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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             I 1 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 I 253
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt      426 187 +    155864 AGTTGTT------------------TCTTTTAATACTTTCAGTCTCTAGAGAAAAAGCAATTTTATGAAAGTG-TTTTGCAATAATATATTGATTAATTACTCTATCA-TTTTATTTGCCAATAGTTAGGCCCATTCCTTAGCATAATTTACTTATTTGTCTCTTCATTGACTCAGGCCACCATCAGAACACATAATTATTCATGAT
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19             34575355 184 +  59248254 AGTTGTT------------------TCTTTTAATACTTTT--TCTCTAGAGAAAAAGCAATTTTATGAAAGTA-TTTTGCAATAACATATTGATTAGTTATTCTATCA-TTTTATTTGGCAATAGTTATACCCATTCCTTAGCATAA-TTACTTATTTATCTCTTCAATGACCCAGGTCACCATCAGAACACATAATTACTCAAGAT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19             28789849 184 +  51301725 AGTAgtt------------------tcttttaatactttt--tctctagagaaaaagcaattttatGAAAGTA-TTTTGCAATAACATATTGATTAGttattctatca-ttttatttGGCAATAGTTATACCCATTCCGTAGCATAA-TTACTTATTTATCTCTTCAATGACCCAGGTCACCATCAGAACACATAATTACTCAAGAT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6              29189824 184 +  50890351 AGTTGTT------------------TCTTTTAATACTTTT--TCTCTAGAGAAAAAGCAATTTTATGAAAGTG-TTTTGCAATAACATATTGATTAGTTATTCTATCA-TTTTATTTGGCCATAGTTATACCCATTCCATAGCATAA-TTACTTATTTATCTCTTCAATGACCCAGGTCACCATCAGAACACATAATTACTCAAGAT
i chlSab2.chr6              I 253 C 0
s calJac3.chr22             28478343 181 +  49145316 AGTTG--------------------TCTTTTAATACTTTCAGTCTCTAGAGAAAAAGCAATTTTATGAAAGTG-TTTTGCAATAATAT----ATTAGTTACTGTATCA-TTTTATTTGCCAATAGTTATGCCCATTTCTTAGCATAATTTACTTATTTATCTTTTCAATGACTCAGGTCACCATCAGAACACATAATTATGCCAGAT
i calJac3.chr22             C 0 I 145
s canFam3.chr1               4549193 206 - 122678785 AGTTGTTCTATCGTAATTTGTTTCATTTTATGATGCTTTGAATCTCCAGGAGAAAGCCATTTTTATGAAAGTGTTTTTGCAATACTATATGGATGAGTTACTCTATCATTTTTATTTGCCAATAGTTATGCCTA-TACTTATCGTAATTTACTTACTTATATCTTCAATAACTCAGGTCACTGTCAGAACACATAATTAGTCAAGAT
i canFam3.chr1              C 0 C 0

a score=425380.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt      613 132 +    155864 AAGAAGTTGGGC-AAAGCAGGAATTTTGCACACAAAGAGGTAGAGCCGAATCAGATATTGAGTACA-----TTAATTTCTTTTGTAACTGggtgctgtaataagagagctgaggcttggactttaaaacttgtggtac--------------
s panTro4.chr19             39324609 132 +  63644993 AAGAAGTTGGGC-AAAGCAGGAATTTTGCACACAAAGAGGTAGAGCCGAATCAGATATTGAGTACA-----TTAATTTCTTTTGTAACTGggtgctgtaataagagagctgaggcttggactgtaaaacttgtggtac--------------
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19             34813488 132 +  60714840 AAGAAGTTGGGC-AAAGCAGGAATTTTGCACACAAAGAGGTAGAGCCGAATCAGATATTGAGTACA-----TTAATTTCTTTTGTAACTGggtgctgtaataagagagctgaggcttgggctttaaaacttgtggtac--------------
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10             63828019 129 - 106955855 AAGAAGTTGGGC-AAAGCAGGAATTTTGCACACAAAGAGGTAGAGCCGAATCAGATATTGAGTACA-----TTAATTTCTTTTGTAACTGggtgctgtaataagagagctgag--cttgacttt-aaacttgtggtac--------------
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19             40797371 132 +  64156825 AAGAGGTTGGGC-AAAGCAGGAATTTTGCACACTAAGAGGTAGAGCCATATCAGTTATTGAGTACG-----TTAATTTCTTTTGTAACTGGGTGCTGTAATAAAAGAGCTGAGGCTTGGACTTTAAAACTTGTGGTAC--------------
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19             34575539 132 +  59248254 AAGAGGTTGGGC-AAAGCAGGAATTTTGCACACTAAGAGGTAGAGCCATATCAGTTATTGAGTACG-----TTAATTTCTTTTGTAACTGGGTGCTGTAATAAAAGAGCTGAGGCTTGGACTTTAAAACTTGTGGTAC--------------
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19             28790033 132 +  51301725 AAGAGGTTGGGC-AAAGCAGGAATTTTGCACACTAAGAGGTAGAGCCATATCAGTTATTGAGTACG-----TTAATTTCTTTTGTAACTGGGTGCTGTAATAAAAGAGCTGAGGCTTGGACTTTAAAACTTGTGGTAC--------------
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6              29190008 132 +  50890351 AAGAGGTTGGGC-AAAGCAGGAATTTTGCACACTAAGAGGTAGAGCCATATCAGTTATTGAGTACG-----TTAATTTCTTTTGTAACTGGGTGCTGTAATAAAAGAGCTGAGGCTTGGACTTTAAAACTTGTGGTAC--------------
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22             28478669 137 +  49145316 AAAAGGTTGGGT-AAAGCAGGAATTTTGCACACAAAGAGGTAGAGCCGAATCAGTTATTGAGTATATTAATTTAATTTCTTTTGTACCTGGGTGCTGTAATAAAAGAGCTGAAGCTTGGACTTTAAAACTTGTGGTAC--------------
i calJac3.chr22             I 145 I 300
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt      745 257 +    155864 aaatcttgacccagccgtcaaccac-ctcaagtcaagactatcaccttccccagcccttagtgcccccactatcgagaga--ggaacttggtgatactggttc----ctgtacaacacaggtagtatgacgatcaagtgataaaatgcttataagagagcattAATACCAGTGACATCAATGTGCTAGTTGTTATC---TCATGACATGCAAAGTCTTCTCATTGGATCATGATTCCCAATACTGTCATGGCATTGCTTTCCTTTGA
s panTro4.chr19             39324741 257 +  63644993 aaatcttgacccagccgtcaaccac-ctcaagtcaagactatcaccttccccagcccttagtgcccccactatcaagaga--ggaacttggtgatactggttc----ctgtacagtacaggtagtatgacgatcaagtgataaaatgcttataagagagcattAATACCGGTGACATCAATGTGCTAGTTGTTATC---TCATGACATGCAAAGTCTTCTCATTGGATCATGATTCCCAATACTGTCATGGCATTGCTTTCCTTTGA
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19             34813620 256 +  60714840 aaatcttgacccagccatcaaccac-ctcaagtcaagactatcaccttccccagccgttagtgcccccactatcaa-cga--ggaacttggtgatactgattc----ctgtacaacacaagtactatgaagatcaaatgataaaatgcttataagagagcattAATACCGGTGACATTAATGTGCTAGTTGTTATC---TCACGACACGCAAAGTCTTCTCATTGGATCATGATTCCCAGTGCTGTCATGGCATTGCTTTCCTTTGA
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10             63828148 249 - 106955855 aaatcttgacccagccgtcaacccctctcaagtcaagactatcaccttccccagcccttagtgcccccactatcaaaaga--ggaacttggtgatactgattc----ctgtacaacacaggtagtatgaagatcaagtgataaaatgcttataagagagcgttAATACCGGTGACATTAATGTGCTAGTTGTTATC---TCATGACATGCAAAGTCTTCTCATTGGATCATGCTTCC---------CATGGCATTGCTTTCCTTTGA
i nomLeu3.chr10             C 0 I 100
s rheMac3.chr19             40797503 197 +  64156825 AAATCTTGACCCAGCTGTCAACCAC-CTCAAGTCAAGACTATCACCTTCCCCGGCCCTTAGTG---CCATTATCAAGAGA--GGAA-------------------------------------------------------------CTTACAAGAAAGCATTAATACCGGTGATATTAATGTGCTAGTTGTTATC---TCATGATGTGCAAAGTCTTCTCATTGGATCATGATTCCCAGTGCTGTCATGGCATTGCTTTCCTTTGA
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19             34575671 197 +  59248254 AAATCTTGACCCAGCTGTCAACCAC-CTCAAGTCAAGACTATCACCTTCCCCGGCCCTTAGTG---CCATTATCAAGAGA--GGAA-------------------------------------------------------------CTTACAAGAAAGCATTAATACCGGTGATATTAATGTGCTAGTTGTTATC---TCATGATGTGCAAAGTCTTCTCATTGGATCATGATTCCCAGTGCTGTCATGGCATTGCTTTCCTTTGA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19             28790165 196 +  51301725 AAATCTTGACCCAGCTGTCAACCAC-CTCAAGTCAAGACTATCACCTTCCCGGGCCCTTAGTG---CCATTATCAAGAGA--GGAA-------------------------------------------------------------CTTACAAGAAAGCATTAATACCGGTGATATTAATGTGCTAGTTGTTATC---TCATGACATGCAAAGTCTTCTTACTGGATCATGATT-CCAGTGCTGTCATGGCATTGCTTTCCTTTGA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6              29190140 197 +  50890351 AAATCTTGACCCAGCTGTCAACCAC-CTCAAGTCAAGACTATCACCTTCCCCGGCCCTTAGTG---CCATTATCAAGAGA--GGAA-------------------------------------------------------------CTTACAAGAAAGCGTTAATACCGGTGATATTAATGTGCTAGTTATTATT---TCATGATGTGCAAAGTCTTCTCATTGGATCATGATTCCCAGTGCTGTCATGGCATTGCTTTCCTTTGA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22             28479106 252 +  49145316 AAATCTTGGCCCAACCATCAACTAC-CTCAAGTCAACACTATCACCTTTCCCAGCCCTTAGTGCCCCCACTATCAAAAGA--GGAACT---TGATAGTGGTTC----CCGTTCAACACAGGTAGTATGACGATCAAGTGATAAAATGCTTTTAAGAGAATGTTAATACTGGTGACATTAATGTGCTAGTTGTTATC---TCATGGCATGC--AGTCTTCTCATTGGATCATGATTCCCAATGCTGTCATGGCATTGCTTTCCTTTGA
i calJac3.chr22             I 300 C 0
s canFam3.chr1               4549528 253 - 122678785 TGGTCTTTGCTTAGCCATTAATCCT-CTGAGGTCAAAACCACCAACTTCCCTGGCCCTTAGTTTTCTCCCCACTGGAAAACTGGAGCATGATAATACTGGTTCTCTGCTCTGTAATGCAGGTCATAGGAAGATGAAATGATAAAAGGCT------------TTATTACTAGT-ACATTCATGTGCCAGTTGTTATCATTTCATGACATGTAAAGGCTGTGCATGGGACCATGATCCCTAACGCTGTAGTGGCATTCCTTTCCTTTGA
i canFam3.chr1              C 0 C 0

a score=14859.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     1002 5 +    155864 CAGAT
s panTro4.chr19             39324998 5 +  63644993 CAGAC
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19             34813876 5 +  60714840 CAGAT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s rheMac3.chr19             40797700 5 +  64156825 CAGAT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19             34575868 5 +  59248254 CAGAT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19             28790361 5 +  51301725 Cagat
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6              29190337 5 +  50890351 CAGAC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22             28479358 5 +  49145316 CAGAC
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1               4549781 5 - 122678785 CAGAT
i canFam3.chr1              C 0 I 2753
e nomLeu3.chr10             63828397 100 - 106955855 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     1007 343 +    155864 tgtgatggttggtttttcatgacaacttggctaggctaagggatgggcagatcactggtacaacattatttctgggtgtgtctgtgcagatgcttctggaatagattagcatttgaaacaggtgactgagtaaagattactctcacccatgtgggtgggcatcatccaatctattgagaccctg-----------aatagaacaaaaagacAAGAggccaggcatagtggttcacatctgtaatcccagcattttgggaggccaaggcaggaggattgcttgaggccaggtgttcaagaccagtctgggcaacagagtgagatcttgtctctacaaaaaatttaaaaattagtg
s panTro4.chr19             39325003 343 +  63644993 tgtgatggttaatttttcatgacaacttggctaggctaagggatgcgcagatcactggtacaacattatttcttggtgtgtctgtgcagatgcttctggaatagattagcatttgaaatgggtgactgagtaaagattactctcacccatgtgggtgggcatcatccaatctattgagaccctg-----------aatagaacaaaaagacAAGAggccaggcatagtggttcacacctgtaatcccagcattttgggaggccaaggcaggaggattgcttgaggccaggtgttcaagaccagtctgggcaacagagtgagatcttgtctctacaaaaaatttaaaaattagtg
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19             34813881 341 +  60714840 tgtgatggttaatttttcatgacaacttggcgaggctaagggatgcacagatcactggtacaacattatttctgggtgtgtctgtgcagatgcttctggaatagattagcatttgaaacaggtgactgagtaaagattactctcacccatgtgggtgggcatcatccaatctattgagaccctg-----------aatagaacaaaaagacAAGAGgccaggcatagtggttcacacctgtaatcccagcattttgggaggacaagacaggaggattgcttgaggccaggtgttcaagaccagtctgggcaacagagtgagatct--tctctacaaaaaatttaaaaaTTAGTG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s rheMac3.chr19             40797705 340 +  64156825 tgtgatggttaatttctcatgacaacttggctaggctaagggatgcccagatcactggtacaacattatttctgggtatgtctgtgcagatgcttctggaatagattagcatttgaaacaggtaactgagtaaacattactctcaaccatgtaggcaggcatcatccaattta-caagaccctg-----------aatagaacaaaaagacaagaggccaggtatagtggttcacgcctgtaatcccagcattttgggaggccaaggcaggaggattgcttgaggccaggtgttcaagaccagcctgggca--agagtgagatcttgtctctacaaaaaaattaaaaattagtg
i rheMac3.chr19             C 0 I 3627
s macFas5.chr19             34575873 340 +  59248254 tgtgatggttaatttctcatgacaacttggctaggctaagggatgcccagatcactggtacaacattatttctgggtatgtctgtgcagatgcttctggaatagattagcatttgaaacaggtaactgagtaaacattactctcaaccatgtaggcaggcatcatccaattta-cgagaccctg-----------aatagaacaaaaagacAAGAggccaggtatagtggttcacgcctgtaatcccagcattttgggaggccaaggcaggagaattgcttgaggccaggtgttcaagaccagcctgggca--agagtgagatcttgtctctacaaaaaaattaaaaattagtg
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19             28790366 341 +  51301725 tgtgatggttaatttctcatgacaacttggctaggctaagggatgcccagatcaCTGGtacaacattatttctgggtatgtctgtgcaGATGCTTCTGGAATAGATTAGCATTTGAAACAGGTAACTGAGTAAAGATTACTCTCAACCATGTAggcaggcatcatccaatctATTGAGaccctg-----------aacagaacaaaaagataagaggccaggtatagtggttcacgcctgtaatcccagcattttgggaggccaaggcaggaggattgcttgaggccaggtgttcaagaccagcctgggca--agagtgagatcttgtctctacaaaaaatttaaaaattagtg
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6              29190342 341 +  50890351 tgtgatggttaatttctcatgacaacttggctaggctaagggatgcccagatcactggtacaacattatttctgggtatgtctgtgcagaggcttctggaatagattagcatttgaaacaggtaactgagtaaagattactctcatccatgtaggcaggcatcatccaatttactgagaccctg-----------aatagaacaaaaagacAAGAggccaggtatagtggttcacgcctgtaatcccagcattttgggaggccaaggcaggaggattgcttgaggccaggtgttcaagaccagcctgggca--agcgtgagatcttgtctctacaaaaaaattaaaaattagtg
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22             28479363 353 +  49145316 tgtgatggttaatttctcatgacaacttggctaggctaagggatgcccgaatcactggtacaacattatttctgggtgtgtctgtgcagatgtttctggaatagattagcacttgaaacaggtgactgagtaaagattactctcacccatgtggatggacatcatccaatctattgagaccctgaataaaaaaaaaaTAGAACAAAAAGACAAGAGGGTAGACATAAtgactcacacttgtaatcacagcattttgagaggccaaggcaggaggattgcttaaagccaggtgttcaagaccagcctgggcaacagagtgagatcttttctctaaaaaaaaa-taaaaaTTAGTG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e canFam3.chr1               4549786 2753 - 122678785 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     1350 147 +    155864 tggcgtggtggtgagatgggatttgttcccttgaccttcacccccttcatgggcgagaactggagtggctcatttcgctcagcctgccgctggccactccttgcaagagggagcgtgtgagcaagcgagtgtgggaaccagagggaa
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19             34814222 147 +  60714840 TGGCATGGTGGtgagatgggatttgtttccttgaccttgacccccttcatgggcgagaactggagtggctcatttcgctcagcctgctgctggccactccttgcaagagggagcgtgtgagcaagcgagtgtgggaaccagagggaa
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19             34576213 147 +  59248254 tggcgtggtggtgacatgggatttgttcccttgaccttgacccccttcatgagcaggaactggagtggctcattttgctcagcctgccgctggccactccttgcaagagggagtgtgcgagcaagcgagtgtcggaacccgagggaa
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19             28790707 147 +  51301725 tggCGTGGTGGTGACATGGGATTTGTTCCCTTGACCTTGACCCCCTTCGTGGGCGGGAACTGGAGTGGCTCATTTTGCTCAGCCTGCCGCTGGCCACTCCTTGCAAGAGGGAGTATGCGAGCAAGCAAGTGTCGGAACCCAAGGGAA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22             28479716 147 +  49145316 TGGTGTGGTAGtgagataggatttgttcccttgaccttgaccccattcatgggtgggaactggagtggctcatttccctcagtcggcggctggccactccttgcaagagggagcatgggagcaagcaagtgcgggaacgagagggaa
i calJac3.chr22             C 0 I 2303
e canFam3.chr1               4549786 2753 - 122678785 I
e rheMac3.chr19             40798045 3627 +  64156825 I
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a score=326988.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     1497 260 +    155864 caaacgctagaaccaagttctggcgggagcaggctctgtatgggcctcacagcagcatccaagcccctgcccttttcgcacccaggttcttgtccggcatccaggaaggatcaggttgcatgaacggattgaagggtagcatatgtggggtatcttactgggtgatggaagtggctctcagagggatgggaattggaaaggg---gatggtgcgggaagaaggtgatcttcccctgaagccacaccatctgaagttagctgtg
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              I 1850 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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s panTro4.chr19             39326691 209 +  63644993 aaaagttctggagacagatggtagtcatggttgcacaataatgtgaatgtatttaatgccactgaactgtacacagagaagtggttaaaatggtgatgtttatgttatgtgtattttatcataCAC-ACACAAAAATAAAGGGTAACAGTAATGGACGAAGTGAAGCAGAGGCTGACAGGGACTGGAATGGCCATGGAGGGGAGGTGGAG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19             34818563 209 +  60714840 aaaacttctggagacagatggtagtcatggttgtacaataatgtgaatgtatttaatgctaccgaactgtacacagagaagtggttaaaatggtgatgtttatgttatgtgtattttatcataCGC-ACACAAAAATAAAGAGTAGCAGTAATGGACAAAGTGAAGCAGAGGCTGACAGGGACTGGAATGGCCATGGAGGGGAGGTGGAG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s rheMac3.chr19             40801672 209 +  64156825 aaaagttctggagacagagggtagtcatggttgtacaataacgtgaatgtatttaacgccatcgaactgtacacagagaagtggttaaaatggtgatgtttacgttatgtgcatttcatcacaCGC-TCACAAAAATAAAGGGTAGCAGTAATGGACGAAGCGAAGCAGAGGCTGACAGGGACTGGAATGGCCACGGAGGGGAGGTGGAG
i rheMac3.chr19             I 3627 C 0
s macFas5.chr19             34583236 209 +  59248254 aaaagttctggagacagagggtagtcatggttgtacaataacgtgaatgtatttaatgccatcgaactgtacacagagaagtggttaaaatggtgatgtttatgttatgtgtatttcatcacaCGC-TCACAAAAATAAAGGGTAGCAGTAATGGACGAAGCGAAGCAGAGGCTGACAGGGACTGGAATGGCCACGGAGGGGAGGTGGAG
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6              29193799 209 +  50890351 aaaagttctggagacagacggtagtcatggttgcacaataacgtgaatgtatttaatgccatcaaactgtacacagagaagtggttaaaatggtgatgtttatgttatgcgtatttcatcataCGC-TCACAAAAATAAAGGGTAGCAGTAATGGACGAAGCGAAGCAGAGGCTGACAGGGACTGGAATGGCCACGGAGGGGAGGTGGAG
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 181
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 I 429
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i macFas5.chr19             C 0 I 79
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             I 100 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     3098 8 +    155864 CTTCTGTT
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 79 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     3106 15 +    155864 AAAAAAAAAAAAAGA
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 I 11
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i macFas5.chr19             C 0 I 1
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i canFam3.chr1              I 181 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     3121 3 +    155864 ggc
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 I 303
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 I 301
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 I 428
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 I 1010
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 492
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 I 1064
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 I 410
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111047473 2781 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             I 410 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34595132 244 +  59248254 ttgtaaacatgggggaaaacagataaagtaaaatatcatattgattttt-cagatatc-ataaaatagtctaaaggaactaaattctagagaaaggggacaaggcttcataggt-aggaaaaattagggatcagtgggggcatttgccaagtctgggcatgggcaggcagaagatgggccctgccacagaggatggggctctgcttggctaagaagaaaccactgattctttaaacatctctatggg
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 I 931
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i canFam3.chr1              I 82 C 0
e mm10.chr7                 111047473 2781 - 145441459 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 1475
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             I 2 C 0
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i ponAbe2.chr19             I 3924 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             I 820 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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s nomLeu3.chr10              63841914 82 - 106955855 GACCTTGTACTGAAACAGGGATTTCCAAACCTTTCTTTGTAGCCACTGTGCACTA-GCCCCATCAGAGCTCT---GTCTCTCTCCT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40818779 82 +  64156825 GACCTTGTACTGAAACAGGGATTTCCAAACCTTTCTTTGTAGCCACTGTGCACCA-GCACCATCAGAGCTCT---GTCTCTCTCCT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34602982 82 +  59248254 GACCTTGTACTGAAACAGGGATTTCCAAACCTTTCTTTGTAGCCACTGTGCACCA-GCACCATCAGAGCTCT---GTCTCTCTCCT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28810730 82 +  51301725 GACCTTGTACTGAAACAGGGATTTCCAAACCTTTCTTTGTAGCCACTGTGCACCA-GCCCCATCAgagctct---gtctctctcct
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29209404 82 +  50890351 GACCTTGTACTGAAACAGGGATTTCCAAACCTTTCTTTGTAGCCACTGTGCACCA-GCCCCATCAGAACTCT---GTCTCTCTCCT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28500025 74 +  49145316 AACCTT----TGAAACAGGGATTTCCAAACCTTTCTTTGTAGCCACTGTGCACCA-GCCCCATCAGAGC-------TCTCTCTCCT
i calJac3.chr22             I 14 I 299
s mm10.chr7                 111050254 71 - 145441459 GACTGTATGCTGAAGCAGGGACCCCC----------TTGAAGCCACTGGGCACCA-GTCACAGCTCAGCTC----ATCAATCTTCT
i mm10.chr7                 I 2781 C 0
s canFam3.chr1                4559908 86 - 122678785 AAGCTGATACTGAAGAGGTTATTTCATAGCCTTCCTTTGAAGGCATCGTGCACCAGGGCTCAACACAACCTCTAGACTTCTTTCCT
i canFam3.chr1              C 0 C 0

a score=1718928.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     18419 503 +    155864  
s panTro4.chr19              39343623 515 +  63644993  
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34837464 514 +  60714840  
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63841996 510 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40818861 512 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34603064 512 +  59248254  
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28810812 512 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29209486 516 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28500398 509 +  49145316  
i calJac3.chr22             I 299 C 0
s mm10.chr7                 111050325 506 - 145441459  
i mm10.chr7                 C 0 C 0
s canFam3.chr1                4559994 421 - 122678785  
i canFam3.chr1              C 0 C 0

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     18922 35 +    155864 ctgagttagatttt------------ttttttttttttt------------gagacgga
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63842506 36 - 106955855 ctgagttagttttt------------ttttttttttttt-----------tgagacgga
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34603576 48 +  59248254 cagagttatatattttttcttttcttttttttttttttt-----------tgagacaga
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28811324 48 +  51301725 Cagagttatatattttttcttttcttttttttttttttt-----------tgagacaga
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29210002 35 +  50890351 cagagttagattt-------------ttttttttttttt-----------tgagacgga
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s mm10.chr7                 111050831 13 - 145441459 ----------------------------------------------ctgagtagacgga
i mm10.chr7                 C 0 I 52
s canFam3.chr1                4560415 22 - 122678785 ----gttaagtcgt------------ctatgtttttgt---------------------
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e calJac3.chr22              28500907  0 +  49145316 C

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     18957 20 +    155864 gtctcgctctgtcgcccagg
s panTro4.chr19              39344185 20 +  63644993 gtctcgctctgtcgcccagg
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34838014 20 +  60714840 gtctcgctgtgtcgcccagg
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63842542 20 - 106955855 gtctccctctgtcgtccagg
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40819419 20 +  64156825 gtctcgttctgtagcccaga
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34603624 20 +  59248254 gtctcgttctgtagcccaga
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28811372 20 +  51301725 gtctcgttctgtagcccaga
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29210037 20 +  50890351 gtctcgctctgtcgcccagg
i chlSab2.chr6              C 0 I 293
e mm10.chr7                 111050844 52 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4560437  0 - 122678785 C
e calJac3.chr22              28500907  0 +  49145316 C

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     18977 253 +    155864 ctggagtgcagtggcacaatctcggctcaccacaacctccgcctcctgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgagactataggcgcgcgccaccacgcctggctaattttttta-tatttttagtagagacggggtttcaccatgttggccaggctggtctcgaactcctgaccggtgatgcgcccgcctcgggcccccaaagtactg---ggagtacaggcgtgagccactgcgcccagcc
s panTro4.chr19              39344205 253 +  63644993 ctggagtgcagtggcataatctcggctcaccacaacctccgcctcctgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgagactataggcgcgcgccaccacgcctggctaatttttttg-tatttttagtagagacggggtttcaccatgttggccaggctggtctcgaactcctgaccggtgatgcgcccgcctcgggcccccaaagtactg---ggagtacaggcgtgagccactgcgcccagcc
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34838034 254 +  60714840 ctggagtgcagtggcacaatcttggctcaccacaacctccgcctcctgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgagagtataggcgcgcgccaccacgcctggctaatttttttgttatctttagtagagacggggtttcaccatgttggctaggctggtctcgaactcctgacctgtgatgcgcccgcctcgggcccccaaagtactg---ggagtacaggcgtgagccactgcgcccagcc
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63842562 254 - 106955855 ctggagtgcagtggcacaatctcagctcaccacaacctccgcctcctgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgagactataggcgccggccaccgcgcccggctaattttttttgtatttttagtagagacgcggtttcaccatgtttgccaggctggtctcgaactcctgacctgtgatccgccggtctcaggctcccaaagtactg---ggagtacaggcgtgagccactgcgcccggcc
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34603644 253 +  59248254 ctggagtgcagtggcacaatctcggctcaccacaacctccgcctcctgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactataggtgcgcgccaccatgcccggctaatttttttg-tatttttagtagagacggggtttcaccatgttggccaggctggtctccaactcctgacctgtgatccgcccgcctcgggcttccaaagtactg---ggattacaggcgtgagccaccgcacccagcc
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28811392 253 +  51301725 ctggagtgcagtggcacaatctcggctcaccacaacctccgcctcctgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactataggtgcgcgccaccatgcccggctaatttttttg-tattttcagtagagacggggtttcaccatgttggccaggctggtctccaactcctgacctgtgatccgcctgcctcgggcttccaaagtactg---ggattacaggcgtgagccaccgcgcccagcc
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29210350 253 +  50890351 ctggagtgcagtggcacaatcccggctcaccacaacctccgcctcctgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactataggcgcgcgccaccatgcccggctaatttttttg-tatttttagtagagacggggtttcaccatgttggccaggctggtctccaactcctgacctgtgatccgcccgcctcgggcttccaaagtactg---ggattacaggcgtgagccaccgcgcccagcc
i chlSab2.chr6              I 293 C 0
s canFam3.chr1                4560437  82 - 122678785 -----------------------------------------------------aag--------------------cctaagtaa-------------------------------------------------------ggagtccggctttcactctg------------------------tgactagagatca------ctcgggag--aggagtactgagtagaagaaagacatgat---------------
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111050844  52 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28500907   0 +  49145316 C

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     19230 21 +    155864 ctgagttagattttaagaaga
s panTro4.chr19              39344458 21 +  63644993 ctgagttagattttaagaaga
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34838288 20 +  60714840 ttgagttagattttaa-caga
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63842816 21 - 106955855 ctgagttagattttaacaaga
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40819692 21 +  64156825 ctgagttagattttaacaaga
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28811645 21 +  51301725 ctgagttagattttaacaaga
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29210603 21 +  50890351 ctgagttagattttaacaaga
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28500907 21 +  49145316 ctgagttcgattttaacaagt
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111050844 52 - 145441459 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     19251 721 +    155864  
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63842837 719 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40819713 739 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 M 1933
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28811666 738 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29210624 739 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111050896 681 - 145441459  
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     19972 341 +    155864 GCCTCCTCTCCAGCCCGCAGCAAGCGGGTGCCACGAGGCACTCAGCCGGTC--CCCGAAG---TTCCTCTCACGCGGCCCCAAGACCACCACCGT----AGTCCAGGCCAACAAGCGCTGCC---GGGACTCCCGAGGCCA--CGAATGAGCCGGGAGCCA--------------CCAGT-AGCCGGCC-AAGTCTCGCGAGA----GCGCGGCCTCGCCCT-CCCAGCATGCCCCGcgccgccgccgctgccgccgccgccgccgccgccgcgccgcGGCTTGAGGGCGGGAGGCTGGGGGAGGGT-AGCGGAGCCGGCGCCGCCGCCATGTTGGGTCTGAAGC-GGCTGCTGT-AGGCGCCGACGGAGCGAGCG------------GGC
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28812404 351 +  51301725 GCCTCCTCTCCAGCCCGCAGCAAGC-GGTGCCACGAGGCACTCAGCCGGTC--CCCGAAG---TTCCTCTCACGCGGCCCCAGGACCACCGCCGT----AGCCCAAGCCAATAGGCGCTGCC---GGGACTCCCGAGGCCG--CGAAGAAGCCGGGAGCCAGGAACCGAGAGCCGCCAGC-CGTCGGCC-AAGTCTCGCGACA----GCGCGGCCTACCCCT-CCCAGCATgccccgcgccgccgccgctgccgccgccgccgccgccgc---gccgcGGCTTGAGggcgggaggctgggggagggt-agCGGACCCGGCGCCGCCGCCATGTTGGGTCTGAAGC-GGCTGCTGT-AGGTGTCGACGGAGCTAGCG------------GGC
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29211363 351 +  50890351 GCCTCCTCTCCAGCCCGCAGCAAGC-GGTGCCACGAGGCACGCAGCCGGTC--CCCAAAG---TTCCTCTCACGCGGCCCCAGGACCACCGCCGT----AGCCCAAGCCAACAGGCGCTGCC---AGGACTCCCGAGACCG--CAAAGGAGCCGGGAGCCAGGAACCGGGAGCCGCCAGC-CGTCGGCC-AAGTCTCGCGACA----GCGCGGCCTACTCCT-CCCAGCATGCCccgcgccgccgccgctgccgctgccgccgccgccgc---gccgcGGCTTGAGGGCGGGAGGCTGGGGGAGGGT-AGCGGACCCGGCGCCGCCGCCATGTTGGGTCTGAAGC-GGCTGCTGT-AGGTGTCGACGGAGCTAGCG------------GGC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28501657 338 +  49145316 GCCTCCTCTCCAGCCCTCAGCGAGCGGGTGCCACGAGGCACTCAGCAAGTC--CCCGAAA---TTCCTCTCACGCTGCCCCAGGACTGCCGTCGT----AGCCCAGGTAAATAGGCGCTGAC---AGGACTCCCGAAGCCG--CCAAGCAGTCGGGAACCA--------------CCCGC-CACCTGCC-AAGTCTCGCGAGG----GCGCGGCCTCGCCCT-CCCAGCATGCTCCGcgccgccgccgctgccgccgcggccgccgccgc---gccgcGACTTGAGGGCGGGAGGCTGGGGGAGGGT-AGCGGAGCCGGCACCGTCGCCATGTTGGGTCTGAAGC-GGCTGCTGT-AGGCGCCGACCTAGCGAGCG------------GGC
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111051577 338 - 145441459 ---------TCAGCAT-CACCAGGCGGG-----ATGGGCCCTCGTCTAGTCTTCCCGCGA---CATCT---AGGTGCCGTGAAAACCTTCCACGTCGGGAGCGCAAGCCAA---GCGCT--C---TGGGCCGCCGCGG-------AAAGAGCCCGGGACCG--------------TCCGTGAGCTCGGC-GAGTCTCGCGAGAAAGCACGCCGCCTCGCCCT-CCCGGCATGCCCTGcgccgccgccgctgctgccgccgccgccgccgccgcgccgcGGTTTGAGGGCGGGAGGCTGGGGGAGGGTAAGCGGAGCCGGCGCGGCCGCCATGTTGGTTCTGAGGC-GGCTGCTGTGAGGCGCCGACGGAGGGAgcgagcgagcgggcgggc
i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 M 836
e rheMac3.chr19              40820452 1933 +  64156825 M

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s panTro4.chr19              39345544 88 +  63644993 GTGCGGAGCGGGCGACAGTGGCGTGGGATCTGCCTCTCTGCGAGCAG---CTGGGAGCGGCGGCGGCGGCGCCATGAGCGGGGG-CACCCCT
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34839371 88 +  60714840 GTGCGGAGCGGGCGACAGCGGCGTGGGATCTGCCTCTCTGCGAGCAG---CTGGGAGCGGCGGCGGCGGCGCCATGAGCGGGGG-CACCCCT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63843894 88 - 106955855 GTGCGGAGCGGGCGACAGCGGCGTGGGATCTGCCTCTCTGCGAGCAG---CTGGGAGCGGCGGCGGCGGCGCCATGAGCGGGGG-CACCCCT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34605008 88 +  59248254 GTGCGGAGCGGGCGACAGCGGCGTGGGATCTGCCTCTCTGCGAGCAG---CCGGGAGCGGCGGCGGCGGCGCCATGAGCGGGGG-CACCCCT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28812755 88 +  51301725 GTGCGGAGCGGGCGACAGCGGCGTGGGATCTGCCTCTCTGCGAGCAG---CcgggagcggcggcggcggcgccatGAGCGGGGG-CACCCCT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29211714 88 +  50890351 GTGCGGAGCGGGCGACAGCGGCGTGGGATCTGCCTCTCTGCGAGCAG---CCGGGAGCGGCGGCGGCGGCGCCATGAGCGGGGG-CACCCCT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28501995 92 +  49145316 GTGCGGAGCGGGCGACAGCGGCGTGGGATCTGCCTCTCTGCGAgcgggcccgggaggcggcggcggcggcgccATGAGCGGGGGTCACCCCT
i calJac3.chr22             C 0 I 205
s mm10.chr7                 111051915 84 - 145441459 gggcggagc-ggcgggcgCAGCGCGGGATCTGACTGAGTGCGAGCGG---C---GGGCGACGGCGGCGGCGCCATGAGCGGGGG-CACCCCT
i mm10.chr7                 C 0 C 0
e canFam3.chr1                4561693 836 - 122678785 M
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     20401 145 +    155864 TACATCGGCAGCAAGATCAGCCTCATCT-CCAAGGCGGAGATCCGCTACGAGGGCATCCTCTACACCATCGACACCGAAAACT-CCACCGTAGCCCTTGCCAAAGGTACGCGGGACCGGGCCTCAGGGT----GGGGGC-CGAGCCGGGCGC
s panTro4.chr19              39345632 145 +  63644993 TACATCGGCAGCAAGATCAGCCTCATCT-CCAAGGCGGAGATCCGCTACGAGGGCATCCTCTACACCATCGACACCGAAAACT-CCACCGTAGCCCTTGCCAAAGGTACGCGGGACCGGGCCTCAGGGT----gggggc-cgggccgggcgc
i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34605096 145 +  59248254 TACATCGGCAGCAAGATCAGCCTCATCT-CCAAGGCGGAGATCCGCTACGAGGGCATCCTCTACACCATCGACACCGAAAACT-CCACCGTAGCCCTTGCCAAAGGTACGcgggaccgggcctcggggt----gggggc-cgggccgggcgc
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29211802 145 +  50890351 TACATCGGCAGCAAGATCAGCCTCATCT-CCAAGGCGGAGATCCGCTACGAGGGCATCCTCTACACCATCGACACCGAAAACT-CCACCGTAGCCCTTGCCAAAGGTACGcgggaccgggcctcggggt----gggggc-cgggccgggcgc
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28502292 147 +  49145316 TACATCGGCAGCAAGATAAGCCTCATCTCCCAAGGCAGAGATCCGGTACGAGGGCATCCTCTACACCATCGACACCGAAAACTCCCCCCGTAGCCCTCGCCAAAGGTACGTGGGACCGGGCCTCGGGGT----GGGGGT-CGGACCGGGCGC
i calJac3.chr22             I 205 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
e canFam3.chr1                4561693 836 - 122678785 M
e rheMac3.chr19              40820452 1933 +  64156825 M

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     20546 590 +    155864  
s panTro4.chr19              39345777 562 +  63644993  
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34839604 594 +  60714840  
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63844127 588 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40822385 601 +  64156825  
i rheMac3.chr19             M 1933 C 0
s macFas5.chr19              34605241 601 +  59248254  
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28812988 601 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29211947 601 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28502439 607 +  49145316  
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111052149 546 - 145441459  
i mm10.chr7                 C 0 C 0
e canFam3.chr1                4561693 836 - 122678785 M

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     21136 183 +    155864 AAAAATGCTTGC-TG----CTGCCCCGACGCCCCTGTTTCTGGAAAC--------------GGGTTCAAGCT----TGATCCAGGATCCTTCTTGA-CCAGGCAAGCTTGACCTTTGATCCAG-GCTCAGTGGGCGTTGACTGATCCCTCTGGAGGCTCTCTGGGAAAG----GGAATTCGGCCGAGAAG----GA-AGGTGCCCCTA-----------CCCACAGTG--
s panTro4.chr19              39346339 183 +  63644993 AAAAATGCTTGC-TG----CTGCCCTGGCGCCCCTGTTTCTGGAAAC--------------GGGTTCAAGCT----TGATCCAGGATCCTTCTTGA-CCAGGCAAGCTTGACCTTTGATCCAG-GCTCAGTGGGCGTTGACTGATCCCTCTGGAGGCTCTCTGGGAAAG----GGAATTCGGCCGAGAAG----GA-AGGTGCCCCTA-----------CCCACAGTG--
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34840198 184 +  60714840 AAAAATGCTTGC-TG----CTGCCCCGACGCCCCTGTTTCTGGAAAC--------------GGGTTCAAGCT----TGATCCAGGATCCTTCTTGA-CCAGGCAAGCTTGACCATGGATCCAG-GCTCAGTGGGCGTTGACTGATCCTTCTGGATTATCGCCGGGAAAG----GGAATTCGGCTGAGAAG----GAGAGGTGCCCCTA-----------CCCACAGTG--
i ponAbe2.chr19             C 0 M 488
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40822986 183 +  64156825 AAAAATGCTTGC-TG----CTGCCCCGACTGCCCTGTTTCTGGAAAC--------------GGGTTCAAGCT----TGATCCAGGATCCTTCTTGA-CCAGGCAAGCTTGACCTTTGATCCAG-GCTCAGTGGGCGTTGACTGATCCCTCTGGAGGCTCTCTGGGAAAA----GGAATTCGGCCGAGAAA----GA-AGGTGCCCCTA-----------CCCATAGTA--
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34605842 183 +  59248254 AAAAATGCTTGC-TG----CTGCCCCGACTGCCCTGTTTCTGGAAAC--------------GGGTTCAAGCT----TGATCCAGGATCCTTCTTGA-CCAGGCAAGCTTGACCTTTGATCCAG-GCTCAGTGGGCGTTGACTGATCCCTCTGGAGGCTCTCTGGGAAAA----GGAATTCGGCCGAGAAA----GA-AGGTGCCCCTA-----------CCCATAGTA--
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28813589 183 +  51301725 AAAAATGCTTGC-TG----CTGCCCCGACTGCCCTGTTTCTGGAAAC--------------GGGTTCAAGCT----TGATCCAGGATCCTTCTTGA-CCAGGCAAGCTTGACCTTTGATCCAG-GCTCGGTGGGCGTTGACTGATCCCTCTGGAGGCTCTCTGGGAAAG----GGAATTCGGCCGAGAAG----GA-AGGTGCCCCTA-----------CCCATAGTA--
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29212548 183 +  50890351 AAAAATGCTTGC-TG----CTGCCCCGACTCCCCTGTTTCTGGAAAC--------------GGGCTCAAGCT----TGATCCAGGATCCTTCCTGA-CCAGGCAAGCTTGACCTTTGATCCAG-GCTCAGTGGGCGTTGACTGATCCCTCTGGAGGCTCTCTGGGAAAG----GGAATTCGGCCGAGAAG----GA-AGGTGCCCCTA-----------CCCATAGTA--
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111052695 196 - 145441459 -AAAATGCTTGCTTG----CTGTCCCCATGGGCCAATTTTCTGGAACCCTGGTAGAAAGGAAAGTTTAAGTTTTGATGATCCGGGACTCTTGTACA-C------------ACTTCAGAGCGAGTACTATCGGGGCGCTGACCGACTCCGCTGTA-----CTTGGGGAGA----GGAAGTTGTGTGGAAGG----GG-ATCCCCCCCTACTTACCCCAACCCCATAGTC--
i mm10.chr7                 C 0 C 0
s canFam3.chr1                4562543 170 - 122678785 AAAAATGCTCGC-CGGGGTGCGCCCGGGGTACCCGG--TGCGGAGGC--------------GGGTTCGAGCT----TGACCCAGGTTGCACCCTCG-TCCCGAAGGCT----------------gcgccgcg--------cgggccctgccggcgggtcccggggacggcggcgggTTCGGGGCGTGGAGCACCGA-AGGG--CCCTG-----------CCCCTAGGATC
i canFam3.chr1              M 836 C 0

a score=416440.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     21319 154 +    155864 TTAATATTTGGCATCCCTAGAGTC--TGTGT-GGGTTTTGTTTCCGTTCACACGT-GCAGGGCCTTTGCTCCGCCAGGAAACCAGAAAGAAAATAAACTTTAGCTCCTGAATCTTAAAGGAAATCTCACAACAGTGTAAAATACTTT----GAGGGAAGCTA
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34606025 152 +  59248254 TTAATATTTGGCATCGCTAGAGTC--TGTGT-GGGTTTTGTTTCCGTTCACACGT-GCAGGGCCTTTGCTCTGCCAGGAAACCAGAAAGTAAATAAAC--TAGCTCCTGAATCTTAAAGGAAATCTCACAACAGTGTAAAATACTTT----GGGGGAAGCTA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28813772 152 +  51301725 TTAATATTTGGCATCGCTAGAGTC--TGTGT-GCGTTTTGTTTCCGTTCACACGT-GCAGGGCCTTTGCTCTGCCAGGAAACCAGAAAGTAAATAAAC--TAGCTCCTGAATCTTAAAGGAAATCTCACAACAGTGTAAAATACTTT----GGGGGAAGCTA
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s mm10.chr7                 111052891 134 - 145441459 ------TGTACAGTCGATACAGTCAATTTGT-GGGTTTTGTTTCCGTTCACGCGT-GCTAG----------TGACAGGAAGGCACAAAGAAAATAAACTTGAGTTTCTG-ATCCTAGGGGAAGTCTTATAACAGTTTCTGATACC-------AGGGAGGT--
i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 3
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34841682 5 +  60714840 TTAGC
i ponAbe2.chr19             I 1 C 0
s nomLeu3.chr10              63845866 5 - 106955855 TTAGC
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34606951 5 +  59248254 TTAGC
i macFas5.chr19             C 0 I 12
s papAnu2.chr19              28814698 5 +  51301725 TTAGC
i papAnu2.chr19             C 0 I 12
s chlSab2.chr6               29213655 5 +  50890351 TTAGC
i chlSab2.chr6              C 0 I 12
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111053095 2304 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4563112 0 - 122678785 C
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s panTro4.chr19              39347483  98 +  63644993 ------------GCTTAGAAATCGGCTAT-----AGGATGTATGATGGATGGTATTTGGTGTTTATTAAAGACTTTCCCAGTGATGCTTCTTAAGTAACTTAGTTTTTGCTTGGC
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34841687  94 +  60714840 ------------GCTTAGAAATCCGCTAT-----AGGATGTAT----GATGGTATTTGGTGTTTATTAAAGACTTTCCCAGTGATGCTTCTTAAGTAACTTAGTTTTTGCTTGGC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 7 C 0
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i macFas5.chr19             I 12 C 0
s papAnu2.chr19              28814715  90 +  51301725 ------------TTTTAGAAATCCACTAT-----AGGATGCAT----GATGGTATTTGGTGTTT----AAGACTTTCCCAGTGATGTTTCTTAAGTAACCTGGtttttgcttggc
i papAnu2.chr19             I 12 C 0
s chlSab2.chr6               29213672  90 +  50890351 ------------TTTTAGAAATCCACTAT-----AGAATGCGT----GATGGTATTTGGTGTTT----AAGACTTTCCCAGTGATGTTTCTTAAGTAACTTAGTTTTTGCTTGGC
i chlSab2.chr6              I 12 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111053095 2304 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4563112   0 - 122678785 C

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34607058 99 +  59248254 CTTATTTTGAATTTATTTTTATATTTTTTATATAATAGTTATTTAGCTGTA-TAGT------GTTTTTCT-----------------------------------GGCTTTATGCAATTATAAAAAAAAAAGCCTGTCTTT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28814805 97 +  51301725 cttattttgaatttatttttatattttttatataatagttatttagctata-tagt------gtttttct-----------------------------------ggctttatgcaattat--aaaaaaaaGCCTGTCTTT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29213762 99 +  50890351 CTTATTTTGAATTTATTTTTATATTTTTTGTATAATAGTTATTTAGCTGTA-TAGT------GTTTTTCT-----------------------------------GGCTTTATGCAATTATAAAAAAAAAAACCTGTCTTT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28504612 78 +  49145316 CTTATTTTT------------TATTTTTTA-ATAGTAGATATTTAGCTGTG-TAGT------ATTTTTCT-----------------------------------GGCTTTATGAAATTAT----GAAAAAGCCTC----T
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 233
e mm10.chr7                 111053095 2304 - 145441459 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34841876 98 +  60714840 ATGAAATTTTGAAAAGTGCTGGGTGAGA------------------------------------------------------------GCCAGATATGGGTTGAAAATAATTTCTCATTAAAGTGGTTTAATAAATTTTTTTTAAAGTATTGCTTTAC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63846060 98 - 106955855 ATGAAATTATGAGAAGTGCTGGGTGAGA------------------------------------------------------------GCCAGATATGGGTTGAAAATAATTTCTCATTAAAGTGGTTTAATAAATATTTTTTAAAGTATTGTTTTAC
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34607157 96 +  59248254 ATGAAATTATGAAAAGTGCTGGGTGAGA------------------------------------------------------------GCCAGATATGGGTTGAAAATAATTTCTCATTAAAGTGGTTTAATACATT--TTTTAAAGTATTGCTTTAC
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111053095 2304 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4563208 233 - 122678785 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28504787 381 +  49145316  
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 233 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111053095 2304 - 145441459 I
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 2304 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 110
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i canFam3.chr1              I 113 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 110 I 13
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 1039
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34845842 106 +  60714840 CTTATTGTTCTTGTAGAAGTATCTTGGGTAT----ACCTCCAAATAATGCTTTTCCATGTTCACAATTGCGTTTCCCTATAAAATTAAATTATCCA---------------------------------------------------------------------------CCCTCACATT-AAGA-------------------------------------------------------------------------------
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111056839 1039 - 145441459 I

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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     27747 3 +    155864 ctc
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i canFam3.chr1              C 0 I 186
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40831596 359 +  64156825 ctctctgtctgttagca------tttgtttagtcatctg---cattcttttgatgatctcatccatctagttcctggttttaaatactacctgtatatcactgactcctatctctagcctggatttctcctct-aactcctgacttgtatatcacat------tgcctctttaacatctctacttgtagggatgtctgcttagaatctcaattcagcatgccctaaacctgttcctccatcagcctttcccatctaatcaattgacagctc--tattctagttggtaagacc-aaacaccttggagccatccttaattcctccctctctctctcacctcatgtgatcctaa-cctatcagctctgctttcaaactaggt
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34614447 359 +  59248254 ctctctgtctgttagca------tttgtttagtcatctg---cattcttttgatgatctcatccatctagttcctggttttaaatactacctgtatatcactgactcctatctctagcctggatttctcctct-aactcctgacttgtatatcacat------tgcctctttaacatctctacttgtagggatgtctgcttagaatctcaattcagcatgccctaaacctgttcctccatcagcctttcccatctaatcaattgacagctc--tattctagttggtaagacc-aaacaccttggagccatccttaattcctccctctctctctcacctcatgtgatcctaa-cctatcagctctgctttcaaactaggt
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28821889 355 +  51301725 ctc----tctgttagCA------TTTGTTTAGTCATCTG---CATTCTTTTGATGATCTCATCCATCTAGTTCCTGGTTTTAAATACTACCTGTATATCACTGACTCCTATCTCTAGCCTGGATTTCTCCTCT-AACTCCTGACTTGTATATCACAT------TGCCTCTTTAACATCTCTACTTGTAGGGATGTCTGCTTAGAATCTCAATTCAGCATACCCTAAACCTGTTCCTCCATCAGCCTTTCCCATCTAATCAATTGACAGCTC--TATTCTAGTTGGTAAGACC-AAACACCTTGGAGCCATCCTtaattcctccctctctctctcacctcatGTGATCCTAA-CCTATCAGCTCTGCTTTCAGACTAGGT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29220903 359 +  50890351 ccctctgtctgttagca------tttgtttagtcatctg---cgttcttttgatgatctcatccatctagttcctggttttaaatactacctgtatatcattgactcctatctctagcctggatttctcctct-aactcctgacttgtatatcacat------tgcctctttaacatctctacttgtagggatgtctgcttagaatctcaattcagcatcccctaaacctgttcctccatcagcctttcccatctaatcaattgacagctc--tattctagttggtaagacc-aaacaccttggagccatccttaattcctccctctctctctcacctcatgtgatcctaa-cctatcagctctgctttcaaactaggt
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s canFam3.chr1                4570220 345 - 122678785 ctc--tgtcttttaaaaatttactttgttttaccaccttaccttttctcttgataacctcatgc----agttcctggctttgaatactctccgtacattactgattcctatctccaacttcaacctcctctttgaactcctggcttgtaaacc-caccttgtatgcctc-ctaacaccaccacctgcagagatgtttagtaggtatctca-------------catacctgtt------------ttatccatctaactgaatgacagttcatccttgtagttggtaagacc-aaaaacctttgagtcatgcttaattcttctgttcttcttacacctcatggatttctgatcctatcacctctgttttcaaaatatat
i canFam3.chr1              I 173 C 0
e mm10.chr7                 111059727 1324 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28512190 2096 +  49145316 I
e nomLeu3.chr10              63851802 1301 - 106955855 I

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s panTro4.chr19              39354920 456 +  63644993 gcagaatttgacc----tctgaccacccctactaccctggtccattatctctcacTAGTCCATTCAGAGatactcagattcctgtttcttgtttccaatattgacctctcagttgattctttctcctcctcccaattttacttgagtgaatctttgtaattaaaaaataaaatacatggaaaatg--taggtgacaaattttcttagtgaacctatgttttcttg--tgcttgactggtt----------ggttggctatgtatttccaaattaagagtcttttttctgtggaactttgaagttactgctttttgttcttctaatattctggggttgctgatgccagtctgactctcagtcacttttctctctgg-aagcttttatttagaattctctattcctggaattcacaaatgtgatcacactggtttgttgttgttgttgttgttg-ttgtttgtttgttttttggtttg
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34849207 450 +  60714840 gcagaatttgacc----tctggccacccctactatcctggtccattatctctctctagtctattcagagatactcagattcctgtttcttgtttccaatattgacctctcagttgattctTTCTACTCCTCCCAATTTTACTTGAGTGAATCTTTGTAATTAAAAAATAAAATACATGGAAAATG--TAGGTGACAGCTTTTCTTAGTGAACCTATGTTTTCTTG--TGcttgactggtt----------ggttggctatgtatttccaaattaagagtcttttttctatagaactttgaagttactgctttttgttcttttaatattctggggttgctgatgccagtctgattctcagtcacttttctctctgg-aagcttttatttagaattctctattcctggaattcacaaatgtgatcacactggt------ttgttgttgttgttg-ttgtttgtttgttttttggtttg
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63853103 450 - 106955855 GCAGAATTTGACC----TCTGACCACCCCTACTACCCTGGTCCATTATCTCTCACTAGCCTATTCAGAGatactcagattcctgtttcttgtttccaatattgacctctcagttgattctttctactcctcccaattttacttgagtgaatctttgtaattaaaaaataaaacacatggaaaatg--taggtgacaaattttcttagtgaacctatgttttcttgattgcttgactggtt----------ggttggctatatatttccaaattaagagtctttattctacagaactttgaaattactgctttttgttc---taatattctggggttgctgatgccagtctgattctcagtcacttttctctctgg-aagcttttatttagaattctgtattcctggaattcacaaatgtgatcaCACTGGT------ttgttgttgttgttgtttgtttgtttgtttttTGGTTTG
i nomLeu3.chr10             I 1301 C 0
s rheMac3.chr19              40831955 452 +  64156825 gcagaatttgacc----tctgaccacccctactaccatggtccattatctctcacTAGTCTATTCAGAGATCCTCAGATTCCTGTTTCTTGTTTCCAGTATGTACCTCTCAGTTGATTCTTTCCACTCCTCCCAATTTTACTTGAGTGGATCTTTGTAATTAAAAAATAAAATACATGGAAAAGA--TAGGTGACAAATCTTCTTAGTGAACCTATGTTTTCTTGAttgcttgactggtt----------ggttggctatatatttccaaattaagagtcttttttctatagaactttgaagttactgctttttgttcttctgatatactggggttggtggtgccagtctgattctcagtcacttttctctctgg-aagcttttatttcgaattctctgttcctggaattcacaaatgtgaccacactggt------ttgttgttgttgttg-ttgtttgtttgttttttggtttg
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34614806 455 +  59248254 gcagaatttgacc----tctgaccacccctactaccatggtccattatctctcactagtctattcagagatcctcagattcctgtttcttgtttccagtatgtacctctcagttgattctTTCCACTCCTCCCAATTTTACTTGAGTGGATCTTTGTAATTAAAAAATAAAATACATGGAAAAGG--TAGTTGACAAATCTTCTTAGTGAACCTATGTTTTCTTGAttgcttgactggtt----------ggttggctatatatttccaaattaagagtcttttttctatagaactttgaagttactgctttttgttcttctgatatactggggttggtggtgccagtctgattctcagtcacttttctctctgg-aagcttttatttcgaattctctgttcctggaattcacaaatgtgaccaCACTGGT---ttgttgttgttgttgttg-ttgtttgtttgttttttggtttg
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28822244 452 +  51301725 GCAGAATTTGACC----TCTGACCACCCCTACCACCGTGGTCCATTATCTCTCACTAGTCTATTCAGAGATCCTCAGATTCCTGTTTCTTGTTTCCAGTATGTACCTCTCAGTTGATTCTTTCCACTCCTCCCAATTTTACTTGAGTGGatctttgtaattaaaaaataaaatacatggaaaagG--TAGGTGACAAATCTTCTTAGTGAACCTATGTTTTCTTGATTGCTTGACTGGTT----------GGTTGGCTATATATTTCCAAATTAAGAGTCTTTTTTCTATAGAACTTTGAAGTTACTGCTTTTTGTTCTTCTGATATACTGGGGTTGCTGGTGCCAGTCTGATTCTCAGTCACTTTTCTCTCTGG-AAGCTTTTATTTCGAATTCTCTGTTCCTGGAATTCACAAATGTGACCAcactggt------ttgttgttgttgtcg-ttgtttgtttgttttttggtttg
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29221262 452 +  50890351 gcagaatttgacc----tctgaccacccctactaccgtggtccattatctctcacTAATCTATTCAGAGATCCTCAGATTCCTGTTTCTTGTTTCCAGTATGTACCTCTCAGTTGATTCTTTCCACTCCTCCCAATTTTACTTGAGTGGATCTTTGTAATTAAAAAATAAAATACATGGAAAAGG--TAGGTGACAAATCTTCTTAGTGAACCTATGTTTTCTTGAttgcttgactggtt----------ggttggctatatatttccaaattaagagtcttttttatatagaattttgaagttactgctttttgttcttctgatatactggggttgctggtgccagtctgattctcagtcacttttctctctgg-aagcttttattttgaattctctgttcctggaattcacaaatgtgaccaCACTGGt------ttgttgttgttgtcg-ttgtttgtttgttttttggtttg
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s canFam3.chr1                4570565 400 - 122678785 ccaaaatttgaccacctACTGGCCTGCTGCTCTCCTCTGATTTACTGTCTCTTTCCAGACTTTTCAAAGA--CTCAGGCCCTCAT------ATTTCAGTGTTGGCCTCTTACTTGATTCTTTTCA--CCTCCCAGTTGTGTTTGAGCGCTTCTTTACCATTAAAAAAAAAAAACCAATAgggatgcctaggtggc----ttagttggttaa---gtgtctgctta--tggct--ctggtcatgatcccagggtcctccaattgaggcccgcttcaagctctatgctcagtgg------gaagc--ctgcttctccctctccc---------------------tctgcctgctgctc--cccctcctctctctgacaaataaataaataaaatctt-------taaaataaaAAAAAAT----------AT------AAATCtttttttttt-ttttttttttttttttttaattg
i canFam3.chr1              C 0 I 78
e mm10.chr7                 111059727 1324 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28512190 2096 +  49145316 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34849657 46 +  60714840 gtttgatttttcctctgagtgtttctctgtggaccttgtgaatctg
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63853553 44 - 106955855 GTTTGATTTTTCCTCTGAGTGTTTCTC--TGGACCTTGTGAATCTG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40832407 46 +  64156825 gtttggtttttcctctgagtgtttctctgtggaccttgtgaatctg
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111059727 1324 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4570965 78 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28512190 2096 +  49145316 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     30282 7 +    155864 aagagtc
s panTro4.chr19              39355422 7 +  63644993 aagagtc
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34849703 7 +  60714840 aagagtc
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 I 17
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i macFas5.chr19             C 0 I 17
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i papAnu2.chr19             C 0 I 17
e mm10.chr7                 111059727 1324 - 145441459 I
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e canFam3.chr1                4570965 78 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28512190 2096 +  49145316 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     30289 133 +    155864 AACTCTCggccgggcgcgg----tggctcatgcctgtaatcctaacactttgggaggccaaggc--gggcagatcacaag-gtcaggagattgagaccatcctggctaacatggtgaaacc----------------------ccgtctctactaaaaatac-------------
s panTro4.chr19              39355429 133 +  63644993 AACTCTCggccgggcgcgg----tggcttatgcctgtaatcctaacactttgggaggccaaggc--gggcagatcacaag-gtcaggagattgagaccatcctggctaacatggtgaaacc----------------------ccgtctctactaaaaatac-------------
i panTro4.chr19             C 0 M 775
s ponAbe2.chr19              34849710 133 +  60714840 aACTCTCggccaggcgcgg----tggctcatgcctgtaatcctagcactttgggaggccaaggc--gggcagatcacaag-gtcaggagattgagaccatcctggctaacatggtgaaacc----------------------ccgtctctactaaaaatac-------------
i ponAbe2.chr19             C 0 I 2
s nomLeu3.chr10              63853604 133 - 106955855 AACTCTCAgccggatgcgg----tggctcatgtctgtaatcctagcactttgggaggccaaggt--gggcggatcacaag-gtcaggagattgagaccatcctggctaacacggtgaaacc----------------------ccgtctctactaaaaatac-------------
i nomLeu3.chr10             C 0 I 6
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i canFam3.chr1              I 78 C 0
e mm10.chr7                 111059727 1324 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29221760   0 +  50890351 C
e calJac3.chr22              28512190 2096 +  49145316 I
e papAnu2.chr19              28822749  17 +  51301725 I
e macFas5.chr19              34615314  17 +  59248254 I
e rheMac3.chr19              40832460  17 +  64156825 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     30422 72 +    155864 aaaaaaaaaaaaaaaagccaagtgtggtggcaggcacctgtagtcccagctcttagggaggctgaggcagga
s ponAbe2.chr19              34849845 72 +  60714840 aaaaaaaaaaaaaaaagccgggtgtggtggcaggcacctgtagtcccagctcttagggaggctgaggcagga
i ponAbe2.chr19             I 2 C 0
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i nomLeu3.chr10             I 6 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 284
e mm10.chr7                 111059727 1324 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29221760  0 +  50890351 C
e calJac3.chr22              28512190 2096 +  49145316 I
e papAnu2.chr19              28822749 17 +  51301725 I
e macFas5.chr19              34615314 17 +  59248254 I
e rheMac3.chr19              40832460 17 +  64156825 I
e panTro4.chr19              39355562 775 +  63644993 M

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     30494 101 +    155864 gaatggtgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccaagattataccagtgcactccagcctaagcgac--agtgagactccatctcaaaaaaaaaaaaa
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63853815  98 - 106955855 gaatggcgtgaacgcgggaggcggagcttgcagtgagccgagactgcaccactgcactccagcctaggttacagagcaagattccatctc-----aaaaaaaa
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111059727 1324 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29221760   0 +  50890351 C
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 I 3
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i papAnu2.chr19             C 0 I 3
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i macFas5.chr19             I 3 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34858503 385 +  60714840 TGGAAAATGTTAATAATGTCGTTT-GGGGGGTACTAGCTTTACTTAACTATGTATTTTAAGTATATAATGTTTATCATGCTTAAATTTAGAACATTTCTGGTATTTTATAATGGGGGTATTGTATTGGGAAGTTTGTCACTACAACTCATTTCTCTGGCCTTGTACTATGATTTTATATACAAGTATTATATGCACTAAC-AACCA-GTTTGGCATTGGGATGATGTTTGAGCTTAACTAAATCTGGAGACTGGATTAGATGAGTGAT-TTTGCCAAATAATTTGACCCTGTT----------ttattgttgttgttgttgttgttgttgttgttTTAATGCATGGGATGCATTTCTATT--AATAAATCTTTGGTGTTATTTCAAGCTAGAAATATAAAA
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 57 I 356
e mm10.chr7                 111061518 3562 - 145441459 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     35710 324 +    155864 TTGATTCTATT-TTAAGACTAATAAAATTATTAgctgggcatcatggctcacacctgtatgtaattccagcactttgggaggctgtggtggatggatcgcttgagcccaggagttggagaccaacctgggcaacatggcgaaatcctatctctaca--------aaaaatacaaaaattagccaggtgtagt-gtgtgtgcctgtagttctagctactcaagagactgaggtgggaggatagcttgagcttgggaggtaaaagttgcagtgagccgagatggcaccactgccctccaacctggactggatgacagagaagggacgctgtctca-------a
s panTro4.chr19              39365022 324 +  63644993 TTGATTCTATT-TTAAGACTAATAAAACTATTAgctgggcatcatggctcacacctgtatgtaattccagcactttgggaggctgtggtggatggatcgcttgagcccaggagttggagaccaacctgggcaacatggtgaaatcctatctctaca--------aaaaatacaaaaattagccaggtgtagt-gtgtgtgcctgtagttctagctactcaagagactgaggtgggaggatagcttgagcttgggaggtgaaagttgcagtgagccgagatggcaccactgccctccaacctggactggatgacagagaagggacgctgtctca-------a
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34858888 317 +  60714840 TTGATTCTGTTCTTAAGACTAATAAAGTTATTagctgggcatcatggctcacatgtgtatgtaattccagcactttgggaggctgtggtggatggatcgcttgagcccaggagttggagaccaacctgggcaacatggcgaaatcctatctctaca----------------aaaaattagccaggtgtagt-gtgtgtgcctgtagttctagctactcaagagactgaggtgggaggatagcttgaacttgggaggtaaaagttgcagtgagccgagatggcaccactgccctccagcgtggactggatgacagagaagggacgctgtctca-------a
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28831711 328 +  51301725 TTGATTCTTTTCTTGAGACTGATAAAATTATTAGCTAGGCATcatggcccacatc----tgtaatccaagcactttgggagggtgtgGTGGatagatcgcctgagcccaggaattggagaccaatctgggcaacatggcgaaaccccatctctaca--------aaaaatttaaaaattagccaggtgtagt-gtgtgtgcctgtagtcctagctactcaagagactgaagtgggaggatagcttgagcctgggaggtaaaagtttcagtgagccgagatggcaccactgcactccagcctggactggatgacagagaagggactctgtctcaataaaaga
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29230069 328 +  50890351 TTGATTCTTTTCTTGAGACTGATAAAATTATTAgctaggcatcatggcccacatc----tgtaatccaagcactttgggagggtgtggtagatggatcgcctgagcccaggaattggagaccaatctgggcaacatggcgaaaccccatctctaca--------aaagatttaaaaattagccaggtgtagt-gtgtgtgcctgtagtcctagctactcaagagactgaggtgggaggatagcttgagcctgggaggtaaaagtttcagtgagctgagatggcaccactgcactccagcctggactggatgacagagaagggactctgtctcaataaaaga
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111061518 3562 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4578018 356 - 122678785 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     36034 675 +    155864  
s panTro4.chr19              39365346 675 +  63644993  
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34859205 673 +  60714840  
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63863176 672 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40841381 684 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34624572 684 +  59248254  
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28832039 683 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29230397 684 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28523045 666 +  49145316  
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 356 I 6322
e mm10.chr7                 111061518 3562 - 145441459 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     36709 1155 +    155864  
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     37864 122 +    155864 CCTTTCTACTGTTAATGTTCAAGTTTTAATCTTCCAGACTTCTCATTTGTTCTGTAACAGTATCTTCTAGCCACGTGTGCCCTTCTAATCTCTCTTGTGGAATTTGTTCTTCACAATACTAC
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 305 C 0
e mm10.chr7                 111061518 3562 - 145441459 I
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a score=1860164.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     37986 566 +    155864  
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 1159 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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e mm10.chr7                 111061518 3562 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4586787 134 - 122678785 I

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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 134 I 137
e mm10.chr7                 111061518 3562 - 145441459 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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e mm10.chr7                 111061518 3562 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 I 125
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28527893 156 +  49145316 TATCCTTCCTTTTGGATAAAGGTCAAAATATAAAA---------TCTTCCTA-CCTGCTTAAGTACTCTTTGACCATCAGAGAAAG-GGAGCTTCAGGTA-GCCATTCCACATTTTTTTCCTCATCACACCTGTGTGTGTGATGTATCCCATCTTAGCAAGTTGAAGG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 137 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 62
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i canFam3.chr1              C 0 I 55
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28528777 54 +  49145316 cccagcactttggtaggctgagacag-tggatcacttgaggtcaggaattctaga
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111065240 62 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4587549 55 - 122678785 I
e papAnu2.chr19              28836132 1193 +  51301725 I
e rheMac3.chr19              40845841 436 +  64156825 I

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s panTro4.chr19              39369822 209 +  63644993 ccagtct-gccaacatagtgaaaccccatctccgct------aaaaaaatacaaaaa-----------ttagctgggtatgatggcacatgcctgtaatcccagctgctcaggaggctgaggcaggagagtcgcttgaacccaagaggcagaggttacagtgagccaagattacgtcactgcactccagctggggcaacagaatgaaactccatctcaaaaaaaaga
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34863738 212 +  60714840 ccagtctggccagcgtagtgaaaccccatctccgct----aaaaaaaaatacaaaaa-----------ttagctgggcatggtggcacacgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagagtcgcttgaacccaagagacagaggttacagtgagccaagattgcgtcactgcactccagcttgggcaacagaatgaaactccatctcaaaaacaaaa
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63867668 216 - 106955855 ccagtctggccaacgtagtgaaactccatctctgctaaaaaaaaaaaaatacaaaaa-----------ttagctgggcatggcggcacacacctgtaatctcagctactcaggaggctgaggcaggagagttgcttgaacccaagaggcagaggttacagtgagccaagattgcgtcactgcactccagctttgggcacagaatgagactccatctcaaaaaaaaaa
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34629044 214 +  59248254 ccagtctgaccaacatagtgaaaccccatctccgct--aaaaaaaaaaatacaaaaa-----------ttagctgggtgtggtggcacacgcctataatcccagctactcgggaggctaaggcaggagagtcgcttgaacccaagaggcggaggttacagtgagccgagatcgcgccactgcactccaggctgggcaatagagtgagactccatctcaaaaaataaa
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28837325 225 +  51301725 ccagcctgggtgacggagcgagattctgtttccaaa--aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattgagccggccgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctacacaggaggctgaggcaggagaatggtgtaaacccgggaagcggagcttgcagtgagtggaggtcatggcactgcactccagcctggatgacaaagcaagactccgtctcaaaaaaaaaa
i papAnu2.chr19             I 1193 C 0
s chlSab2.chr6               29234880 214 +  50890351 ccagtctgaccaacatagtgaaaccccatctccgct--aaaaaaaaaaatacaaaaa-----------ttagctgggtgtggtggcacacacctataatcccagctactcaggaggctaaggcaggagagtcgcttgaacccaagaggcggaggttacagtgagccgagattgcgccactgcactccagcctgggcaatagagtgagactccatctcaaaaaaaaaa
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28528831 209 +  49145316 ctagcctggccaatatagtgaaaccccatctccact------tataaaatacaaaga-----------ttagctgggcgtggtggcacacgcctgtaatctcagccactca-gaggctgaagcaggagaatctcttgaacccaggaggcagaggttgcagtgaaccaagatcgcatcactgcactccagcctggtcaacagagtgagactccatctcaaaaaaaaaa
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 436 I 3
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111065240 62 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4587549 55 - 122678785 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     40741 3 +    155864 aaT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 3 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111065240 62 - 145441459 I

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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28837709 281 +  51301725 GggatttggttattttatttatttattttgaaatagggtcttgttctgtcacctaggctggagtgcaggagcacaGCCACGGTTCagtgcagcctcaatctcccagactcaagagatCCCCTCATACCTTAGCCTCcttatagctgggactacaggtgt----------acactaccacacctggctaatttttttaatttttttttaaattttttgtagagacaggacaTCACTATGTTGctagggctggtcttgaactcctgggctcaagcagtcctcccaccttgacc
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 134 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29235575 260 +  50890351 ----------GAAATTGG-CTTAAAATGCAGATTTTTGGACCCTGTCCCCAGCAAA---------------------AAGATTCAGTAGAAATCTTTATTTGTAGCCAGCTTACTGTGTTGCAGGTGGTCCCTGGTTTAACTTTGAGTAATGCTGTCTTCACTGTTAAAATAATCAGATTTAATTATATGGTAGATATTTTAGGTAACTAGGGTATTTCAGGCTGTCCCATGGGCCTGAATAGCTGGCAGCTACTTGGCTTGGCTTC-TAGAGGACTTACTGCTCAGCAAGGT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29235835 147 +  50890351 AAA---TATTAATACCTTCATT-G--CTCTCTGTGTCCCAAAGATCAG-TACCCAAACTTTGAGATTTTGTAGACTGGAAAAATCT---TTGTC--T-CCCATCCCTCCCCAAGAAA---gacatagg-ttgcta-a-tttttattttgctgaatgagaacattaa
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     41613 1 +    155864 a
s panTro4.chr19              39370918 1 +  63644993 a
i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63868769 1 - 106955855 A
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40847031 1 +  64156825 A
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34630312 1 +  59248254 A
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34866161 311 +  60714840 ttttttttttttttgacagagtcgttggagtacagtggcgcgaactcggctcactgcaacctccgcctcccgggttcaagcgattcttctgcctcagcctcctgagtagctgggattacaggcacgcaccaccacgcccggctaattcttgtatttttagtagagatggggtttcaccatgttggccaggctggtctcaaactactgacctcaggtgatctgcccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcatg-agccactgtgcctggccTGCAATGTTATATAATAAGAAAACACAAACATC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 13 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28839757 311 +  51301725 tcctttttttttttgaaacagtcattggagtacagtggcgcgaactcagcttactgcaacctctgcctccctggttcaagcgattcttctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcacgcaccaccacgcccggctaattcttgtatttttagtagagatgaggtttcaccatgttggccagcgtggtctcaaactcctgacctcaggtgatccgcccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcatg-agccactgtgcctggcccacaatgttatataataagaaaacacaaacata
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29237296 311 +  50890351 ttctttttttttttgaaacagtcgttggagtacagtggcacgaactcggcttactgcaacctccacctccctggttcaagcgattcttctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcacgcaccaccacgcccagctaattcttgtatttttagtagagatgaggtttcaccatgttggccagcctggtctcaaactcctgacctcaggtgatccgcccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcatg-agccactgtgcctggccCGCAATGTTATATAATAAGAAAACACAAACATA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 1081 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 I 334
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i macFas5.chr19             C 0 I 332
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i papAnu2.chr19             C 0 I 332
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i chlSab2.chr6              C 0 I 333
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i mm10.chr7                 I 1286 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 7 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 8
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 332 C 0
s papAnu2.chr19              28840507 2 +  51301725 ga
i papAnu2.chr19             I 332 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 8
s canFam3.chr1                4590122 2 - 122678785 GA
i canFam3.chr1              I 8 C 0
e chlSab2.chr6               29237714 333 +  50890351 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 334 C 0
s macFas5.chr19              34632377 219 +  59248254 AAATGTAAATCTCTTTAAATGGAGAAGGAAGAGACACTTTCTTAATAGAGATAGCTCCCTACACCAAACACTGGTGTTACCTTACC--GTCTCTTTTATATGGCTTTCGATAATTCTCCAGGAAACCAGTTATTTGAGTAATCAGTTTTATAGAAGGAGAAAAA-CTAAGAGAGTGCATATGAAAATGGTGTTGAGTAACTTCTTCCAGTCATCACAAACTT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29238047 216 +  50890351 AAATGTAAATCTCTTTAAATGGAGAAGGAAGAGACACTTTCTTAATAGAGATAGCTCCCTACACCAAACACTGGTGTTACCTTACT--GTCTCTTTTATATGGCTTTCGATAATTCTCCAGGAAACCAGTTATTTGAGTAATCAGTTTTAT---AGGAGAAAAA-CTAAGAGAGTGCATATGAAAATGGTGTTGAGTAACTTCTTCCAGTCATCACAAACTT
i chlSab2.chr6              I 333 C 0
s calJac3.chr22              28531679 219 +  49145316 AAATGTGAATCTCTTTAAATGGAGAAGCAAGAGACACGTTCTTAATAGAGATAGCTGCCTACACCAAACATTGGTGGTACCTTACT--GTCTCTTATATAT-GCCTTTGATAATTCTCCAGGGAACCAGTTATTTGAGTAATCAGTTTTAAGGAATAAAAAAAATCTGAGAGAGAGCAAATGAAAATGGTGTTGAATAACTTCTTCCAATCATCATAAACTT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 8 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 607

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     43631 89 +    155864 CTACTT--GATCTCCTTattcattcattcagtagtatttacagagtatctggcatgtgcttaacactagtggtgaacacacagaaaaggtc
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28840726 89 +  51301725 CTACTT--GAtcttcttattcattcattccgtAGTATTTACAGAGTGTCTGGCATGTGCTTAACACTAGTAGTGAACACAATGAAAAGGTC
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29238263 89 +  50890351 CTACTT--GATCTTCTTATTCATTCATTCCGTAGTATTTACAGAGTGTCTGGCATGTGCTTAACACTAGTAGTGAACACAAAGAAAAGGTC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28531898 85 +  49145316 CTACTT--GATCTTCttattcatttg----gtagtatttacggaatatctggtatgtgcttaacactagtagtgaacacacagaaaaggtc
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111068153 73 - 145441459 ----------------TCTTCACTCGTGCAATCATGTATATTGCGTTCCTGGCATGTGCGC-TTATTAGCAGAGAACA-AAAGGTAAGGTC
i mm10.chr7                 C 0 I 891
s canFam3.chr1                4590923 88 - 122678785 cTACTTTCGATCTTTTGattcatatatccaatagtatttattgagcatctaccatgtgcctgatactAACAACGAGCACACAGAACAA---
i canFam3.chr1              I 607 C 0

a score=428975.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     43720 132 +    155864 ctgccatcagtgagtgtatgtcctggtagCCTTTAATACACTTCATGTttatattatgaaacagtttatagtaagataa---tatatgaagtatacatgtattaatatatgtt-----atatattttatatGCTTTAGGT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34866941 132 +  60714840 ctgccatcagtgagtgtatgtcctggtagCCTTTAATACACTTCATGTTTATATTATGAAACAGTTTATAATAAGATAA---TATATGAAGTATACATGTATTAATATATGTT-----ATATATTTTATATGCTTTAGGT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63870879 137 - 106955855 ctgccatcagtgagtgtatgtcctGTTAGCCTTTAATACACTTCATGTttatattatgaaacagtttataataagataa---tatatgaagtatacatgtattgatatatgttatataatatatcttatGTGGTTTAGGT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40849404 130 +  64156825 ctgccatcagtgaatgtatgtcctggtagCCTTTAATACACTTCATGTTTATATTATGAAACAGTTTATAATAAGATAA---TATATGAAG--TACATGTATTAGTATATGTT-----ATATATTTTATATGCTTTAGGT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28840815 130 +  51301725 CTGCTATCAGTGAATGTATGTCCTGGTAGCCTTTAATATACTTCATGTTTATATTATGAAACAGTTtataataagataa---tatatgAAG--TACATGTATTAGTAtatgtt-----atgtattttatatgCTTTAGAT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111068226 891 - 145441459 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34632815 141 +  59248254 ---ttaagttaaagttt-TTA---TAAAATGTTCCTCCACTTAATA-TAACTATAAGTAAACATGTAAATG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTTTATGTGGGATATGTTTGTTTCTGCATCTCTTTCATGTGAATATAATAGTAGGCCTCAAATGATTGAAAATAAGA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28840945 141 +  51301725 ---TTAAGttaaagttt-tta---taaaatgttcttcCACTTAATA-TAACTATAAGTAAACATGTAAATG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTTTATGTGGGATATGTTTGTTTCTGCATCTCTTTCATGTGAATATAATAGTAGGCCTCAAATGATTGAAAATAAGA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28532114 133 +  49145316 ---TTAAGTTAAAGTTT-TTA---TAAAATGTTCCTCAGCTTAA-------TATAAGTAAAAATGTAAATG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTTTACATGGGATATGTTTGTCTCTACATCTCTTTCCTGTGAATGTAATAGTAGGCCTCAAATGATTGAAAATA--A
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111069117 137 - 145441459 ---TCACATTACAGCTTATTA---TAAAATGTTCCTTGACTTAATC-TAAAGATC--TTAAAACATAAACA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTTTGTGTAGGA--TGTTTGTTTCTGCATCCTTTTC-TATGAATTCAACAGTAGGCCTCCGGTAATTGAAAACAAAA
i mm10.chr7                 I 891 I 610
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     43986 71 +    155864 GTAAAATCATACGTGAG-------ATTTATATCAACATCAGACTAAAACTCATTATTACTAAGTGTGATTTTTCTCAT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34867207 71 +  60714840 GTAAAATCATACGTGAG-------ATTTATATCAACATCAGACTAAAACCCATTATTACTAAGTGTGATTTTTCTCAT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111069254 610 - 145441459 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     44057 545 +    155864  
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63871219 540 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40849746 529 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28532318 539 +  49145316  
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 610 I 1963
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     44602 118 +    155864 GATG-TTCCTTTTGTAACTTTGTTTTATGGTATTCAGAACACATTTTGATGATATCTTAAAGCCTTTAT-------------TGAT-ATTAGTGGGTTTTTAAAAGTCAGCTTTCACAG-AGTAACA--TTTTTTT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29239228 132 +  50890351 GATGTTTACTTTTGTAACTTTGTTTTATGGCATTCAGAACATATTTTGATGATATCTTAAAGCCTTTATTTAATATTCTTAATGAT-ATTAGTGGGTTTTTAAAAGTCAGTTTTCACGA-GGTAACA--TTTTTCT
i chlSab2.chr6              C 0 I 5
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     44720 1 +    155864 T
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4592174 1 - 122678785 T
i canFam3.chr1              C 0 I 421
e mm10.chr7                 111070496 1963 - 145441459 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     44721 19 +    155864 TACTAGGTAAAAAAAAAAT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34867943  3 +  60714840 TAC----------------
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63871880  3 - 106955855 TAC----------------
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 337 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 I 4
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 58 C 0
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i papAnu2.chr19             I 59 C 0
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i chlSab2.chr6              I 59 C 0
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s panTro4.chr19              39384525 185 +  63644993 aacagaccaggaataaagaatagagaatccagaaatagacccactcagatacttaaaacagag--taccaagacagttcaatggagagaaaagacattgttttaacaagaggtgttgcagcagctggttatctgtgg-aaa-aaataaaacttgacccctggcttaaactataaattaaaaataatttg
i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 1181 I 210
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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e mm10.chr7                 111072568 2157 - 145441459 I
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 210 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 328 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 432

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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 2045
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             I 380 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28855953 127 +  51301725 t--aaaaaaaaaa----------aatagtcctaaAGCCTAATCCATT---GAT--------TATATAATAAGGAGAAAA------GATTACAGTAATGCAAAATAGAAattgtatacaaaatatataataagaaat------------aagttGGTCATACTAAGAAA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29253198 126 +  50890351 t---aaaaaaaaa----------aaaaGTCCTAAAGCCTAATCCATT---GAT--------TATGTAATAAGGAGAAAA------GATTACAGTAATGCAAAATAGAAATTGTATACAAAATATATAATAAGAAAT------------AAGTTGGTCATACTAAGAAA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28547581 142 +  49145316 c-aacaaaaaaaaa---aaaTC-AGTAGTCCTAAAGTCTAATCCATT---GACCCATTGAGTATGTAATGGAGATAAAAGA---TGATTACAATAACCCAAAATACAAATTATGTATGAAATCT---ATAAGAAAT------------AAATTGGTAATACTAAGAAA
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111078761 152 - 145441459 -taaaaataaaAAATTTAAATT-AATAGTTGT----CTTAATACAGTCTACAT--------GCTATAATGGAGATAAGAGAAACAGCTTTCAGTAATGAGAAATCAAAATTATGTATGAAATATAT--TAAGAAACCTTCTGTGAGGAAAGTTTGTTGTAATGAGAGA
i mm10.chr7                 I 2045 I 534
s canFam3.chr1                4601525 113 - 122678785 --taaaaaaaaaACAAAACAGT-AGTTGTCCTAAAACCTAACCCACT---GAT--------CATATAATGGAGATAAAAGA---TGTTCACAATAAAG--AAATAGAAATTATATGTGAAATAC---GTAAGAAA---------------------------------
i canFam3.chr1              C 0 C 0

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     59174 21 +    155864 TATGACCAACTTCTATGATAA
s panTro4.chr19              39388634 21 +  63644993 TATGACCAACTTCTATGATAA
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34883139 21 +  60714840 TATGACCAACTTCTATGATAA
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63884205 21 - 106955855 TATAACCAACTTCTATGATAA
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40865011 21 +  64156825 TACGACCAACTTCCATGATAA
i rheMac3.chr19             C 0 I 350
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28856080 17 +  51301725 TATGACCAACTTCTATG----
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29253324 21 +  50890351 TATGACCAACTTCTATGATAA
i chlSab2.chr6              C 0 I 346
s calJac3.chr22              28547723 21 +  49145316 TATGACCATCTTCTACGATGA
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4601638 21 - 122678785 TTCAGCAGACCTCTGTAGAAA
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111078913 534 - 145441459 I

a score=65369.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     59195 33 +    155864 ----ATAATGTAAGACAGGGACATAA---AAGTTGCATGT
s panTro4.chr19              39388655 33 +  63644993 ----ATAATGTAAGACAGGGACATAA---AAGTTGCATGT
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34883160 33 +  60714840 ----ATAATGTAAGAGAGGGACATAA---AAGTTGCATAT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63884226 33 - 106955855 ----ATAATATAAGAGAGGGACATAA---AAGTTGCATAT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34649132 33 +  59248254 ----ATAATGTAAGAGAGGGACTTAA---AAGTCACATAT
i macFas5.chr19             C 0 I 309
s papAnu2.chr19              28856097 33 +  51301725 ----ATAATGTAAGAGAGGGACTTAA---AAGTCAcatat
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s calJac3.chr22              28547744 33 +  49145316 ----ATAATGTAATAGAGGGACATAA---AAGTCACATAT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111078913 534 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29253345 346 +  50890351 I
e rheMac3.chr19              40865032 350 +  64156825 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     59228 1 +    155864 A
s panTro4.chr19              39388688 1 +  63644993 A
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34883193 1 +  60714840 A
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63884259 1 - 106955855 A
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34649474 1 +  59248254 A
i macFas5.chr19             I 309 C 0
s papAnu2.chr19              28856130 1 +  51301725 a
i papAnu2.chr19             C 0 I 24
s calJac3.chr22              28547777 1 +  49145316 A
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4601699 1 - 122678785 A
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111078913 534 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29253345 346 +  50890351 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     59229 13 +    155864 ATGGAAAAAACAT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34883194 13 +  60714840 ATGGAAGAAACAT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63884260 13 - 106955855 ATGGAAGAAACAT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34649475 13 +  59248254 ATGGAAGAAACAT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111078913 534 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29253345 346 +  50890351 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     59242 16 +    155864 ATCTTATTGCTAGATA
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34883207 16 +  60714840 ATCTTATTCCTAGGTA
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63884273 16 - 106955855 ATCTTATTCCTAGATA
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40865382 16 +  64156825 ATCTTATTCCTAGATA
i rheMac3.chr19             I 350 C 0
s macFas5.chr19              34649488 14 +  59248254 --CTTATTCCTAGATA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              I 346 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4601713 16 - 122678785 ATCTTATTCCTAGATA
i canFam3.chr1              C 0 I 325
e mm10.chr7                 111078913 534 - 145441459 I
e papAnu2.chr19              28856131 24 +  51301725 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     59258 11 +    155864 GAAGAACAAGA
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40865398 11 +  64156825 AAAGAACAAGA
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34649502 11 +  59248254 AAAGAACAAGA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111078913 534 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34883234 105 +  60714840 ACAGTAccagcacttagggaggcaaagccaggattatcacttgag-cccaggaatttgagaccagcctgggcaacatagtgaaacttcatctctaccaaaaaattt
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63884300 105 - 106955855 ACAGTAccagcacttagggaggcaaagccaggacgatcacttgag-cccatgagtttgagaccagcctgggcaacatagtgaaacttcatctctaccaaaaaattt
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40865409 105 +  64156825 ATGTTAccagcacttagggaggcagagccaggatgatcacctgag-tccaggagtttgagaccagcctgagcaatgtagtgaaacatcatctctaccaaaaaattt
i rheMac3.chr19             C 0 I 1
s macFas5.chr19              34649513 105 +  59248254 ATGTTAccagcacttagggaggcagagccaggatgatcacctgag-tccaggagtttgagaccagcctgagcaatgtagtgaaacatcatctctaccaaaaaattt
i macFas5.chr19             C 0 I 1
s papAnu2.chr19              28856155 102 +  51301725 gtaatcccagcactttgggaggccgaggtgggcggatcac--gag-gtcaggagattgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtctctact-aaaaatac
i papAnu2.chr19             I 24 I 1
s chlSab2.chr6               29253718 105 +  50890351 ACATTAccagcacttagggaggcagagccaggatgatcacctgag-tccaggagtttgagaccagcctgagcaacgtagtgaaacatcatcactaccaaaaaattt
i chlSab2.chr6              C 0 I 306
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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e canFam3.chr1                4601729 325 - 122678785 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     59375 172 +    155864 aaaaataagcagagtatgatggtggacacctgtggtcctagctactcaaga---------------------ggctgagacaggagg---atcacttgagcccaggaggccgaggctgcagtgagccctaactgcactacctcactccagcctgggcgacagaaccaagaccctgtccccccccaaaaaaaaaa------------GA
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34883340 184 +  60714840 aaaaataagcagagtatgatgatggacacctgtggtcctagctactcaaga---------------------ggctgagacaggaga---atcacttgagcccaggaggccaaggctgcagtgagccctaactgtactacctcactccagcctgggcaacagaaccgggaccctgtctcccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGATTCAG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 1 I 9
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i macFas5.chr19             I 1 I 9
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i papAnu2.chr19             I 1 I 329
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i chlSab2.chr6              I 306 I 6
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 9 C 0
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i chlSab2.chr6              I 6 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 534 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 600
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 478
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29254794 94 +  50890351 agcctaagcaac-agagcaagacttcgtcttaaaaTAATTTAATAGATGATAAAGGTAT-TA-TTTTAAAT--TAGTGGAGACAAGACTGTCTGTTCCA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28548628 96 +  49145316 agcctaggcaactagagcaagacctcgttttgaaagaaTTTAGTAGATGATATAGGTAT-TATTTTTAAAT--TAGTGGAGAGAAAGCTGGCTGTTCCA
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111080181 92 - 145441459 agccaaggctac-aaggagaaactcaaacaaaacaaaacaaaacaaa----aAAGATTTCTA-GATTAAATTGTAGTGGAGA-AAGGTTGGTTATTTCC
i mm10.chr7                 I 478 C 0
e canFam3.chr1                4602142 600 - 122678785 I
e papAnu2.chr19              28856845 258 +  51301725 I

a score=42695.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60129 22 +    155864 ATTAATAATGTTGCCTGATCAT
s panTro4.chr19              39389588 22 +  63644993 attaataatgttgcctgatcat
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884109 22 +  60714840 attaataatgttgcctgatcat
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885169 22 - 106955855 attaataatgttgcctgatcat
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40866284 22 +  64156825 attaataacattgcctgatcat
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34650387 22 +  59248254 ATTAATAACATTGCCTGATCAT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29254888 22 +  50890351 ATTAATAACATTGCCTGATCAT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s mm10.chr7                 111080273 22 - 145441459 ATAAGTGACGGTGTGTTATAGT
i mm10.chr7                 C 0 C 0
e canFam3.chr1                4602142 600 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28548724  0 +  49145316 C
e papAnu2.chr19              28856845 258 +  51301725 I

a score=169498.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60151  88 +    155864 TTGGAGAAAGTCACTCTAG-------ATTCTTTCCCTCATACTGAGCACCAAAAAATATATAAATTTTAAATAGATT-AAAAT-------------------------------------------GTTAAAAATTTTG-
s panTro4.chr19              39389610  88 +  63644993 ttggagaaagtcactctag-------attctttccctcatactgagcaccaaaaaatatataaattttaaatagatt-aaaat-------------------------------------------gttaaaaatTTTG-
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884131  94 +  60714840 ttggagaaagtcactttgggaaagtcattctttccctcatactgagcaccaaaaaa-atataaattttaaatagatt-aaaat-------------------------------------------gttaaaaatTTTG-
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885191  88 - 106955855 ttggagaaagtcactctag-------attctttccctcatactgagcaccaaaaaatatataaattttaaatagatt-aaaat-------------------------------------------gttaaaaatTTTG-
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40866306  88 +  64156825 ttggagaaagtcactctag-------attctttccctcatactgagcaccaaaaaatatataaatagtaaatagatt-aaaat-------------------------------------------gttaaaAACTTTG-
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34650409  88 +  59248254 TTGGAGAAAGTCACTCTAG-------ATTCTTTCCCTCATACTGAGCACCAAAAAATATATAAATAGTAAATAGATT-AAAAT-------------------------------------------GTTAAAAACTTTG-
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29254910  88 +  50890351 TTGGAGAAAGTCACTGTAG-------ATTCTTTCCCTCATACTGAGCACCAAAAAATATATGAATAGTAAATAGATT-AAAAT-------------------------------------------GTTAAAAACTTTG-
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s mm10.chr7                 111080295  70 - 145441459 TTAATAAAAGTAAGGCTGA-------GTTCCTTCATTCATACTGAAGCCTTGAAAACAGAAGTGTTTTTATTAAATT---------------------------------------------------------------
i mm10.chr7                 C 0 C 0
s canFam3.chr1                4602742 127 - 122678785 ttggGAAAAGTAGATCTAG-------ATTCTTTCCCTCATACTTAGGACtaaaatata------ttttaaatagatttaaaattttttCAAGTACAatcgcttcttggccttttggctaagatcaagtgtaAAATTTTTC
i canFam3.chr1              I 600 C 0
e calJac3.chr22              28548724   0 +  49145316 C
e papAnu2.chr19              28856845 258 +  51301725 I

a score=38035.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60239 15 +    155864 AAGTATGTGTTTATT
s panTro4.chr19              39389698 15 +  63644993 AAGTATGTGTTTATT
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884225 15 +  60714840 AAGTATGTGTTTATT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885279 15 - 106955855 AAGTATGTGCTTATT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40866394 15 +  64156825 AAGTATGTGTTTATT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34650497 15 +  59248254 AAGTATGTGTTTATT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29254998 15 +  50890351 AAGTATGTGTTTATT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28548724 15 +  49145316 AAGTATATGTTTATT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111080365  6 - 145441459 ---------TTGATT
i mm10.chr7                 C 0 C 0
s canFam3.chr1                4602869 11 - 122678785 AAGTACATATT----
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e papAnu2.chr19              28856845 258 +  51301725 I

a score=10275.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60254 5 +    155864 AAAAG
s panTro4.chr19              39389713 5 +  63644993 AAAAG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884240 5 +  60714840 AAAAG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885294 5 - 106955855 AAAAG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40866409 5 +  64156825 AAAAG
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34650512 5 +  59248254 AAAAG
i macFas5.chr19             C 0 I 291
s papAnu2.chr19              28857103 5 +  51301725 aataa
i papAnu2.chr19             I 258 C 0
s chlSab2.chr6               29255013 5 +  50890351 GAAAG
i chlSab2.chr6              C 0 I 288
s calJac3.chr22              28548739 5 +  49145316 AAAAG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111080371 3 - 145441459 -GGA-
i mm10.chr7                 C 0 C 0
s canFam3.chr1                4602880 5 - 122678785 ATAAG
i canFam3.chr1              C 0 C 0

a score=26505.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60259 7 +    155864 AAAGAGG
s panTro4.chr19              39389718 7 +  63644993 AAAGAGG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884245 7 +  60714840 AAAGAGG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885299 7 - 106955855 AAAGAGG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40866414 7 +  64156825 AAAGAGG
i rheMac3.chr19             C 0 I 330
s macFas5.chr19              34650808 7 +  59248254 aaaGAGG
i macFas5.chr19             I 291 C 0
s papAnu2.chr19              28857108 7 +  51301725 aaagagg
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29255306 7 +  50890351 aaaGAGG
i chlSab2.chr6              I 288 C 0
s calJac3.chr22              28548744 7 +  49145316 AAGGAAG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4602885 7 - 122678785 AGAGAGG
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111080374 0 - 145441459 C

a score=89698.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60266 40 +    155864 TGTATTTACATAAAGTTATGACAAATGACAAGTCCTAAGA
s panTro4.chr19              39389725 40 +  63644993 TGTATTTACATAAAGTTATGACAAATGACAAGTCCTAAGA
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884252 37 +  60714840 TGTATTTACATAAAGCTATGACAAAG---AAGCCCTAAGA
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885306 37 - 106955855 TGTATTTACATAAAGCTATGACAAAG---AAGTCCTAAGA
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34650815 36 +  59248254 TGTATTTACAAGTAGCTATAACAAAG---AAGTCCTAGG-
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28857115 36 +  51301725 tgtATTTATAAGTAGCTATGACAAAG---AAGTCCTAGG-
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29255313 36 +  50890351 TGTATTTACAAGTAGCTATGACAAAG---AAGTCCTAGG-
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28548751 37 +  49145316 TGTATTTACATAAAGCTATGACAAAG---AAGACCTAGGA
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111080374 35 - 145441459 --TATTTACATAAATCTGTGACACAG---AAAGCCTAAGA
i mm10.chr7                 C 0 C 0
s canFam3.chr1                4602892 37 - 122678785 TATATTTATATAAAGCAGTGAACAAA---AAAGCCTGGGA
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e rheMac3.chr19              40866421 330 +  64156825 I

a score=111579.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60306 28 +    155864 GTTTGCATTTAAGTTTTATCAACTAAAA
s panTro4.chr19              39389765 28 +  63644993 GTTTGCATTTAAGTTTTATCAACTAAAA
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884289 28 +  60714840 GTTTGCATTTAAGTTTTATCAACTAAAA
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885343 28 - 106955855 GTTTGCATTTAAGTTTTATCAACTAAAA
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40866751 28 +  64156825 GTTTGCATTTAAGTTTTATCAACTAAAA
i rheMac3.chr19             I 330 C 0
s macFas5.chr19              34650851 28 +  59248254 GTTTGCATTTAAGTTTTATCAACTAAAA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28857151 28 +  51301725 GTTTGCATTTAAGTTTTATCAACTAAAA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29255349 28 +  50890351 GTTTGCGTTTAAGTTTTACCAACTAAAA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28548788 28 +  49145316 GTTTGCATGTAAAATTTATCAACTAAAG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111080409 25 - 145441459 ATT---ATTTAAATTTCACCAACTAAAA
i mm10.chr7                 C 0 I 298
s canFam3.chr1                4602929 28 - 122678785 CTCTACATTTAAGTTTTATAAATGAAAA
i canFam3.chr1              C 0 C 0

a score=1126799.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60334 333 +    155864 TTGCTGAATTTCACAAAATTAAAATTCCTAGAATTTT------AA--GTGTGATAAGATTGTGAAGATAGCTCAAGGGAGTGTGTCTATAATAT---GCAGAAATCA-CTTCTGGATTT------ATTCCTAATAATGTATCCAGTATCACAGTATCACCTGTATTTCCCTGTTTATAACAAAACTGGCATCATGATGA-----TTAGTAGGCCTTAATAGTGAAAAGGCTTTTTAAGTACACAACAAATGTTTCTGT-ACTTGCTCCGATTGCCCCATTGCTTGTACTTCTGTAGTACTTGTGAGCCATAGGATCTTTTCTC--AAAAGCCTTGAT-AAAGAAGTTTTATAAACTTATA
s panTro4.chr19              39389793 338 +  63644993 TTGCTGAATTTCACAAAATTTAAATTCCTAGAATTTTCTTTT-AA--GTGTGATAAGATTGTGAAGATAGCTCAAGGGAGTGTGTCTATAATAT---GCAGAAATCA-CTTCTGGATTT------ATTCCTAATAATGTATCCAGTATCACAGTATCACCTGTATTTCCCTGTTTATAACAAAACTGGCATCATGATGA-----TTAGTAGGCCTTAATAGTGAAAAGGCTTTTTAAGTACACAAAAAATGTTTCTGT-ACTTGCTCCGATTGCCCCATTGCTTGTACTTCTGTAGTACTTGTGAGCCATAGGATCTTTTCTC--AAAAGCCTTGAT-AAAGAAGTTTTATAAACTTATA
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884317 333 +  60714840 TTGCTGAATTTCACAAAATTAAAAGTCCTAGAATTTT------AA--GTGTGATAAGATTGTGAAGATAGCTCAAGGGAGTGTGTCTATAATATTACGCAGACATCA-CTTCTGGATTT------ATTCCTAATAATGTGTCCAGTATCACAGTATCACCTGTATTTCCCTGTTTGTAACAAAACTGGCATCATGATGA-----TTAATGGGCCTTAATAGTGAAAAGGCTTTTTAAGTACACAACAAATGTTTCTGT-ACTTGTTCCTGTTGCCCCATTGCTTGTACTTCTGTAGTTCTTATGAGCCATAGGATCTTTTCTC--AAAAACCT---T-AAAGAAGTTTTATAAACTTATA
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885371 336 - 106955855 TTTCTGAATTTCACAAAATTAAAATTCCTAGAATTTTCTTTT-AA--GTGTGATAAGATTGTGAAGATAGCTCAAGGGAGTGTCTTTAT--TAT---GCAGAAATCA-CTTCTGGATTT------ATTCCTAATAATGTGTCCAGCATCACAGTATCACCTATATTGCCCTGCTTGTAACAAAACTGGCATCATGATGA-----TTAGTAGGCCTTAATAGTGAAAAGGCTTTTTAAGTACACAGCAAATGTTTCTGT-ACTTGTTCTGATTGCCCCATTGCTTGTACTTCTGTAGTACTTGTGAGCCATAGGATCTTTTCTC--AAAAGCCTTGAT-AAAGAAGTTTTATAAACTTATA
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40866779 339 +  64156825 TTTCTGAATTTCACAGAATTTAAATTCCTAGAATTTTCTTTTAAA--GTATAATAAGATTGTGAAGATAGCTGAAGGGAGTGGGCCTTTATTAT---GCAGAAATCA-CTTCTGGATTT------ATTCCTAATAATGTGTCCAGTATCACAGTATCACCTGTATTTCCCTGTTTATAACAAAACTGGCATCATAATGA-----TTATTAGGCCTTAATAGTAAAAAGGCTTTTTAAGTACACAACAAATGTTTCTGT-ACTTGCTGTGATTGCCCCATTGCTTATACTTCTGTAGTGCTTGTGAGCTGTAGGATCTCTTCTC--AAAAGCCTTGAT-AAAGTAGTTTTATAAACTTATA
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34650879 338 +  59248254 TTTCTGAATTTCACAGAATTTAAATTCCTAGAATTTTCTTTT-AA--GTATAATAAGATTGTGAAGATAGCTGAAGGGAGTGGGCCTTTATTAT---GCAGAAATCA-CTTCTGGATTT------ATTCCTAATAATGTGTCCAGTATCACAGTATCACCTGTATTTCCCTGTTTATAACAAAACTGGCATCATAATGA-----TTATTAGGCCTTAATAGTAAAAAGGCTTTTTAAGTACACAACAAATGTTTCTGT-ACTTGCTGTGATTGCCCCATTGCTTATACTTCTGTAGTGCTTGTGAGCTGTAGGATCTCTTCTC--AAAAGCCTTGAT-AAAGTAGTTTTATAAACTTATA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28857179 338 +  51301725 TTTCTgaatttcacaaaattaaaattcctagaattttctttt-aa--gtGTAATAAGATTGTGAAGATAGCTGAAGGGAGTGGGCCTTTATTAT---GCAGAAATCA-CTTCTGGATTT------ATTCCTAATAATGTGTCCAGTATCACAGTATCACCTGTATTTCCCTGTTTATAACAAAACTGGCATCATGGTGA-----TTATTAGGCCTTAATAGTAAAAAGGCTTTTTAAGTACACAACAAATGTTTCTGT-ACTTGCTGTGATTGCCCCATTGCTTATACTTCTGTAGTGCTTGTGAGCCGTAGGATCTCTTCTC--AAAAGCCTTGAT-AAAGTAGTTTTATAAACTTATA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29255377 338 +  50890351 TTTCTGAATTTCACAAAATTAAAATTCCTAGAATTTTCTTTT-AA--GTGTAATAAGATTGTGAAGATAGCTGAAGGGAGTGGGCCTTTATTAT---GCAGAAATCA-CTTCTGGATTT------ATTCCTAATAATGTGTCCAGTATCACAGTATCACCTGTATTTCCCTGTTTATAACAAAACTGGCATCATGATGA-----TTATTAGGCCTTAATAGTAAAAAGACTTTTTAAGTACACAACAAATGTTTCTGT-ACTTGCTGTGATTGCCCCATTGCTTATACTTCTGTAGTGCTTGTGAGCCATAGGATCTCTTCTC--AAAAGCCTTGAT-AAAGTAGTTTTATAAACTTATA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28548816 330 +  49145316 TTTCTGAATTATGTGAAATTAAAATTCCTAGAATTTT------AA--GTGTGATAAGATTGTGAAGATAGCTCAAGGG-GTGTGTCTTTATTAT---GCAGA-ATCA-CTTCTGGATTT------ATTCCTAATAATGTGTCCAGTATCACAGTATCACCTATATTTTCCTATTTATAACAAAACTGGCATCATGATGA-----TTAATAGGCTTTAATAGTAAAAAGGGTTTTTAAGTACACAGCAAGTGTTTCTGT-ACTCACTCTGATTG-CCCATTGCTTGTACTTCCGTAGAACTTGTAAGTCACAGGATCTTTTCTC--AAAAGCCTTGAT-AAAATAGTTTTATAAACTTATA
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111080732 302 - 145441459 TTTCTGATTTTCACA----CCAAACACATTAGATTTCCTTTT-AACTCTATGATAAGAATGTGATCCTCACTCAAGGAGTTGGGGTTTTTTTTT--------------TTTTTGTTTTTTTTGCATTTTCTGAAGATATTT------------------CTGGATTTATTTATTTGTAGCAAAATTAACACTGTGATTAGTAAGTTGTTAGG----AAAAAGAAAAAG--------AATATGCAGCCAATGAGTCAGTAACTCGTTCTGTATGCTC--TTGTGTTTACTGCTGTACTACTTCAGAATCACAGGCTTTCTTCTCAGAAAAGCAATGAT-AAAAG------ATAAATCTGAA
i mm10.chr7                 I 298 C 0
s canFam3.chr1                4602957 325 - 122678785 CTTCTGAACTTTACAGAATTAAAATAC-TAGAATTTTCTTTG-AA----CTGGTAAGAATATGCAGATAGGTCAAGGGGCTGTGTTTTTATTAT---GCTGAAACCAGCTTCTGGGTTT------ATTCCTAACGGTATGTCCTGCGTTAC--------CTGCATTTCCCTGCGTATAACGCAGCTACCAGTATGAC-------TTAGAAGACTTTAGTCAT--AGAGGTTTTGAAAGTGCACAGCAGACGAGTCCTT-GCTTGCAGTGATCAGCCCATCACTTGTGGTTCTGCAACACTTGTGGGTCACAGGATCTTTTCTC--AAAAGCCTAAATGAGACAAGTTTTAGAAATTTATA
i canFam3.chr1              C 0 I 331

a score=699829.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60667 256 +    155864 AGATGATTTAATGTAGTACCATAAAATTAACTGTAGCAGTAGGCTTTTT----------------------------------------------------------------CAGGAAGAC------------------------------ATGTGAAAT---------------------AAAaaaaattagc-------aaggtgtg----gtagcgcacatc--tat-agtcct------------agctactcaagaggctgaggcaggaagatcattgggtcccaggagttagaagttgcagcgagctgtgattgcgccactgcactccagccagagcaacagaacaagaccctatcctgtccctaaaaaacaaaaa----acaaaaTGTGTTTT
s panTro4.chr19              39390131 260 +  63644993 AGATGATTTAATGTAGTACCATAAAATTAACTGTAGCAGTAGGCTTTTT----------------------------------------------------------------CAGGAAGAC------------------------------ACATGAAAT---------------------AAAaaaaattagc-------aaggtgtg----gtagcacacatc--tat-agtcct------------agctactcaagaggctgaggcaggaagatcattgggtcccaggagttagaagttgcagcgagctgtgattgcgccactgcactccagccagagcgacagaacaagaccctatcctgtccctaaaaaacaaaaacaaaacaaTATGTGTTTT
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884650 258 +  60714840 GGATGATTTAATGTAGTACCATAAAATTAACTGTAGCAATAGGCTTTTT----------------------------------------------------------------CAGGAAGAC------------------------------ACGTGAAAT-----------------------Taaaatttagc-------aaggtgtg----gtagcgcacacc--tat-agtcct------------agctactcaagaggctgaggcaggaagatcactgggtcccaggagttagaagttgcagcgagctgtgattgcgccactgcactccagccagagcgacagaacaagaccctaccctgtctctaaaaaacaaaaacaaaacaaaaTGTGTTTT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885707 260 - 106955855 AGATGATTTAATGTAGTACCATAAAATTAACTGTAGCAGTAGACTTTTT----------------------------------------------------------------CAGGAAGAC------------------------------ACGTGAAAT---------------------AAAaaaaattagc-------aagatgtg----gtagcgcacacc--tat-agtcct------------agctactgaagaggctgaggcgggaagatcactgggtcccaggagttagaagttgcagcgagctgtgattgcgccactgcactccagccagagcgacagaacaagaccctaccctgtctctaaaaaacaaaaacaaaacaaaaTGTGTTTT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40867118 251 +  64156825 AGATGATTTAATGTAGTACCATAAAATTAACTGTAGCAGTAGGCTTTTT----------------------------------------------------------------CAAGAAGAC------------------------------CCGTGaaat----------------------aaaaaaattagc-------aaggtttg----gtagcgcatgca--tat-agtcct--------------------aagaggctgaggcaggaagatcactggggcccaggagttagaagttgcagcgagctgtgattgcgccactgcactctagctggagcgacagagcaagacactaccctgtctctaaaaaacgaaaacaaaacaaaaTGTGTTTT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34651217 251 +  59248254 AGATGATTTAATGTAGTACCATAAAATTAACTGTAGCAGTAGGCTTTTT----------------------------------------------------------------CAAGAAGAC------------------------------CCGTGaaat----------------------aaaaaaattagc-------aaggtttg----gtagcgcatgcc--tat-agtcct--------------------aagaggctgaggcaggaagatcactggggcccaggagttagaagttgcagcgagctgtgattgcgccactgcactctagctggagcgacagagcaagacactaccctgtctctaaaaaacgaaaacaaaacaaaaTGTGTTTT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28857517 251 +  51301725 AGATGATTTAATGTAGTaccataaaattaactgtagcaGTAGGCTTTTT----------------------------------------------------------------CAAGAAGAc------------------------------ccatgaaat----------------------aaaaaaattagc-------aaggtgtg----gtagcgcatgcc--tat-agtcct--------------------aagaggctgaggcaggaagatcactggggcccaggagttagaagttgcagcgagctgtgattgcgccactgcactccagctggagcgacagagcaagacactaccctgtctctaaaaaacgaaaacaaaacaaaatgtgtttt
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29255715 253 +  50890351 AGATGATTTAATGTAGTACCATAAAATTAACTGTAGCAGCAGGCTTTTT----------------------------------------------------------------CAAGAAGAC------------------------------CCGTGaaat----------------------aaaaaaattagc-------aaggtgtg----gtagcgcatgcctatat-agtcct--------------------aagaggctgaggcaggaagatcactggggcccaggagttagaagttgcagcgagctgtgattgcaccactgcactccagctggagcgacagagcaagacactaccctgtctctaaaaaacgaaaacaaaacaaaaTGTGTTTT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28549146 250 +  49145316 AGATGATTT-ATGTAGTACCA------TAACTATAGCAGTAGGCTTTTT----------------------------------------------------------------CAAGAAGAC------------------------------ATATGaaat----------------------aaaacaaatatc-------ggggagtg----gtagcacatgcc--tgt-agtcct------------agctactcaagagactgaggcaggaagatcgatggagcccaggaggtagaagttacagtgagctgtgattgtgccactgcactccaccctgggcaacagagcaagaccctactctgtctttaaaagacagaaacaaaacaaaa--TGTTTT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111081034 355 - 145441459 AGGTCATTTGGTAGACTATTATAAAATGAGCTGCAGCAGTAGGCTTTTCTCAATCTTAACCCTCCAAGCTGCTTGTGATTTcacctataatcccagcgtacggaaagctgaggcaggaatattgtgggttcaaagctagctgtatctacttaacaagaacttggtctaaagggggaaaaagaaaaGAAACTTGACTCTTTGAAaactgtgcacaatggcatatgcc--tgtgacttcttgctgcataggcaactacattgggagctgaggcagaaagatcatttgggtgcagatact--------cagtg-----------------------ccagcctgagcagcttagccactccctatct-------------caaaCATCACTTACCACTCCCTTC
i mm10.chr7                 C 0 C 0
e canFam3.chr1                4603282 331 - 122678785 I

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s panTro4.chr19              39390391 20 +  63644993 ATAAGTGATTATAAAAT-TTT-
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884908 21 +  60714840 ATAAGTGATTATAAAATGTTT-
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63885967 20 - 106955855 ATAAGTGATTATAAAAT-GTT-
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40867369 20 +  64156825 ATAAGTGATTATAAAAT-GTG-
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28857768 20 +  51301725 ataagTGATTATAAAAT-GTG-
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29255968 20 +  50890351 ATAAGTGATTATAAAAT-GTG-
i chlSab2.chr6              C 0 I 4524
s calJac3.chr22              28549396 20 +  49145316 ATAAGTAATTATAAAAT-GTT-
i calJac3.chr22             C 0 I 1
s mm10.chr7                 111081389 19 - 145441459 ATAAGT-ATTATAAGCT-GTT-
i mm10.chr7                 C 0 I 1
s canFam3.chr1                4603613 21 - 122678785 ATAAGTAATCACAAAAT-ATTT
i canFam3.chr1              I 331 C 0

a score=1462680.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     60944 462 +    155864 TTTTCATAGGCCAAAACTTACATAAACCATGAT--TTCCCATTATAATCCAGTGGAAAAATTGTAATGCTTCTATTAGTGGTAACTTAATTTTGAAATGTTAAGTAGATTGTGCCTGTGTCGGTTTCTGGGTTTTGATAAATGATCATTT-ATTTGGCTAACTTTGCCATTAATGGCT-GAAATGGTATTGCACATTTGTAA-GTGCATACTTTAGATAATCATAAATTGGGGAAATATTACTAATAAATTATCCCTGAATCATCTAGGTACAT----AATAATGCATTGTCAGCACTCACCAGT-------TGTTTGACACC--TGCAAATATGCACAGATGGACAGTAACATTTGCAGCATATTTGGGGGATTTTTTT-ACGTGAAATGAGCATTTTTTTT--AAGC-AAAACATTATATTTTGGAATA--ATTATGAGATGTGAGTG---CCTAAGCAGAGATGTACAGCAAACATTATCAGGACA
s panTro4.chr19              39390411 465 +  63644993 TTTTCATAGGTCAAAACTTATATAAACCATGAT--TTCCCATTATAATCCAGTGGAAAAATTGTAATGCTTCTATTAGTGGTAACTTAATTTTGAAATGTTAAGTAGATTGTGCCTGTGTCGGTTTCTGGGTTTTGATAAATGATCATTT-ATTTGGCTAACTTTGCCATTAATGGCT-GAAATGGTATTGCACATTTGTAA-TTGCATACTTTAGATAATCATAAATTGGGGAAATATTACTAATAAATTATCCCTGAATCATCTAGGTACAT----AATAATGCATTGTCAGCACTCACCAGT-------TGTTTGACACC--TGCAAATATGCACAGATGGACAGTAACATTTGCAACATATTTGGGGGATTTTTTTTACATGAAATGAGCATTTTTTTTTTAAGC-AAAACATTATATTTTGGAATA--ATTATGAGATGTGAGTG---CCTAAGCAGAGATGTACAGCAAACATTATCAGGACA
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34884929 464 +  60714840 TTTTCATAGGCCAAAACTTATATAAACCATGAT--TTCCCATTATAATCCAGTGGAAAAATTGCAATGCTTCTATTAGTGGTAACTTAATTTTGAAATGTTAAGTAGATTGTGCCTATGTCGGTTTCTGGGTTTTGATAAATGATCATTT-ATTTGGCTAACTTCGCCATTAATGGCT-GAAATGGTATTGCACATTTGTAA-TTGCATACTTTAGATAATCATAAATTGGGGAAATATTACTAATAAGTTATCCCTGAATCATCTAGGTACAT----AATAATGCATTGTCAGCACTCACCAGT-------TGTTTGACGCC--TGCAAATATGCACAGATGGACAGTAACATTTGCAGCATATTTGGGGGATTTTTTT-ACATGAAATGAGCATTATTTTTTTAAGC-AAAACATTATATTTTGGAATA--ATTATGAGATGTGAGTG---CCTAAGCAGAGATGTCCAGCAAACATTATCAGGACA
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34651488 459 +  59248254 TTTCCTTAGACCAAAACTTATATAAACCATGAT--TTCCCATTATAATCCAATGGAAAAATTGCAATGCTTCTATTAGTGGTAACTTAATTTTGAAGTGT----TAGATTGTGCCTGTGTTGGTTTCTTCGTTTTGATAAATGATCATTT-ATTTGGCTAACTTTGCCATTAATAGCT-AAAATACTATTGCACATTTGGAA-TTGCATACTTTAGATAATCATAAATTGGGGAAATATTACTAATAAAATATCCCTGAATCATCTGGGTACAT----AATAATGCATTGTCAGCATTCACCAGT-------TGTTTGACGCC--TGCAAATATGCACAGATGGACAGTAACATTTGCAGCATATTTGGGGGGTTTTTT--GCATGAAATGGGCATTATTTTTTTAAGC-AAAATATTATATTTTGGAATA--AGTATGAGATGTGAGTG---CCTGAGCAGAGATTTACAGCAAACATTATCAGGACA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28857788 457 +  51301725 TTTCCTTAGACCAAAACTTATATAAACCATGAT--TTCCCATTATAATCCAATGGAAAAATTGCAGTGCTTC--TTAGTGGTAACTTAATTTTGAAGTGT----TAGATTGTGCCTGTGTTGGTTTCTTGGTTTTGATAAATGATCATTT-ATTTGGCTAACTTTGCCATTAATAGCT-AAAATACTATTGCACATTTGGAA-TTGCATACTTTAGATAATCATAAATTGGGGAAATATTACTAATAAAATATCCCTGAATCATCTGGGTACAT----AATAATGCATTGTCAGCATTCACCAGT-------TGTTTGACGCC--TGCAAATATGCACAGATGGACAGTAACATTTGCAGCATATTTGGGGGATTTTTT--GCATGAAATGGGCAttgtttttttaagc-aaaatattatattttggaata--agtatgaGATGTGAGTG---CCTGAGCAGAGATTTACAGCAAACATTATCAGGACA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29260512 457 +  50890351 TTTTCTTAGACCAAAACTTATATAAACCATGAT--TTCCCATTATAATCCAATGGAAAAATTGCAATGCTTC--TTAGTGGTAACTTAATTTTGAAGTGT----TAGATTGTGCCTGTGTTGGTTTCTTGGTTTTGATAAATGATCATTT-ATTCGGCTAACTTTGCCATTAATAGCT-AAAATACTATTGCACATTTGGAA-TTGCGTACTTTAGATAATCATAAATTGGGGAAATATTACTAATAAAATATCCCTGAATCATCTGGGTACAT----AATAATGCATTGTCAGCATTCACCAGT-------TGTTTGACGCC--TGCAAATATGCACAGATGGACAGTAACATTCGCAGCATATTTGGGGGATTTTTT--GCATGAAATGGGCATTATTTTTTTAAGC-AAAATATTATATTTTGGAATA--AGTATGAGATGTGAGTT---CCTGAGCAGAGATTTACAGCAAACATTATCAGGACA
i chlSab2.chr6              I 4524 C 0
s calJac3.chr22              28549417 422 +  49145316 -TTTCATAGGCCAAAACTTACATAAGCCATGAT--TTCCCATTATAATCCAATGGAAAAATTGTATTGCTTCTATTAGTGGTAACTTAATTTTTAAG-------TAGTTT-----------------------------AATGATCGTTT-ATTTGGATAACTTTGCCATTAATGACT-GAAATGGTATTGCATATTTGTAA-TTGCATACTTTAGATAATCCTAAAGTGAGGAGATGTTACTAATAAATTATCCCTGAATTATCTGGGAACAT----AATAATGCATTGTCAGCACTCATCAGT-------TGTTTGAGGCC--TGCAAACATGCACAGATAGACAGTAACATTTGCAGCATGTTT-GGGGATTTGTT--GCTTAAAATTAGCA---TTTTTTTAAGC-AAAACATTATATTTTGGAATA--ATTATGAGATGTGGATA---CCTGAGCAGAGATTTATAGCAAACATAACCAGAAGA
i calJac3.chr22             I 1 C 0
s mm10.chr7                 111081409 375 - 145441459 --CTTATGAGCTAAAA--TATTATAGCCATAAA--G--------------AATGAAAACTTAACAGTGGTTCTATTAATAGTACTGTATATTTACAGTGT-------------------------------CTCTGGTAACTAAGCTTTTCACTAAAGTAACTT-GCCATTAATGTCT-GGAA--ATATGTAAACATCGTTA-TTGCACAC-TTGGAGGACC------TGGGGAATTGTCCCTGGGA------TTCCGAGTACTCTATGACCAG----A-----GGTGGGTCAGCATTCACCCTT-------TTCCCCAGGTG--ACCTAGCATGCAC-----------------TGTAGCATTCCTGGGGATTTTCTT--TTTTAAAATGAACGTAATTTTT--AAGCAAAAATCCCCCATTTTAGTACAATATCATGAAATCTAAGAT---CTT---TAGAAATGTAGAGCAAATGCTACAGGAACA
i mm10.chr7                 I 1 C 0
s canFam3.chr1                4603634 408 - 122678785 -TCTCATAGGCTAGAACTTCTACAAACCACCATGATTCCCATTATGATC-AATGG-AATATTGCATTGTTTCTGTTAATGG-----------------------TAGAGT-----------------------------------------A-------AGCTTTGGCATTAATGGCTGGAAATAGTGATACACATTTGTAATTTACAAGCTTTCAAGAACCATAAACTTGGGAAA-ATTACTAATAAACAGTCCCTAAAGCATCT-GGTACATGGAAACCAATGCATTGTCAACACTCACCAATTCACCAGTGGTTGGAGCCTGTGCACATATGCACAGTTGGGTAGTAACATTTACAGCATACTTGGAATTTTTTTTT-ACATGAAATGAGCAGAATTTTCTTAAGC-AGAACATATTATGGTGCAAT---ATCATAGGATATGAAAGCACCTTCACCAGAGATTTGCAGCAAACATTATAGAGACA
i canFam3.chr1              C 0 I 3

a score=18927.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     61406 5 +    155864 GAAAG
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34885393 5 +  60714840 GAAAG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63886449 5 - 106955855 GAAAG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40867848 5 +  64156825 GAAAG
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34651947 5 +  59248254 GAAAG
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28858245 5 +  51301725 GAAAG
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29260969 5 +  50890351 GAAAG
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40868463 312 +  64156825 Ctttactttttatt-----------tattta----tttatttatttttgagacagggcctcactctgtcacctacgctggagtgcaatggcacgatcttggctcactgcagcctctgcctcccgggttcaagctatcccatctcagcctcctgagtagctgggaacacaggcacacgccaccatgcctggctgatttttgtattttcagtagagacagggtttcaccatgttacctagactggtcttgaaatccagggctcaagcgatcctcctgctttagcttcccaaagtactaggattacaggcatgtgccaccgcttctggcc
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34652563 312 +  59248254 CTTTACtttttatt-----------tattta----tttatttatttttgagacagggcctcactctgtcacctacgctggagtgcaatggcacgatcttggctcactgcagcctctgcctcccgggttcaagctatcccatctcagcctcctgagtagctgggaacacaggcacacgccaccatgcctggctgatttttgtattttcagtagagacagggtttcaccatgttacctagactggtcttgaaatccagggctcaagcgatcctcctgctttagcttcccaaagtactaggattacaggcatgtgccaccgcttctggcc
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28858861 312 +  51301725 ctttactttttatt-----------tattta----tttatttatttttgagacagggcctcactctgtcacctacgctggagtgcaatggcaccatcttggctcactgcagcctctgcctcccgggttcaagctatcccatctcagcctcctgagtagctgggaacacaggcacacgccaccatgcctggctgatttttgtattttcagtagagacagggtttcaccatgttacctagACTGGTCTTAAaatccagggctcaagcgatcctcctgctttagcctcccaaagtactaggattacaggcatgtgccaccgctcctggcc
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29261585 308 +  50890351 CTTTACTttttatt-----------tatttatttgtttatttatttttgagacagggcctcactctgtcacctacgctggagtgcaacagcacgatctcggctcactgcagcctctgcctcccgggttcaagctatcccatctcagcctcctgagtagctgggaacacaggcacgcgccaccatgcctggctgatttttgtattttcggtagagacagggtttcaccatgttacctagactggtcttgaaatccagggctcaagcgatcctcctgctttagcctcccaaagtact--------aggcatgtgccaccactcctggcc
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111081855 1436 - 145441459 I
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 I 1039
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i canFam3.chr1              C 0 I 1
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 I 9
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i calJac3.chr22             I 1039 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 I 3
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111081855 1436 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29262056  9 +  50890351 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              I 9 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 153
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 153 C 0
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i canFam3.chr1              I 1 I 109
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 109 C 0
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i mm10.chr7                 I 1 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29263722 304 +  50890351 AGGCAGTTATCTTTTAATATGTTCTTGAGTATTTCCTGCTAGTA-GGATTTGTTCGTTTATATTTA-CATTTTCCTATGACTTCTACTTTTGTGGTTCT--TATGTTTTGTGTCAGTTTCATGTTAGGATTATAAAATTG---GTTTTCATTGTTTTCTATGCCTTTGGGAATGGAATTATCTTTATGTTACAAGTTTGAAACGTTTCCTCATTAAAATTAAGTCCAGAggccaggcacggtggctcacacctgtaatctcagcactttgagaggctgaggcgggcagatcacaaggtcaggagtttgaga
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28553253 299 +  49145316 AGGCAGTTATCTTTTAATACATTCTTGAGTATTTCCTGCTAGTA-GGATTTCTTCGTTTATATTTA-CATTG---------TTCTACTTTTGTGGTTCTTATATGTTTTGTGTCAGTTTCATGTTAGGATTATAAAATTGATTGTTTTCATTGTTTTCTGTGCTTTGGGGAATGAAATTATCTATATGTTACAAATTTGAAATGCTTTCTCATTAAAATTAAGCCCAGAggctgggtgtggtgtctcaggcctgtaatcccagcactttgggaggc-aaggcgggtgtatcataaggtcaggagatcaaga
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4605992 262 - 122678785 I
e papAnu2.chr19              28859737 557 +  51301725 M

a score=50605.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     64802 34 +    155864 tcagcctggcc-atacggtgaaaccctgtctctac
s panTro4.chr19              39394578 34 +  63644993 ccagcctggcc-atacggtgaaaccctgtctctac
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34888437 34 +  60714840 ccagcctggcc-atatggtgaaaccctgtctctgc
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63889541 34 - 106955855 ccagcctggcc-atatggtgaaaccctgtctctac
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34655005 32 +  59248254 ccagcctggcc-atatagtgaaacc--gtctctac
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264026 32 +  50890351 ccagcctggcc-atatggtgaaacc--gtctctac
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28553552 35 +  49145316 ccatcctgcccaacatggtgaaacctcatctctac
i calJac3.chr22             C 0 I 1
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4605992 262 - 122678785 I
e papAnu2.chr19              28859737 557 +  51301725 M
e rheMac3.chr19              40870908 530 +  64156825 I

a score=40055.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     64836 31 +    155864 taaaaatagaaaaattagctgggtgtggtgg
s panTro4.chr19              39394612 31 +  63644993 taaaaatagaaaaattagctgggtgtggtgg
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34888471 31 +  60714840 taaaaatagaaaaattagctgggtgtggtgg
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63889575 31 - 106955855 taaaaatagaaaaattagctgggtgtggtgg
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34655037 31 +  59248254 taaaaatagaaaaattagctgggcttgatgg
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264058 31 +  50890351 taaaaatagaaaaattagctgggcttgatgg
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4605992 262 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28553587  1 +  49145316 I
e papAnu2.chr19              28859737 557 +  51301725 M
e rheMac3.chr19              40870908 530 +  64156825 I

a score=246126.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     64867 157 +    155864 cacacgcctgtagtcccagctgctcgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccgggaggcgaggttgtagtgagccaagatcgtaccactgcactccagcctgg--gcaacagagcgagagtct--------------gtcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTTGAGCC
s panTro4.chr19              39394643 151 +  63644993 cacacgcctgtagtcccagctgctcgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccgggaggcgaggttgtagtgagccaagatcgcaccactgcactccagcctgg--gcaacagagcaagagtct--------------gtcaaaaaaaaaaaaaaa------ttaagcc
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34888502 154 +  60714840 cacacgcctgtagtcccagctgctcgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccgggaggcgaggttgtagtgagccaagctcacaccactgcactccagcctgggtgcgacagagcgagagtcc--------------gtcaaaaaaaaaaaaaaa-----attaagcc
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63889606 156 - 106955855 cacacgcctgtaggcccagctgctcgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacctgggaggcaaagttgtagtgagccaagattgcaccactgcactccagcctgg--gcaacagagcgagagtcc--------------gtcaaaaataaaaaataa-aaaaattaagac
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34655068 151 +  59248254 cgcacgcctgttgtcccagctgcttgggaggcttaggcaggagaatcacttgaacccaggaggtgaggttgtagtgagccaagatcgtgccactgcactccagcctgg--gtgacagagcgagactcc--------------gtcaaaaaaaaaaaaaaa------GTAAGCC
i macFas5.chr19             C 0 I 317
s papAnu2.chr19              28860294 151 +  51301725 cacacgcctgtagtcccagctgcttgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccaggaggtgaggttgtagtgagccaagatcgtgccactgcactccagcctgg--atgacagagcgagactcc--------------gtacaaaaaaaaaaaaaa------ttaagcc
i papAnu2.chr19             M 557 C 0
s chlSab2.chr6               29264089 165 +  50890351 tgcacacctgtagtcccagctgcttgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccaggaggtgaggttgtagtgagccaagatcgtgccactgcactccagcctgg--gcaacaggggcaaaatcctgcaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa------TTAAGCC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4605992 262 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28553587   1 +  49145316 I
e rheMac3.chr19              40870908 530 +  64156825 I

a score=22757.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65024 9 +    155864 CAGATCCTG
s panTro4.chr19              39394794 9 +  63644993 cagatcctg
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34888656 9 +  60714840 cagatcctg
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63889762 9 - 106955855 cagctcctg
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40871438 9 +  64156825 CAGATCCTG
i rheMac3.chr19             I 530 C 0
s macFas5.chr19              34655536 9 +  59248254 CAGATCCTG
i macFas5.chr19             I 317 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4605992 262 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28553587 1 +  49145316 I

a score=93302.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65033 41 +    155864 TTTTTGAATCAGTTGTTTAAGAGC-TGTAGTTTTCTTTTATG
s panTro4.chr19              39394803 41 +  63644993 tttttgaatcagttgtttaagagc-tgtagttttcttttatg
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34888665 41 +  60714840 tttttgaatcagttgtttaagagc-tgtagttttcttttatg
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63889771 41 - 106955855 tttttgaatcagttgtttaagagc-tgtagttttcttttatg
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40871447 37 +  64156825 TTTTTGAATCAG----TTAAGAGC-TATAATTTTCTTTTATG
i rheMac3.chr19             C 0 I 26
s macFas5.chr19              34655545 37 +  59248254 TTTTTGAATCAC----TTAAGAGC-TATAATTTTCTTTTATG
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s canFam3.chr1                4606254 41 - 122678785 tttttcaat-agttgttcaagaacttttaactgccttttatg
i canFam3.chr1              I 262 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28553587  1 +  49145316 I

a score=49431.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65074 32 +    155864 ATTATTGATTTAATAAGGTTTTATATTTTCTT
s panTro4.chr19              39394844 32 +  63644993 attattgatttaataaggttttatattttctt
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34888706 32 +  60714840 attattgatttaataaggttttatattttctt
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63889812 32 - 106955855 attattgatttaataaggttttatattttctt
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34655582 11 +  59248254 -----------------GTTTTGTAT----TT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28860491 32 +  51301725 attattGATTTAATaaggttttgtattttctt
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264300 32 +  50890351 ATTATTGATTTAATAAGGTTTTGTATTTTCTT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s canFam3.chr1                4606295 29 - 122678785 attattgagttaataagattgtacacttt---
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28553587  1 +  49145316 I
e rheMac3.chr19              40871484 26 +  64156825 I

a score=39547.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65106 20 +    155864 TATCTGTTTTGTAATATATA
s panTro4.chr19              39394876 20 +  63644993 tatctgttttgtaatatata
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34888738 20 +  60714840 tatctgttttgtaatatata
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63889844 20 - 106955855 tatctgttttgtaatatata
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34655593 16 +  59248254 TATCTGTTTTGTGATA----
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28860523 16 +  51301725 tatctgttttgtGATA----
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264332 16 +  50890351 TATCTGTTTTGTGATA----
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28553588 20 +  49145316 TATCTGTTTTGTAATATATA
i calJac3.chr22             I 1 C 0
s canFam3.chr1                4606324 11 - 122678785 -----gttttgtaata----
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e rheMac3.chr19              40871484 26 +  64156825 I

a score=538248.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65126 208 +    155864 ACAT---TCTAAAATCATTCATTTTATTAATATTTTCAAATTTATTAATGGAAAATAAATTATAATTTTACAACTCTTCTAAATTAA----AAAGGGAATGTATAATCTACCTTATTTAGAAAATGATTGAAAAATGATCTTTCACTTAATTTTAGAAatctagatatgatatttttagatgtatatgtactc----ttctc---tacatttatatatatat
s panTro4.chr19              39394896 211 +  63644993 acat---tctaaaatcattcattttattaatattttcaaatttattaatggaaaataaattataattttacaactcttctaaATTAA----AAAGGGAATGTATAATCTACCTTATTTAGAAAATGATTGAAAAATGATCTTTCGCTTAATTTTATAAACCTAGATATGATATTTTTAGATGTATATGTACTC----TTCTCCTCTACatttatatatatat
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34888758 211 +  60714840 acat---tccaaaatcattcattttattaatattttcaaatttattaatggaaaataaattataattttacaactcttctaaGTTAA----AAAGGGAATGTATAATCTACTTTATTTAGAAAACGATTGAAAAATGATCTTTCACTTAATTTTAGAAACCTAAATATGGTATTTTTAGATGTATGTGTACTC----TTCTTCTCTACatttatatatatat
i ponAbe2.chr19             C 0 I 34
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40871510 204 +  64156825 ACAT---TCCAAAATCATTCattttattaatattttcaaatttattaatGGAAAATGAATTATAATTTTACAGCTCTTCTAAATTGA----AAAGGCAGTGTATAATCTACCTTATTTAGAAGGTGATTGAAAAATAATCTTTCG-----TTTTAGAAACCtagatatgatatttttagatgtatatgtactt----ttacttacatcatttatatatat--
i rheMac3.chr19             I 26 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28860539 203 +  51301725 -CGT---CCcaaaatcattcattttattaatattttcaaatttattaatggaaaataaattataattttacagcTCTTCTAAATTGA----AAAGGCAGTGTATAATCTACCTTATTTAGAAAATGATTGaaaaataatctttca-----ttttAGAAACCTAGATATGATATTTTTAGATGTATATGTACTC----TTACTtacatcatttatatatat--
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264348 157 +  50890351 -CAT---TCCAAAATCATTCATTTTATTAATATTTTCAAATTTATTAATGGAAAATAAATTATAATTTTACAGCTCTTCTAAATTGA----AAAGGCAGTGTATAATCTACCTTATTTAGAAAATGATTGAAAAATAATCTTTCG-----TTTTAGAAACCTAG--------------------------------------------------ATATAT--
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28553608 202 +  49145316 ACAT---TCCCaaat-----attttattaatattttcaaatttattaatGGAAAATAAATCGTAATTTTAAAACTCTTCCAAATTAA----AAAGATAGTATATAATC-ACCTTATTTAGAAAATGATTGAAAAATGATCTTTCATTTAATTTTAGAAACCTAGATATAT--TTTTTGGATGTATAAATACTC-----TCTCCTCTACATTTGTGGTTTTTT
i calJac3.chr22             C 0 I 2
s canFam3.chr1                4606335 182 - 122678785 acatttatcccgattcatttattttattaatactttcaaataaatca--ggaaa---aattatAATTTTGGA---TGTCCAAGTAAAAAATAAAGGTAAAGCATAATC-ACCTTATTTAGATAATAATTAGAAAGTGATCTTTAA-----TTTCAGAAA-------------------AATGTATACTGAATT----TTTCCTGC-ATGTTGCTCTATGT--
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I

a score=3477.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65334  7 +    155864 atat---------ttt--
s panTro4.chr19              39395107 16 +  63644993 atatattttttttttt--
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63890079  3 - 106955855 -------------ttt--
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40871714  7 +  64156825 atat---------att--
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34655812  7 +  59248254 attt---------ttt--
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28860742  7 +  51301725 atat---------ttt--
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264505  7 +  50890351 ATAT---------TTT--
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28553812  7 +  49145316 ATAT---------TCT--
i calJac3.chr22             I 2 I 1
s canFam3.chr1                4606517  7 - 122678785 --GT---------TTTTG
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e ponAbe2.chr19              34888969 34 +  60714840 I

a score=1234.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65341 19 +    155864 tatatCC-----CCCCCCCCCGTG
s panTro4.chr19              39395123 13 +  63644993 tatatCC-----CCCCCC------
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63890082  7 - 106955855 tatatCC-----------------
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40871721 17 +  64156825 tatatCC-CCCACCCCCC------
i rheMac3.chr19             C 0 I 17
s macFas5.chr19              34655819 18 +  59248254 tatatCCTCCCACCCCCC------
i macFas5.chr19             C 0 I 3
s papAnu2.chr19              28860749 13 +  51301725 tatatgc-----cccccc------
i papAnu2.chr19             C 0 I 2
s chlSab2.chr6               29264512 16 +  50890351 TATATCCTCC--CCCCAC------
i chlSab2.chr6              C 0 I 3
s canFam3.chr1                4606524  3 - 122678785 --TAC-------------------
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e ponAbe2.chr19              34888969 34 +  60714840 I
e calJac3.chr22              28553819  1 +  49145316 I

a score=268247.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65360 153 +    155864 tttttttttttttttttttttttttttgagacagagtcaacctctgtcacccaggctggagtgcagtggggcacgatctcagctcactgcaacctccaccgcccgggttcatgccattctcctgcctcaccctcctgagtagctgggactaca
s panTro4.chr19              39395136 146 +  63644993 -----ttttttttttttttttttttttgagacagagtcaacctctgtcacccaggctggagttcagtgg--cacgatctcagctcactgcaacctccactgcctgggttcgtgccattctcctgcctcaccctcctgagtagctgggactaca
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34889003 151 +  60714840 ttttttttttttttttttttttttttggagacagagtcaacctctgtcgcccaggctggagtgcagtgg--cacaatctcagctcactgcaacctccacctcccgggttcacgccattctcctgcctcaccctcctgagtagctgggactacG
i ponAbe2.chr19             I 34 C 0
s nomLeu3.chr10              63890089 145 - 106955855 ------TTAttttttttttttttttttgaaacagagtcaacctctgtcgcccaggctggagtgcagtgg--cgcgatctcagctcactgcaacctccacctcccaggttcaggccattcttctgcctcaccctcctgagtagctgggactaca
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40871755 130 +  64156825 ---------------------ttttttgagacggagtctcgctctgtcacccaggctagagtgcagtgg--tgctatctcagctcattgcaacctccgcctcctgggttcatgccattcttctgcctcagccttccaagtagctgggactaca
i rheMac3.chr19             I 17 C 0
s macFas5.chr19              34655840 146 +  59248254 -----ttttttttttttttttttttttgagacggagtctcgctctgtcacccaggctagagtgcagtgg--tgctatctcagctcattgcaacctccgcctcctgggttcatgccattcttctgcctcagccttccaagtagctgggactaca
i macFas5.chr19             I 3 C 0
s papAnu2.chr19              28860764 140 +  51301725 -----------ttttttttttttttttgagatggagtctcgctctgtcacccaggctggagtgcagtgg--tgctatctcagctcattgcaacctccgcctcctgggttcatgccattcttctgcctcagccttccaagtagctgggactaca
i papAnu2.chr19             I 2 C 0
s chlSab2.chr6               29264531 146 +  50890351 -----ttttttttttttttttttttttgagacggagtctcactctgtcacccaggctggagtgcagtgg--tgctatctcagctcattgcaacctccgcctccttggttcatgccattcttctgcctcagccttccaagtagctgagactaca
i chlSab2.chr6              I 3 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28553819   1 +  49145316 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65513 84 +    155864 tatgccATGGAATACAGAA-TTTTGTTTAATTTGACTCATTATATTTTAC-CCTTTTTATTCAGAAAAAGAGAGAGCTCCCCTCCC
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34889154 81 +  60714840 TATGCCATGGAATACAGAA-TTTTGTTTAATTTGACTC---ATATTTTAC-CTTTTTTATTCAGAAAAAGAGAGAGCTCCCCTCCC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63890234 84 - 106955855 tatgccATGGAATACAGAA-TTTTGTTTCATTTGACTCATTATATTTTAC-CTTTTTTATTCAGAAAAAGAGAGAGCTCCCCTCCC
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40871885 80 +  64156825 tatgccATGGAATACAGAA-TTTTGTTTAATTTGACTCATTATATTTTAC-CTTTTTTATTCAGAAAA----AGAGCTCCCCTCCC
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34655986 80 +  59248254 tatgccATGGAATACAGAA-TTTTGTTTAATTTGACTCATTATATTTTAC-CTTTTTTATTCAGAAAA----AGAGCTCCCCTCCC
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28860904 80 +  51301725 tatgccatggaatacagaa-ttttgtttaatttgactcattatattttac-cttttttattcaGAAAA----AGAGCTCCCctccc
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264677 80 +  50890351 tatgccATGGAATACAGAA-TTTTGTTTAATTTGACTCATTATATTTTAC-CTTTTTTATTCAGAAAA----AGAGCTCCCCTCCC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28553820 83 +  49145316 TAAGCCATGGAATACAGAATTTTTTTTTAATTTGACTCAT--TATTTCAG-CTTTTTTATTCAAAAAAAGAGAGAGCTTCCCTCCC
i calJac3.chr22             I 1 C 0
s canFam3.chr1                4606535 75 - 122678785 --TGCCAT-GAATACAAAG----GGTTTGGTTTGATTTACTGTATTTCACTTTTTTTTGTTTTGGGAAAGAAAGAACTTCTC----
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111084586 1016 - 145441459 I

a score=400212.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65597 120 +    155864 AAAATAAAATAACTGCCATAC---------------------------------------TATCTTTCATTGCCCTTCAAAACTCACCCCACCAAAGAGGTTCATTAACAGAACAGTGCATATTCTTCCCGA--TTTTTTTTGTAGATTTTACAGACACAG
s panTro4.chr19              39395366 120 +  63644993 AAAATAAAATAACTGCCATAC---------------------------------------TATCTTTCATTGCCCTTCAAAACTCATCCCACCAAAGAGGTTCCTTAACAGAACAGTGCATATTCTTCCAGA--TTTTTTTTGTAGATTTTACAGACACAG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34889235 120 +  60714840 AAAATAAAATAACTGCCATAC---------------------------------------TATCTTTCATTGCCGTTCAAAACTCACCCCACCGAAGAGGTTCATTAACAGAACAGTGCATATTCTTCCAGA--TTTTTTTTGTAGATTTTACAGACACAG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63890318 118 - 106955855 AAAATAAAATAACTGCCATAC---------------------------------------TATCTTTCATTGCCCTTCAAAACTAACCCCACCAAAGGGGTTCATTAACAGAACAGTGAATATTCTTCCAGA--TTTTTTTTGTAGATTTTACAG--ACAG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40871965 121 +  64156825 AAAATAAAATAACTGCCATAC---------------------------------------TATCTTTCATTGCCCTTCAAAACTCACCCCACCAAAGAGGTTCGTTAACAGAACAGTGAATATTCTTCCAGA-TTTTTTTTTGTAGATTTTACAGACACAG
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34656066 121 +  59248254 AAAATAAAATAACTGCCATAC---------------------------------------TATCTTTTATTGCCCTTCAAAACTCACCCCACCAAAGAGGTTCGTTAACAGAACAGTGAATATTCTTCCAGA-TTTTTTTTTGTAGATTTTACAGACACAG
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28860984 122 +  51301725 aaaataaaataactgccaTAC---------------------------------------TATCTTTCATTGCCCTTCAAAACTCACCCCACCAAAGAGGTTCGTTAACAGAACAGTGAAtattcttccagattttttttttgtagattttacaGACACAG
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264757 121 +  50890351 AAAATAAAATAACTGCCATAC---------------------------------------TATCTTTCATTGCCCTTCAAAACTCACCCCACCAAAGAGGTTCGTTAACAGAACAGTGAATATTCTTCCAGA-TTTTTTTTTGTAGATTTTACAGACACAG
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28553903 115 +  49145316 AAAATAAAATAATTGCTATAC---------------------------------------TATCTTTCATTGCCCTTCAAAACTCACCCCACC--AGAGGTTCATTAACAGAACAGTGAATAGTCTTCCATA---TTCTTTTGTAGATTTTACAG--ACAG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111085602  99 - 145441459 AAGATAAACTAAAAGC-------------------------------------------------TTCACTACCCTCC---------TCCACCACTAAGGGTCACTAACAGAACAGTGAATTTTCTTGCAGT--TTCTCCTTG--GATTTTACACACATAG
i mm10.chr7                 I 1016 I 255
s canFam3.chr1                4606610 128 - 122678785 AAAATAAGATAATTGCCATACTACCATCATTTAAAAATCATATAAAGTAATAAATAAAAGTACCTTTAAGTGCCCTTCAAAATTCATCTCCT----AAAGTTCATTAACAGAACAGAGACTATTCTTTCCGA-----------------------------
i canFam3.chr1              C 0 C 0

a score=35081.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65717 19 +    155864 ACATCTATAC---CCAAAACCt
s panTro4.chr19              39395486 19 +  63644993 ACATCTATAC---CCAAAACCt
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34889355 17 +  60714840 ACATCTATAC---CCAAAAC--
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63890436 17 - 106955855 ACATCTATAC---CCAAAAC--
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40872086 22 +  64156825 ACATCTATACTATCCAAAACCC
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34656187 22 +  59248254 ACATCTATACTATCCAAAACCC
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28861106 22 +  51301725 ACATCTATACTATCCaaaaccc
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264878 22 +  50890351 ACATCTATACTATCCAAAACCC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28554018 19 +  49145316 ACATCTATAC---CTAAAACTT
i calJac3.chr22             C 0 I 1
s canFam3.chr1                4606738  3 - 122678785 ---CCT----------------
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111085701 255 - 145441459 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65736 16 +    155864 ttttttttttt---------------ttttt
s panTro4.chr19              39395505 16 +  63644993 ttttttttttt---------------ttttt
i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63890453 10 - 106955855 ------Ctttt---------------ttttt
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40872108 31 +  64156825 ttttttttctttttttttctttttttttttt
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34656209 31 +  59248254 ttttttttcttttttctttcttttttttttt
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28861128 25 +  51301725 ttttttttcttttttctttc------ttttt
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29264900 27 +  50890351 TTTTTtttcttttttctttc----ttttttt
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111085701 255 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28554037  1 +  49145316 I

a score=296691.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     65752 132 +    155864 ttttccccctggagatagaatctcgctctgtcacccaggctggagtgtagtggtgcgatctctgctcactgcagcctttgcctcccgggttcaagccattctcctgcctcagcctcctgggtaggtgggatt
s panTro4.chr19              39395521 129 +  63644993 tttttc---tggagatagaatctcgctctgtcacccaggctggagtgtagtggtgcgatctctgctcactgctgcctttgcctcccgggttcaagccattctcctgcctcagcctcctgggtaggtgggatt
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34889384 129 +  60714840 ttttcc---tggagacagaatctcgctctgtcacccaggctggagtgtagtggtgcgatctctgcttactgcagcctttgcctcccaggttcaagccattctcctgcctcagcctcctgggtaggtgggatt
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111085701 255 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 1 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 255 I 715
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 715 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 396

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 T 10705
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 12
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i canFam3.chr1              I 396 C 0

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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111088082 169 - 145441459 GTAAGATTTAttcagttatattttatgtatattgttttagtgttttgtctgcatgtttgttcatgtacccgtgcatatagtgcccacagggccagaaaaggtcatccagaccccttggaattgaaggcggagatggttgtgagcagccatgtgggagcttgagatttaa
i mm10.chr7                 I 12 I 518
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 282 C 0
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i mm10.chr7                 I 14 I 34
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 I 3
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111089514 34 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             T 376 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 3 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              T 10705 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 474 I 1
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i canFam3.chr1              I 67 C 0

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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 1541
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 I 184
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i canFam3.chr1              I 23 I 208
e mm10.chr7                 111091519 1541 - 145441459 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34895410 426 +  60714840 gctgggtgtggtggctcacacctataatcccagcactttgggaggccgaggtgggcggatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggctaacatggtgaaac-cccgtctctaccaaaaatattttaaaaattagccaggtgtggtggcacacacctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgt-tgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccgagatcacgccactgcactccagcctgggcgacagagcaagactccgtctcaa-----aaaaaggaaaaaacaaaCCTTCCATGCAGTAACTGTGTGTGCTCCATGTGCTTACTAGTACAAACATttttttgac-accatgtcacactgtttatcattttgagccttttgtaaaactcctatcacgtatattgcAGAATT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63896443 425 - 106955855 gcttgacgtggtggctcacacctataatcccagcactttgggaggccgaggtgggtggatcacctgagatcaggagtttgagaccagcctggctaacatggtgaaac-cccgtctctaccaaaaatataaagaaaattagccgggcatggtggcacgtgcttgtaataccagctactcaggagactgaggcaggagaatcgt-tgaacctgggaggcagaggtagcagtgagctgagatcacgccactgcactccagcctgggcgacagagcaagactccgtctcaa-----aaaaaggaaaaaCCAAACCTTCCATGCAGTAAC--TGTGTGCTCCATGTGCTTACTAGTACAAACATttttttgacaaccatgtcacgctgtttatcattttgagccttttgtaaaactcctatcacgtatattgcAGAATT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28867523 426 +  51301725 gctgggcatggtggctcacgcctgtaattccagcactttgggaggccaaggtgggcagatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggctaacatggtgaaac-cccgcctctaccaaaaatataaaaaaaattagccaggcgtggtagcacacgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcgc-tgaatctgggaggcagaggttgcagtgagccgaggtcacgccactgcactccagcctgggcaacagagcaaggctccatctcaa-----aaaaaagaaaaaacaaaccttcCATGTAGTAACTGTGTGTGCTCCATGTGCCTACTAATACAAACGtttttttGAC-ATCATGTCACACTGTTTATCATTTTGAGCCTTTTGTAAAACTCCTATCACATATATTGCAGAATT
i papAnu2.chr19             C 0 I 298
s chlSab2.chr6               29258850 426 +  50890351 gctgggcatggtggctcatgcctataattccagcactttgggaggccaaggtgggcagatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggctaacatggtgaaac-cccgcctctaccaaaaatattttaaaaattagccaggcgtggtggcacacgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcgc-tgaatctgggaggcagaggttgcagtgagccgaggtcacgccactgcactccagcctgggcaacagagcaaggctccatctcaa-----aaaaaagaaaaaacaaaCCTTCCATGTAGTAACTGCGTGTGCTCCATGTGCTTACTAACACAAACATTTTTCTGAC-ATCATGTCACACTGTTTATCATTTTGAGCCTTTTGTAAAACTCCTATCACATATATTGCAGAATT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 184 C 0
e mm10.chr7                 111091519 1541 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 I 20
s macFas5.chr19              34662692 231 +  59248254 GAAAATGCATTGTCGTAGTTA-TCTGCATGCATCTTTGTCTACGCTCCTGTAATACTTGACAGATAGTCCAGCCTCTGCTTAGGTGTTGCCAGGAGTGATGGACTCAGCGAACCCTCAGGCATGGCCCAGTGTTTAGGAGGCTCAGTTGTGACATTGCAGTCCCTGCTCTTCTTAATCATGTGAGGATCCCACTTGATGTATTTGGCCTCATTCCTCATTACCCTTTAACCT
i macFas5.chr19             C 0 I 7
s papAnu2.chr19              28868247 231 +  51301725 gaaaatgcattgttGTAGTTA-TCTGCATGCATCTTTGTCTACGCTCCTGTAATACTTGACAGATAGTCCAGCCTCTGCTTAGGTGTTGCCAGGAGTGATGGACTCAGCGAACCCTCAGGCATGGCCCAGTGTTTAGGAGGCTCAGTTGTGACATTGCAATCCCTGCTCTTCTTAATCATGTGAGGATCCCACTTGATATATTTGGCCTCATTCCTCATTACCCTTTAACCT
i papAnu2.chr19             I 298 I 14
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i chlSab2.chr6              C 0 I 27
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111091519 1541 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4612488 208 - 122678785 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     72445 13 +    155864 ATCTGATTCAAGC
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 7 C 0
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i papAnu2.chr19             I 14 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111091519 1541 - 145441459 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     72458 55 +    155864 AAGCTGCCTCATGGTTATCTCACATACACATTGTGCTTGATTCCAACTCCATCCC
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     72820 509 +    155864  
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34896442 504 +  60714840  
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63897473 510 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40878847 510 +  64156825  
i rheMac3.chr19             I 20 C 0
s macFas5.chr19              34662943 510 +  59248254  
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28868505 511 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 I 339
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i calJac3.chr22             C 0 I 1
s canFam3.chr1                4613015 486 - 122678785  
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111091519 1541 - 145441459 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             I 339 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 1 C 0
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e mm10.chr7                 111091519 1541 - 145441459 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 I 6535
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111091519 1541 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4613632   0 - 122678785 C

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     73636 7 +    155864 ctat-aaa
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111091519 1541 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 2 C 0
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i chlSab2.chr6              I 6535 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 1541 I 179
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111093379 392 - 145441459 -AATGACTCAG----------tctct-ttccttccccttttattttcttc----------tccctcccttaccccctttctctccctgtc---tttctc-----ctatcttttttttt-------------AACCTTTCAGAAAACCACGGCTTTTGGACCCTAAA--AGGTCTGGATTGGTCATACTGCTTTCTGAAAGGTAAAAAAAGAAAAGAAA--GAAAGAAATTGGGAGGTGTGAAGGTTGGTTT---GGT-GGGGAC-----AGAGGGCT-ATCTT-TAGTTTGGTACTTGTTTCTAGACCAGCTTGTACGTTGCCATGTGTGTTTCAGTTTAAAGTAACAGAACACACAGTTTGGTATTGTACCCTCAGAGGAAGTT---TTTC------AACTAGGAAGTA-GCTGACCTCCTGTAACTGGGATGTA---CATCTGTAAAAATTAG--ATGTGGTA
i mm10.chr7                 I 179 I 1235
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 297 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 I 303
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 242 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             I 303 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 I 971
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 971 C 0
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e mm10.chr7                 111097602 574 - 145441459 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29272297 252 +  50890351 CCATCAGAGAAGCCTGCTCCTTCTGCAGGGCCCCTCTGTTCACAGC-AT----AGGC--TGAGAAGCAACTTCTTTTCCTAAGAAGGGTTACTTAGGCCATCTAAT-------CACGTCTGGATTTGGTGTGTTGCAGGACCCCCCTGCCCTGTTAGTTCAGAGA-TG--AGGCTGTTTTACATAGTAAAGGTGGGGAGAG--GTCATGGTATAAAGTAATCGAGGTGAATGGTCGCTTCCTGTAGGAGCACAGGTGTCAT----CAATTTGCTT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 574 I 424
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28569391  9 +  49145316 --GTC-ACCTGT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4618710 12 - 122678785 TTTTTTGACTGT
i canFam3.chr1              C 0 I 16
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i panTro4.chr19             C 0 M 392
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63904762 279 - 106955855 CCCGACTGGTTTTGGGGGtttttttgagacacagtctcactctatcacccattctggagtgcagtggcccgatcttagctcactgcaacctctgcctcccaggttcaagtgattctctcc-cctcagccccccgagtagctgggattacaggcgtgtgcccccacacccagctaatttttgtatttttagtagagatgggatttcaccatgttggccaggctggtctcgaactcctcacctcaggtgatccacctgcctcggcctcctgaagtgctggga
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40885563 252 +  64156825 ---GACTGGTTTGGGGGGATTTTTTGAGA-------------tgtcacccaggctggagtgcagtggtgcgatc-tggctcactgcaacctctgcctcccaggttgaagtgatact-----------ccccgcaagcagctgggattacaggcatgtgcccccacacccagctaatttttgtatttttagtagagatgggatttcaccatgttggccaggctggtcttgaactcctcacctcaagtgatccatctgcctcagcctcctgaagtgctggga
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34669700 252 +  59248254 ---GACTGGTTTGGGGGGATTTTTTGAGA-------------tgtcacccaggctggagtgcagtggtgcgatc-tggctcactgcaacctctgcctcccaggttgaagtgatact-----------ccccccaagcagctgggattacaggcgtgtgcccccacacccagctaatttttgtatttttagtagagatgggatttcaccatgttggccaggctggtctcaaactcctcacctcaagtgatccatctgcctcagcctcctgaagtgctggga
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28875593 252 +  51301725 ---GACTGGTTTGGGGGGATTTTTTGaga-------------tgtcacccaggctggagtgcagtggtgcgatc-tggctcactgcaacctctgcctcccaggttgaagtgatact-----------ccccccaagcagctgggattacaggcgtgtgcccccacacccagctaatttttgtatttttagtagagatgggatttcaccatgttggccaggctggtctcgaactcctcacctcaagtgatccatctgcctcagcctcctgaagtgctggga
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29272554 252 +  50890351 ---GACTGGTTTGGGGGGATTTTTTGAGA-------------tgtcacccaggctggagtgcagtggtgcgatc-tggctcactgcaacctctgcctcccaggttgaagtgatact-----------ccccccaagcagctgggattacaggcgtgtgccctcacacccagctaatttttgtatttttagtagagatgggatttcaccatgttggccagcctggtctcgaactcctcacctcaagtgatccatctgcctcagcctcctgaagtgctggga
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111098402 424 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4618722  16 - 122678785 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     79813 28 +    155864 ttgcaggtgtgagccactgtgcctggcc
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i ponAbe2.chr19             C 0 M 271
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40885815 28 +  64156825 ttacaggtgtgagccactgcgcctggcc
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34669952 28 +  59248254 ttacaggtgtgagccactgcgcctggcc
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28875845 28 +  51301725 ttacaggtgtgagccactgcgcctggcc
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28569672 28 +  49145316 ttacaggtgtcagccaccacAAATGGCC
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     79841 23 +    155864 TGTTCTG--ACTCTGTTTAAAAGAT
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111098402 424 - 145441459 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     79864 6 +    155864 AACAAG
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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e canFam3.chr1                4618722 16 - 122678785 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     79870 62 +    155864 TATTAggctgggtgcggtgactcacgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcgggt
e mm10.chr7                 111098402 424 - 145441459 I
e ponAbe2.chr19              34903455 271 +  60714840 M
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e canFam3.chr1                4618722 16 - 122678785 I
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e rheMac3.chr19              40885868  0 +  64156825 C
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     79932 8 +    155864 ggatcacg
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i panTro4.chr19             M 392 C 0
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e canFam3.chr1                4618722 16 - 122678785 I
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e papAnu2.chr19              28875898 0 +  51301725 C
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e nomLeu3.chr10              63905087 119 - 106955855 I

a score=5741.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     79940 21 +    155864 aggtcaagagatcgagaccat
s panTro4.chr19              39409957 21 +  63644993 aggtcaagagatcgagactat
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63905206 21 - 106955855 aggtcaagagatcgagaccat
i nomLeu3.chr10             I 119 C 0
e mm10.chr7                 111098402 424 - 145441459 I
e ponAbe2.chr19              34903455 271 +  60714840 M
e chlSab2.chr6               29272859  0 +  50890351 C
e canFam3.chr1                4618722 16 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28569727  0 +  49145316 C
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e macFas5.chr19              34670005  0 +  59248254 C
e rheMac3.chr19              40885868  0 +  64156825 C

a score=108298.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     79961 223 +    155864 cctgaccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaa-ttagcctggtgtggtggcgggcacctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacctgggaggcggaggttgcagtgagctgagattgtgccactgcactccagcctgggcaaaaagagcgaagctccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaa-----aCCACGTAT
s panTro4.chr19              39409978 223 +  63644993 cctgtccaacatggtgaaaccccatctttattaaaaatacaaaaaa-ttagcctggtgtggtggcaggcccctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacctgggaggcggaggttgcagtgagctgagattgtgccactgcactccagcctgggcaaaaagagcgaaactccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaa-----aCCACATAT
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34903726 228 +  60714840 cctgaccaacatggtgaaaccccgtttttaccaaaaatccaaaaaa-ttagcctggcgtggtggcaggcacctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacctgggaggcggaggttgcagtgagctgagattgcaccactgcactccagcctgggcaaaaagaacgaaactccgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGATAACACGTAT
i ponAbe2.chr19             M 271 C 0
s nomLeu3.chr10              63905227 219 - 106955855 cctgaccaacatggtgaaacaccatctctactaaaaatacaaaaaatttagcctagcatggtggcaggcgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacccaggaggcggagattgcagtgagctgagattgcgccactgcactccagcctgggcaaaaatagcaacactccatctcaaaaaaaaaaGAT----------AACACGTAT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111098402 424 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29272859   0 +  50890351 C
e canFam3.chr1                4618722  16 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28569727   0 +  49145316 C
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a score=883499.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     80184 267 +    155864 TATTAGTAAAATTGAAATCAAA-CTTAGGGAAGTATCATAGTACCATTAATCTGTCAA-TCTGAAGATGCTAAAAGGAGATTTGCTT--AGCAGGCTGCCTTGGCTTCT-CCAAGATGGGGAGACAGACAACTTCTTGGAAGCAGTGTCCTCCAAACAGAAATTGGTCAAGGAAGGGAAGTGGGAGAG-AGAGCTTTGACTAGCAGAGGCTT---------GGA----agccagccagccagcagccaACAGTG--CATGTGTGCATTGGGAAGCTAGTGGTCCAGGG
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40885868 268 +  64156825 TATTAGTAAAATTGGAATCAAA-TTTAGGAAAGTATCGTAGTACCAGTAATCTGTCAA-TCTGGAGATGCTAAAAGGAGATTTGCTT--AGCAGGCTGCCTTGGCTTCTCCCAAGATGGAGAGACGGACAACTTCTTGGAAGCAGTGTCCTCCAAACAGAAATTGATCAAGGAAGGGAAGTGGGAAAG-AGAGCTTTGAGCAGCAGAGGCTT---------GGA----AGCCAGCCAGCCAGCAGCCAACAGCG--CATGCGTGCATTGGGAAGCTAGTGGTCCAGGG
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34670005 266 +  59248254 TATTAGTAAAAT--GAATCAAA-TTTAGGAAAGTATCATAGTACCATTAATCTGTCCA-TCTGAAGATGCTAAAAGGAGATTTGCTT--AGCAGGCTGCCTTGGCTTCTCCCAAGATGGAGAGACGGACAACTTCTTGGAAGCAGTGTCCTCCAAACAGAAATTGATCAAGGAAGGGAAGTGGGAAAG-AGAGCTTTGAGCAGCAGAGGCTT---------GGA----agccagccagccagcagccaACAGCG--CATGCGTGCATTGGGAAGCTAGTGGTCCAGGG
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28875898 271 +  51301725 tattagtaaaattggaataaaattTTGGGAAAGTATCATAGTACCATTAATCTGTCAA-TCTGAAGATGCTAAAAGGAGATTTGCTT--AGCAGGCTGCCTTGGCTTCTCCCAAGATGGAGAGACGGACAACTTCTTGGAAGCAGTGTCCTCCAAAC--AAATTGATCAAGGAAGGGAAGTGGGAAAG-AGAGCTCTGAGCAGCAGAGGCTT---------ggaagccagccagccagccagcagccaacagcA--CATGCGTGCATTGGGAAGCTAGTGGTCCAGGG
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28569727 263 +  49145316 TATTAGCAAAATTGGAATCAAA-CCTAGGGAAGTATTGTAGTACCATTAATCTGTCAA-TCTGAAGACACTAAAAGGAGATTTGCTT--AGCAGGCTGCCTTGGCTTCTCCCAAGATGGAGAGACAGAAAA---CTTGGAAGTGGTATCCTCCAAACAGAAATTGGTCAAGGAAGGGAAGTG----AG-AGAGCTTTGAGCAGCAGAGGTTT---------AGA----AGCCAGCCAGCCAGCAGCCAACTGCGCACATGTGTGCATTGGGAAGCTAGTGGTCCAGGG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4618738 268 - 122678785 TATTAGTACAGTCAGAAGCCAA-CTTAAGGAAGTAAAGTAGCACCGTTGTGCTCTGACTTCTAAGGATGC-AAAACGAG-TTGGCTCAGAGCAGGCTGCCCTAGCTTCTCCCAAGAAGGAGACTCA-AGGACTTCTCGGAAGAGGGATTCCCTGACTAGGAGTTGGTCAAGTGAGGGGAGCAAGGGAGTGGAGCTTTGAGCACCCGGGGCTTCAGGCCAGGGGC----AACCAGGCAGCCAGCT------------AGTGTGTGCACTGGGAAGCTAGAGGTGCAGGT
i canFam3.chr1              I 16 C 0
e mm10.chr7                 111098402 424 - 145441459 I

a score=2757321.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     80451 784 +    155864  
s panTro4.chr19              39410468 784 +  63644993  
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34904222 774 +  60714840  
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63905714 782 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40886136 774 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34670271 780 +  59248254  
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28876169 780 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29273122 776 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28569990 828 +  49145316  
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111098826 666 - 145441459  
i mm10.chr7                 I 424 I 12
s canFam3.chr1                4619006 730 - 122678785  
i canFam3.chr1              C 0 C 0

a score=180564.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     81235 51 +    155864 CAATTCAGGATTTTGCTT---CTACTGAAAGCATTTTGTCAATGTTCTCTTTTG
s panTro4.chr19              39411252 51 +  63644993 CAATTCAGGATTTTGCTT---GTACTGAAAGCATTTTGTCAATGTTCTCTTTTG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34904996 51 +  60714840 CAATTCAGGATTTTGCTT---GTACTGAAAGCATTTTGTCAATGTTTTCTTTTG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63906496 51 - 106955855 CAATTCAGGATTTTGCTT---GTGCTGAAAGCATTTTGTCAATGTTTTCTTTTG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40886910 51 +  64156825 CAATTCAGGATTTTGCTT---GTGCTGAAAGCATTTTGTCAACGTTTTCTTTTG
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34671051 51 +  59248254 CAATTCAGGATTTTGCTT---GTGCTGAAAGCATTTTGTCAACGTTTTCTTTTG
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28876949 51 +  51301725 CAATTCAGGATTTTGCTT---GTGCTGAAAGCATTTTGTCAACGTTTTCTTTTG
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29273898 51 +  50890351 CAATTCAGGATTTTGCTT---GTGCTGAAAGCATTTTGTCAACGTTTTCTTTTG
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28570818 54 +  49145316 CAATTCAGGATGTTGCCTGCAGTGCTGAAAGCATTCTGTCAGTGTTTTCATTGG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4619736 51 - 122678785 CAATTCAGGATTTTGCTT---GTGCTGAAATGGTTTTGTAAATTTTTTTCTTTA
i canFam3.chr1              C 0 I 1
e mm10.chr7                 111099492 12 - 145441459 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     81286 136 +    155864 GGGTTAGCTGGGTGACAGTTCTCC-----CTTGCTGGATTCCCAGTACTTAATAGCGTTTCTTTGACTC--AGTGGATATGTGGAACATTGCAGACTGCAATTT-ATAACACAGAACTGGGTA------TATATTTTCATTA----TAAAAGTA
s panTro4.chr19              39411303 136 +  63644993 GGGTTAGCTGGGTGACAGTTCTCC-----CTTGCTGGATTCCCAGTACTTAATAGCGTTTCTTTGACTC--AGTGGATATGTGGAACATTGCAGACTGCAATTT-ATAACACAGAACTGGGTA------TATATTTTCATTA----TAAAAGTA
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34905047 138 +  60714840 GGGTTAGCTGGGTGACAGTTCTCC-----CTTGCCGTATTCCCAGTACTTAATAGCGTTTCTTTGACTCAAAGTGGATATGTGGAACATTGCAGACTGCAATTT-ATAACATAGAATTAGGTA------TATATTTTCATTA----CAAAAGTA
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63906547 138 - 106955855 GGGTTAGCTGGGTGACAGTTCTCC-----CTTGCTGTATTCCCAGTACTTAATAGCGTTTCTTTGACTCAAAGTGGATATGTGGAACATTGCAGACTGCAATTT-ATAACATAGAATTAGGTA------TATATTTTCATTA----TAAAAGTA
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40886961 138 +  64156825 GGGTTAGCTGGGTGACAGTTCTCC-----CTTGCTGTATTGCCAGTACTTAATAGTGTTTCTTTGACTGAAAGTGGATATGTGGAACATTGTAGACTGCAATTT-ATAAAATATAATTAGGTA------TATATTTTCATTA----TAAAAGTA
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34671102 138 +  59248254 GGGTTAGCTGGGTGACAGTTCTCC-----CTTGCTGTATTGCCAGTACTTAATAGTGTTTCTTTGACTGAAAGTGGATATGTGGAACATTGTAGACTGCAATTT-ATAAAATATAATTAGGTA------TATATTTTCATTA----TAAAAGTA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28877000 138 +  51301725 GGGTTAGCTGGGTGACAGTTCTCC-----CTTGCTGTATTGCCAGTACTTAATAGTGTTTCTTTGACTGAAAGTGGATATGTGGAACATTGTAGACtgcaattt-ataaaatataattaggta------tatattttcatta----taaaagta
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29273949 138 +  50890351 GGGTTAGCTAGGTGACAGTTCTCC-----CTTGCTGTATTCCCAGTACTTAATAGTGTTTATTTGACTGAAAGTGGATATGTGGAACATTGTAGACTGCAATTT-ATAAAATATAATTAGGTA------TATATTTTCATTA----TAAAAGAA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28570872 143 +  49145316 GGGTTAGCTGGGTGACAGTTCTCCCCCCTCCCGATCTATTCCCAGTACTTAATAGCGTTTCTTTGACTTAAAGTGGATATGTGGAACATTGCAGGCTGCGATTT-ATAAAATAGAATTAGGTA------TATATTGTCATCA----TAAAAGTA
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111099504 104 - 145441459 GGGTTAACTGGACAATGGCTCCCC---------------------------------------TCACTCCTGTTAGGTACAGGGAGTACCACAGATGGTGGTTTAATAACATGGAATTG-----------ATGGTTTCTCTGTCCTTGAAGGCA
i mm10.chr7                 I 12 C 0
s canFam3.chr1                4619788 138 - 122678785 GGGTTGGTTGGGTGTTGGTTATCG-----CTTGCTCCATTCCTTA-ACGTAATAG-----CTTTGTCATAAAGTGGGCATGTGGAGCCTTGCAGGTTGCAGTTT-ATAAAATGAAATTAGGTATTGCTTTGTTTTGTTTTTG----TAAAAATA
i canFam3.chr1              I 1 I 924

a score=70518.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     81422 19 +    155864 ATACATGTAAAAAGAATGC
s panTro4.chr19              39411439 19 +  63644993 ATACATGTAAAAAGAATGC
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34905185 19 +  60714840 ATACATGTAAAAAGAATGC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63906685 19 - 106955855 ATACATGTAAAAAGAATGC
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40887099 19 +  64156825 ATACATGTAAAAATAATGC
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34671240 19 +  59248254 ATACATGTAAAAATAATGC
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28877138 19 +  51301725 atacatgtaaaaataatgC
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29274087 19 +  50890351 ATACATGTAAAAATAATGC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28571015 19 +  49145316 ATACATGTAAAAAGAATGC
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111099608 19 - 145441459 TCACATGTAAAAAGGATGC
i mm10.chr7                 C 0 I 2224
e canFam3.chr1                4619926 924 - 122678785 I

a score=330731.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     81441 130 +    155864 AGGCCTCTTCTCTGATTGGGTGGTATTTTTAAAAAGAAACAAAGAATGCAGGCAGTGTAG-ATTATGTTTGTTTTTTaaaggaaagagaag-aaaaaattctctaatcccaccacccacagc----tgaccatgtt
s panTro4.chr19              39411458 126 +  63644993 AGGCCTCTTCTCTGATTGGGTGGTATTTTTAAAAAG----AAAGAATGCAGGCAGTGTAG-ATTATGTTTGTTTTTTaaaggaaagagaag-aaaaaattctctaatcccaccacccacagc----tgaccatgtt
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34905204 126 +  60714840 AGGCTTCTTGTCTGATTGGGTGGTATTTTTAAAAAC----AAAGAATGCAGGCAGTGTAG-ATTATTTTTGTTTTTTaaaggaaagagaag-aaaaaattctctaatcccaccacccagagc----tgaccatgtt
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63906704 130 - 106955855 AGGCTTCTTGTCTGATTGGGTGTTATTTTTAAAAAGTAACAAAGAATGCAGGCAGTGTAG-ATTATTTTTGTTTTTTaaaggaaagagaag-aaaaaattctctaatcccaccacccagagc----tgaccatgtt
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40887118 131 +  64156825 AGGCTTCTTGTCTGATTGGATGGTATTTTTAAAAAGAAACAAAGAATGCAAGCAATGTAG-TTTTTTTTTTTTTTTTGaaggagagagaagaaaaaaattctctaatcccaccacccagagc----tgaccatgtt
i rheMac3.chr19             C 0 I 949
s macFas5.chr19              34671259 132 +  59248254 AGGCTTCTTGTCTGATTGGATGGTATTTTTAAAAAGAAACAAAGAATGCAAGCAATGTAGtttttttttttttttttGAAGGAGAGAGAAGAAAAAAATTCTCTAATCCCACCACCCAGAGC----TGACCAtgtt
i macFas5.chr19             C 0 I 593
s papAnu2.chr19              28877157 130 +  51301725 AGGCTGCTTGTCTGATTggatggtatttttaaaaagaaacaaagaatgcaagcaatgtag--attttttttttttttgaaggagagagaagaaaaaaattttctaatcCCACCACCCAGAGC----Tgaccatgtt
i papAnu2.chr19             C 0 I 543
s chlSab2.chr6               29274106 121 +  50890351 AGGCTTCTTGTCTGATTGGATGGTATTTTTAAAAAG----AAAGAATGCAAGCAATGTAG-----TTTTATTTTTTTAAAG--GAGAGAAGAAAAAAATTCTCTAATCCCACCACCCAGAGC----TGACCAtgtt
i chlSab2.chr6              C 0 I 862
s calJac3.chr22              28571034 123 +  49145316 AGGCTTCTTGTCTGATTGGGTGGTATTTTAAAAAA-----AAAGAATGCAGGCAGTGTAG-ACTTTTTTTTTTTTTTaaaggaaagagaag-aaaaa------taatcccaccacccagagcatgttaatcatgtt
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111099627 2224 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4619926 924 - 122678785 I

a score=55700.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     81571 70 +    155864 gacactatttgggtgtatattctgtctggcattatcctgtacaggcatatgCTCTTCAGCAAAAATGGAT
s panTro4.chr19              39411584 70 +  63644993 gacactatttgggtgtatattctgtctggcattgtcctgtacaggcatatgCTCTTCAGCAAAAATGGAT
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34905330 70 +  60714840 aacactatttgggtgtatattctgtctggcattgttctgtacaggcatatgCTCTTCAGCGAAAATGGAT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63906834 70 - 106955855 aacactatttgggtgtatattctgtctggcattgttctgtacaggcatatgCTCTTCAGCAAAAATGGAG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s calJac3.chr22              28571157 66 +  49145316 aacacgatttgggtgtatattctgcctggcattgttctgtacaGGCACATTATCTT----AAAAATGGAT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111099627 2224 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29274227 862 +  50890351 I
e canFam3.chr1                4619926 924 - 122678785 I
e papAnu2.chr19              28877287 543 +  51301725 I
e macFas5.chr19              34671391 593 +  59248254 I
e rheMac3.chr19              40887249 949 +  64156825 I

a score=17523.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     81641 22 +    155864 TTggccgggcgcagtggc---tca-g
s panTro4.chr19              39411654 22 +  63644993 TTggccgggcgcagtggc---tca-g
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34905400 23 +  60714840 TTGgccgggcacagtggc---tcacg
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28877830 23 +  51301725 ttagccgggcatggtggcgggtt---
i papAnu2.chr19             I 543 C 0
s calJac3.chr22              28571223 23 +  49145316 TTggctgggcacagtggc---tcatg
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111099627 2224 - 145441459 I
e chlSab2.chr6               29274227 862 +  50890351 I
e canFam3.chr1                4619926 924 - 122678785 I
e macFas5.chr19              34671391 593 +  59248254 I
e rheMac3.chr19              40887249 949 +  64156825 I

a score=100880.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     81663  77 +    155864 cctgtaatcccagcactttgggaagctgaggcaggcagatcacttga-------ggtcaggagttccag------------------------accagcctggccaac
s panTro4.chr19              39411676  77 +  63644993 cctgtaatcccagcactttgggaagctgaggcaggcagatcacttga-------ggtcaggagttccag------------------------accagcctggccaac
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34905423  77 +  60714840 cctgtaatcccagcactttgggaagctgaggcaggcagatcacttga-------ggtcaggagttccag------------------------accagcctggccaac
i ponAbe2.chr19             C 0 M 1101
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 593 I 1
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i papAnu2.chr19             C 0 I 1
s calJac3.chr22              28571246  77 +  49145316 cctgtaatcccaacactttgggaaaccaaggtgggcagatcacttga-------ggtcaggagttccag------------------------accagcctggccaac
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 1 I 65
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i papAnu2.chr19             I 1 I 65
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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e canFam3.chr1                4619926 924 - 122678785 I
e rheMac3.chr19              40887249 949 +  64156825 I

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i papAnu2.chr19             I 65 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111099627 2224 - 145441459 I
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111099627 2224 - 145441459 I
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28878378 105 +  51301725 ------tccacatCTCTAAATGGGAAAATCTGAAGGTCTCGATCTGCTGCCAAGGGTCATTGGCTGCgtcttttgaaacatttttatcatgaaagtgtCATGTGGTTATAG
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29275208 105 +  50890351 ------TCCACATCTCTAAATGGGAAAATCTGAAGGTCTCGATCTGCTGCCAAGGGTCATTGGCTGTGTCTTTTGAAACCTTTTTTTGATGAAGGTGTCATGTGGTTATAC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 1256 C 0
e mm10.chr7                 111099627 2224 - 145441459 I
e ponAbe2.chr19              34905500 1101 +  60714840 M
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111099627 2224 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 126
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     85408 73 +    155864 ATATTTATACCTCAACCAGGTATATTTCTTTGTATATATATACCTCAACCAGGTGTATTTCTGTAATCACTGT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111102704 126 - 145441459 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     85481 23 +    155864 GCCCTTAACTTTG-CATCAAAACC
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              I 434 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111102704 126 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4623283 182 - 122678785 I

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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     85507 128 +    155864 ATATTTCTGTAATCATCTCTCTGCAGTCAGCAAGTGGTCTTACCATCTATTTCAAAGAC-AGCTGGTGGCTGTTGGATGAAAACAGTTTCAGACGCTT-ACCACACTCT-AAACCAGCCTCATCTGCATCC
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 5849

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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 10741
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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s macFas5.chr19              34678548 300 +  59248254 gccCCAGCCGCCTTTGCTTATTTAACAAG------AAAACATCAAAGCAATTCTTATCTTAGTTGCTGACCCTTGACctagcatgcagtgatgctaagtctaatgccaattgga-ttttttcttttcgttgtagatgacctgttttttcctctgtggaaacagc--atgatcctttctgttaagaaatgttatgacttctc-agagtgtgggtctttttgtttcactccagtattatgctgggcagttggtaggcccttttgatttaatggtttgtg--------tcttccctttagctctctttttacttggataaa
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111102954 10741 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 5 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 33
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111102954 10741 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111102954 10741 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4630290 33 - 122678785 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63913489 114 - 106955855 catttgaacctgggaggtggaggttgcagtgagccgagatcacgccactgcactccagcctgagcgacagagcgaggctccgtctc----------------aaaaaagtaaataaataaataaaTCCC-G
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 7 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111102954 10741 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4630290  33 - 122678785 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 I 1
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i papAnu2.chr19             C 0 I 5
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i calJac3.chr22             C 0 I 3
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i canFam3.chr1              I 33 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             I 1 C 0
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i nomLeu3.chr10             I 2 C 0
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i macFas5.chr19             I 5 C 0
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i papAnu2.chr19             I 5 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 T 8237
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63916491 102 - 106955855 aggctggtcttgaactccggacctcagatgacctgcccacctcggtctcccaaagtgctgggattacaggtgggagccactgtgcccagcTAGTGCAGTCTT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40898431 102 +  64156825 aggccggtctcgaactcccgacctcagatgacctgcccgcctcagcccaccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgtgcccagccAGTGCAGTCTT
i rheMac3.chr19             M 1424 C 0
s macFas5.chr19              34681969 102 +  59248254 aggccggtctcgaactcccgacctcagatgacctgcccgcctcagcctaccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgtgcccagccAGTGCAGTCTT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28887356 102 +  51301725 aggccggtcttgaactcccgacctcagatgacctgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgcgagccaccgtgcccagccagtgcAGTCTT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29285591 102 +  50890351 aggccggtctcgaactcccgacctcagatgacctgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgcgagccaccgtgcccagccAGTGCAGTCTT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111102954 10741 - 145441459 I
e canFam3.chr1              118048185 8237 + 122678785 T
e calJac3.chr22              28581762 707 +  49145316 I

a score=1676881.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     90787 562 +    155864  
s panTro4.chr19              39420802 562 +  63644993  
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34913943 560 +  60714840  
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63916593 562 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40898533 559 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34682071 545 +  59248254  
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28887458 555 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29285693 562 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28582469 562 +  49145316  
i calJac3.chr22             I 707 C 0
e mm10.chr7                 111102954 10741 - 145441459 I
e canFam3.chr1              118048185 8237 + 122678785 T

a score=227562.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     91349 68 +    155864 aaaaGATGGTGTCCTTCTGGAAGTTGTATTGCCGCAACTATGG----TCTGATGGGAATGAGATCATGGTGT
s panTro4.chr19              39421364 68 +  63644993 aaaaGATGGTGTCCTTCTGGAAGTTGTATTGCCGCAACTATGG----TCTGATGGGAATGAGCTCATGGTGT
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34914503 68 +  60714840 aaGAGATGGTGTCCCTCTGGAAGTTGTATTGCCGCAACTATGG----TCTGATGGGAATAAGATCATGGTGT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63917155 68 - 106955855 aaGAGATGGTGTCCTTCTGGAAGTTGTATTGCCGCACCTATGG----TCTGATGGGAATGAGATCATGGTGT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40899092 68 +  64156825 aaGAGACGGTGTCCTTCTGGAAGTGGTATTACCACAGCTATGG----TCTGATGGGAATGAGATCATGGTGT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34682616 68 +  59248254 aaGAGACGGTGTCCTTCTGGAAGTGGTATTACCACAGCTATGG----TCTGATGGGAATGAGATCATGGTGT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28888013 68 +  51301725 aagagatggtGTCCTTCTGGAAGTGGTATTGCCACAGCTATGG----TCTGATGGGAATGAGATCATGGTGT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29286255 68 +  50890351 aagagaaGGTGTCCTTCTGGAAGTGGTATTGCCACAGCTATGG----TCTGATGGGAATGAGATCATGGTGT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28583031 68 +  49145316 aCGAGATGGTGTCCTTCTGGAAGTTGTATTGCCAAAACCATGG----TCTGATGAGAATGAGATCATGGTGT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4631225 72 - 122678785 AAGAGATTGTGTCCTGCTGGAAATTCCATCGCTGCAACTATGTGTGCTCAGATACGGACGTGAACGTGGGCT
i canFam3.chr1              I 582 C 0
e mm10.chr7                 111102954 10741 - 145441459 I

a score=761666.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     91417 199 +    155864 CAAACAGAC----CCATGCT--------AAGGCAGCCCCCAGGCAGAGACTC--CTCTCCCCATGGCCTCAGTACTGGTCTAGAACTCTGAGTCATAGATCTAAAAATAAGTCACAGGGCTGTGAGCT-AGCAGGACAGCTGC-ACACCTCTGGGTCTGTGGCAAGCCAGTGGTCCGCAGTGGGGATGCCCTATGTCCAGCACTGCTGCTGCTCC
s panTro4.chr19              39421432 199 +  63644993 CAAACAGAC----CCATGCT--------AAGGCAGCCCCCAGGCAGAGACTC--CTCTCCCCATGGCCTCAGTACTGGTCTAGAACTCTGAGTCATAGATCTAAAAATAAGTCACAGGGCTGTGAGCT-AGCAGGACAGCTGC-ACACCTCTGGGTCTGTGGCAAGCCAGTGGTCCGCAGTGGGGACACCCTATGTCCAGCACTGCTGCTGCTCC
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34914571 199 +  60714840 CAAACAGAC----CCATGCT--------AAGGCAGCCCCCAGGCATAGACTC--CTCTCCCCATGGCCTCAGTACTGGTCTAGGACTCTGAGTCGTAGATCTAAAAATAAGTCACAGGGCTGCGAGCT-AGCAGGACAGCTGC-ACACCTCTGGGTCTGTGGCGAGCCAGTGGTCCGCAGTGGGGACGCCCTATGTCCAGCACTGCTGCTGCTCC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63917223 199 - 106955855 CAAGCAGAC----CCATGCT--------AAGGCAGCCCCCAGGCAGAGACTC--CTCTCCCCATAGCCTCAGTACTGGTCTACGACTCTGAGTCATAGATCTAAAAATAAGTCACAGCGCTGTGAGCT-AGCAGGACAGCTGC-ACACCTCTGGGTCTGTGGCGAGCCAGTGGTCCGCAGTGGGGATGCCCTACGTCCAGCACTGCTGCTGCTCC
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40899160 205 +  64156825 CAAACAGAC----CCATGCTACCCACAGAAAGCAGCCCCCAGGC--AGACTC--ATCTCCCCATGGCCTCAGTACCGGTCTAGGCCTCTGAGTCATAGATCTAAAAATAAGTCACAGGGCTGTGAGCT-AGCAGGACAGCTGC-ACACCTCTGGGTCTATGGTGAGCCAATGGTCCACAGTGGGGACGCCCTGTGTCCAGCACTGCTGCTGCTCC
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34682684 207 +  59248254 CAAACAGAC----CCATGCTACCCACAGAAAGCAGCCCCCAGGCAGAGACTC--ATCTCCCCATGGCCTCAGTACCGGTCTAGGCCTCTGAGTCATAGATCTAAAAATAAGTCACAGGGCTGTGAGCT-AGCAGGACAGCTGC-ACACCTCTGGGTCTATGGTGAGCCAGTGGTCCACAGTGGGGACGCCCTGTGTCCAGCACTGCTGCTGCTCC
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28888081 207 +  51301725 CAGACAGAC----CCATGCTACCCACAGAAGGCAGCCCCCAGGCAGAGACTC--ATCTCCCCATGGCCTCAGTACCGGTCTAGGCCTCTGAGTCATAGATCTAAAAATAAGTCACAGGGCTGTGAGCT-AGCAGGACAGCTGC-ACACCTCTGGGTCTATGGTGAGCCAGTGGTCCACAGTGGGGACACCCTGTGTCCAGCACTGCTGCTGCTCC
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29286323 206 +  50890351 CAAACAGAC----CCATGCTACCCACAGAAGGCAGCCCCCAGGCAGAGACTC--ATGTCCCCATGGCCTCAGTACTGGTCTAGGCCTC-GAGTCATAGATCTAAAAATAAGCCACAGGGCTGTGAGCT-AGCAGGACAGCTGC-ACACCTCTGGGTCTGTGGTGTGCCAGTGGTCTGCAGTGGGGACGCCCTGTGTCCAGCACTGCTGCTGCTCC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28583099 206 +  49145316 CAAACAGAC----CCACGCCATCCAGAGAAGCCAGCCCCCAGGCAGAGACTC--CTCTCCCCATGGCCTCAGTACTGGTCTAGGCCTCTGAGTCATAGATCTAAAAATAAGTCACAGGGCTGTGAGCT-AGCAGGACAGCTGC-ACACCTCTGGGTCTGTGGCTAGCCAGCAGTCTGCAGCAGGGATG-CCTGTGTTCCACACTGCTACTGCTCC
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111113695 186 - 145441459 CAAACAGGCAA--ACAAGCA--------AAACCAGTTCCCAGGCGTGAAT---------------GTCTCTGTGCTGGTCCCAGCCTCTGAGTCACAGATCTAAAAATAAACCACAGGGCTGTGACCTAAGCTGTGTTACTAC-TCTCCTCTGGGTCTAGGGCTAGCCTGTGGTCAGTAACAGAGAGTCCACG---ACAGTACTGCTGCTGCCTC
i mm10.chr7                 I 10741 C 0
s canFam3.chr1                4631297 214 - 122678785 CAAGCAGCCCGCCCCATGCTACTCACAAGAGCCAGCCTCTGAGCAGGGCCTCTTCTCTCCCCAAGGCCTCGGTCCTGGTTTAGGCCTCTGAGTCACGGATCTAAAAATAAGGCACAAGGCTGTGAGCT-AGCGGGGCCACTGCTACACCTCCGGTTCCCGGGCTAGCTGGTGTTCCGCACCAGGGAGTCCCCATGTCCAGCACTGCTCCTGCTCC
i canFam3.chr1              C 0 I 138

a score=67777.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     91616 20 +    155864 TTCGTCTAGAGGCCTTCCTT
s panTro4.chr19              39421631 20 +  63644993 TTCGTCTAGAGGCCTTCCTT
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34914770 20 +  60714840 TTCATCTAGAGGCCTTCCTT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63917422 20 - 106955855 TTCGTCTAGAGGCCTTCCTT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40899365 20 +  64156825 TTCGTCTAGAGGTCTTCCTT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34682891 20 +  59248254 TTCGTCTAGAGGTCTTCCTT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28888288 20 +  51301725 TTCGTCTAGAGGTCTTCCTT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29286529 20 +  50890351 TTCGTCTAGAGGTCTTCCTT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28583305 20 +  49145316 TTCATCTAGAGGCCTTCCTT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111113881 20 - 145441459 TTGCTCTGAGCATTTTCTTT
i mm10.chr7                 C 0 I 1266
e canFam3.chr1                4631511 138 - 122678785 I

a score=9706.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     91636 4 +    155864 GACC
s panTro4.chr19              39421651 4 +  63644993 GACC
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34914790 4 +  60714840 GACC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63917442 4 - 106955855 GACC
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40899385 4 +  64156825 GACA
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34682911 4 +  59248254 GACA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28888308 4 +  51301725 GACA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29286549 4 +  50890351 GACA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28583325 4 +  49145316 GACA
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111113901 1266 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4631511 138 - 122678785 I

a score=182481.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     91640 56 +    155864 GATAAAGCAAGCAATGCTGGG-TAGCCCACACCCCCTATAACTTTGGCCTGGAGGTG
s panTro4.chr19              39421655 56 +  63644993 GATAAAGCAAGCAATGCTGGG-TAGCCCACACCCCCTATAACTTTGGCCTGGAGGTG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34914794 56 +  60714840 GATAAAGCAAGCAATGCTGGG-TAGCCCACACCCTCTATAACTTTGGCCTGGAGGTG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63917446 56 - 106955855 GATAAAGCAAGCAATGCTGGG-TAGCCCACACCCACTATAACTTTGGCCTGCAGGTG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40899389 56 +  64156825 GATAAAGCAAGCAATGCTGGG-TAGCCCACACCCACTATGACTTTGGCCTGGAGGTG
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34682915 56 +  59248254 GATAAAGCAAGCAATGCTGGG-TAGCCCACACCCACTATGACTTTGGCCTGGAGGTG
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28888312 56 +  51301725 GATAAAGCAAGCAATGCTGGG-TAGCCCACACCCACTATGACTTTGGCCTGGAGGTG
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29286553 56 +  50890351 GATAAAGCAAGCAATGCCGGG-TAGCCCACACCCACTATAACTTTGGCCTGGAGGTG
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28583329 56 +  49145316 GAGTAAGCAAGCAATGCTGGG-CTACCCACATCCACTATAAGTTCGGCCTGGAGGTG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4631649 53 - 122678785 GACAAAACAAGAAATGCCAGGCCAGGTCATA----CTTTAACATGTCCCAGGATGTG
i canFam3.chr1              I 138 C 0
e mm10.chr7                 111113901 1266 - 145441459 I

a score=382107.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     91696 96 +    155864 TCCCTGGATCAGATGCCTGTCTGAGTCT-GGCTTCCAGACTGTCA-AT-GGCTTGCTCTGCAGCTTTCACCAACCCAGGTCACGACTTGTGCTTACAAC
s panTro4.chr19              39421711 96 +  63644993 TCCCTGGATCAGATGCCTGTCTGAGTCT-GGCTTCCAGACTGTCA-AT-GGCTTGCTCTGCAGCTTTCACCAACCCAGGTCACGACTTGTGCTTACAAC
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34914850 96 +  60714840 TCCCTGGATCAGATGCCTGTCTGAGTCT-GGCTTCCAGACTGTCA-AT-GGCTTGCTCTGCAGCTTTCACCAACCCAGGTTACGACTTGTGCTTACAAC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63917502 96 - 106955855 TCCCTGGATCAGATGCCTGTCTGAGTCT-GGCTTCCAGACTGTCA-AT-GGCTTGCTCTGCAGCTTTCACCAACCCAGGTCACGACTTGTGTTTACAAC
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40899445 97 +  64156825 TCCCTGGATCAGATGCCTGTCTGAGTCTGGGCTTCTAAACTGTCA-AT-GGCTTGCTCTGCAGCTTTCACCAATCCAGGTCACGACTTGTGCTTACAAC
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34682971 97 +  59248254 TCCCTGGATCAGATGCCTGTCTGAGTCTGGGCTTCTAAACTGTCA-AT-GGCTTGCTCTGCAGCTTTCACCAACCCAGGTCACGACTTGTGCTTACAAC
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 1266 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 I 301
s chlSab2.chr6               29286706 277 +  50890351 ACCTCATTggccgggcatggtggctcatgcctgtaa--------tcccaacact-tgggaggctgaggtgggtgggtcacttgaggtcaggagttcgagaccagcctgatcaacctggtgaaatcctgtctctacgaaaaatacaaaaattagccaggcgt-----ggtggcacacgcctgtcatgccagctatttgggaggctgagacaggagaatcact-tgaattcgggaggcaga---ggttgcagtgagctgagatcgcaccactgcactccagcctaggcgacagagca
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             I 301 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28889193 422 +  51301725 TTTGAGATGGGTTACTG---TCCTGGTATCTCTCTCTAGCATGGTTGGAAGGTAGCTG---------TTCTTACGAAT-------GGAAAGGAGGTGCTGGTGTCAGATGTGTTTA-TAGTTGCATTATCTCAACTTGAACTTTGACTTGTTCTCATCTAACTTGAGGAAGCAAGGAAATTTGGAATTTGAAtattctaataatatttgttattaAGTGAGGacattcaaataatattatattcaaatattagTAATGTCTGTTACAGCAAACTACCAGAAAAGGACAGTAAGCTACAGATGACCCTGCAATGATGAGCCCATAGGGACTGCTGGTGGGAAGGCTGACGATTC-----------CCGGCACGAGCCCCAGGGTGCCTTCTAGAGCAGGCTAACATCTTCTCACATTTGA-TCCCGCCCCCGCTCCCCCATGCACAAATGGGGTG
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 3720
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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s panTro4.chr19              39424871 260 +  63644993 tgtgcagtggcaccatcttggctcactacaagctccgcctcccgggttcacaccattctctcacctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccaccatgctcagctaatttttcgtatttttagtagagatggggtttcactgtgttagccaggatggtctcgatctcctgatcttgtgttccgcccaccttggcctcccaaagtggtgggattacaggcgtgagccaccgtgcccCACCCtttttttttt
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             I 387 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 11 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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e macFas5.chr19              34685860 1 +  59248254 I
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e nomLeu3.chr10              63918901 0 - 106955855 C

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e canFam3.chr1                4636828   0 - 122678785 C
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s rheMac3.chr19              40902662 8 +  64156825 ataaaaaa
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34686193 8 +  59248254 ATAAAAAA
i macFas5.chr19             C 0 I 19
s papAnu2.chr19              28891375 8 +  51301725 ataaaaaa
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29289175 8 +  50890351 ATAAAAAA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s canFam3.chr1                4637307 7 - 122678785 ATGCAAA-
i canFam3.chr1              I 41 C 0
e mm10.chr7                 111120682 407 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28585253 1 +  49145316 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     98177 6 +    155864 CATCTC
s panTro4.chr19              39427903 6 +  63644993 CATCTC
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34922514 6 +  60714840 CATCTC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63919094 6 - 106955855 CATCTC
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40902670 6 +  64156825 CATCTC
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34686220 6 +  59248254 CATCTC
i macFas5.chr19             I 19 C 0
s papAnu2.chr19              28891383 6 +  51301725 catctc
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29289183 6 +  50890351 CATCTC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 1 C 0
s canFam3.chr1                4637314 6 - 122678785 GGTCTC
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111120682 407 - 145441459 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     98183 69 +    155864 TGATTGGAACCATGTAGCAACTTCAGAGCT---GGCTTGGAGGACTCTGGCAC--TGTGTGGAAGGAATGAAGA
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63919100 69 - 106955855 TGATTGGAACCATGTAGCAACTTCAGAGCT---GGCTTGGAGGACTCTGGCAC--TGTGTGGAAGGAATGAAGA
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 M 510
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28585260 69 +  49145316 CAATTGAAGCCAAGTAGCAACTTCAGAGCT---GGCTTGGAGGACTTTGGCAC--TGTGTGGCAGAAATGAAGA
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111121089 63 - 145441459 TGACTGGAGCCTCACATTTACCTCTGCGTC---CCTTTGGATGACTG--------TATGTGGAAGGGATGAAGA
i mm10.chr7                 I 407 C 0
s canFam3.chr1                4637320 74 - 122678785 TAAGTGGAGCCAGAGGGGAGCCTCGGGGTTGTCGGGCTGGAAGCCCCCTGCACCGTGTGTGGCACAAATGCAGC
i canFam3.chr1              C 0 C 0

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     98252 310 +    155864 CTCAACACGTTAGGTCCTCCTTCCCACTGTGCCTGGAGGGAGCCGATAAgctgcaggctgg--------ttgg----ctggctggctggctgTGAGCTCCTTCCAGGCATCAGGATCGCTGCCAAGGACAGCCATTCTGACAGCCACagtgccctttttgttagggctaataaattccctcttgttttagtgacaaggagtt-ggggttattacattttgataacc-aaaggaaagtccactc---acatggGAAAAGGGGACAGAGTTCTAGTTTCTTCAACCGGATGGAGCCAAGAAGATTTCTCACGCC-CCTTAGCCCTGGCCC
s panTro4.chr19              39427978 306 +  63644993 CTCAACACGTTAGGTCCTCCTTCCCACTGTGCCTGGAGGGAGCCGATAAGCTGCAGGCTGG--------T--------TGGCTGGCTGGCTGTGAGCTCCTTCCAGGCATCAGGATCGCTGCCAAGGACAGCCATTCTGACAGCCACagtgccctttttgttagggctaataaattccctcttgttttagtgacaaggagtt-ggggttattacattttgataacc-aaaggaaagtccactc---acatggGAAAAGGGGACAGAGTTCTAGTTTCTTCAACCAGATGGACCCAAGAAGATTTCTCACGCC-CCTTAGCCCTGGCCC
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34922589 311 +  60714840 CTCTACACGTTAGGTCCTCCTTCCCACTGTGCCTGGAGGGAGCCAATAAGCTGCAggctgg--------ttgg----ctggctggctggctgTGAGCTCCTTCCAGGCATCAGGATCGCTGCCAAAGACAGCCATTCTGACAGCCACAGTGCCCTTTTTGTTAGGGCTAATAAATCCCCTCTTGTTTTAGTGACAAGAAGTT-GGGGTTATTACATTTTGATAACCAAAAGGAAAGTCCACTC---ACATGGGAAAAGGGGACAGAGTTCTAGTTTCTTCAACCAGATGGACCCAAGAAGATTTCTCACGCC-CCTTAGCCCTGGCCC
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63919169 299 - 106955855 CTCAACACGTTAGATCCTCCTTCCCACTGTGCCTGGAGGGAGCCGATAAGCTGCAGGCTGG--------C----------------TGGCTGTGAACTCTTTCCAGGCATCAGGATCGCTGCCAAGGACAGCCATTCTGACAGCCACagtgccctttttgttagggctaataaatcccctcttgttttagtgacaaggagtt-ggggttattacattttgataaccaaaaggaaagtccactc---acatggGAAAAGGGGACAGAGTTCTAGTTTCTTCAACCAGATGGACCCAAGAAGATTTCTCACGCC-CCTTAGCCCTGACCC
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40902745 314 +  64156825 CTC-ACACGTTAGGTCCTCCTTCCCACTGTGCCTGGAGGGAGCCGATAAGCTGCGggctgg--------ttggctggctggctggctggctgTCAGCTCCTTCCAGGCATCAGGATCGCTGCCAAGGACAGCCATTCTGACAGCCACagtaccctttttgttagggctaataagtcccctcttgtttcagtgagaaggagtt-ggggttattacattttgataaccaaaaggaaagtccactt---acatggGAAAAGGGGACAGAGTTCTAGTTTCTTCAGCCAGATGAACCCAAGAAGATTTCTCACGCC-CCTTAGCCCTGGCCC
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34686295 322 +  59248254 CTC-ACACGTTAGGTCCTCCTTCCCACTGTGCCTGGAGGGAGCCGATAAgctgcgggctggttggctgattggctgactggctggctggctgTGAGCTCCTTCCAGGCATCAGGATCGCTGCCAAGGACAGCCATTCTGACAGCCACagtaccctttttgttagggctaataagtcccctcttgttttagtgagaaggagct-ggggttattacattttgataaccaaaaggaaagtccactt---acatggGAAAAGGGGACAGAGTTCTAGTTTCTTCAGCCAGATGAACCCAAGAAGATTTCTCACGCC-CCTTAGCCCTGGCCC
i macFas5.chr19             C 0 M 2923
s chlSab2.chr6               29289258 314 +  50890351 CTC-ACACGTTAGGTCCTCCTTCCCACTGTGCCTGGAGGGAGCCGATAAgctgcgggctgg--------ttggctggctggctgactggctgTGAGCTCCTTCCAGGCATCAGGATCGCTGCCAAGGACAGCCATTCTGACAGCCACagtaccctttttgttagggctaataaatcccctcttgttttagtgagaaggagtt-ggggttattacattttgataaccaaaaggaaagtccactt---acatggGAAAAGGGGACAGAGTTCTAGTTCCTTCAGCCAGATGAACCCAAGAAGATTTCTCACGCC-CCTTACCCCTGGCCC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28585329 301 +  49145316 CACAACCCATTAAGTCCTCCTTCCCACTGTGCCTGGAGGGAGCCGATAAACTGCGGGGTGG-------------------GCTGGCTGGCTGTGAGCTCCTTCCAGGCATCCAGATCGCTGCCAAGGACAACCATTCTGACAGCCACagtgccctttttgttagggctaataaatcccctcttgttttagtgacaaggagtt-ggggttattccattttgataactaaaaggaaagtccgctc---acatggGAAAAGGGGACAGAGTTCTAGTTTCTTTAACCAGATGGACCC---AAGATTTCTCACACC-CCTTAGCCTTGGCCT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111121152 289 - 145441459 CTG-ACCCCTTAAGGCCTCCGTCCTGCTCTGCCCAGAGGGAACTGATAGGCTGTGGGGGAG--------C--------------CCTGCCTGTGAG-TCACCCCAGGCATCAGCACTGTTGCCAAGGCCAGTtgttcctgtggccacagtg-cctttttgtttgagctaatgaatccccttttgttccagtgacaaggaggtgggggttattacattttgACAACCAAAAAGCAAGTCCTCCCGTGGCCAGGGGCAGGGGGGCAGGGTTCTAGCT-ATACAACCAGATGGA------------TCTTGTATC-CCTCATCCTTGGCCC
i mm10.chr7                 C 0 C 0
s canFam3.chr1                4637394 296 - 122678785 CCCGGCTC-CGACGCCGTCCTGCCCAGTGTGTCCGAGCGGGAC--GCGCGCTGCAGGGGAG--------C---------------GAGTCTCTAAGTTACTCCCGGGCATCGGGACGCCTGCCAAGGACAGCCGTTCTGGTGGCCACagtgccctttttgttagggctaataagtcccctcttgtttccgtgccgaggagtt-ggggtcattacGTGTTGATAACCGAAGGCAAGTGGCCCGC---ACTCGGGA-ACGGGGACAGGGTCCTGCGCTCTCCA-CCAGATGGGCCCGGGAAGGTCTCCTGTCCCGCTTCAGGCTCGGCCC
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e papAnu2.chr19              28891458 510 +  51301725 M

a score=8148.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     98562 3 +    155864 CTG
s panTro4.chr19              39428284 3 +  63644993 CTG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34922900 3 +  60714840 CTG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63919468 3 - 106955855 CTG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40903059 3 +  64156825 CTG
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29289572 3 +  50890351 CTG
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28585630 3 +  49145316 CTG
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111121441 3 - 145441459 CTG
i mm10.chr7                 C 0 I 560
e canFam3.chr1                4637690 0 - 122678785 C
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e macFas5.chr19              34686617 2923 +  59248254 M

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     98565 52 +    155864 ATGGGTTTAAGAATCT------------GAGGGGATGCTCATAAGTTTCACTGTTCAGAACCCC
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40903062 52 +  64156825 ATGGGTTTAAGAATCT------------GAGGGGATGCTCATAATTTTCATTGTTCAGAACCCC
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29289575 52 +  50890351 ATGGGTTTAAGAATCT------------GAGGGGATGCTCATAATTTTCATTGTTCAGAACCCC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28585633 52 +  49145316 ATGGGTTTAAGAATCT------------GAGGGGATGCTCATAAGTTTTATTTTTCAGAACCCC
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4637690 59 - 122678785 GTGGGTCTACACATCCACAGGTGGGGTGGGGGGGATTTTCATAA-----ATTATCCAGAACTCC
i canFam3.chr1              C 0 I 219
e mm10.chr7                 111121444 560 - 145441459 I
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e macFas5.chr19              34686617 2923 +  59248254 M

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt     98617 136 +    155864 TCCAAAACATGTTCAACCTAggccgggtacaatggctcatgcctataatcccagaacttgcagaggccgaggca-ggcaggtcacttgaggtcaggagttcaaggccagcctgg-ccaacatggt-gaaacccccgtct
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i panTro4.chr19             C 0 I 293
s ponAbe2.chr19              34922955 138 +  60714840 TCCAAAACATGTTCAACCTAggccgggcacaatggctcatgcctgtaatcccag-acttgtggaggccgaggcagggcgggtcacttgaggtcaggagttcaaggccagcctgggccaacatggtagaaacgcccatct
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40903114 136 +  64156825 TCCAAAAAATGTTCAACTTAggccgggcacaatggcttgcgcctgtaatcccagaacttgcggaggccaaggca-ggcaggtcactcgaggtcaggagtccaaggccagcctgg-ccaacagggt-gaaacccccatct
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29289627 136 +  50890351 TCCAAAAAACGTTCAACTTAggccgggcacaatggcttgcgcctgtaatcccagaacttgtggaggccaaggca-ggcaggtcacttgaggtcaggagtccaaggccagcctgg-ccaacagggt-gaaacccccatct
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28585685 135 +  49145316 TCCAAAAAGTGTTCAACCTAggctgggtgcgatagcttatgcttataatctcagcacttggagaggccaaggca-ggcagatcacttgaggtcaggagttcaaggcctgcctgg-ccaacatggt-gaaac-cctgtct
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111121444 560 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4637749 219 - 122678785 I
e papAnu2.chr19              28891458 510 +  51301725 M
e macFas5.chr19              34686617 2923 +  59248254 M

a score=12705.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt     98753 13 +    155864 ctactaaaaatac
s ponAbe2.chr19              34923093 13 +  60714840 ctactaaaaatac
i ponAbe2.chr19             C 0 T 1142
s nomLeu3.chr10              63919659 13 - 106955855 ctactaaaaatac
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28585820 12 +  49145316 ctattaaaaaAT-
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111121444 560 - 145441459 I
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e papAnu2.chr19              28891458 510 +  51301725 M
e macFas5.chr19              34686617 2923 +  59248254 M
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             I 293 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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e mm10.chr7                 111121444 560 - 145441459 I
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i chlSab2.chr6              C 0 I 10
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i canFam3.chr1              I 219 C 0
e mm10.chr7                 111121444 560 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             I 608 C 0
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i nomLeu3.chr10             I 20 C 0
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i macFas5.chr19             I 44 C 0
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i papAnu2.chr19             I 42 C 0
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i chlSab2.chr6              I 10 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111121444 560 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28585960 169 +  49145316 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s mm10.chr7                 111122004 102 - 145441459 CCCCTTGTCTTAGCTTCAGTCAAAGGAGCTTGGAATCTTGG---GG-CCAGCCC----------AGATGTTAGGAATTTCCCAGGCTCTTGGCCAGCTCCAAATCCCTACAACAAT
i mm10.chr7                 I 560 I 736
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e calJac3.chr22              28585960 169 +  49145316 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111122106 736 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28585960 169 +  49145316 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s mm10.chr7                 111122842 335 - 145441459 ACATAAACAAATGGCTC--CTTGGCTTGAGCCTCTTGGCTTCAACA---------CCAGCCTGTGGAGGTGATCAGGGTTGGAGAGTAC-CGATGG----CTCAGACAGTTATGTATGGGGGAAGGCAGTGAAGGAGA---GCCTTCCATAGGGGGAGCAATCTGGAGACTAGGGGAGAGGTTTCCCCATCTGCACACAGCTCACGCTGCCCTCAACTCTGCTGCTGCCT--GTCATGCTGCCTGAGCTATTGCCTTGGCCTGGTCCCAAC-CTCCATCCATACTCAGCAGATGCAGCCAGTTG-CTCTGTGCCCAGAATGTCTGGCCGGCTCCCTCCAGAC----------------------------------------------------------------CAGC-TCCCAAATCCTG
i mm10.chr7                 I 736 I 105
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e calJac3.chr22              28585960 169 +  49145316 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40905378 26 +  64156825 CCC----------------AAGGGAGACCAGGAAGGTAAAGT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 I 317
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111123177 105 - 145441459 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    100866 13 +    155864 AGAAAAGTTACTC
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 317 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 105 I 1
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i macFas5.chr19             I 288 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             I 616 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 I 361
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 I 311
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i nomLeu3.chr10             I 361 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 4 I 774
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 3 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 n 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 n 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28898058 51 +  51301725 ccatCTGGTG-TTTACCAAGTACATCCAGGTGTGGTCACTGAAGGATTCTGT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             I 7 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 325
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 198 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e ponAbe2.chr19              34930695 394 +  60714840 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    112262 6 +    155864 tttttt
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
e ponAbe2.chr19              34930695 394 +  60714840 I
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 305 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111136272 162 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 162 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 347
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 I 916
s chlSab2.chr6               29313019 87 +  50890351 AGAAATGGTCTTGAAT-TTAAG----TTTATCTAAAATT----TATATAATCCCTCTCCATAGTGAGAAAAAAAAATTCTAAATTATAGTTTGATT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28598343 87 +  49145316 A-AGATGGTCTCGAATCTTAAG----TTTATCTAAAATT----TATATAATTCCTCTCCATAGTGAGAAAAATAATTTCTAAATTATAGTTTGATT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111136649 347 - 145441459 I
e ponAbe2.chr19              34930695 394 +  60714840 I

a score=179196.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt    121768 96 +    155864 TACCTATTTATATATAAGCTTCTGGATAAATACTTGTTTTTTTTTCCTCCATTTGAGGTTAATTTTGGATAGGTTCCATAGTGCAAAGTTGTTAAG
s panTro4.chr19              39451515 95 +  63644993 TACCTATTTATATATAAGCTTCTGGATAAATACTTGTTTTTTTC-CCTCCATTTGAGGGTAATTTTGGATAGGTTCCATAGTGCAAAGTTGTTAAG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63942529 91 - 106955855 TACCTATTTATATATAAGCTTCTGG----ATACTTGTTTTATTT-TCCCCATTTGAAGTTAATTTTGGATAGGTTCCATAGTGCAAAGTTGTTAAG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40925196 96 +  64156825 TATCTGTTAATATATAAGCTTCTGGATAAATACTTGTTTTTTTTTTACCCATGTGAGGTTAATTTTGGATAGGTTCCATAGTGCAAAGTTGTTAAG
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29313106 95 +  50890351 TATCTGTTAATATATAAGCTTCTGGATAAATACTTG-TTTTTTTTTACCCATGTGAGGTTAATTTTGGATAGGTTCCATAGTGCAAAGTTGTTAAG
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4652808 88 - 122678785 TACCCATTTGTATATAAACTTATTGATAAATATTTGTTT------TCCCTAGTCGAGGTTAATTTTGGACAGGTT-CACAGTGCAAA-TGGTTAAG
i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 347 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e ponAbe2.chr19              34930695 394 +  60714840 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    121877 17 +    155864 AATTTTTAAGTTTTCTT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34711181 17 +  59248254 AATTTTTAAGTTTTCTT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29313214 17 +  50890351 AATTTTTAAGTTTTCTT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 I 244
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    121894 571 +    155864  
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40925322 570 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29313231 569 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111137009   0 - 145441459 C
e ponAbe2.chr19              34930695 394 +  60714840 I
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 I 1247
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    122536 112 +    155864 AAGTTTTGAAAACTTTTTTTTGGATACCTGGGCTTTTGCACATTGTACCACACTGTAACAAAAATAAACCGCAGGTTTCTAACTGGTGTAGACTGTTGA---TTTTTTTTTTT--AA
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 I 21
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i papAnu2.chr19             I 916 I 7
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    122648 21 +    155864 CAAATTAGGTTTGAATAAATT
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i papAnu2.chr19             I 7 C 0
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i chlSab2.chr6              I 5 T 4904
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111137038 1247 - 145441459 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    122669 17 +    155864 ATATAATTGCTTTGTGG
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111138943 23 - 145441459 tgagccatttttcc-ggcccTTCT---
i mm10.chr7                 I 113 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    124648 749 +    155864  
s panTro4.chr19              39454393 749 +  63644993  
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63945422 749 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40929204 737 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34714991 737 +  59248254  
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28917971 735 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29315233 735 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28601377 744 +  49145316  
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s mm10.chr7                 111138966 671 - 145441459  
i mm10.chr7                 C 0 I 957
s canFam3.chr1                4654409 741 - 122678785  
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e ponAbe2.chr19              34930695 394 +  60714840 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    125397 92 +    155864 CCCTGTTGCAGG-TAAGGATAGGGAGGTGGATTCTGGTTACTCTCTA---GAGGGCCTTGACTGGCAG-CTTGAAGTGAGCTGAGGAGCCTAGTCTG
s panTro4.chr19              39455142 92 +  63644993 CCCTGTTGCAGG-TAAGGATAGGAAGGTGGATTCTGGTTACTCTCTA---GAGGGCCTTGACTGGCAG-CTTGAAGTGAGCTGAGGAGCCCAGTCTG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40929941 92 +  64156825 CCTTGTTGCAGG-TAAGGATGGGAAGGTGGATTCTGGTTACTCTCTA---GGGGGCCTTGACTGGCAG-CTTGAAGTGAACTGAGGAGCCCAGTCTT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34715728 92 +  59248254 CCTTGTTGCAGG-TAAGGATGGGAAGGTGGATTCTGGTTACTCTCTA---GGGGGCCTTGACTGGCAG-CTTGAAGTGAGCTGAGGAGCCCAGTCTT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4655150 93 - 122678785 -CCTGTTCTAAG-TAAGGCTGGAAAGGTGGACTCTGGTC-CTCCCTAGGTGGGAGCCTTGGCTGGCAGTCTTGGAGTGGACTGAAG-GACCAGTCTG
i canFam3.chr1              C 0 I 228
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    125489 86 +    155864 CTCTCTCAGATCTTTGAGGGGGGCCTCAGCCTCTATGGCACCC-TCCTTCCTCTGAACCCATGGCATTTGTTTTCTAAACGACTTAT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40930033 86 +  64156825 CTCTCTGATATCTTTGAGGAGGGCCTCAGCCTCAATGGCACTC-TCCTTCATCTGAACTCATGGCATTTATTTTCTAAACGACTTAT
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34715820 86 +  59248254 CTCTCTGATATCTTTGAGGAGGGCCTCAGCCTCAATGGCACTC-TCCTTCATCTGAACTCATGGCATTTATTTTCTAAACGACTTAT
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28918798 86 +  51301725 CTCTCTGATATCTTTGAGGAGGGCCTCAGCCTCTATGGCACTC-TCCTTCTTCTGAACTCATGGCATTTGTTTTCTAAACGACTTAT
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29316059 86 +  50890351 CTCTCTGATATCTTTGAGGAGGGCCTCAGCCTCTATGGCACTC-TCCTTCTTCTGAACTCATGGCATTTGTTTTCTAAACGCCTTAC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28602214 86 +  49145316 CTGTCCGAGATCTTTGAGGAGGGCCTCATCCTCTGCGGCACTCTTCCTTTCCCTGAACTCGT-GCATTTGTTTTCGAAGCGACTTAT
i calJac3.chr22             C 0 I 1679
s canFam3.chr1                4655471 85 - 122678785 CTCTCTGAGATCTTTGAAGAGGGCATCAGCCTTTGTGGTGCTC-TCCTTCCTCTGAAGTCATGGCATTTGTCTTCTAAATCAC-TAT
i canFam3.chr1              I 228 C 0
e mm10.chr7                 111139637 957 - 145441459 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    125575 97 +    155864 TTAGCATTTATCAGTCTCTTTTTTGATGATGCCTCTTCTTAGCTTATGGACCCGTTATAGCTTAATTTATGGAGAAAGTTTGTATCATCTCCCCAGA
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34715906 97 +  59248254 TTAGCATTTATCAGTCTCTTTTTTGATGATGCCTCTTTTTATCTTATGGACCGGTTATAGCTTAATTTATGGAGAAAGTTTGTATCATCTCCCCAGA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28918884 97 +  51301725 TTAGCATTTATCAGTCTCTTTTTTGATGATGCCTCTTTTTATCTTATGGACCGGTTATAGCTTAATTTATGGAGAAAGTTTGTATCATCTCCCCAGA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s canFam3.chr1                4655556 97 - 122678785 TTAGCATTTACTCACTTCTTTTCCCATGGTAACTCTTGTTGTGTTGTGGACTTTTGGTAGCTTCGTTTATGGGAGAAGTTTGTATTATCTTCTCAGA
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111139637 957 - 145441459 I
e ponAbe2.chr19              34930695 394 +  60714840 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    125672 249 +    155864 AAGAAGTAACTT-GTTATACATTAGTTAACTTGAATATGGAAGGTGCTCAAAGCATTAGTTTATcggagattcttaagagctgcactgttgacattttggggtagataattctt--tgt--------------aggggctgtcttgtgcattatgggatgttcagc--agcacttctggcctctacccactggatgctacccactagcacttgcccag-ggtgacaaccaaaacatct--ctagacattgccagatgtTGGTAGGGCAGAG
s panTro4.chr19              39455417 249 +  63644993 AAGAAGTAACTT-GTTATACATTAGTTAACTTGAATATGGAAGGTACTCAAAGCATTAGTTTATcggagattcttaagagctgcactgttgacattttggggtagataattctt--tgt--------------aggggctgtcttgtgcattatgggatgttcagc--agcacttctggcctctacccactggatgctgcccactagcacttgcccag-ggtgacaaccaaaacatct--ctagacattgccagatgtTGGTAGGGCAGAG
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63946446 249 - 106955855 AAGAAGTAACTT-GTTATACATTAGTTAACTTGAATATGGAAGGTGCTCAAAGCATTAGATTATcggggattcttaagagctgcactgttgacattttggggtggataattctt--tgt--------------aggggctgtcttgtgcattatgggatgttcagc--agcacttctggcctctacccactggatgctacccactaccacttgcccag-tatgacaaccaaaacatct--ctagacattgccagatgtTGGTAGGGCAGAG
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40930216 249 +  64156825 AAGAAGTAACTT-GTTATACATTAGTTAACTTGAATATGGAAGGTGCTCAAAGCATTAGTTTATcggggattcttaagagctgcactattaacattttggggtggataattctt--tgt--------------aggggctgtcttgtgcattacaggatgttcagc--agcacttctggcctctgcccactggatgctacccactagcacttgcccag-tgtgacaaccaaagcatct--ccagacattgccaGGTATTGGTAGGGCAGAG
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28918981 249 +  51301725 AAGAAGTAACTT-GTTATACATTAGTTAACTTGAATATGGAAGGTGCTCAAAGCATTAGTTTATCAGGGATTCTTAAGAGctgcactattaacattttggggtGGATAATTCTT--TGT--------------AGGGGCTGTCTTGTGCATTACAGGATGTTCGGC--AGCActtctggcctctacccactggatGCTACCCACTAGCACTTGCCCAG-TGTGACAACCAAAgcatct--ccagacattgccaggtATTGGTAGGGCAGAG
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29316242 249 +  50890351 AAGAAGTAACTT-GTTATACATTAGTTAACTTGAATATGGAAGGTGCTCAAAGCTTTAGTTTATcggggattcttaagagctgcactattaacattttggggtggataattctt--ttt--------------aggggctgtcttgtgcattacaggatgttcggc--agcacttctggcctctacccactggatgctacccactagcacttgcccag-tgtgacaaccaaatcatct--ccagacattgccaGGTATTGGTAGGGCAGAG
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s mm10.chr7                 111140594 221 - 145441459 AAGAAATAATTTCATAATATATTAGGTAACTT-------GAAAGTACTTAAAGCATTTG-TGATcagggtttctcagtgctagcactgttggcatattggggtggaagatccctgctct--------------gagagttactgtgtattttagaggatatttagcagagtctctctggcttctatccgctatatgct----actagcatttcctcagttgtgacaac----------------------cCAGATG--AGTAAGGGGGCC
i mm10.chr7                 I 957 C 0
s canFam3.chr1                4655653 218 - 122678785 AAGAAGTAACTC-TTTATACAGTAGGTTACTTGGATATGGAGGACGGTCAAAGCATTTGTTGAGcagagtttctcaatagtggcactactgacatcttgggttggacaattctt--tgcctttgtatgaacaaaggagctgtcctgtgcatcgtaggatagttagc--agt------------------------------------------------tgtgacaaccaaaatgtgttaccagacattgtcatatgtcccctgagTCGAA
i canFam3.chr1              C 0 I 19
e ponAbe2.chr19              34930695 394 +  60714840 I
e calJac3.chr22              28602300 1679 +  49145316 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    125921 9 +    155864 AAGGACACA
s panTro4.chr19              39455666 9 +  63644993 AAGGACACA
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63946695 9 - 106955855 AAGGACACA
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40930465 9 +  64156825 AGGGACACA
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34716252 9 +  59248254 AGGGACACA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28919230 9 +  51301725 AGGGACACA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29316491 9 +  50890351 AGGGACACA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s mm10.chr7                 111140815 8 - 145441459 AGGAA-AGA
i mm10.chr7                 C 0 C 0
e ponAbe2.chr19              34930695 394 +  60714840 I
e canFam3.chr1                4655871 19 - 122678785 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    125930 127 +    155864 AAATTATACTTTTCCCCACT--------------------TGTTGAGAACCACTGTGTTAAAGAATTGAA---------TTACTAATTACTAACTTATAAAATGGAATAAAGTAGAATGTTTGGTTCCCTGGGATTAAAGCCATTTGTTAGTTTCT
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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s mm10.chr7                 111140823 142 - 145441459 AAATCA---CTTTCCCTAATGCCTTAAGGTAGGTCAGCTATGGTGAGA---ACTATGTTAAAGGATTGAATACTGA--GTTACTAAT------CTTATAAGATGGAGTAAAGTACTATGCTTAGTTCTGTGGCCTTATACTCttttgtttattttt
i mm10.chr7                 C 0 I 731
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i papAnu2.chr19             I 7 C 0
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i chlSab2.chr6              I 32 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 1550 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             I 5 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i canFam3.chr1              C 0 C 0

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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 I 204
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i canFam3.chr1              I 10 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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e mm10.chr7                 111151645 2982 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4664619  0 - 122678785 C
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40945480 318 +  64156825 ctctggaaagccgaggcaggtggattgcttgagctcaagagcccgagactggtgaaaccctgtttcaaaacaaacaagacaaa----acaaaacaaaacaaCTTATTTATCACTTTGGAGGGGAGGTGCCTTTCTGTATTATCATTATAttttgagacggagtctcgctctgtcgtccaggctggagtgcagtggcacaatctcgtctcactgcaagctccgcttcccgggttcacgccattctcctgcttcagcctttctagtagctgggactacaggtgcccaccagcacacctggataatttattatatttttagtaga
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34731838 318 +  59248254 ctctggaaagccgaggcaggtggattgcttgagctcaagagcccgagactggtgaaaccctgtttcaaaacaaacaagacaaa----aCAAAACAAAAAAACTTATTTATCACTTTGGAGGGGAGGTGCCTTTCTGTATTATCATTATAttttgagatggagtctcgctctgtcgtccaggctggagtgcagtggcacaatctcgtctcactgcaagctccgcttcccgggttcacgccattcttctgcttcagcctttctagtagctgggactacaggtgcccaccagcacacctggctaatttattatatttttagtaga
i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    141896 779 +    155864  
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i panTro4.chr19             I 1004 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40946092 808 +  64156825  
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29332507 798 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111151645 2982 - 145441459 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             I 2325 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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s nomLeu3.chr10              63969934 319 - 106955855 tcatggttcactgcagcctcaacttttcgggctcaagtgatcctcccaccttagcctcccaagtagctgagaccaca-gtgcacaccatcatgcccggttaatttttgtatgtttttgtagagaca-ggtttcgccatgttgcccaggctggttgaacttttgggctcaagcgatctgcctgctttggcctcccaaagtgctaggattacaggtatgaaccactttgcccgATCTCTTGAAGcataaacatata------------tatatatacacacacac-----------acacgcac------atatacatacacacatacatatatacatatattt-------------cttttttt---
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34739047 295 +  59248254 tcatggttcactgtagcctcaactttttgggctcaagtgatcctcccaccttagcctcccgagtagctgggaccacgggtgcgcaccatcatgcccggttaatttttgtatgtttttgtagagacagagtttcaccatgttgcccaggctggttgaacttctgggctcaagcgatctgcctgccttggcttcccaaagtgctaagattacaggtgtgagccactttgcccaaccTCTTGAAGCACAAAAATGTG------------TGTGTGTGtatata---------------------------------------------tatatatatatatatat-------------agttttttgg-
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28943032 323 +  51301725 tcatggttcactgtagcctcaactttttgggctcaagtgatcctcccaccttagcctcccgagtagctgggaccacgggtgtgcaccatcatgcccggttaatttttgtatgtttttgtagagacagagtttcaccatgttgcccaggctggttgaacttctgggctcaagcgatctgcccgccttggcttcccaaagtgctaagattacaggtgtgagccactttgcccaacCTCTTGAAGcacaaaaatgtg------------tgtgtgtgtatatatgt-----------gtgtgtgt------gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatat-------------agttttttgg-
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29339040 280 +  50890351 tcatggttcactgtagccttaactttttgggctcaagtgatcctcccaccttagcctcccgagtagctgggaccacgggtgtgcaccatcatgcccggttaatttttatatgtttttgtagagacaaagtttcaccatgttgcccaggctggttgaacttctgggctcaagcgatctgcccgccttggcttcccaaagtgctaagattacaggtgtgagccactttgcccaaccTCTTGAAGCACAAAAATG-------------------------------------------------------------------------TGTGtatatatatatat-------------agttttttggt
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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e calJac3.chr22              28617745 2511 +  49145316 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34963838 1822 +  60714840  
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63970253 1822 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40953021 1798 +  64156825  
i rheMac3.chr19             I 332 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28943355 1798 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 I 59
s chlSab2.chr6               29339320 1804 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111151645 2982 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4666666 4670 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28617745 2511 +  49145316 I

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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111151645 2982 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4666666 4670 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28617745 2511 +  49145316 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111151645 2982 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4666666 4670 - 122678785 I
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    151458 9 +    155864 CACTCATGG
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             I 59 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111151645 2982 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4666666 4670 - 122678785 I
e calJac3.chr22              28617745 2511 +  49145316 I
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 I 176
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i calJac3.chr22             I 2511 C 0
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i papAnu2.chr19             I 16 C 0
s chlSab2.chr6               29343989 230 +  50890351 aaaC-------CAGTTggccaggcgcagtggctcatgcctataatcccagcactttgggaggctgagatgggtggatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggccagcatggcgaaaccctgtctttactaaaaatacaaaaattagccaggcatggtgggtgcttgtactcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcactggaacctgggaggtggaggttgcg
i chlSab2.chr6              I 8 C 0
s calJac3.chr22              28621853 219 +  49145316 aaaa-------aaGTTggccaggcacagtggctcacacctgcaataccagcactttggga----------ggtggatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctagccagcatggcaaaaccccatctttactaaaaatac-aaaattggttgggcatggtgggtgcttgtaatgccagctactcaggaggctgaggcaggagaattgctggaacctgggaggtggaggttatg
i calJac3.chr22             C 0 C 0
e mm10.chr7                 111151645 2982 - 145441459 I
e canFam3.chr1                4671383  20 - 122678785 I
e rheMac3.chr19              40957678 246 +  64156825 M

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    153565 74 +    155864 gtgagctgagaccacgccactgcactccagcctgggcaac--agcaagactccatctcaaaa----aaaaTAATAATAA------T
s panTro4.chr19              39482719 80 +  63644993 atgagctgagaccacgccactgcactccagcctgggcaac--agcaagactccatctcaaaa----aaaaataaaataaataaaaT
i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34968749 78 +  60714840 gtgagctgagaccacgccactgcactcctgcctgggcaac--agcaagactccatctc-aaa----aaaataataataa-taaaaT
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
s nomLeu3.chr10              63974869 78 - 106955855 gtgagccgagaccacgccactgcactccagcctgggcaac--agcaagactccatctc-aaa----aaaataataataa-taaaaT
i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40957924 83 +  64156825 gtgagctgagaccacgccactgcactccagcctgggcaac--agcaagactccatctAAaataataataataataataa-taaaat
i rheMac3.chr19             M 246 C 0
s macFas5.chr19              34744261 83 +  59248254 gtgagctgagaccacgccactgcactccagcctgggcaac--agcaagactccatctaaaaaaataataataataataa-taaaat
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28947350 80 +  51301725 gtgagctgagaccacgccactgcactccagcctgggcaac--agcaagactccatctcaaaa---aataataataataa-taaaat
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29344219 74 +  50890351 gtgagccgagaccacgcctctgcactccagcctgggcaac--agcaagactccatctcaaaa---------aataataa-taaaaT
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28622072 75 +  49145316 gtgagccgagaccatgccactgcacttcagcctggatgacagagcaagactccatctcaaaa----------agataaa-taaaaT
i calJac3.chr22             C 0 C 0
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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    153639 45 +    155864 AAGTTAAATATGTGGTAAATGTGACTTTCAGTGAAACGTATTTGA
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
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i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28947430 45 +  51301725 aagttaaatatgtGGTAAATGTGACTTTCAGTGAAATGTATTTGA
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s calJac3.chr22              28622147 42 +  49145316 AACTTAAATGTGTAGTAAATGTGACTTTCAGTAAACTTTTGT---
i calJac3.chr22             C 0 C 0
s canFam3.chr1                4671403 45 - 122678785 AAGTTTAATTTAGAACAAATATAACACTCAGTAAAATAGAACTCT
i canFam3.chr1              I 20 C 0
e mm10.chr7                 111151645 2982 - 145441459 I

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    153684 569 +    155864  
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34968872 565 +  60714840  
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40958052 569 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34744389 569 +  59248254  
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28947475 569 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29344338 569 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s canFam3.chr1                4671448 556 - 122678785  
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111151645 2982 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28622189   0 +  49145316 C

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    154253 86 +    155864 ACTCATGTGATCCTCCTGAA-GCTTGTGAGCTCTTCAAAGAGGAAAGGAGAAAATGCTGAACGTGGA------TCCAGGCCCT--GTTCAACGTG
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
s ponAbe2.chr19              34969437 86 +  60714840 ACTCATGCGATCCTCCTGAA-GCTTGTGAGCTCTTCAAAGAGGAAAGGAGAATATGCTGAACGTGGA------TCCAGGCCCC--GTTCAACGTG
i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
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i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34744958 88 +  59248254 ACTCAGGCAATCCTCCTGCA-ACTTGTGAGCTCTTCAAGGAGGAAACGAGAAAATGCTGAACGATGA------TCCAGGCCCCCCGTTCAACATG
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28948044 88 +  51301725 actcaggcaatcctcctgca-aCTTGTGAGCTCTTCAAGGAGGAAACGAGAAAATGCTGAACGATGA------TCCAGGCCCCCTGTTCAACGTG
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
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i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s mm10.chr7                 111154627 85 - 145441459 ACTCAT-CAATCCTCTTGTAGGTTTGTGAGCCCTTTGAAGAGGAAACAAAGGAATGCCAAATGTTGA-------ACAGGCCCT--GTTCAAAGTG
i mm10.chr7                 I 2982 I 605
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i canFam3.chr1              C 0 C 0
e calJac3.chr22              28622189  0 +  49145316 C

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s hg38.chr19_GL383574v1_alt    154339 68 +    155864 CCAGCCTCAGCTTTGAAGGGGCCAGTCTAGAATCATACTTTTT---TGGTTGCATTGTTTTTGTATTACTA
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i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40958709 68 +  64156825 CCAGCCTCAGCTTTGAAGGGGCCAGCCTAGAATCATACTTTTT---TTGTTGCATTATTTTTTTATTACTA
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34745046 68 +  59248254 CCAGCCTCAGCTTTGAAGGGGCCAGCCTAGAATCATACTTTTT---TTGTTGCATTATTTTTTTATTACTA
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28948132 68 +  51301725 CCAGCCTCAGCTTTGAAGGGGCCAGCCTAGAATCATACttttt---ttGttgcattatttttttattacta
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29344995 68 +  50890351 CCAGCCTCAGCTTTGAAGGGGCCAGCCTAGAATCATACTTTTT---TTGTTGCATTATTTTTTTATTACTA
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
s canFam3.chr1                4672090 64 - 122678785 --AACCTCAGCTGTGGAGTGGTTGGTGTGGAATCAAACTATTTGCCCTATTGTACTATTTGTACAA-----
i canFam3.chr1              C 0 C 0
e mm10.chr7                 111154712 605 - 145441459 I
e calJac3.chr22              28622189  0 +  49145316 C

a score=123706.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt    154407 44 +    155864 CTTGAGGAATTTTCTAACAGTCATCATTTCATAGTTCAGTGCTC
s panTro4.chr19              39483568 44 +  63644993 CTTGAGGAATTTTCTAACAGTCATCATTTCATAGTTCAGTGCTC
i panTro4.chr19             C 0 C 0
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i ponAbe2.chr19             C 0 C 0
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i nomLeu3.chr10             C 0 C 0
s rheMac3.chr19              40958777 41 +  64156825 CTTGAGGAATTTTCTGACAGTCAT---TTCATAGTTCAGTGCTC
i rheMac3.chr19             C 0 C 0
s macFas5.chr19              34745114 41 +  59248254 CTTGAGGAATTTTCTGACAGTCAT---TTCATAGTTCAGTGCTC
i macFas5.chr19             C 0 C 0
s papAnu2.chr19              28948200 41 +  51301725 ctTGAGGAATTTTCTGACAGTCAT---TTCATAGTTCAGTGCTC
i papAnu2.chr19             C 0 C 0
s chlSab2.chr6               29345063 41 +  50890351 CTTGAGGAATTTTCTGACAGTCAT---TTCATAGTTCAGTGCTC
i chlSab2.chr6              C 0 C 0
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i mm10.chr7                 I 605 C 0
s canFam3.chr1                4672154 44 - 122678785 CATGAGGAATTTTCTAGTAGTCGTCATGTTGTAGTTGAACTCTC
i canFam3.chr1              C 0 C 0
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a score=6271007.000000
s hg38.chr19_GL383574v1_alt    154451 1413 +    155864  
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i panTro4.chr19             C 0 N 0
s ponAbe2.chr19              34969635 1418 +  60714840  
i ponAbe2.chr19             C 0 N 0
s nomLeu3.chr10              63975759 1420 - 106955855  
i nomLeu3.chr10             C 0 N 0
s rheMac3.chr19              40958818 1421 +  64156825  
i rheMac3.chr19             C 0 N 0
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i macFas5.chr19             C 0 N 0
s papAnu2.chr19              28948241 1425 +  51301725  
i papAnu2.chr19             C 0 N 0
s chlSab2.chr6               29345104 1428 +  50890351  
i chlSab2.chr6              C 0 N 0
s calJac3.chr22              28622189 1425 +  49145316  
i calJac3.chr22             C 0 N 0
s mm10.chr7                 111155360 1380 - 145441459  
i mm10.chr7                 C 0 N 0
s canFam3.chr1                4672198 1422 - 122678785  
i canFam3.chr1              C 0 N 0

