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21503683 98 + 61074082 ----CGTGCTCCTTGCCCAGCATTGGTAGTTTGGCTGCATGCAGACTGGG-AGTATCCCTGAGGTGAAGGGAGCTTGATGGTTATATGTTCATAGTGATGAAT
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=789375.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           52174 369 +    88070 TGAATCCATGCCTGGGCCCAAGACAATTCACCCACCAAAT-TCTGACTCAAGA--CTAACAGGCATCTCT------GTGCAATCCTCACCACCTGTGTCTTTCAGTTATTTGAACGTCACTTGGGAAGAGGGTGTCTGTCACAGTGTGTTCCAT----GTGGCAGAGCCGATCGAGAGCAGGTGGATGC--AGAGAAATCCACTGGGATTTAGACAGCATCAAGCAATCTACGCCCAGGGGTGAGCA-----TTCATTCTCACTTGTCTGCGAGTGTGGGGATTACCGGGATGAGAATGTAGAACTTTCTATGACATAACTGCTTGAGATTCAGGCCAACGTGCATAAGCTGTGGCTCTAGCCATAACCCTGGTTACTAGCACAGTCAG
s panTro4.chr17                    16134746 371 + 82630442 TGAATCCATGCCTGGGCCCAAGACAATTCACTCACCAAAT-TCTGACTCAAGA--CTAACAGGCATCTCTCT----GTGCAATCCTCACCACCTGTGTCTTTCAGTTATTTGAACGTCACTTGGGAAGAGGGTGTCTGTCACAGTGTGTTCCAG----GTGGCAGAGCAGATCGAGAGCAGGTGGATGC--AGAGAAATCCACTGGGATTTAGGCAGCATCAAGCAATCTACGCCCAGGGGTGAGCA-----TTCATTCTCACTTGTCTGCGAGTGTGGGGATTACCGGGATGAGAATGTAGAACTTTCTATGACATAACTGCTTGAGATTCAGGCCAATGTGCATAAGCTGTGGCTCTAGCCATAACCCTGGTTACTAGCACAGTCAG
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48161719 369 + 73212453 TGAATCCATGCTTGGGCCCAAGACAATTCACCCACCAAAT-TCTGACTCAAGA--CTAACAGGCATCTCTCT----GTGCAATCCTCACCACC--TGTCTTTCAGTTCTTTGAACGTCACTTGGGAAGAGAGTGTCTGTCACAGTGTGTTCCAT----GTGGCAGAGCAGATCGAGAGCAGGTGGATGG--AGAGAAATCCACTGGGCTTTAGACAGCATCAAGCAATCTACGCCCAGGGGTGACCA-----TTCATTCTCACTTGTCTGAGAGTGTGGGGATTACCAGGATGAGAATGTAGAACTTTCTATGACATAACTGCTTGAGATTCAGGCCAACGTGCATAAGCTGTGGCTCTAGCCATAACCCTGGTTACTAGCACAGTCAG
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2103545 364 -  2193130 TGAATCCATGCCTGGGCCCAAGACTAGTCACCCACCAAAT-TCTGACTCAAGA--CTAACAGGCATCTCTCT----GTGCAACCCTCACTACCTGTGCCTTTCAGTTCTTTGAACATCAC-----AAGAGGGTGTCTGTCACAGTGTATTCCAT----GTGGCAGAGCAGATCGAGAGCAGATGGATGC--AGAGAAATTCACTGGGATTTAGACAACATCAAGCAATCTATGCCC-TGAGTGACCA-----TTCATTCTGCCTTGTCTGCGAGTGTGGTGATCACCAGGACGAGAATGTAGAACTCTCTATGGCATTACTGCTCGAGATTCAGGCCGACCAGCATGTGCTGTGGCTCTAGACGCAACCC-GGTTACTAGCACAGTGAG
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27538790 367 - 80904711 TGAATCCATGCCTGGGCCCAGGACTATTCACCCACCAAAT-TCTGATTCAAGA--CTAACAGGCATCTCTCT----ATGCAACCCTGACCACCTGTGTCTTTCAGTTCTTTGAACATCACTTGGGAAGAGGGTGTCTGGCAGAGTGTGTT-CAT----GTGGCAGAGCAGATCAAGAGCAGGTCGATGC--AGGGAAATCCACTGGGATTTTGACAGCGTCGAACAATCTAAGCCCGGGCGTGACTA-----TTCATTCTGACTTGTCTGTGAGTGTGGCGATTACCGGGATG---GTGTAGAACTTTCTGTAATGTAACTGCTTGAGATTCAGGCCAACGAGCACAAGCTGTGGCTCTAGCCATAACCCTGGTTACTAGCACGGTCAG
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26701966 370 - 74645514 TGAATCCATGCCTGGGCCCAAGACTATTCACCCACCAAAT-TCTGATTCAAGA--CTAACAGGCATCTTTCT----GTGCAACCCACACTACCTGTGTCTTTCAGTTCTTTGAACGTCACTTGGGAAGAGGGTGTCTGGCAGAGTGCGTTCCAT----GTGGCAGAGCAGATTGAGAGCAGGTGGATGC--AGAGAAATCCACTGGAATTTAGACAGCATCAAGCAATCTATGCCCTGA-GTGACCA-----GTCATTCTGACTTGTCTGCGAGTGTGGCGATTACCAGGATGAGAGTGTAGAACTTTCTGTGACATAACTGCTTGAGATTCAGGCCAACGAGCACGAGCTATGGCTCTAGCCATAACCCTGGTTACTAGCACGTTCAg
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64967367 371 + 75148670 TGAATCCATTCCTGGGCCCAAGACTATTCACCCATCAAAT-TCTGATTGAAGA--CTAATAGGTATCTCTCT----GTGCAACCCACACCACCTGTGTCTTTCAGTTCTTTGAATGTCACTTGGGAAGAGGGTGTCTGGCAGAGTGTATTCCAT----GTGGCAGAGCAGATTGAGAGCAAGTGGATGC--AGAGAATTCCACTGGGATTTAGAGAGCATAAAGCAATCTATCCCCTGGGGCGACCA-----TTCGTTCTGACTTACCTGTGAGTGTGGTGATTACCAGGATGAGAATGTAGGACTTTCTATCACGTAACTGGTTGAGATTCAGACCAACCAGCATGTGCTGTGGCTCTAGCCTTAAACCTAGTTACTAGCACAGTTAG
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     2653 375 -    12755 TGAGTCCATGCCTGGGCCCAAGACTATTCACCAACAAAAT-TCTAATTCAAGA--CTAACATGCATCTCTC------TGCAACCTATACCACCTGTGTCTTTTGATTCTGTGAACGTCACTTGGGAAGAGGGTGCCTGGCACAGTGTGTTCCATGCACGTGGCAGAGCTGATCAAGCGTAGGTGGATGCAAAGAGAAATCCACTGGGATTTTGGCAGTATTAAGCCATCTATGCCCTGgggtgacca-----ttcattctgacttgtctgggagtgtggggattaccagaatgagaatgtagcactttctatgacataaccgctttagtttcaggccaaccagcatgagctgTGGTTCTGGCCCTAACCCTGGTTACTAGCACAGGTAG
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21503781 344 + 61074082 TGCAATCATGCTGGAGCCCGAGTCTGTTTCCCCA--AAGTGCCTCATTCCAGAGGCCCGCAGGCATCTGTCTCTTGGAGCACCCTACCTCGTTTGCATAGGGCAGTGCATTCAAAGAAACTTGGGTGGAGGACATCTGGCATCATGTCTTCCAT----ATGTCAAGGCCGAAT-CGAGCAGGTGGATAG--AAACA---------GGACTAAACCAGCATCCATGAACATACTTCCTGA-GTGACCAGCAGTCCTGCTCTGATTTACCCAGAAATGAGTGTTTTCCCAGGCTGTGGGTATAAG------CGGGGCATTTTGGGGTGAGT--------------------CGGTGACCCTCGTCCTAACCTTGTTAACCAGCAGAGTGAG
i canFam3.chr9                     C 0 I 15749
e macFas5.chr16                    28060246 801 - 80997621 M

a score=28507.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           52543 13 +    88070 TATCAtttcttct
s panTro4.chr17                    16135117 13 + 82630442 TATCAtttcttct
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48162088 13 + 73212453 TGTCAtttcttct
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2103909 13 -  2193130 CATCATGTCTTCT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27539157 13 - 80904711 TGTCAtttcttct
i rheMac3.chr16                    C 0 I 815
s papAnu2.chr16                    26702336 13 - 74645514 tgtcatttcttct
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64967738 13 + 75148670 CGTCATCTCTTCT
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     3028 13 -    12755 TGTCATTTCTTCT
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e canFam3.chr9                     21504125 15749 + 61074082 I
e macFas5.chr16                    28060246 801 - 80997621 M

a score=3225.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           52556 2 +    88070 ct
s panTro4.chr17                    16135130 2 + 82630442 ct
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48162101 2 + 73212453 ct
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2103922 2 -  2193130 CT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 I 6
s papAnu2.chr16                    26702349 2 - 74645514 tt
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64967751 2 + 75148670 CT
i chlSab2.chr16                    C 0 T 19227
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     3041 2 -    12755 CT
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e canFam3.chr9                     21504125 15749 + 61074082 I
e macFas5.chr16                    28060246 801 - 80997621 M
e rheMac3.chr16                    27539170 815 - 80904711 I

a score=2097.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           52558 3 +    88070 ttc
s panTro4.chr17                    16135132 3 + 82630442 ttc
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     3043 3 -    12755 CTC
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e canFam3.chr9                     21504125 15749 + 61074082 I
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i macFas5.chr16                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64950410 341 + 75148670 ggagaactgatttataaagactctagcttcctcattcctgaagtagggtaattctagctgtgtgtttttca----------------tcttttctgatagatttccctttagtttaaagtttaattgctcactgtgatactgacttaatagtgaaccctcttctgtatcacttccccagttcctaccagtgtaatctgcatttcccaataaactagtttccctggaatcttttcttcagagtctcttctgggagaaACTTATCTGTGACATTATGttaactccctcagcctcaattttcttatctctaccatgggaacatgaacacctattctgaaagtttgttaaagaattaatga
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     5059 335 -    12755 ggagtgctgatttatgaagactccagcttcctcattcctgaagtaggataattctagctgtgtcgttttca----------------tcatttctgacagttttccctttagtttaagcttcagttggtcactctgatattggcttaatagtgtaccattttctgtatcacttccccaatccccaccagtgtaatctgcacttccc----aactgctttcactaggatcctttcctcagtgtctcttctgagagaaactaaactatgacaTTGTAttaactctcttagtctcagttgtctcatctctacgatgagaacattaatacctattttgaaagtttgctaaagagttaat--
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e canFam3.chr9                     39588174 718 - 61074082 I

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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48164332 113 + 73212453 taatgtacacaaaacgtttagcaaatacccatcacatagcaggcaatccagaacatattagtgtct-cttgttCAGAAAATTACCAATTTTAATGTTGAAGATAAGAATATTTT
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         I 305 C 0
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i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
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i macFas5.chr16                    C 0 M 426
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
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i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
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i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e canFam3.chr9                     39588174 718 - 61074082 I

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           54918 107 +    88070 TGTAATAATTAACTAGATCAACTAAATACTTTttttcctagctgtattgaggtataattgacaaataaaagttgtatctatttcaggtatacaaggtgatgttctg--a
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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48164445 108 + 73212453 TGTAATAACTAACTAGATCAACTAAATAC-Ttttttcctagctgtactgacgtataattgacaaataaaaattgtatctatttcaggtatacaaggtgatgctctgata
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2113389 104 -  2193130 TGTAATAATTAACTAGATCAACTAAATAC---ttttcctagcagtattgaggtgtaattgacaaataaaaattgtgtctgtttcaggtatacaaggtgatgctcta--a
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 T 25005
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i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26704905 106 - 74645514 TGTAATAATTAACTAGATCAACTAAATAC-TTTTTTCCTATCTgtactgaggtataattgacaaataaaaatcgTATCTATTTCAGGTATACAAGGTGATGCTCTG--A
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64950865 106 + 75148670 TGTAATAATTAACTAGATCAACTAAATAC-TTttttcctatctgtactgaggtctaattgacaaataaaaatcgtatctatttcaggtatacaaggtgatgctctg--a
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     5503 104 -    12755 TATAATAATTAA-TGGATCAACTAGATAC-TTttttcctagctgtactgaggaataattgacaaataaaaattattcatatttcaggtatacaaggtgat-ctctg--a
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e canFam3.chr9                     39588174 718 - 61074082 I
e macFas5.chr16                    28062580 426 - 80997621 M

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           55025 212 +    88070 ----------tatatatattccttgtga---ataatatgtttattaggtcacgaagctaccatttccttttaatttttgtggtgtgaacatttaagatctaccttcttggtaaatttcaggtatatgataaag---tgttattaactatagtcacattactgtacagtagacatgctgaacttattcatctttcataaatgaTGCTAGTCAAAGAGAATGTCCTAGTT-
s panTro4.chr17                    16137602 212 + 82630442 ----------tatatatattccttgtga---ataatatgtttattaggtcacgaagctaccatttccttttaatttttgtggtgtgaacatttaagatctaccttcttggtaaatttcaggtatatgatgaag---tgttattaactatagtcacattactgtacagtagacatgctgaacttattcatctttcataaatgaTGCTAGTCAAAGAGAATGTCCTAGTT-
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48164553 212 + 73212453 ----------tatatatattctttgtga---ataatatgtttattaggtcacgaagctaccatttccttttaatttttgtggtgtgaacatttaagatctaccttctcggtaaatttcaggtatatgataaag---tgttactaactatagtcacattactgtacagtagacatgctgaacttattcatctttcataactgaTGCTAGTCAAAGAGAATGTCCTAGTT-
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2088488 219 -  2193130 ----------tatatatacttattgtgaatcatcatatattccttagctcacatagttaccatttcctttttatttttgtggtgtgaacacttcaaatctaccttcttagcacatttcaggtataaaataaagcatttttgttaactatagtcacgttgctgtacactagatctgcagaactgactcagcttgcataactgaTGTTGGTCAAAGAGAATGTGATAGTTC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         T 25005 C 0
s rheMac3.chr16                    27542435 206 - 80904711 ----------tacatatattcattgtga---ataatatatttgttaggtcacttagttaccatttcctttttatttttgtggtgcgaacatttaagatctaacttcttggtaaacttcagctatatgataaag---tgttttt------agtcacattactgtacagtagatgtgctgaactgattcatctttcataactgaTGCTGGTCAGAGAGAATGTCCTAGTT-
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26705011 212 - 74645514 ----------TACATATATTCATTGTGA---ATAATGTATTTGTTAGGTCACTTAGTtaccatttcctttttatttttgtggtgcGAACATTTAAGATCCACCTTCTCTGTAAACTTCAGCTATATGATAAAG---TGTTTTTAGCTACAGTCACATTACTGTACAGTAGATGTGCTGAACTGATTCATCTTTCATAACTGACGCTGGTCGAAGAGAATGTCCTAGTT-
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64950971 212 + 75148670 ----------tacatatattcattgtga---ataatatatttgttaggtcacttagttaccatttcctttttatttttgtggtgcgaacatttaagatctaacttcttggtaaacttcagctatatgataaag---tgtttttagctatagtcacattactgtacagtagatgtgctgaactgattcatctttcataactgaTGCTGGTCAAAGAGAATGTCCTAGTT-
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     5607 222 -    12755 tatatatatatatatatattcattgtga---ataacatctttatcagctcgtgtagtcaccatttcttttttatttttatggtgtgaacatttaagatctaccttctcagcaaatttcaagtatatgataaag---tatttttagctgtagtcacattaccgtacagtagacatgctgagcttattcatcttgcatagctaaTGTTAGTCAAAGAGAATGTCCTAGTT-
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e canFam3.chr9                     39588174 718 - 61074082 I
e macFas5.chr16                    28062580 426 - 80997621 M

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           55237 66 +    88070 TTCATCTCCTTTA---------CTTCAACCCTGAACGATGATCACAGTAAGTGGC-CGTTGTCTCTTAGCCAAGTC--
s panTro4.chr17                    16137814 66 + 82630442 TTCATCTCCTTTA---------CTTCATCCCTGAACGATGATCACAGTAAGTGGC-CGTTGTCTCTTAGCCAAGTC--
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48164765 66 + 73212453 TTCATCTCCTTTA---------CTTCATCCCTGAACGATGATCACAGCCAGTGGC-CGTTGTCTCTTAGCCAAGTC--
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2088707 66 -  2193130 TTCAGCTTCTTTA---------CCCCATTATGCAACAACTATCACAGTCAGTGGC-TTTTGTCTCTTAGCTGAGTC--
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27542641 66 - 80904711 TTCATCTCCTTTA---------TTTAATCACCGAACGATGATCACAGTAAGCGGC-CTTCATCTCTTAGCCAAGTC--
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26705223 66 - 74645514 TTCATCTCCTTTA---------TTTCATCACCAAACGATGATCACAGTAAGCGGC-CTTCGTCTCTTAGCCAAGTC--
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64951183 66 + 75148670 TTCATCTCCTTTA---------TTTCATCACCAAATGATGATTACAGTAAGTGGC-CTTCGTCTCTTAGCCAAGTC--
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     5829 66 -    12755 CTCATCTCCTTTA---------CTTCATCACTGAACGATGATCACCGTAAGCGGT-CCTTGTCTCTTAGCCAAGTC--
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     39588892 71 - 61074082 TTCCTCACCTCTGAATGCAAACCCCCATCTCTGAATGAC-----CAGCAGGAGGCACAACTGGTCTTGGC--AGCCTG
i canFam3.chr9                     I 718 n 718
e macFas5.chr16                    28062580 426 - 80997621 M

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           55303 226 +    88070 TTCAGAGCATTCTAGATTCACAGTCTCAGAAGTTGGCATCTGTCATGGAAATCTACATTTTTAGCTGATCAGAGGTAATTCTAGCACTCCAGTGCTGGTAGGAGGTCCGAAGAAGGTGACCCAGGTCCCCAACTTTTATATTTCTCTCAGAGCCTGTATCAATCAATCTTTCCATGGGTGAATGCTTAGCTTA---CATCGGTTCAGGACCCAAAGCACTAA-CCTCTGT
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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 I 19135
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i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64951249 224 + 75148670 TTCAGCGCATTCTAGATTCA--GTCTCAGAAGTTTGCATCTGTCATGGAAATCCCCATTGTTAGCTCATCAGAGGTACTTCTAGCACTCCCATGCTGGTAGGAGGTCCCAAGAAGGTGACCCAGGTCCCCGACCTTTATATTTCTCCCAGAGCCAGTATCAATCAATCATTCCGTGGGTGAATGCTTAACTTA---CATCAGTTCAGGACACAAAGCATCAA-CCTCTGT
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
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i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21519874 206 + 61074082 TCCAGAGCCTCCTGGAGAGCAAGTCTCCAATGTTGGAGTGTGCCTGGGGCAGGAGCCTTCCTAGCTCTACAAAGGTCCCTCTAGGGCTCCC-------------------AGGAGGTGACCCAGGGCCTAGGTCTCC-TCTTCCTCTCAAAGCCTG----AATCAAACCTCAGATACCTTAGTATCAAGGCAGCACCATTAGTTCAGGAGCAGAAGTGCCAGCCCTTTGT
i canFam3.chr9                     I 15749 C 0
e macFas5.chr16                    28062580 426 - 80997621 M

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           55529 158 +    88070 CTATTATG-ACTTCTATGAATGCACAAGTTCTACT---TTGCTCCTTTCTTACATTCTTCTGATTTCCCTGGAAACACAAGTTTTTCATTTCTTTGAATGCTTCCTATTGGCCTCACAAAATGCAGAAGGCTGTTTCATTCCCTTACTTGGCTCAGAGATTA
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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
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i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 I 314
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i canFam3.chr9                     C 0 C 0

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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
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i macFas5.chr16                    C 0 I 1
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64952211 738 + 75148670 GAGTCTGCCCTTTAGTAGCTACATAACATCACACATTAAATTGTActcaactgaaagaatggaggtaataatacat----gatcatatgttttgagaatcaaattggataatgcctatGGTATGTGATATGTATGTAAATC-CCATATCAGGAATGATTCCAAATAAAACA-AAACACCATATGAGATG-AGGTTGGTTCCAAGTTTATTCAGAAACATATAGCTAAGAATCTCTGT---TACCAGAGACATAACCC---AAAGTTATCATGAAAAGAAAAAAGAAAGATACAAGAAACATGAGGAGGATATTGAAAACAAAAATATGATTGCAAAGATTATTGATCAGTTGCAGA---------------------AACCTAAATTCCTTA------GAAGCAG--AGAATGAAGATCTTGAGTTT---TGAGTGAAAGCTGAGACCATGACTCCAAACTGAGAACACACAAAGCTGGCACATGATCCACAAGGTGGAAGGAAAAA---------------GAGAATCAGGATGAAG-------TATTTTGCCGTCCATGAAGCAGATTCCCAAGA-TTTATACATGCAGATAATTCATAAAAATTTGGGTGAGGGCATGGTGACTGTTAGCAGC-----AAAGTAAATTAGTCCCCCAAAAGATAAGTCAGTGGAACAGCAAATTGT---TGTGAG-GATGGTGGTTTT---CTTGGGACTTGATCAGCAGCAAGAAGGCTGGCAGCAGCAGCGGGACACACAGGTGGGCTGGAAGCAAGTGGTCCTGCAGCAGGT-GGTCTCACAGCAGGCTGGGC
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     7182 728 -    12755 GAGTCTGTCCATTATT-GCCACATAACATCACACATTAAATTGttctcagctgaaa-aatgaaggtaataatccat----gaccatctgttctgaggatcaaattaaataatacatatgGTATGTTATATGTGTGTAAATC-CCATATCAAGAATGCTTTAAAATAAAACA-AAACACCATGTGAGATG-AGGATGGTTCAGAGTTTATTCAGAAACATGTAGGCAAGAATGTCTGC---TACCAGGAACATGACCC---AAAGTCATCATGAAAAGAAGAAAG----ACACAAGAACAATGAGGAGGATATTGAAGACAAAATTATGACTACAAAGATTATGGATTAGTTGCAGA---------------------AACCTAAATTTCTGA------GAAGCAG--AGAATGAAGCTCTTGACTTT---AGAGTCAAAGCTGAGACCATGACTCCAAACTGAAGACACAGGAACCTGGCACATGTTCCACACGGTGTAAGGAAA-------------------GAATCAGGATGAAG-------TACTCTGCCCTCCCTCAAGCTGATTCACAAGATTTTAAACATGGAGAGAATTCATAAAAACGTGGGTGAGAGTATGGTGGTGGTCAGCAGC-----AAAGTAAATTACTTCCCCAAAAGATAAGTCAGTTGAGCAGAAGGCTGT-TGTGTGAG-GATGGTGGTCCT---CTTGGGAGTTGATCAGCAGCAAGAAGGCTG---GCAGCAGCTGGACACACAGGTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGT-GGTCTCACAGCAGGCTGGGC
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random I 314 C 0
s canFam3.chr9                     21520826 742 + 61074082 GATTCTGCCC-CTGTCAGCTCTGTGACATGATGTCATGGGATTTTATCATCTCCAAG--TGGAGATACAAATTTGTGGGGGATTATA-----GGAGGCTCTAAATGGATAATGCACGTGGTATGGAACTTGTGTATACATCGTGATGTTGTGAGCACT---GAAGAAGACATGGACACCATATGGGATGCAGAATGATACACGGTTTATT--AAAAGGTATAGGTGAGACCTCCCCC---CTGCATGGAGGGAGCCCTTTGATGTGTTCATGCAAGGATGAGAAAAGGATACAAGGACTGT---GAGGACACGGAAAGAGAAAACATGA-TGCCAAGACT-TTCATTAGTGGCAGACCTCTGTACAATAGGCATAAGGACTTGTGTCTCTAATTTAGTGATACAGATAGGATGAAGATCTTGACTATGAAGGAGTCAAGGCAAAGGTCGTGATTCCAAATC-AGGATGCATGAG--TGGCACATGATCCATAAGATGAAAGAAGAAGAGAATAATAATCCATAAGATTAAGGAAGAAGGGATAAATGGTCCACATTTCATCAAGCTTACTCATTAGCTTGTAAATAGGCAGATGAGTGACAAAAACATTGGCAATTGTATGCTGGCTTTGAGAAACGTTTGACAGTAACTTTGTTTCCCAAA----------------CAGCAATTTTTTTTTTTTCC-GATGATGGCTCTAGGCATGGCA----ATCAACAGCAGGAAGGCTG---GCAGCA----------------------------GGGGTCCTACAATAGGTAGGTGTTGCAGTATGGTGGA-
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=3600.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           56998 1 +    88070 G
s panTro4.chr17                    16139593 1 + 82630442 G
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48166544 1 + 73212453 G
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2109617 1 -  2193130 G
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27544403 1 - 80904711 G
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26706985 1 - 74645514 G
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64952949 1 + 75148670 G
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     7910 1 -    12755 G
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21521568 1 + 61074082 G
i canFam3.chr9                     C 0 C 0
e macFas5.chr16                    28064320 1 - 80997621 I

a score=441705.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           56999 131 +    88070 GCAGCAGGGCTGGCAGCAGTTGGAGCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACAGTTGTGGGGTAGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAG-GAGCTGCTCTGGTCA------------------------------CAGCTGGACC
s panTro4.chr17                    16139594 131 + 82630442 GAAGCAGGGCTGGCAGCAGTTGGAGCCACAGCTCTGGTTGAGGCAACCAGGCAGGCAGACAGTTGTGGGGTAGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAG-GAGCTGCTCTGGTCA------------------------------CAGCTGGACC
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48166545 131 + 73212453 GCAGCAGGGCTGGCAGTAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTTGAAGCAACCAGGCAGGCAGACAGTCGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAG-GAGCTGCTCTGGCCA------------------------------TAGCTGGACC
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2109618 161 -  2193130 GCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGAGCCACAGTTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACAGTCGTGGGGTAGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTACACAGGTGCACAG-GAGCTGCTCTGGCAACAGCTGGACCCACAGCTGGTTTGGCCACAGCAGCTGGACC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27544404 131 - 80904711 GCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCATAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGGTAGCAGGTTCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAG-GAGCTGGTCTGGCCA------------------------------CAGCTGGACC
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28064321 131 - 80997621 GCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCATAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGATAGCAGGTTCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAG-GAGCTGGTCTGGCCA------------------------------CAGCTGGACC
i macFas5.chr16                    I 1 C 0
s papAnu2.chr16                    26706986 131 - 74645514 GCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCATAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGATAGCAGATCCTTCTGCAGTAGACAGGTGCACAG-GAGCTGGTCTGGCCA------------------------------CAGCTGGACC
i papAnu2.chr16                    C 0 I 159
s chlSab2.chr16                    64952950 131 + 75148670 GCAGCAGGGCTGGCAGCAGTTGGATCCATAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACATGTGGGGTGGTAGCAGGTCCTCCTGCAGTAGACAGGTGCACAG-GAGCTGGTCTGGCCA------------------------------CAGCAGGACC
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     7911 134 -    12755 GCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGATCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACACACATGGGGTGGTAGCAGGTTCTCGTACAGTACACAGGTGCACAG-GAGCTGGTCTGGCCA---------------------------CAGCAGCTGGACC
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21521569 130 + 61074082 GAAGCAAGGATGGCAGCAGCTGGATCTGAAGCCCTGGGCTAGGCATCCAGGCAGGTAAAAGCAGGTAGGCT-GTAAGAGGTTCTACTATAGTACACAGGTGCACAGCAAGCTGG-CTGGCAA------------------------------CAGCTGGACC
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=23913.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           57130 6 +    88070 CACAGC
s panTro4.chr17                    16139725 6 + 82630442 CACAGC
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48166676 6 + 73212453 CACAGC
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2109779 6 -  2193130 CACAGC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27544535 6 - 80904711 CACAGC
i rheMac3.chr16                    C 0 I 5522
s macFas5.chr16                    28064452 6 - 80997621 CACAGC
i macFas5.chr16                    C 0 I 15803
s papAnu2.chr16                    26707276 6 - 74645514 CACAGC
i papAnu2.chr16                    I 159 C 0
s chlSab2.chr16                    64953081 6 + 75148670 CACAGC
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     8045 6 -    12755 CGCAGC
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21521699 6 + 61074082 CACAGT
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=532911.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           57136 168 +    88070 AGGTGGGCTGG---CAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTG---------------GCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGAAACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCA
s panTro4.chr17                    16139731 168 + 82630442 AGGTGGGCTGG---CAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAACAGCTGGTCACACAGGTGGGCTG---------------GCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGCTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCA
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48166682 168 + 73212453 AGGTGGGCTGG---CAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTG---------------GCAGCAGGTGCTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACGCAGCAAGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCA
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2109785 183 -  2193130 AGGTGGGCTGG---CAGCAGGGTGTGCTGCAACAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGTGACAGCAAGGCTGGCAGCAACTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCGGCAGGTGGTCA
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27550063 168 - 80904711 AGGTGGGCTGG---CAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTG---------------GCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCA
i rheMac3.chr16                    I 5522 C 0
s macFas5.chr16                    28080261 168 - 80997621 AGGTGGGCTGG---CAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTG---------------GCAGCAAGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCA
i macFas5.chr16                    I 15803 C 0
s papAnu2.chr16                    26707282 167 - 74645514 AGGAGGGCTGG---CAGCAGGGTGTGCTGCAGCAAGAACGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTG---------------GCAGCA-GTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAACAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCA
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64953087 168 + 75148670 ---TGGTTTGGCCACAGCAGCTGGACCCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTG---------------GCAGCAGGTGTTTTGACAGCAACTTGGGTGACAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCTGCAGGTGGTCA
i chlSab2.chr16                    C 0 I 2954
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     8051 183 -    12755 AGGTGGGCTGG---CAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGGCTGGCAGCAGCTGGTCACACAGGTGGGCTGGCAGCAGGTGGTCCCGCAGCAGGTGTTTTGACAGCAAGTTGGGCGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACACACAGCAGGAGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGCTGGTCA
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21521705 123 + 61074082 ACATTGGTTCA---TAGC------TACTG---------GACTCACAGCAGCTGA--GAGCAGGTAGACCT---------------TCAGCAAGTGGTTTGACTTCATGTTGGAGGTAAGCAAGGCTGATAATAGCTGGACCCATAGCA--------------------TGTTTGTCCA--------
i canFam3.chr9                     C 0 C 0

a score=63110.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           57304 27 +    88070 CAGTGGTGGGCTTC-CAGCAGGTGGTCC
s panTro4.chr17                    16139899 27 + 82630442 CAGTGGTGGGCTTC-CAGCAGGTGGTCC
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48166850 27 + 73212453 CTGTGGTGGGCTTC-CAGCAAGTGGTCC
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2109968 27 -  2193130 CAGTTGTGGGCTGC-CAGCAGGTGGTCC
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27550231 27 - 80904711 CACAGGTGGGCTTC-CAGCAGGTGGTCC
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28080429 27 - 80997621 CACAGGTGGGCTTC-CAGCAGGTGGTCC
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26707449 27 - 74645514 CACAGGTGGGCTTC-CAGCAGGTGGTCC
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     8234 27 -    12755 CACAGGTGGGCTTC-CAGCAGGTGGTCC
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21521828 28 + 61074082 CAGCTACTGGTTCCAAAGCAGGTAGGCT
i canFam3.chr9                     C 0 C 0
e chlSab2.chr16                    64953255 2954 + 75148670 I

a score=312161.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           57331 93 +    88070 TGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCATGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC--AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTAGAGGG-TGGGCTTCTGTTCAGAG
s panTro4.chr17                    16139926 93 + 82630442 TGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC--AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTAGAGGG-TGGGCTTCTGTTCAGAG
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48166877 93 + 73212453 TGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCATGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC--AGTGGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGG-TGGGCTTCTGTTCAGAG
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2109995 78 -  2193130 TGCAGCAGGTG---------------GGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC--AGTAGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGG-TGGGCTTCTGTTCAGAT
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27550258 93 - 80904711 TGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC--AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGG-TGGGTTTCTGTTCAGAG
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28080456 93 - 80997621 TGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC--AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAAGG-TGGGCTTCTGTTCAGAG
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26707476 93 - 74645514 TGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC--AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGG-TGGGCTTCTGTTCAGAG
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64956209 93 + 75148670 TGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCATGTAGGCTGACAGCAAGGGGAGCAAC--AGTTGGTCATGGTGTCAGGGGTGGAGGG-TGGGTTTCTAATCAGAG
i chlSab2.chr16                    I 2954 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     8261 93 -    12755 TGCAGCAGGTGGTCCGGCAGCACGTAGGCTGGCAGCAAGGGGAGCAGC--AGTGGGTCATGGTGTCAGGTGGGGAGTG-TGGGCTCCTGTTCAGAG
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
s canFam3.chr9                     21521856 96 + 61074082 GGCAGCAGATGGTCCCATGACACATAAGCTGGTACCAAGGAAAGCAACAGAGTGGCTCATGGTCTCAGGTATAGGGCATTGAGTTTCTGTGGAGAG
i canFam3.chr9                     C 0 N 0

a score=407424.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           57424 140 +    88070 GTGAGTTTCCCAGAATCTGATGACCCCTTGCAATCTGGACCTTTTATACACCTGGCCTCCAAAGTTTCCACCAATCAGCAGGACTTTTCCTTGTTTCCGTTTACATTGTTTTCC-CAGTCCGTTTGTGATTCTCAAAGGGT-
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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 I 1
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i rheMac3.chr16                    C 0 I 1
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i macFas5.chr16                    C 0 I 1
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
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i chlSab2.chr16                    C 0 I 5298
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i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0

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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         I 1 C 0
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i rheMac3.chr16                    I 1 I 19
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i macFas5.chr16                    I 1 I 2
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
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i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48167129 10 + 73212453 AACAGATTAA-
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
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i macFas5.chr16                    I 2 I 7
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
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i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e chlSab2.chr16                    64956443 5298 + 75148670 I
e rheMac3.chr16                    27550512 19 - 80904711 I

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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48167139 1 + 73212453 G
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2110252 1 -  2193130 G
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27550531 1 - 80904711 G
i rheMac3.chr16                    I 19 C 0
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i macFas5.chr16                    I 7 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     8534 1 -    12755 G
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e chlSab2.chr16                    64956443 5298 + 75148670 I

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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
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i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
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i macFas5.chr16                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 I 1050
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i chlSab2.chr16                    I 5298 C 0
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i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           58100 290 +    88070 ------GAATGTAGGACTCTCTATGGCATAAATGCTTGAGATTCAGGCCAACCAGCATGTGCTGTGGCTCTAGTCGC-AACCCGGTTACTAGCACAGTAAGCAGCATGtct-----------------------------tctctctctctctctatttctTTTTAATGAAGGAATTAGATGAGTTGAGATGATGCCTGATTCATCATGGAGTTCTAACATGTTTAAAACATTTTCTAGGTATACCATTCATTTGAGAAGAATGCAAATTATTAATTTTCAACTTGATATAGTATTATATTGTAAATACATCTGTGTCCCCATTA-C
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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2110763 278 -  2193130 ------GAATGGAGGACTTTCTATCACATAACTGCTTGAGATTCAGGCCAACCAGCATGTGCTGTGGCTCTAGCCCTAAACCTAGTTACTAGCACAGTAAGTGTCATTTCT-----------------------------------------TCTATTTCTTTTCAATGAAGGGATTAGATGAGTTGAGATGATACCTGATTCATCGTGGAGTTCTAACACGTTTAAAACATTTTCTAGGTATCTCATTCATTTGAGAAGAATGCAAATTATTAATTTCCAACCTGATATAGTATTACATTGTAAATACATCTATGTCCCCATTA--
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27551041 286 - 80904711 ------TAATGGAGGACTTACTATCACATAACTGCTTGAGATTCAGGCCAACGAGTATGAGCTGTGCTTCTAGCCTTAAAACTAGTGACTAGCAAAGTAAGCATCATTTCT---------------------------------TCTCTCTACATATTTCTTTTTAATGAAGGAATTAGATGAGCTGAGATGATACCTGATTCATTGGGGAGTTCTAACATGTTTAAAACATTTTCTAGGTATACCATTCATTTGAGAAGAATGCAAAGTATTAATTTCCAACTTGATATAGTATTATATTGTAAATATATTTATGGCCCCATTA--
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28081242 280 - 80997621 ------GAATGTAGGACTTTCTATCACATAACTGGTTGAGATTCAGACCAACCAGCATGTGCTGTGGCTCTAGCCTTAAACCTAGTTACTAGCACAGTAAGCGTCATTTCT---------------------------------TCTCTCCA-----TTTTTTAAAATGAA-GAATTAGATGAGTTGAGATGATACCTGATTCATCATGGAGTTCTAATATGTTTAAACCATTTTCTAGGTATACCATTCATTTGAGAAAAATGCAAATTATTAATTTCCAACTTGATATAATATTATATTGTAAATACATCTATGTCCCCATTA--
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    I 1050 C 0
s chlSab2.chr16                    64962251 287 + 75148670 ------TAATGGAGGACTTTGTATCACATAACTGGTTGAAATTCAGGCCAACGAGTATGAGCTGTGCTTCTAGCCTTAAACCTAGTGACTAGCAAAGTAAGCATCTTTTCT---------------------------------TCTCTCTACATATTTCTTTTTAATGAAGCAATTAGATGAGCTGAGATGATACCTGATTCATCGTGGAGTTCTAACATGTTTAAAACATTTTCTAGGTATACCATTCATTTGAGAAGAATGCAAGGTATTAATTTCCAACTTGATATAGTATTATATTGTAAATATATTTAAGGCCCCATTAC-
i chlSab2.chr16                    C 0 I 4
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s panTro4.chr17                    16142042 42 + 82630442 cctccctccctcccttc---cCTTCCCTTCTCTCTCTCTC--TATAT
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48168998 42 + 73212453 tctttctctttcccttccttccttccttttttcctccctt--c---c
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2112108 39 -  2193130 cttccttttctcttttc---ttttcctttctttctctctt--t---c
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28082549 36 - 80997621 tctctctcccttccttc----cttcctttttttcttcctt-------
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26716017 38 - 74645514 tctttctttctttcttt----ctttctttctttctttctttc-----
i papAnu2.chr16                    C 0 I 2
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random    10385 21 -    12755 ----ccttccttccttc----cttcctAt------------------
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
e chlSab2.chr16                    64963642 49 + 75148670 I
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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           59499 6 +    88070 tctctc
s panTro4.chr17                    16142084 6 + 82630442 TCTTTC
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48169040 6 + 73212453 tccctc
i ponAbe2.chr17                    C 0 I 17
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2112147 6 -  2193130 tttttc
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27546890 6 - 80904711 tctttc
i rheMac3.chr16                    I 73 C 0
s macFas5.chr16                    28082585 6 - 80997621 tctttc
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26716057 6 - 74645514 tctttc
i papAnu2.chr16                    I 2 C 0
s chlSab2.chr16                    64963691 6 + 75148670 tctttc
i chlSab2.chr16                    I 49 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random    10406 6 -    12755 tctctc
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           59505 30 +    88070 tttctttctttctcttt-----ctttctttctttt--
s panTro4.chr17                    16142090 35 + 82630442 TTTCTTTCGGTCtctttccttccttccttccttcc--
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2112153 31 -  2193130 tttctttctttctcctt----ccttccttcctttt--
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27546896 28 - 80904711 tttctttctttc--ttt-----ctttctttctttc--
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28082591 28 - 80997621 tttctttctttc--ttt-----ctttctttctttc--
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26716063 28 - 74645514 ttttcttttctc--ttt-----ctttctttcttcc--
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64963697 30 + 75148670 tttctttctttcttttt-----ctttccttccttc--
i chlSab2.chr16                    C 0 I 7
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random    10412 30 -    12755 ttgctctttttc--ttc-----ctctctattttttat
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 T 5824
e ponAbe2.chr17                    48169046 17 + 73212453 I

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           59535 2 +    88070 ta-
s panTro4.chr17                    16142125 2 + 82630442 tt-
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2112184 1 -  2193130 c--
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 I 1
s rheMac3.chr16                    27546924 2 - 80904711 tt-
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28082619 2 - 80997621 tt-
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64963734 2 + 75148670 tt-
i chlSab2.chr16                    I 7 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     4618 2 -    12755 -TA
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random T 5824 C 0
e ponAbe2.chr17                    48169046 17 + 73212453 I

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           59537 36 +    88070 tctttctttctttcttttttc-cttccttccttcctt
s panTro4.chr17                    16142127 36 + 82630442 ccttccttccttccttccttc-cttccttccttcctt
i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48169063 36 + 73212453 gctttctttctttcttccttc-cttccttccttcctt
i ponAbe2.chr17                    I 17 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         I 1 C 0
s rheMac3.chr16                    27546926 36 - 80904711 tctttctttctttctttcttt-ctttccttcctccct
i rheMac3.chr16                    C 0 I 5
s macFas5.chr16                    28082621 36 - 80997621 tctttctttctttctttcttt-ctttctttctttctt
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26716093 37 - 74645514 tctttctgtctttctgtctttcctttctttctttctt
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64963736 36 + 75148670 tctttctttctttctttcttt-ccttccttccttcct
i chlSab2.chr16                    C 0 I 1
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     4620 36 -    12755 TATTTACTTtttctttccttc-ctccctcccttcctt
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           59573 1 +    88070 c
s panTro4.chr17                    16142163 1 + 82630442 t
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2112222 1 -  2193130 t
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27546967 1 - 80904711 c
i rheMac3.chr16                    I 5 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 I 5435
s chlSab2.chr16                    64963773 1 + 75148670 c
i chlSab2.chr16                    I 1 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     4656 1 -    12755 c
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 C 0
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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48169100 1 + 73212453 c
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s nomLeu3.chrUn_GL397460_1          2112223 1 -  2193130 c
i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27546968 1 - 80904711 c
i rheMac3.chr16                    C 0 I 2
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s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     4657 1 -    12755 c
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random C 0 I 1
e papAnu2.chr16                    26716131 5435 - 74645514 I
e macFas5.chr16                    28082657 0 - 80997621 C

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           59575 29 +    88070 cctccctcagttcctccccgctccctcct
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i panTro4.chr17                    C 0 C 0
s ponAbe2.chr17                    48169101 29 + 73212453 cctccctcagttcctccccgctgcctcct
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i nomLeu3.chrUn_GL397460_1         C 0 C 0
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i rheMac3.chr16                    I 2 I 65
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     4659 24 -    12755 ccttcctttcttcttcctcgcttt-----
i calJac3.chr5_ACFV01180105_random I 1 C 0
e chlSab2.chr16                    64963775 65 + 75148670 I
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i papAnu2.chr16                    I 5435 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01180105_random     4683 43 -    12755 -tcctctct-------------ctctttct-tgcttgctttctctctctttctttctt
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s ponAbe2.chr17                    48203348 175 + 73212453 TGGAAACAAATTATCTCTCAAAGTTTGGGTGCAAATGAAATGTGGCCTAAGTTTTATAGGGCATGACTTAATCTTCTATTACCATTTATTTAGGTGACCAGAAGAATGAGGACAAACAGAATGCCAATTCCATGATTTCAACAAACAAGTATTTCTAGATGAGCCTCTCACACCA
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
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i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26742576 175 - 74645514 TGGGAACAAATTATCTCTCAAAGTTTGGGTGCAAATGAAGTGTGGCCTAAGTTTTATGGGGAGTGACTTAATCTCCTATTACCATTTATTTAGGTGACCAGAAGAAGGAGGACATACAGAACGCCAATTCCATGACTTCAACAAACAAGTATTTCTAGATGAGCCTCTCACACCA
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64983770 175 + 75148670 TGGGAACAAATTATCTCTCAAAGTTTGGGTGCAAATGAAGTGTGGCCTAAGTTTTATGGGGAGTGACTTAATCTCCTATTACCATTTATTTAGGTGACCAGAAGAATGAGGACATACAGAACGCCAATTCCATGACTTCAACAAACAAGTATTTCTAGATGAGCCTCTCACACCA
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     2470 175 +    37134 TGGAAACAAATTATCTCTCAATGTTTGGGTGCAAATGAAGTGTGGCCTAAGTTTTATGGGGCATGACTTAATCTCCTATTACCATTTATTTAGGTGACCAGAAGAATGAGGACATACAGAATGCCAATTCCATGACTTCAACAAACAGATATTTCTAGATGAGCCTCTCAAACCA
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random N 0 C 0

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s ponAbe2.chr17                    48203523 157 + 73212453 AAGTCCCAGGACAGAGGCAGGAACACAACGGGTGCTCAAAAGTATTTAAAGAAGTTCACCAGAGTCTGACAAGAGACTGAGAATATAAAATGTTCACATGATTCACGAGGGCTCTTAAAACAAGTTGTTGCTCTTAAGATGTGGCTATTGGTTAGGG
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27574223 157 - 80904711 AAGTcccaggacagaggcaggaacacaatgggtgctcaaaaatatttAAAGACGTTCACCAGCGGCTGACAAGAGACTGAGAAAATAAAATGTTCACGTGATTCAGGAGGGCTCTTAAAACAAATTGTTGCTCTTAAGATGTGGCTATTGGTTAGGG
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28098223 157 - 80997621 AAGTcccaggacagaggcaggaacacaatgggtgctcaaaaatatttAAAGACGTTCACCAGCGGCTGACAAGAGACTGAGAAAATAAAATGTTCACGTGATTCAGGAGGGCTCTTAAAACAAATTGTTGCTCTTAAGATGTGGCTATTGGTTAGGG
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26742751 157 - 74645514 AAGTCCCAGGACAGAGGCAGGAACACAATgggtgctcaaaaatatttaaagacgTTCACCAGCGGCTGACAAGAGACTGAGAAAATACAATGTTCACGTGATTCAGGAGGGCTCTTAAAACAAATTGTTGCTCTTAAGATGTGGCTATTGGTTAGGG
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64983945 157 + 75148670 AAGTcccaggacagaggcaggaacacaataggtgctcaaaaatatttAAAGATGTTCACCAGCAGCTGACAAGAGACTGAGAAAGTAAAATGTTCACGTGGTTCAGGAGGGCTCTTAAAACAAATTGTTGCTCTTAAGATGTGGCTATTGGTTAGAG
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
e calJac3.chr5_ACFV01176693_random     2645   0 +    37134 C

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           81038 122 +    88070 GAATGAATTTGGAAAGAACTTTGTTAGTAGAAAATGGTCTGCAAATGCGTGGAATTGGTGTTTCCATTGTCAGAGAACAACTTCGAGTGCACCCCTTCCCGGTTCTAAGTCCTTAGTATAAT
s ponAbe2.chr17                    48203680 122 + 73212453 GAATGAATTTGGGAAGAACTTTGTTAGTAGAAAATGATCTGCAAATGCGTGGAATTGGTGTTTCCATTGTCGGAGAACAACTTCGAGTGCACCCCTTCCCGGTTTTAAGTCCTTAGTATAAT
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27574380 122 - 80904711 GAATGAATTTGGGATGAACTTTGTTACTAGAAAATGATCTGCCAGTGCATGGAATTGGTGTTTCCATTGTCGGAGAACAACTTCAAGTGCACCTCTTCCCCGTGCTAAGTCCTTAGTATAAt
i rheMac3.chr16                    C 0 I 315
s macFas5.chr16                    28098380 122 - 80997621 GAATGAATTTGGGATGAACTTTGTTACTAGAAAATGATCTGCCAGTGCATGGAATTGGTGTTTCCATTGTCGGAGAACAACTTCAAGTGCACCTCTTCCCCGTGCTAAGTCCTTAGTATAAt
i macFas5.chr16                    C 0 I 316
s papAnu2.chr16                    26742908 122 - 74645514 GAATGAATTTGGGATGAACTTTGTTACTAGAAAATGATCTGCCAGTGCATGGAATTGGTGTTTCCATTGTCGGAGAACAACTTCAAGTGCACCTCTTTCCGGTGCTAAGTCCttagtataat
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64984102 122 + 75148670 GAATGAATTTGGGATGAACTTTGTTACTAGAAAATGATCTGCCAGTGCATGGAATTGGTGTTTCCATTGTCGGAGAATAACTTCAAGTGCACCTCTTCCCGGTGCTAAGTCCTTAGTATAAt
i chlSab2.chr16                    C 0 I 325
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     2645 122 +    37134 GAATGAATTTGGGAAGAGCTTTGTTAGTAGAAAACGATCTGCAAATGCATGGAATTGGTGTGTCTATTGTCAGAGAACAACGTAAACCACACCTATTCCTGGTGCTAAGTCCTTAGCATAAA
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           81160 1 +    88070 T
s ponAbe2.chr17                    48203802 1 + 73212453 T
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27574817 1 - 80904711 T
i rheMac3.chr16                    I 315 C 0
s macFas5.chr16                    28098818 1 - 80997621 T
i macFas5.chr16                    I 316 C 0
s papAnu2.chr16                    26743030 1 - 74645514 t
i papAnu2.chr16                    C 0 I 351
s chlSab2.chr16                    64984549 1 + 75148670 T
i chlSab2.chr16                    I 325 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     2767 1 +    37134 T
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           81161 401 +    88070 ----------------CTGTAAATGTGACATCAGTAGAGGTgaaatcagaaaccctgagcctagagccaattctgtccatccttagctacatgacacgatgcaggccactttactcatcttggTTCTGTCCAAGTTTGAGGCTTCTATGTGACTTAGATGAGATAATATATGTGAGATGcaaaacaatcactgaaacaaaacaaaacacaacaCAGGAGGCACTATAGTAAACGCTTTATTAGGAAATAAATAAAGCAATGCTCCTTTCTGCTAAGAAGATAATACAGAGTTGTCATGGAA-AGTCACAAAAGTGAGTATTAATTTGAAACAAAATGATATTTATCATTGTAAAGATCTAATAAGggccgggtgtggtggctcatggctgtaatcccaacactttgggaggccgaggt
s ponAbe2.chr17                    48203803 401 + 73212453 ----------------CTGTAAGTGTGACAGCAGCAGAGCTGAAATCAGAAACCCTGAGCTTAGAGCCGATTCTGTCCATCCTTAGCTACATGACACGATGCAGGCCACTTGACTCATCTTGGTTCTGTCCAAGTTTGAGGCTCCTATGTGACTTAGATGAGATAATATATGTGAGATGCAAAACAATCACAGAAACAAAACAAAACACAGCACAGGAGGCACTATAGTAAATACTTTATTAGGAAATAAATAAAGCAACACTCTTTTCAGCTAAGAAGATAATACAGAGTTGTCACGGAA-AGTCACAAAAGTGAGTATTATATTGAAACAAAATGATATGTATAACTGTAAAGATCTAATAAGggccgggtgtggtggctcatggctgtaatcccagcactttgggaggccgaggt
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27574818 396 - 80904711 ----------------CTATAAATGTGACAGCAGCAGAGCTGAAATCAGAAACCCTGAGCCTAGAGCCGATTCTGTCCATCCTTAGCTACATGACACGATGCAGGCCACTTTGCTCATCTTGGTTCTGTCCATGTTTGAGGCTACTATGTTACTTAGATGAGATAATATATGTGAGATGCGAAGCAATCATAGACACAAAACAAAACACAATACAGGAGGCACTATAGTAAAGACTTTATTAGGAAATAAAT-----AACCCTCCTTGCAGCTAGGAAGATAATACAGAGTCGTCATGGGA-AGTCACAAAAATGAGTATTATGTTGAAACAAAATGATATTTATCATTGTAAAGATCTAATAAGggccgggtgtggtggctcatggctgtaatcccagcactttgggaggctgaggt
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28098819 396 - 80997621 ----------------CTATAAATGTGACAGCAGCAGAGCTGAAATCAGAAACCCTGAGCCTAGAGCCGATTCTGTCCATCCTTAGCTACATGACACGATGCAGGCCACTTTGCTCATCTTGGTTCTGTCCATGTTTGAGGCTACTATGTTACTTAGATGAGATAATATATGTGAGATGCAAAGCAATCATAGACACAAAACAAAACACAATACAGGAGGCACTATAGTAAAGACTTTATTAGGAAATAAAT-----AACCCTCCTTGCAGCTAGGAAGATAATACAGAGTCGTCATGGGA-AGTCACAAAAATGAGTATTATGTTGAAACAAAATGATATTTATCATTGTAAAGATCTAATAAGggccgggtgtggtggctcatggctgtaatcccagcactttgggaggctgaggt
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64984550 397 + 75148670 ----------------CTGTAAATGTGACAGCAGCAGAGCTGAAATCAGAAACCCTGAGCCTAGAGCCGATTCTGTCCATCCTTAGCTACATGACACGATGCAGGCCACTTTGCTCATCTTGGTTCTGTCCAAGTTTGAGGCCACTATGTTACTTAGATGAGATAACATATGTGAGATGCAAAGCAATCATAGACACAAAACAAAACACAATACAGGAGGCACTATAGTAAAGACTGTATTAGGAAATAAAT-AAGCAACCCTCCTTGCAGCTAGGAAGATAATACAGAGTTGTCATGGAA-AGTCACAAAAATGAGTATTATGTTGAAACACA---ATATTTATCATTTTAAAGATCTAATAAGggccgggtgtggtggctcatggctgtaatcccagcactttgggaggccgaggt
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     2768 408 +    37134 TCTTCTTTATAGTAATTTGTGAATTTGACagcgccacagctgaaatcagaaatcctgggcctagacccgattctgtctgtccttagctacgtgacatgatgcaggtcattttactcatcttgacTCTGTCCAAGTTTGAGGCTGTCATGTGACTTAGATGAGATAGTGTATGTGAGTTGCAAAACAATCATAGAAACAACACAAAACATAGTACAGGGGGCACTGTAGTAAAGACTTTACTAGGACATAAGC-----AATGCTCCTTTCAGCTAGGAGAATAC-----GGTTGTCATGGAAGAGTCACAAAAATTCATATTATATTGAAATAAAATGATATTTATCATTGTAAAGATCTAATAAGggctgggtgtggtggcttatgcctataatcccagcactttgggaggccaaggt
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0
e papAnu2.chr16                    26743031 351 - 74645514 I

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           81562 1 +    88070 g
s ponAbe2.chr17                    48204204 1 + 73212453 g
i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
s rheMac3.chr16                    27575214 1 - 80904711 g
i rheMac3.chr16                    C 0 M 142
s chlSab2.chr16                    64984947 1 + 75148670 g
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     3176 1 +    37134 g
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0
e papAnu2.chr16                    26743031 351 - 74645514 I
e macFas5.chr16                    28099215 0 - 80997621 C

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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     3177 532 +    37134 ggcagatcacctgcgatcgagagtttgagacctgcctggccaacatggtaaaaccccatctctactaaaaatac-aaaaaattagccaggtgtggcggcaggcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttgaacctgggag-gcggaggttgcagtgagccaagattgtgccattgcactccaccctgggcaataagagtgaaactctgtttcaaaaagaaaaaaaaaaG---ATCTAATAAGACAGCTATGAGAGTTTTCTTTTTCTTTTTAGAAATTTTCTTAGGGTTAAAAAACAAAGATCATTTTGTCAAGGCTCAGACCATAAATCCAGGTCAAGAACAGATGAAACTGACTAGCAGCTGGCTCAGTGAAGAGAATATTGGAGTGAAAAAGATTGCATTCATTAAGCAACCTCATAAATCTGTTAACAAGAAGATGACTGACAGTTTAGTGACAGCATATATGTTATCAGCAGAGGAAGTGGAGTGGGTTTGCCATAGAAATGGATATCTGgg
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0
e papAnu2.chr16                    26743031 351 - 74645514 I
e macFas5.chr16                    28099215   0 - 80997621 C
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    I 351 C 0
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i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
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i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0
e macFas5.chr16                    28099215  0 - 80997621 C
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i ponAbe2.chr17                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64985536 147 + 75148670 gggtggatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctgaccaacatggcgaaaccccatctctactagaaatacaaaattagctgggcatggtggcgcatgcctgtaatcctagctactcgggaggctgaggcaggagaatggctt
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     3760 147 +    37134 gggtggatcacctgaggttgggagtttgagaccagcctgacaaatatggagaaaccctgtctctactaaaaatacaaaattagccgggcatggtggcacatgcctataatcccagttactcaggatgctgaggcaggagaatcactt
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0
e rheMac3.chr16                    27575215 142 - 80904711 M

a score=748736.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           82290 482 +    88070 gaacccaggaggtggaggttgcggtgagctaagatcatgccattgcactccagcctgggcaacaagagcgaaactgggtc--------tcaaaaaaa---------------aaaaaaaaaaaaaagaataaaTGG--ATACCTGGCTGGTCTGATGATGGAAGTTTATTCTATGCAGGTAGTAATCT---GTGGTAAGTTGATCAATAACTGCAAGGCTGGCAGCCCCTAGACACACAACAGGCTGATTGGCAGCAGGGCTAGCAGCAGCTGGATCCATAGCTCTGGTTTAGGCAACCTGTCAGGCAGACACACATGGGGTGGTAGCAAGTTCTCCTGTAGTAGATGGGTGCACAGAAGCTGGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACTGCCAGTTTGGCCGTAACAGCTGGACCCACAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCAGCAGGAAGACTGGCAGCAGCTTGTCACACAGGTGTACTGGCAGCAAGTGGTCCTGCAGCAGGTG
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i ponAbe2.chr17                    C 0 T 21118
s rheMac3.chr16                    27575359 487 - 80904711 gaacccaggaggcggacgttgcagtgagctgagatcatgccattgcactccagcctgggcaacaagagcaaaactatgtc-----aaaaaaaaaaaa---------------aaaaaaaGTAAAAGAAAGAAATGGATATATCTGGCTGGTCTGATCATGGAACTTTATTCCATGTAGATAGCGATCT---GTGGTAAGTTGATCAATAACTGCAAGGCAGGCAGTCCCTAGACACACAAGAGGCTGGGCAGCAGCAGTTCTGGTAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTCTAGGCAACCAGACAGGCAGACACACATGGTGTGGCAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGATGGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACTGCCAGTTTGGCCATAACAGCTGGACCTACGGCAATTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCACCAGGAATAATGGCAGCAGCTGGTCACACAAGTGGGCTGGCAGCAAGTAGTCTTGCAGCAGGTG
i rheMac3.chr16                    M 142 C 0
s macFas5.chr16                    28099362 492 - 80997621 gaacccaggaggcggacgttgcagtgagctgagatcatgccattgcactccagcctgggcaacaagagcaaaactatgtcaaaaaaaaaaaaaaaaa---------------aaaaaaagtaaaaGAAAGAAATGGATATATCTGGCTGGTCTGATCATGGAACTTTATTCCATGTAGATAGCGATCT---GTGGTAAGTTGATCAATAACTGCAAGGCTGGCAGTCCCTAGACACACAAGAGGCTGGGCAGCAGCAGTGCTGGTAGCAGCTGGAGCCACAGCTCTGGTCTAGGCAACCAGACAGGCAGACACACATGGTGTGGCAGCAGGTTCTCCTGCAGTAGACAGGTGCACAGGAGATGGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACTGCCAGTTTGGCCATAACAGCTGGACCTACGGCAATTGGGCTGGCAGCAGGGTGTGCTGCACCAGGAATAATGGCAGCAGCTGGTCACACAAGTGGGCTGGCAGCAAGTAGTCTTGCAGCAGGTG
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
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i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
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i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     3907 480 +    37134 ctacccaggaggtggaggttgcggtgagccgagatcatgccattgcactccagcctgggcaacaagagtgaaactccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaagagaaaagaa---aagaaaaaagaaagaaaGAAATGG--ATATCTGCCTATTCTGATGATGGAAGTTTGTATTATGCAGGTAGTGATCTGTGGTGGTAAGTTGATCAATAACTATAGGGCTGGCAGTCCCTAGACACACAGCAGGCTGGGCGGCAGCAAG----------GATGGATTCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGAAGACACGCATGGGGTGGTAGCAGGTTCTCCTGCAGTACATGGGTGCTCAGGAGCTGGGTTGGCAGCAGCTGGACCCACTGCCAGTTTGGCCATAACAGCTGGAGCTGCAGTAGGTGAGCTGGCAGCAGGGTGTGCT---------------GCAGCAGCTGATCACACAGGCTGGTTGACAGCAGGTGGTCCTGCCACAGGTG
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0

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s hg38.chr17_JH159148v1_alt           82772 48 +    88070 GCCTCACAGTAGGCTGGGCAGCAGGCAGCAGGGCTGGCAGCAGCTGGA
s rheMac3.chr16                    27575846 48 - 80904711 GCTTCGCAGTAGGCTGGGTGGCAGGCAGTAGGGCTGGCAGCAGCTGGA
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28099854 48 - 80997621 GCTTCGCAGTAGGCTGGGTGGCAGGCAGTAGGGCTGGCAGCAGCTGGA
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26744063 48 - 74645514 GCTTCGCAGTAGGCTGGGTGGCAGGCAGTAGGGCTGGCAGCAGCTGGA
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64986186 48 + 75148670 GTTTCACAGTAGGCTGGGTGGCAGGCAGCAGGGCTGGCAGTGGCTGGA
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     4387 47 +    37134 GTCACACAGCAGGCTGGGTGGCA-GCAGGAGGGCTGGCAGCAGCTGGA
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0
e ponAbe2.chr17                    48205402 21118 + 73212453 T

a score=64650.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           82820 37 +    88070 TCCACATATCTGGTCTAGGCAACTAGGCAGGCAGACA
s ponAbe2.chr17                    48184284 37 + 73212453 GCCACAGCTCTGGTTGAGGCAACCAGGCAGGCAGACA
i ponAbe2.chr17                    T 21118 I 21347
s rheMac3.chr16                    27575894 37 - 80904711 TCCACAGCTCTGGTTTAGGCAACCAGGCAGGCAGACA
i rheMac3.chr16                    C 0 C 0
s macFas5.chr16                    28099902 37 - 80997621 TCCACAGCTCTGGTCTAGGCAACCAGGCAGGCAGACA
i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26744111 37 - 74645514 TCCACAGCTCTGGTCTAGGCAACCAGGCAGGCAGACA
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64986234 37 + 75148670 TCCACAGCTCTGGTCTAGGCAATCAGGCAGGCAGACA
i chlSab2.chr16                    C 0 C 0
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     4434 37 +    37134 TCCACAGCACTGGTTTAGGCAACCAGGCGGGCAGACA
i calJac3.chr5_ACFV01176693_random C 0 C 0

a score=2068086.000000
s hg38.chr17_JH159148v1_alt           82857 1250 +    88070 CACATGGAATGGTAGCACGTTCTCTG---GTAGACGGGTGCACAGCAGCTAGGTTGGCAGCAGGATGTGTTGCAGCAACTGGGGGGGTGGCAACAAGACTGGCAGCAGCTGGACACA---------------CAGCAGGTGGTCCTGCAGCACGTCGTAGGCTGGCAGCAAAGGGAGCAGCAGTGGGTCATGGCGTCAGGGGTGGAGGGTGCACTCCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCTAGAGTTTGATAACGTTATTCAATCTGAACCTTTTATACATGGTACCCCAAAGTTTGGATTAACGAGCAGAACTTGTCTTTGATA-------------CTTCTCTAGTCTTTTGGGAAATGTCCCAAGGAGGAAGTTGTCTATTCAGTGCTGTGAATTTTCTTTGAGTAATTGATTTATTTGCTTTCTTAATTGACAAATAACCAGTCAGGACTATTTTCCTGAACTGAGAAATGAATCATTCTCCCTACCAATTAAGCACTGATCCTCATTTTTAAAGCTGAGTACAGTATTTGGTCATCTAACAGGTCCTATGTAGCTTAGTGAGATGTCAGGACAATTGTTAGTCACCATCTGTTTTTCCTTATTGCTATTTACTTTGGAAAGTACCTCTGAAGATAGGATGATGTTGAGTCATGGTGATGAGTTAAAAACCAAGTTTAGGGAGGGCTTGTGATGCCACCTGTAatgtagaagctagtataagatttatcctcctgctataaacaataataaaagctttgtaaatatataaaacaactgtttgcagatattggatgacaatcagctttgggttatgatccttgaaggaagacacatggggtaaA-AAAAGAAACACATGGGTTTGTATGTTTTCAAAA---TtgctgctgcagcacatcctgctgccagtccacctgctgcagcagctgcagctgTTATGGCCAAATGCCAGAAGAAATAGAGTCCACATAGAGAGCAGAGG---AGAGATAGGCGTTAAAGGGGTTTATCAC------------AATTccttctctcagtctgaaatgtgatttttgatggttaagttttctaaagctttatccagttaaaattatcagtcatttcttttcgaataataatatttttgtcttggtcaggaggtatttatctacctaaaaat-aaaaaaaatcacataaatcatctagtgagga-tttaagattttttttgaccttcaagatattgatacacctggaattgatttttttcctacatgatgagtgatcagaatccaagttcatcttttccatgtaaataCTTTT
s ponAbe2.chr17                    48205668 1259 + 73212453 CACATGGAATGGTAGCATGTTCTCCG---GTAGACAGGTGCACAGCAGCTAGGTTGGCAGCAGGATGTGTTGCAGCAACTGGGGGGG--GCAACAAGACTGACAGCAGCTGGACACA---------------CAGCAGGTGGTCCTACAGCACGTCGTAGGCTGGCAGCAAGACGAGCAGCAGTGGGTCATGGTATC-GGGGTGGAGGGTGCGCTCCTGCTCAGAGGTGAGTTTCCTAGAGTTTGATAACCCTATTCAATCTGAACCTTTTATACATGGTACTCCGAAGTTTGGATCAGTGAGCAGAACTTGTCTTTGATA-------------CTTCTCTAGTCCATTGGGAAATGTCCCAAGGAGGAAGTTGTCTATTCAGTGCTGTGAATTTTCTTTGAGTAATTGATATATTTGCTTTCTTAATTGACAAATAATCAGTCAGGACTATTTTTCTGAACTGAGAAATGAATCATTCTCCCTACCAATTAAGCACTGATCCTCATTTTTAAAGCTGAGTACAGTATTTGGTCATCTAACAGGTCCTATGTAGCTTTGTGAGATGTCAGGACCATTGTTAGTCACCATCTGTTTTTCCTTATTGCTATTTACTTTGGGAAGCACCTCTGAAGATAGGATGATATTGAGTCATGGTGATGAGTTAAAAACCAAGTTTAGGgagggcttctgatgccaccc-taatgtagaagctagtataagatttatcctcctactataaacaataacaaaagctttgtaaatatataaaacaactgtttgcagatattggatgacaatcagctttgggttatgatccttgaaggaagacacatggggtaaA-AAAAGAAACACATGGGTTTGTATGTTTTCAAAA---TTGCTGCTGCAGCCCACCCTGCTGCCAGCCCACCTGCTGCAGCAGCTGCAGCTGTTATGGCCAAATGCCAGCAGAAATAGAATCCACATAGAGAGCAGAGA---AGAGATAGGCATTAAAAGGGTTTATCACAATTCCTTCTCTAATTccttctctcagtctgaaatgtgatttttgatggttaagttttctaaatcttgatccagttaaaattatcagtcatttcttttcaaataataatatttttgtcttggtcaggaagtatttatctacctaaacataaaaaaaaatcacataaattatctagtgaggg-tttaagattttttttgaacttcaagatattgatacacctggaattgttttttttcatacatgatgagtgatcagaatccaagttcatcttttccatgtaaataCTTTT
i ponAbe2.chr17                    I 21347 C 0
s rheMac3.chr16                    27575931 1260 - 80904711 CATGTGGGATGGTAGCAGGTTCTCTGGCAGTAGACGGGTGCACTGCAGCTAGGTTGGCAGCAGGATGTGTTGCAGCACCTGGGGGG---GCAACAAGACTGGCAGCAGCTGGACACA------------------CAGGTGGTCCTGCAGCACGTCGTAGGCTGGCAGCAAGGGGAGCAGTGGTCGGTCATGGTGTGAGGGGTGGAGGGTGGATTCCTGTTCAGAAGTGAGTTTCCTAGAGTTTGATAACCCTATTCAATCTGAACCTTTTATACATGGTACGCCAAAGTTTGGATCAATGAGCAGAAGTTGTCTTTGATGTTGCTTATGTGAATTTCTCTAGTTCATTGGGAAATGTCCCAGGGAGGAAGTTGTTTCTTCAGTGCTGTGAATTTTCTTTGAGTAATTGATTTATTTGCTCTCTTAATTGACAAGTAACCAGTCAGGACTATT---CTGAACTGAGAAATGAATCATTCTCCCTATCAATTAAGCGCTGATCCTCATTTTTAAAGCTGGGTACAGTATTTGGTCATTTAACAGGCCCTATGTAGCTTGGTGAGATGTCAGGACCATTGTTGGTCACCATCTATTTTTCCTTATTGCTATTTACTTTTGGAAGCACCTCTGAAGATAGGATGATGTTGAGTCATGGTGATGAGTT-AAAACCAAGTTTAGGGAGGGCTTCTGATGCCACCTGTAATGTAGAAGCTAGTATATGATTTATCTTCCTGTTATAAACAATAATAAAAGCTTTGTAAATATATAAAACAACTGTCTGAAGATATTGGATGACAATCAGCTTTGGGTTATGATCCCTGAAGGAAGACACATGGGGTAAA-ACAAGAAACATACGGGTTTGTGTGTTTTCAAAATTGTTGCCGCTGCAGCACACCCTGCTGCCAGCCCACCTGCTGCAGCAGCTCCAGCTGTTATGGCCAAATGCCAGAAGAAATAGAGTTCACATAGAGAACAGAGA---AGAGATAGGCATCAAAGGGGTTTATCAC------------AGTTccttctctcagtctgaaatgtgatttctgatggttaaattttgtaaagtttgatccagttaaaattatcaatcatttcttttcaaataatgatatttttgtcttggtcaggaggtgtttatctacttaaaaataaaaaaaattcacatacattatctagtgaggg-tttaagattttttttgaccttcaagctattgatacacctggaattgattttttttgtacatgatgagtgatcagaatccaagctcatcttttccatgtaaatactttt
i rheMac3.chr16                    C 0 I 6
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i macFas5.chr16                    C 0 C 0
s papAnu2.chr16                    26744148 1259 - 74645514 CACGTGGGATGGTAGCAGGTTCTCCGGCAGTAGACGGGTGCACTGCAGCTAGGTTGGCAGCAGGATGTGTTGCAGCACCTgggggg---gCAACAAGACCGGCAGCAGCTGGACACA------------------CAGGTGGTCCTGCAGCACGTCGTAGGCTGGCAGCAAGGGGAGCAGCGGTCGGTCATGGTGTGAGGGGTGGAGGATGGATTCCTGTTCAGAAGTGAGTTTCCTAGAGTTTGATAACCCTATTCAATCTGAACCTTTTATACATGGTACGCCAAAGTTTGGATCAATGAGCAGAAGTTGTCTTTGATATTGCTTATGTGAATTTCTCTAGTTCATTGGGAAATGTCCCAGGGAGGAAGTTGTTTCTTCAGTGCTGTGAATTTTCGTTGAGTAATTGATTTATTTGCTCTCTTAATTGACAAGTAACCAGTTAGGACTATT---CTGAACTGAGAAATGAATCATTCTCCCTATCAATTAAGCGCTGATCCTCATTTTTAAAGCTGAGTACAGTATTTGGTCATTTAACAGGCACTATGTAGCTTGGTGAGATGTCAGGACCATTGTTGGTCACCATCTATTTTTCCTTATTGCTATTTACTTTTGGAAGCACCTCTGAAGATAGGATGATGTTGAGTCATGGTGATGAGTT-AAAACCAAGTTTAGGGAGGGCTTCTGATGCCACCTATAATGTAGAAGCTAGTATATGATTTATCTTCCTgttataaacaataataaaagctttgtaaatatataaaacaactgtCTGAAGATATTGGATGACAATCAGCTTTGGGTTATGATCCTTGAAGGAAGACACATGGGGTAAA-ACAAGAAACATAC-GGTTTGTGTGTTTTCAAAATTGTTGCCGCTGCAGCACACCCTGCTGCCAGCCCACCTGCTGCAGCAGCTCCAGCTGTTATGGCCAAATGCCAGAAGAAATAGAGTTCACATAGAGAACAGAGA---AGAGATAGGCATCAAAGGGGTTTATCAC------------AGTTCCTTCTCTCAGTCTGAAATGTGATTTCTGATGGTTAAATTTTGTAAAGTTTGATCCAGTTAAAATTATCaatcatttcttttcaaataatgatATTTTTGTCTTGGTCAGGAGGTGTttatctacttaaaaataaaaaaaattcacatacatTATCTAGTGAGgg-tttaagattttttttgacCTTCAAGATATTGATACACCTGGTATTGACtttttttGTACATGATGAGTGATCAAAATCCAAGCTCATCTTTTCCATGTAAATACTTTT
i papAnu2.chr16                    C 0 C 0
s chlSab2.chr16                    64986271 1252 + 75148670 CACATGGGATGG-AGCAGGTTCTCTGGCAGTAGATGGGTGCACAGGAGCTAGGTTGGCAGCAGGATGTGTTGCAGCAACCAGGGGG---GCAACAAGACTGGCAGCAGCTGGACACA------------------CAGGTGGTCCTGCAGCACGTTGTAGGCTGGCAGCAAGGGGAGCAGCAGTCGGTCATGGTGTGAGGGGTGGAGGGTGGATTCCTGTTCAGA-------TTCCTAGAGTTTGATAACCCTATTCAGTCTGAACCTTTTATACATGGTACCCCAAAATTTGGATCAATGAGCAGAAGTTGTCTTTGATG-TGTTTATGTGAATTTCTCTAGTTCATTGGGAAATGTCCCAGGGAGGAAGTTGTTTCTTCAGTGCTGTGAATTTTCTTTGAGTAATTGATTTATTTGCTCTCTTAATTGACAAGTAACCAGTCAGGACTATTCTCCTGAACTGAGAAATGAATCATTCTCCCTATCAATTAAGCACTGATCCTCATTTTTAAAGCTGAGT--AGTCTTTGGTCATCTAACAGGTCTTATGTAGGTTGGTGAGATGTCAGGACCATTGTTAGTCACCATCTATTTTTCCTTATTGCTATTTACTTTTGGAAGCACCTCTGAAGATAGGATGATGTTGAGTCATGGTGATGAGTT-AAAACCAAGTTTAGGGAGGGCTTCTGATGCCACCCGTAATGTAGAAGCTAGTATATGATTTATCTTCCTGTTATAAACAATAATAAAAGCTTTGTAAATATATAAAACAACTGTCTGAAGATATTGGATGACAATCAGCTTTGGGTGATGATCCTTGAAGGAAGACACATGGGGTAAA-ACAAGAAACATACGGGTTTGTGTGTTTTCAGAATTGTTGCCGCTGCAGCATACCCTGCTGCCAGCCCACCTGCTGCAGCAGCTCCAGCTGTTATGGCCAAATGCCAGAAGAAATAGAGTTCACATAGTGAACAGAGA---AGAGATAGGCATGAAAGGGGTTTATCAC------------AGTTccttctctcagtctgaaatgtgatttttgatggttaaattttctaaagtttgatccagtgaaaattatcaatcatatcttttcaaataatgatatttttgtcttggtcaggagatatttatctacttaaaaataaaaaaaattcacatacattatctagtgaggg-tttaagattttttttgaccttcaaactattgatacacctggaattgatttttttcgtacacaatgggtgatcagaatccaagctcatcttttccatgtaaataCTTTT
i chlSab2.chr16                    C 0 I 6
s calJac3.chr5_ACFV01176693_random     4471 1219 +    37134 TAGGTGGGGTGGTAGCAGGTTATCCAGCAGTAGACAGGTGTACAGCAGCTAGGTTGACAGCAGGATGTGTTGCAGCAACTGGGATG---GCAGCAAGACTGGCAGCAGCTGGACATGCAGCAGGTGGGTTGGCAGCAGGTGGTCCTGCAGCAAGTCTTAGGCTGGCAGCAAGGGGAGCAGCAGTGGGTCACAGTGTCAGGGGTGGAGAGTGGGTTCCTGTTCAGAGGTGAGTTTCCTAGAGCTTGATAATTCTATTCAATTGGAACCTTTTAGACATGGTACCCCAAAGTTTGGACCAATGAGCAGAATTTTTCTTTGATATAATTTATGTGAATTTCTCTAGTCCATTGGGAAATGTACCAGAGAGGAAGTTGTCTCTTCAGCACTGTGTATTTTCTTTGAGTAATTTATTTGTTTGCTTTTTTAATTGAAAAATAACCA-CCAGAACTATTTTCCTGAACTGAGAAATGAATCACTCTCCCT--CAATTAAGCACCGATCCTCATTTTTAAAGCTGAGTACAGTATTTAGTCATCTAACAGATTCTATGTAGCTTGGTGAGATGTCAGGACCAGTGTTAGTCACCATCTATTTTTCCTTATTGCTGTTTACCTTGGGAAGCACCTCTGAAATAGGAGTGATGTTGAATCATGGTGATGACTTAAAAACCAAGTTTAGgga-ggcttctgatgccacctgcaatgtagaagctagcataagatttattttcctgctataaacaataataaaagctttgtaaatatatgaaacaactgtttgcagatattggataacaatcagctttgggttatggttcttgaaggaagatacatggggtaaAGAAAAGAAACACATGGGTTTGTATATTTTCAAAA---TTGC-----------------------------------------------------------AATGCCAGAAGAAATAGAGTCCATATAGGGAGCAAGAAGAGAGAGAAAGGCATTGAA-GAGTTTATCAC------------AATTGcttctctcactctgaaatgtgattttggatggttaaattttctaaagcttaatccaggtaaaattatcaattatttcttttaaaataatactatttttgtctcaggcaggaggtatttatctacctaaaaataaaaaatattcgtatacattatctagttagggttttaagatttttttttg-cttcaagctattaatacacgtggaattgatttttttcacacatgataagtgatcagaatccacgttcatcttctccatgtagataCTTTT
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