gene: F

previous_residue: N

new_residue: N

type: aa

previous_residue: L

new_residue: L

gene: L

previous_residue: H

new_residue: H

previous_residue: F

new_residue: F

previous_residue: E

new_residue: E

previous_residue: G

new_residue: G

gene: N

previous_residue: Y

new_residue: Y

previous_residue: T

new_residue: T

previous_residue: V

new_residue: V

previous_residue: A

new_residue: A

gene: G

previous_residue: K

new_residue: K

previous_residue: P

previous_residue: R

new_residue: R

previous_residue: C

new_residue: C

previous_residue: I

new_residue: I

gene: P

previous_residue: D

new_residue: D


meta_authors: Karron,R.A., Buonagurio,D.A., Georgiu,A.F., Whitehead,S.S., Adamus,J.E., Clements-Mann,M.L., Harris,D.O., Randolph,V.B., Udem,S.A., Murphy,B.R., Sidhu,M.S.


meta_country: USA

meta_authors: Greninger,A.L., Makhsous,N., Kuypers,J., Shean,R.C., Jerome,K.R., Kuypers,J.M.


meta_location: Rochester, NY

meta_authors: Das,S.R., Halpin,R.A., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hall,C.B., Tesini,B.L., Schnabel,K.C., Walsh,E.E., Caserta,M.


meta_location: New York

meta_authors: Das,S.R., Halpin,R.A., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Wentworth,D.E., Caserta,M.


meta_authors: Das,S.R., Halpin,R.A., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Tsitrin,T., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Wentworth,D.E., Caserta,M.


meta_ramaekers_nextclade: Unassigned

meta_ramaekers_tableS1: no genotype


meta_country: Kenya

meta_authors: Agoti,C.N., Otieno,J.R., Munywoki,P.K., Mwihuri,A.G., Cane,P.A., Nokes,D.J., Kellam,P., Cotten,M., Cotten,M.L.


meta_location: Connecticut

meta_authors: Levitz,R., Gao,Y., Dozmorov,I., Song,R., Wakeland,E.K., Kahn,J.S.


meta_ramaekers_usher: no genotype


meta_country: Germany

meta_location: Freiburg

meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Li,K., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Neumann-Haefelin,D., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_country: Netherlands

meta_authors: Tan,L., Coenjaerts,F.E., Houspie,L., Viveen,M.C., van Bleek,G.M., Wiertz,E.J., Martin,D.P., Lemey,P.


meta_authors: Levitz,R., Wattier,R., Phillips,P., Solomon,A., Lawler,J., Lazar,I., Kahn,J.S.


meta_country: Viet Nam

meta_authors: Do,L.A., Wilm,A., van Doorn,H.R., Lam,H.M., Sim,S., Sukumaran,R., Tran,A.T., Nguyen,B.H., Tran,T.T., Tran,Q.H., Vo,Q.B., Tran Dac,N.A., Trinh,H.N., Nguyen,T.T., Le Binh,B.T., Le,K., Nguyen,M.T., Thai,Q.T., Vo,T.V., Ngo,N.Q., Dang,T.K., Cao,N.H., Tran,T.V., Ho,L.V., Farrar,J., De Jong,M., Chen,S., Nagarajan,N., Bryant,J.E., Hibberd,M.L., Do,L.A.H., Tran,T.T.L., Nguyen,t.T.H., Ngo,N.Q.M., Dang,t.K.H., de Jong,M.D., Nagaranjan,N.


meta_country: Mexico

meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Li,K., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Noyola,D.E., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_country: Peru

meta_location: Piura

meta_authors: Wentworth,D.E., Halpin,R.A., Bera,J., Lin,X., Fedorova,N., Tsitrin,T., McLellan,M., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Garcia,J., Laguna-Torres,V.A., Leguia,M., Benavides,J.G., Halsey,E.


meta_country: Argentina

meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Li,K., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Videla,C., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_country: United Kingdom

meta_authors: Valappil,M., Talts,T., Ellis,J., Sails,A., Eltringham,G., Waugh,S., Gould,K., Harrison,I., Pebody,R., Zambon,M.


meta_country: Jordan

meta_location: Amman

meta_authors: Shabman,R., Das,S.R., Puri,V., Fedorova,N., Amedeo,P., Williams,M., Shrivastava,S., Halasa,N.


meta_country: Japan

meta_location: Sendai

meta_authors: Suwa,R., Kume,Y., Kawase,M., Chishiki,M., Ono,T., Norito,S., Sato,K., Okamoto,M., Kumaki,S., Nagai,Y., Hosoya,M., Takeda,M., Nishimura,H., Hashimoto,K., Shirato,K., Dapat,I., Nao,N., Omiya,S., Matsuyama,S.


meta_authors: Das,S.R., Halpin,R.A., Shilts,M., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hartert,T.


meta_country: New Zealand

meta_location: Christchurch

meta_authors: Shabman,R., Das,S.R., Shilts,M., Fedorova,N., Puri,V., Shrivastava,S., Amedeo,P., Williams,M., Barratt,K., Mitchell,J., Jennings,L.


meta_authors: Greninger,A.L., Makhsous,N., Kuypers,J., Shean,R.C., Jerome,K.R., Kuypers,J.M.


meta_location: Tennessee

meta_authors: Das,S., Halpin,R.A., Bera,J., Puri,V., Fedorova,N., Tsitrin,T., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hartert,T., Moore,M., Chappell,J., Larkin,E., Wentworth,D.E., Anderson,L.J.


meta_authors: Das,S., Halpin,R.A., Bera,J., Fedorova,N., Tsitrin,T., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hartert,T., Moore,M., Chappell,J., Larkin,E., Wentworth,D.E., Anderson,L.J.


meta_authors: Das,S.R., Halpin,R.A., Shilts,M., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Wentworth,D.E., Hartert,T.


meta_authors: Agoti,C.N., Otieno,J.R., Munywoki,P.K., Mwihuri,A.G., Cane,P.A., Nokes,D.J., Kellam,P., Cotten,M., Cotten,M.L.


meta_country: South Africa

meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Venter,M., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_authors: Tan,L., Coenjaerts,F.E., Houspie,L., Viveen,M.C., van Bleek,G.M., Wiertz,E.J., Martin,D.P., Lemey,P.


meta_authors: Lemon,K., Nguyen,D.T., Ludlow,M., Rennick,L.J., Yuksel,S., van Amerongen,G., McQuaid,S., Rima,B.K., de Swart,R.L., Duprex,W.P.


meta_location: SE Wisconsin

meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Li,K., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Neumann-Haefelin,D., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_country: Italy

meta_location: Pavia

meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Gerna,G., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_country: Belgium


meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Li,K., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Gerna,G., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_location: Loreto

meta_authors: Wentworth,D.E., Halpin,R.A., Bera,J., Lin,X., Fedorova,N., Tsitrin,T., McLellan,M., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Garcia,J., Laguna-Torres,V.A., Leguia,M., Benavides,J.G., Halsey,E.


meta_location: Lima


meta_authors: Do,L.A., Wilm,A., van Doorn,H.R., Lam,H.M., Sim,S., Sukumaran,R., Tran,A.T., Nguyen,B.H., Tran,T.T., Tran,Q.H., Vo,Q.B., Tran Dac,N.A., Trinh,H.N., Nguyen,T.T., Le Binh,B.T., Le,K., Nguyen,M.T., Thai,Q.T., Vo,T.V., Ngo,N.Q., Dang,T.K., Cao,N.H., Tran,T.V., Ho,L.V., Farrar,J., De Jong,M., Chen,S., Nagarajan,N., Bryant,J.E., Hibberd,M.L., Do,L.A.H., Tran,T.T.L., Nguyen,t.T.H., Ngo,N.Q.M., Dang,t.K.H., de Jong,M.D., Nagaranjan,N.


meta_authors: Suwa,R., Kume,Y., Kawase,M., Chishiki,M., Ono,T., Norito,S., Sato,K., Okamoto,M., Kumaki,S., Nagai,Y., Hosoya,M., Takeda,M., Nishimura,H., Hashimoto,K., Shirato,K., Dapat,I., Nao,N., Omiya,S., Matsuyama,S.


meta_authors: Valappil,M., Talts,T., Ellis,J., Sails,A., Eltringham,G., Waugh,S., Gould,K., Harrison,I., Pebody,R., Zambon,M.


meta_authors: Shabman,R., Das,S.R., Shilts,M., Fedorova,N., Puri,V., Shrivastava,S., Amedeo,P., Williams,M., Barratt,K., Mitchell,J., Jennings,L.


meta_authors: Shabman,R., Das,S.R., Puri,V., Fedorova,N., Amedeo,P., Williams,M., Shrivastava,S., Halasa,N.


meta_authors: Das,S.R., Halpin,R.A., Shilts,M., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hartert,T.


meta_country: Philippines

meta_authors: Okamoto,M., Sakamoto,M., Dapat,C., Saito,M., Saito-Obata,M., Tamaki,R., Lupisan,S.P., Oshitani,H.


meta_authors: Das,S.R., Halpin,R.A., Shilts,M., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Wentworth,D.E., Hartert,T.


meta_authors: Goya,S., Valinotto,L.E., Tittarelli,E., Rojo,G.L., Greninger,A., Zaiat,J., Marti,M., Mistchenko,A.S., Viegas,M., Luso,S., Natale,M.


meta_country: South Korea

meta_authors: Yun,M.R., Kim,A.R., Lee,H.S., Kim,D.W., Lee,W.J., Kim,K., Kim,S.S., Kim,Y.J., Yun,M.-R., Lee,W.-J., Kim,A.-R., Kim,Y.-J., Kim,D.-W.


meta_country: USA

meta_authors: Greninger,A.L., Makhsous,N., Kuypers,J., Shean,R.C., Jerome,K.R., Kuypers,J.M.


meta_country: China

meta_location: Guangzhou

meta_authors: Xie,J.H., Zhu,B., Zhong,J.Y., Chen,Y., Zhang,Y.Y.


meta_location: Tokyo

meta_authors: Hasegawa,M., Okazaki,T., Sakamoto,T., Murata,R., Nagashima,M., Shinakai,T., Sadamasu,K., Shinkai,T.


meta_location: Fukushima

meta_authors: Fukuyama,Y., Hashimoto,K., Miyaji,K., Ishii,K., Hosoya,M., Takeshita,F., Norito,S.


meta_authors: Suwa,R., Kume,Y., Kawase,M., Chishiki,M., Ono,T., Norito,S., Sato,K., Okamoto,M., Kumaki,S., Nagai,Y., Hosoya,M., Takeda,M., Nishimura,H., Hashimoto,K., Shirato,K., Sakuma,H., Suzuki,S.


meta_authors: Shirato,K., Kume,Y., Suwa,R., Kawase,M., Ono,T., Chishiki,M., Okabe,H., Norito,S., Sato,M., Sakuma,H., Suzuki,S., Hosoya,M., Takeda,M., Hashimoto,K.


meta_authors: Takeuchi,S., Kawada,J., Horiba,K., Okuno,Y., Okumura,T., Suzuki,T., Torii,Y., Kawabe,S., Wada,S., Ikeyama,T., Ito,Y.


meta_authors: Tan,L., Coenjaerts,F.E., Houspie,L., Viveen,M.C., van Bleek,G.M., Wiertz,E.J., Martin,D.P., Lemey,P.


meta_authors: Do,L.A., Wilm,A., van Doorn,H.R., Lam,H.M., Sim,S., Sukumaran,R., Tran,A.T., Nguyen,B.H., Tran,T.T., Tran,Q.H., Vo,Q.B., Tran Dac,N.A., Trinh,H.N., Nguyen,T.T., Le Binh,B.T., Le,K., Nguyen,M.T., Thai,Q.T., Vo,T.V., Ngo,N.Q., Dang,T.K., Cao,N.H., Tran,T.V., Ho,L.V., Farrar,J., De Jong,M., Chen,S., Nagarajan,N., Bryant,J.E., Hibberd,M.L., Do,L.A.H., Tran,T.T.L., Nguyen,t.T.H., Ngo,N.Q.M., Dang,t.K.H., de Jong,M.D., Nagaranjan,N.


meta_country: Germany

meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Neumann-Haefelin,D., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_country: Netherlands


meta_authors: Shabman,R., Das,S.R., Shilts,M., Fedorova,N., Puri,V., Shrivastava,S., Amedeo,P., Williams,M., Barratt,K., Mitchell,J., Jennings,L.


meta_authors: Munoz-Medina,J.E., Monroy-Munoz,I.E., Santos Coy-Arechavaleta,A., Meza-Chavez,A., Angeles-Martinez,J., Anguiano-Hernandez,Y.M., Santacruz-Tinoco,C.E., Gonzalez-Ibarra,J., Martinez-Miguel,B., Alvarado-Yaah,J.E., Palomec-Nava,I.D., Ortiz-Alcantara,J.M., Garces-Ayala,F., Ramirez-Gonzalez,J.E., Diaz-Quinonez,J.A., Gonzalez-Bonilla,C.R., Perez-Agueros,S.I., Hernandez-Moreno,A.L., Anguiano-Hernandez,Y.-M.


meta_authors: Shabman,R., Das,S.R., Puri,V., Fedorova,N., Amedeo,P., Williams,M., Shrivastava,S., Halasa,N.


meta_authors: Suwa,R., Kume,Y., Kawase,M., Chishiki,M., Ono,T., Norito,S., Sato,K., Okamoto,M., Kumaki,S., Nagai,Y., Hosoya,M., Takeda,M., Nishimura,H., Hashimoto,K., Shirato,K., Dapat,I., Nao,N., Omiya,S., Matsuyama,S.


meta_country: Kenya

meta_authors: Agoti,C.N., Otieno,J.R., Munywoki,P.K., Mwihuri,A.G., Cane,P.A., Nokes,D.J., Kellam,P., Cotten,M., Cotten,M.L.


meta_authors: Lorenzi,H., Town,C., Halpin,R., Bera,J., Ransier,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Appalla,L., Bishop,B., Edworthy,P., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Li,K., Schobel,S., Shrivastava,S., Thovarai,V., Wang,S., Rebuffo-Scheer,C., Fan,J., He,J., Kehl,S.C., Lederboer,N., Jurgens,L.A., Bose,M.E., Beck,E.T., Kumar,S., Gerna,G., Wentworth,D.E., Henrickson,K.J.


meta_authors: Valappil,M., Talts,T., Ellis,J., Sails,A., Eltringham,G., Waugh,S., Gould,K., Harrison,I., Pebody,R., Zambon,M.


meta_location: Texas

meta_authors: Levitz,R., Gao,Y., Dozmorov,I., Song,R., Wakeland,E.K., Kahn,J.S.


meta_authors: Wentworth,D.E., Halpin,R.A., Bera,J., Lin,X., Fedorova,N., Tsitrin,T., McLellan,M., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Garcia,J., Laguna-Torres,V.A., Leguia,M., Benavides,J.G., Halsey,E.


meta_authors: Greninger,A.L., Makhsous,N., Kuypers,J., Shean,R.C., Jerome,K.R., Kuypers,J.M.


meta_authors: Das,S.R., Halpin,R.A., Shilts,M., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hartert,T.


meta_authors: Das,S., Halpin,R.A., Bera,J., Fedorova,N., Tsitrin,T., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Gupta,N., Hoover,J., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hartert,T., Moore,M., Chappell,J., Larkin,E., Wentworth,D.E., Anderson,L.J.


meta_authors: Das,S.R., Halpin,R.A., Shilts,M., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Wentworth,D.E., Hartert,T.


meta_authors: Goya,S., Valinotto,L.E., Tittarelli,E., Rojo,G.L., Greninger,A., Zaiat,J., Marti,M., Mistchenko,A.S., Viegas,M., Luso,S., Natale,M.


meta_authors: Shabman,R., Das,S.R., Shilts,M., Fedorova,N., Puri,V., Shrivastava,S., Amedeo,P., Hu,L., Durbin,A., Rocchi,I., Williams,T., Hartert,T.