Vertebrate Genomes assembly hubs, track statistics

Assemblies from NCBI/Genbank/Refseq sources, subset of other vertebrates only.

See also: hub accessassembly statistics


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Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser
ncbiRefSeq xenoRefGene augustus
genes
Ensembl
genes
gc5 base gaps assembly
sequences
Repeat
Masker
TRF
simpleRepeat
window
Masker
cpg
islands
1 Abingdon island giant tortoise
GCF_003597395.1
50,402
(2.95 %)
14,990
(1.01 %)
19,565
(1.58 %)
34,846
(1.54 %)
43.71
(94.31 %)
63,430
(5.70 %)
10,618
(100.00 %)
1,553,204
(12.95 %)
274,155
(1.11 %)
12,664,684
(27.42 %)
62,829
(1.59 %)
2 Aeolian wall lizard (La Canna islet alternate hap 2022)
GCA_027172095.1
n/a 2,101
(1.18 %)
5,350
(2.76 %)
n/a 43.70
(99.99 %)
3
(0.00 %)
4,811
(100.00 %)
103,373
(4.27 %)
58,480
(3.90 %)
895,535
(27.44 %)
10,399
(2.84 %)
3 Aeolian wall lizard (La Canna islet primary hap 2022 refseq)
GCF_027172205.1
57,514
(4.49 %)
14,340
(1.37 %)
20,053
(2.31 %)
n/a 43.81
(100.00 %)
30
(0.00 %)
27
(100.00 %)
832,937
(4.17 %)
474,203
(4.04 %)
7,020,288
(38.29 %)
94,745
(2.70 %)
4 African bullfrog (1538 2019)
GCA_004786255.1
n/a 13,258
(1.31 %)
15,309
(2.28 %)
n/a 38.30
(89.51 %)
121,461
(10.52 %)
5,411
(100.00 %)
491,540
(1.54 %)
401,074
(2.30 %)
8,595,741
(27.94 %)
14,854
(0.31 %)
5 African clawed frog (2021)
GCF_017654675.1
80,912
(3.89 %)
23,666
(1.59 %)
32,527
(2.45 %)
112,506
(5.21 %)
39.34
(99.94 %)
667
(0.06 %)
55
(100.00 %)
4,269,095
(35.49 %)
1,028,861
(6.46 %)
14,246,823
(43.67 %)
108,774
(1.25 %)
6 American alligator (2023 refseq)
GCF_030867095.1
60,799
(4.33 %)
14,383
(0.98 %)
18,600
(1.45 %)
n/a 45.01
(99.30 %)
161
(0.70 %)
195
(100.00 %)
3,322,624
(43.19 %)
478,208
(1.77 %)
12,316,424
(32.01 %)
49,792
(2.45 %)
7 American alligator (KSC_2009_1 2016)
GCF_000281125.3
51,013
(3.53 %)
14,424
(1.06 %)
19,690
(1.51 %)
n/a 44.30
(97.86 %)
236,641
(2.19 %)
7,094
(100.00 %)
2,842,761
(36.86 %)
291,584
(0.69 %)
12,464,318
(27.91 %)
35,531
(1.28 %)
8 American eel (EN2019 2024)
GCF_018555375.3
67,474
(10.58 %)
17,131
(2.21 %)
34,322
(5.40 %)
n/a 43.73
(99.99 %)
985
(0.01 %)
967
(100.00 %)
766,696
(5.03 %)
756,877
(7.81 %)
5,766,995
(27.42 %)
133,933
(8.63 %)
9 Asian vine snake (Xishuangbanna 2023)
GCF_028640845.1
47,555
(4.15 %)
13,005
(1.05 %)
17,560
(1.65 %)
n/a 40.80
(100.00 %)
331
(0.00 %)
748
(100.00 %)
1,484,082
(7.70 %)
1,033,385
(5.12 %)
8,266,544
(48.89 %)
105,815
(4.08 %)
10 Asiatic toad (SCDJY-AF-19 2020)
GCF_014858855.1
42,994
(1.39 %)
14,061
(0.43 %)
43,525
(1.76 %)
36,577
(1.09 %)
44.37
(98.21 %)
3,874
(1.79 %)
748
(100.00 %)
1,577,809
(1.79 %)
2,975,473
(12.67 %)
18,834,930
(58.75 %)
415,605
(4.12 %)
11 Atlantic stingray (hap1 2023 refseq)
GCF_030144855.1
60,922
(2.51 %)
12,544
(0.38 %)
28,250
(1.22 %)
n/a 43.35
(99.99 %)
1,648
(0.01 %)
2,989
(100.00 %)
8,579,099
(49.81 %)
831,222
(15.75 %)
21,718,178
(51.79 %)
105,821
(2.42 %)
12 Atlantic stingray (hap2 2023)
GCA_030144785.1
n/a 11,960
(0.40 %)
25,618
(1.25 %)
n/a 42.94
(99.99 %)
1,633
(0.01 %)
1,412
(100.00 %)
7,453,535
(49.31 %)
686,063
(13.00 %)
19,985,605
(50.32 %)
86,138
(2.16 %)
13 Australian saltwater crocodile
GCF_001723895.1
34,090
(2.80 %)
12,481
(1.05 %)
13,920
(1.38 %)
n/a 43.90
(94.72 %)
97,039
(5.30 %)
70
(100.00 %)
2,480,154
(36.88 %)
215,190
(0.56 %)
11,196,176
(26.22 %)
26,647
(0.98 %)
14 axolotl (DD151 2021)
GCA_002915635.3
n/a 16,280
(0.07 %)
186,628
(1.11 %)
n/a 46.01
(99.99 %)
184,422
(0.01 %)
27,157
(100.00 %)
28,291,633
(68.19 %)
7,299,053
(4.96 %)
211,579
(99.99 %)
2,388,998
(5.24 %)
15 Blainville's horned lizard (alternate hap 2022)
GCA_026167975.1
n/a 12,696
(0.93 %)
14,818
(1.50 %)
n/a 41.27
(100.00 %)
64
(0.00 %)
52
(100.00 %)
1,468,805
(6.73 %)
739,796
(3.28 %)
10,900,584
(40.56 %)
76,786
(1.60 %)
16 Blainville's horned lizard (primary hap 2022)
GCA_026167985.1
n/a 13,944
(0.92 %)
16,009
(1.45 %)
n/a 41.21
(100.00 %)
73
(0.00 %)
78
(100.00 %)
1,636,825
(6.67 %)
826,053
(3.24 %)
12,398,166
(40.90 %)
86,825
(1.61 %)
17 blonde ray (primary hap 2023)
GCA_963514005.1
n/a 11,900
(0.54 %)
27,568
(1.55 %)
n/a 44.98
(99.98 %)
2,269
(0.02 %)
1,647
(100.00 %)
8,972,805
(66.20 %)
1,061,811
(8.11 %)
11,599,498
(58.72 %)
278,499
(6.42 %)
18 bowfin (hap2 2024)
GCA_036365475.1
n/a 13,813
(1.89 %)
27,088
(4.55 %)
n/a 40.60
(100.00 %)
80
(0.00 %)
297
(100.00 %)
886,999
(13.24 %)
358,077
(7.37 %)
4,625,277
(36.22 %)
43,764
(2.79 %)
19 brown anole (Geneva1000 2022 refseq)
GCF_025583915.1
38,099
(3.25 %)
14,028
(1.05 %)
19,932
(1.81 %)
n/a 41.14
(98.37 %)
114,440
(1.64 %)
118,178
(98.36 %)
1,376,455
(6.78 %)
1,094,843
(5.18 %)
9,127,396
(44.98 %)
46,291
(1.18 %)
20 Brown anole (rAnoSag1 2024)
GCA_037176765.1
n/a 14,463
(1.05 %)
20,625
(1.90 %)
n/a 41.31
(100.00 %)
191
(0.00 %)
29
(100.00 %)
1,456,556
(7.33 %)
1,162,200
(6.85 %)
9,275,690
(46.71 %)
44,738
(1.08 %)
21 Brown anole (rAnoSag1 2024)
GCA_037176775.1
n/a 12,479
(1.04 %)
16,886
(1.81 %)
n/a 41.00
(100.00 %)
172
(0.00 %)
41
(100.00 %)
1,249,920
(6.94 %)
941,401
(5.42 %)
8,402,482
(44.77 %)
37,299
(1.02 %)
22 brown house snake (FMNH 251328 2023)
GCA_027560395.1
n/a 11,753
(1.00 %)
29,468
(1.83 %)
n/a 40.67
(98.13 %)
169,987
(1.84 %)
753,655
(98.16 %)
1,167,225
(5.67 %)
768,909
(2.88 %)
8,825,109
(34.93 %)
53,035
(1.80 %)
23 brown spotted pit viper
GCF_001527695.2
24,323
(2.63 %)
14,045
(1.20 %)
27,133
(2.20 %)
n/a 39.97
(92.15 %)
115,571
(7.86 %)
167,851
(92.14 %)
1,227,118
(8.97 %)
819,247
(3.70 %)
8,328,674
(35.16 %)
68,858
(2.06 %)
24 Burmese python
GCF_000186305.1
35,663
(4.16 %)
13,718
(1.31 %)
20,498
(2.06 %)
n/a 39.61
(96.54 %)
235,132
(3.52 %)
274,244
(96.48 %)
727,874
(3.19 %)
409,033
(2.06 %)
8,318,382
(25.30 %)
29,212
(1.10 %)
25 California glossy snake (A.elegans occidentalis HBS 135684 alternate hap 2022)
GCA_022578425.1
n/a 13,973
(0.70 %)
47,231
(2.71 %)
n/a 41.26
(99.97 %)
5,955
(0.03 %)
60,824
(99.97 %)
1,793,416
(10.43 %)
1,374,078
(8.30 %)
10,043,407
(46.03 %)
89,437
(4.63 %)
26 California glossy snake (A.elegans occidentalis HBS 135684 primary hap 2022)
GCA_022577455.1
n/a 13,386
(1.04 %)
21,767
(2.35 %)
n/a 40.56
(100.00 %)
256
(0.00 %)
140
(100.00 %)
1,354,500
(9.93 %)
998,712
(8.21 %)
8,504,468
(46.70 %)
78,768
(3.37 %)
27 Caribbean electric ray (hap1 2024)
GCA_036971445.1
n/a 11,967
(0.44 %)
20,851
(1.23 %)
n/a 43.35
(99.99 %)
1,443
(0.01 %)
596
(100.00 %)
4,902,656
(34.96 %)
1,040,893
(17.82 %)
16,403,253
(54.79 %)
113,936
(1.69 %)
28 Caribbean electric ray (hap2 2024)
GCA_036971175.1
n/a 11,692
(0.46 %)
19,961
(1.22 %)
n/a 42.79
(99.99 %)
1,507
(0.01 %)
445
(100.00 %)
4,781,152
(36.16 %)
876,063
(14.65 %)
16,060,040
(52.49 %)
101,598
(1.64 %)
29 central bearded dragon
GCF_900067755.1
42,304
(3.53 %)
13,856
(1.19 %)
17,956
(1.96 %)
n/a 41.81
(96.03 %)
90,546
(3.99 %)
13,749
(100.00 %)
821,868
(3.44 %)
570,849
(3.46 %)
9,494,309
(29.78 %)
48,137
(1.31 %)
30 Chinese alligator
GCF_000455745.1
49,884
(3.04 %)
14,431
(1.00 %)
15,854
(1.43 %)
n/a 44.49
(96.86 %)
167,965
(3.17 %)
177,282
(96.83 %)
2,919,372
(38.76 %)
346,310
(1.06 %)
12,332,417
(29.19 %)
46,638
(1.19 %)
31 Chinese soft-shelled turtle
GCF_000230535.1
45,441
(3.08 %)
13,715
(0.96 %)
16,798
(1.50 %)
n/a 44.42
(95.68 %)
185,476
(4.35 %)
205,380
(95.65 %)
1,193,608
(10.92 %)
455,163
(3.06 %)
11,234,886
(32.34 %)
95,997
(2.06 %)
32 coelacanth
GCF_000225785.1
40,763
(2.63 %)
13,493
(0.78 %)
17,640
(1.50 %)
n/a 41.15
(76.37 %)
269,010
(23.67 %)
291,829
(76.33 %)
2,026,776
(9.13 %)
571,917
(1.19 %)
14,630,157
(34.87 %)
42,857
(0.54 %)
33 coelacanth (fLatCha1 primary hap 2024)
GCF_037176945.1
40,046
(2.75 %)
13,820
(0.63 %)
17,285
(1.40 %)
n/a 42.38
(100.00 %)
154
(0.00 %)
197
(100.00 %)
2,064,326
(2.75 %)
1,047,267
(3.01 %)
15,613,479
(54.45 %)
140,027
(2.34 %)
34 common blue-tongued skink (hap1 2024)
GCA_035046495.1
n/a 13,999
(1.21 %)
18,145
(2.02 %)
n/a 44.85
(100.00 %)
286
(0.00 %)
827
(100.00 %)
844,126
(6.57 %)
462,086
(2.56 %)
8,237,807
(37.72 %)
30,098
(0.96 %)
35 common blue-tongued skink (hap2 2024)
GCA_035046505.1
n/a 13,266
(1.21 %)
16,750
(1.98 %)
n/a 44.73
(100.00 %)
372
(0.00 %)
350
(100.00 %)
782,672
(6.46 %)
434,795
(2.20 %)
7,788,697
(37.04 %)
28,089
(0.98 %)
36 common frog (alternate hap 2021)
GCA_905171725.1
n/a 13,073
(0.44 %)
43,036
(1.95 %)
n/a 44.07
(100.00 %)
14
(0.00 %)
12,033
(100.00 %)
1,489,788
(2.18 %)
2,621,157
(9.04 %)
17,154,926
(55.44 %)
581,115
(7.68 %)
37 common garter snake
GCF_001077635.1
26,656
(3.83 %)
11,623
(1.25 %)
17,501
(2.23 %)
n/a 39.92
(78.84 %)
246,220
(21.21 %)
175,977
(78.79 %)
606,040
(3.22 %)
543,646
(2.36 %)
6,946,141
(27.08 %)
36,264
(1.27 %)
38 common lizard Z.vivipara (primary hap 2023)
GCF_963506605.1
45,869
(6.34 %)
14,279
(1.46 %)
19,710
(2.38 %)
n/a 44.05
(99.99 %)
683
(0.01 %)
48
(100.00 %)
4,128,183
(45.62 %)
513,318
(3.73 %)
7,172,928
(37.61 %)
92,858
(2.90 %)
39 common spadefoot toad (aPelFus1 2024)
GCA_036172605.1
n/a 14,564
(0.56 %)
46,435
(2.21 %)
n/a 42.04
(100.00 %)
349
(0.00 %)
161
(100.00 %)
1,677,382
(3.51 %)
3,229,435
(13.31 %)
15,027,089
(51.43 %)
282,389
(3.86 %)
40 common spadefoot toad (aPelFus1 2024)
GCF_036172605.1
42,170
(1.55 %)
14,560
(0.56 %)
46,435
(2.21 %)
n/a 42.04
(100.00 %)
349
(0.00 %)
159
(100.00 %)
1,677,374
(3.51 %)
3,229,434
(13.31 %)
15,027,049
(51.43 %)
282,389
(3.86 %)
41 common toad (alternate hap 2021)
GCA_905171715.1
n/a 12,074
(0.39 %)
46,329
(1.82 %)
n/a 44.48
(99.99 %)
156
(0.01 %)
24,351
(99.99 %)
1,186,360
(1.65 %)
2,279,941
(13.33 %)
14,665,548
(61.48 %)
405,097
(4.49 %)
42 common toad (primary hap 2021)
GCF_905171765.1
45,085
(1.10 %)
14,240
(0.38 %)
46,470
(1.68 %)
37,594
(0.91 %)
44.49
(99.80 %)
4,199
(0.20 %)
1,306
(100.00 %)
1,658,204
(1.79 %)
3,099,513
(13.49 %)
19,236,510
(62.70 %)
539,919
(4.45 %)
43 common wall lizard
GCF_004329235.1
56,506
(4.85 %)
14,453
(1.36 %)
20,529
(2.31 %)
n/a 44.18
(99.81 %)
4,085
(0.19 %)
2,161
(100.00 %)
1,089,164
(8.31 %)
506,669
(2.12 %)
7,474,116
(36.15 %)
122,507
(3.69 %)
44 corn snake (Columbia U 2023)
GCF_029531705.1
53,076
(4.72 %)
13,697
(1.21 %)
20,819
(2.22 %)
n/a 40.33
(96.60 %)
3,553
(3.40 %)
4,019
(96.60 %)
4,116,616
(49.72 %)
917,455
(3.96 %)
8,460,248
(40.76 %)
64,946
(2.08 %)
45 corn snake (EG266 2020)
GCF_001185365.1
48,995
(3.92 %)
13,316
(1.14 %)
23,595
(2.17 %)
29,466
(2.61 %)
40.35
(95.32 %)
84,947
(4.70 %)
34,268
(100.00 %)
1,243,828
(6.50 %)
884,533
(3.25 %)
8,373,398
(40.31 %)
66,926
(2.14 %)
46 corroboree frog (hap1 2023)
GCA_028390055.1
n/a 14,955
(0.23 %)
n/a n/a 45.61
(99.80 %)
2,431
(0.20 %)
5,958
(99.80 %)
20,007,151
(76.28 %)
5,951,819
(19.40 %)
5,958
(99.80 %)
991,009
(4.86 %)
47 corroboree frog (hap2 2023 refseq)
GCF_028390025.1
140,657
(1.12 %)
15,461
(0.24 %)
54,344
(1.07 %)
n/a 45.66
(99.76 %)
2,699
(0.24 %)
3,127
(100.00 %)
3,521,281
(2.88 %)
5,902,115
(18.63 %)
5,826
(99.76 %)
990,274
(4.84 %)
48 Cretan wall lizard (alternate hap 2023)
GCA_951804955.1
n/a 13,192
(1.36 %)
19,293
(2.32 %)
n/a 43.88
(100.00 %)
n/a 1,936
(100.00 %)
808,341
(4.31 %)
467,532
(2.91 %)
6,418,809
(38.02 %)
107,080
(3.15 %)
49 Cretan wall lizard (primary hap 2023)
GCA_951804945.1
n/a 14,249
(1.37 %)
19,304
(2.27 %)
n/a 43.87
(100.00 %)
47
(0.00 %)
55
(100.00 %)
882,564
(4.30 %)
511,174
(3.24 %)
7,094,363
(38.65 %)
117,222
(3.18 %)
50 diamondback terrapin (hap1 2023 refseq)
GCF_027887155.1
50,318
(3.53 %)
15,109
(1.08 %)
19,280
(1.62 %)
n/a 44.46
(99.92 %)
141
(0.08 %)
76
(100.00 %)
4,088,064
(46.33 %)
403,943
(1.72 %)
11,014,504
(33.74 %)
110,838
(2.71 %)
51 diamondback terrapin (hap2 rMalTer1 2023)
GCA_027887205.1
n/a 15,081
(1.08 %)
19,115
(1.62 %)
n/a 44.46
(99.98 %)
127
(0.02 %)
59
(100.00 %)
4,093,707
(46.36 %)
404,046
(1.70 %)
11,113,266
(33.78 %)
111,129
(2.68 %)
52 eastern brown snake
GCF_900518735.1
34,614
(3.30 %)
13,625
(1.22 %)
21,795
(2.00 %)
n/a 39.84
(97.54 %)
59,472
(2.47 %)
28,550
(100.00 %)
1,020,240
(5.86 %)
663,810
(2.41 %)
8,140,554
(39.61 %)
52,895
(2.12 %)
53 eastern musk turtle (primary hap 2023)
GCA_032164245.1
n/a 13,413
(1.19 %)
18,038
(1.85 %)
n/a 44.58
(99.99 %)
553
(0.01 %)
771
(99.99 %)
1,003,504
(9.02 %)
621,617
(3.54 %)
8,327,948
(30.44 %)
117,734
(4.05 %)
54 eastern narrow-mouthed toad (hap2 2023)
GCA_027917415.1
n/a 13,632
(0.43 %)
35,630
(1.52 %)
n/a 46.77
(99.99 %)
1,773
(0.01 %)
590
(100.00 %)
1,759,193
(1.98 %)
2,013,186
(16.21 %)
16,138,898
(60.55 %)
614,432
(5.85 %)
55 eastern narrow-mouthed toad (primary haplotype 2023)
GCA_027917425.1
n/a 13,882
(0.43 %)
35,323
(1.46 %)
n/a 46.78
(99.99 %)
1,745
(0.01 %)
1,002
(100.00 %)
1,769,293
(1.99 %)
2,023,109
(16.33 %)
16,148,710
(60.55 %)
618,204
(5.89 %)
56 elephant shark (2021)
GCF_018977255.1
32,553
(4.75 %)
11,542
(1.51 %)
18,900
(3.25 %)
n/a 42.85
(99.99 %)
14,404
(0.01 %)
3,822
(99.99 %)
1,971,730
(36.60 %)
433,955
(3.92 %)
5,654,656
(37.91 %)
41,081
(3.43 %)
57 epaulette shark (alternate hap sHemOce1 2021)
GCA_020745765.1
n/a 12,650
(0.38 %)
20,614
(1.06 %)
n/a 42.75
(97.99 %)
3,552
(2.01 %)
4,000
(100.00 %)
9,489,793
(70.34 %)
976,827
(6.97 %)
21,183,330
(44.32 %)
42,917
(1.08 %)
58 epaulette shark (primary hap 2021 refseq)
GCF_020745735.1
43,156
(1.65 %)
12,749
(0.40 %)
19,519
(1.06 %)
n/a 42.76
(98.05 %)
3,716
(1.95 %)
1,962
(100.00 %)
9,420,365
(63.82 %)
935,037
(6.51 %)
20,660,566
(43.88 %)
41,682
(1.08 %)
59 European common frog (2021)
GCF_905171775.1
51,633
(1.57 %)
13,864
(0.46 %)
39,978
(1.88 %)
57,578
(1.85 %)
44.15
(99.36 %)
1,860
(0.64 %)
554
(100.00 %)
1,804,642
(3.42 %)
2,925,830
(9.39 %)
18,921,726
(55.43 %)
641,799
(7.66 %)
60 European conger (primary hap 2023 refseq)
GCF_963514075.1
54,631
(7.46 %)
17,072
(1.89 %)
34,801
(5.07 %)
n/a 43.89
(99.98 %)
1,009
(0.02 %)
380
(100.00 %)
761,522
(5.99 %)
913,306
(13.25 %)
5,767,879
(35.48 %)
120,990
(6.12 %)
61 European eel (alternate hap 2020)
GCA_013347865.1
n/a 17,177
(2.21 %)
36,037
(5.58 %)
n/a 43.55
(100.00 %)
n/a 2,338
(100.00 %)
811,567
(5.37 %)
759,871
(7.97 %)
5,672,321
(27.30 %)
127,837
(8.05 %)
62 European eel (primary hap 2020 refseq)
GCF_013347855.1
64,143
(9.57 %)
17,054
(2.22 %)
34,278
(5.56 %)
79,684
(7.37 %)
43.64
(99.61 %)
640
(0.40 %)
54
(100.00 %)
831,037
(5.48 %)
786,521
(8.15 %)
5,700,890
(27.40 %)
130,346
(8.19 %)
63 European leaf-toed gecko (hap1 2023)
GCF_029931775.1
24,643
(2.02 %)
14,238
(1.16 %)
21,782
(2.17 %)
n/a 44.68
(99.77 %)
153
(0.23 %)
591
(100.00 %)
1,174,615
(6.99 %)
436,937
(2.95 %)
8,308,817
(39.80 %)
83,089
(2.82 %)
64 European leaf-toed gecko (hap2 2023)
GCA_029931755.1
n/a 14,220
(1.16 %)
21,979
(2.19 %)
n/a 44.64
(99.68 %)
177
(0.32 %)
381
(100.00 %)
1,169,660
(6.57 %)
432,998
(2.45 %)
8,403,791
(39.55 %)
82,695
(2.80 %)
65 European pond turtle (hap1 rEmyOrb1 2023)
GCA_028017835.1
n/a 14,802
(0.99 %)
19,772
(1.60 %)
n/a 44.74
(99.86 %)
148
(0.14 %)
106
(100.00 %)
1,526,737
(12.44 %)
460,562
(2.12 %)
11,130,580
(35.42 %)
136,002
(2.92 %)
66 European pond turtle (hap2 rEmyOrb1 2023)
GCA_028017845.1
n/a 14,971
(1.00 %)
20,099
(1.61 %)
n/a 44.79
(99.77 %)
130
(0.23 %)
156
(100.00 %)
1,536,611
(12.44 %)
471,903
(2.16 %)
11,129,943
(35.50 %)
138,047
(2.94 %)
67 Far Eastern brook lamprey (LAM-NWPU_2019-01 2020)
GCF_015708825.1
37,946
(7.32 %)
7,797
(0.72 %)
39,285
(4.37 %)
n/a 48.80
(98.99 %)
3,287
(1.01 %)
1,946
(100.00 %)
716,804
(6.02 %)
1,192,268
(15.54 %)
5,304,945
(47.85 %)
170,623
(43.14 %)
68 fence lizard
GCF_019175285.1
48,391
(3.65 %)
14,000
(1.07 %)
17,384
(1.71 %)
n/a 41.25
(97.53 %)
48,138
(2.47 %)
45,012
(100.00 %)
1,357,856
(6.95 %)
596,824
(1.92 %)
11,090,372
(34.38 %)
67,007
(1.51 %)
69 fire-bellied toad (alternate hap 2023)
GCA_027579415.1
n/a 2,936
(0.15 %)
17,722
(1.38 %)
n/a 38.51
(100.00 %)
n/a 13,751
(100.00 %)
919,882
(3.50 %)
1,443,294
(10.50 %)
7,705,012
(57.28 %)
74,669
(1.25 %)
70 fire-bellied toad (primary hap 2023 refseq)
GCF_027579735.1
38,238
(0.68 %)
15,452
(0.21 %)
47,500
(0.88 %)
n/a 38.98
(98.02 %)
7,009
(1.99 %)
2,467
(100.00 %)
4,258,941
(3.44 %)
7,150,261
(12.27 %)
9,476
(98.01 %)
n/a
71 Fleay's barred frog (hap1 2024)
GCA_038048845.1
n/a 14,321
(0.67 %)
22,672
(1.51 %)
n/a 40.32
(99.87 %)
1,421
(0.13 %)
2,806
(100.00 %)
1,320,578
(5.87 %)
1,506,550
(13.49 %)
13,293,397
(46.37 %)
63,677
(0.85 %)
72 Fleay's barred frog (hap2 2024)
GCA_038048865.1
n/a 14,224
(0.69 %)
22,406
(1.57 %)
n/a 40.75
(99.89 %)
1,383
(0.12 %)
914
(100.00 %)
1,300,452
(3.37 %)
1,495,355
(10.56 %)
13,385,401
(44.67 %)
64,121
(0.88 %)
73 Florida worm lizard (hap1 rRhiFlo1 2023)
GCA_030035715.1
n/a 14,392
(0.90 %)
17,909
(1.50 %)
n/a 42.86
(99.84 %)
213
(0.16 %)
836
(99.84 %)
1,440,070
(7.19 %)
620,131
(2.54 %)
10,919,950
(45.21 %)
47,933
(1.03 %)
74 Florida worm lizard (hap2 2023)
GCF_030035675.1
65,314
(3.47 %)
14,331
(0.90 %)
17,853
(1.51 %)
n/a 42.86
(99.72 %)
242
(0.28 %)
76
(100.00 %)
1,426,827
(7.17 %)
616,687
(2.63 %)
10,819,019
(45.31 %)
47,453
(1.03 %)
75 Florida worm lizard (hap2 rRhiFlo1 2023)
GCA_030035675.1
n/a 14,331
(0.90 %)
17,854
(1.51 %)
n/a 42.86
(99.72 %)
242
(0.28 %)
78
(100.00 %)
1,426,833
(7.17 %)
616,690
(2.63 %)
10,819,054
(45.31 %)
47,454
(1.03 %)
76 Gaboon caecilian (alternate hap 2019)
GCA_902459495.1
n/a 12,821
(0.47 %)
30,612
(1.44 %)
n/a 43.23
(100.00 %)
1
(0.00 %)
9,651
(100.00 %)
1,139,595
(1.64 %)
1,170,215
(3.77 %)
17,091,511
(52.44 %)
235,170
(4.50 %)
77 Gaboon caecilian (v1.2 2021 genbank)
GCA_902459505.2
n/a 14,269
(0.51 %)
29,026
(1.40 %)
n/a 43.24
(99.85 %)
433
(0.15 %)
164
(100.00 %)
1,331,879
(1.68 %)
1,364,597
(3.83 %)
19,589,806
(52.85 %)
270,923
(4.52 %)
78 gharial (Ggan-Ray 2016)
GCF_001723915.1
32,284
(2.61 %)
12,194
(1.03 %)
12,758
(1.30 %)
n/a 43.95
(73.60 %)
248,526
(26.44 %)
81
(100.00 %)
2,589,103
(36.89 %)
243,334
(0.51 %)
11,279,606
(20.80 %)
26,651
(0.60 %)
79 gharial (hap1 2023)
GCA_030020385.1
n/a 14,254
(0.94 %)
23,016
(2.00 %)
n/a 45.13
(99.95 %)
61
(0.05 %)
298
(100.00 %)
1,230,357
(13.08 %)
350,230
(2.85 %)
11,854,314
(33.03 %)
39,919
(1.95 %)
80 gharial (hap2 2023)
GCA_030020295.1
n/a 14,151
(0.94 %)
23,338
(1.95 %)
n/a 45.15
(99.95 %)
118
(0.05 %)
160
(100.00 %)
1,232,693
(12.81 %)
332,737
(2.19 %)
11,907,298
(32.91 %)
40,660
(1.87 %)
81 giant manta (hap1 2023)
GCA_030028105.1
n/a 12,432
(0.38 %)
24,821
(1.16 %)
n/a 43.26
(99.23 %)
1,810
(0.77 %)
4,715
(100.00 %)
7,913,208
(49.68 %)
969,352
(14.22 %)
20,235,210
(54.42 %)
110,678
(1.74 %)
82 giant manta (hap2 2023)
GCA_030035685.1
n/a 12,198
(0.42 %)
23,127
(1.17 %)
n/a 42.85
(98.49 %)
1,742
(1.51 %)
1,558
(100.00 %)
7,431,472
(52.41 %)
716,951
(7.28 %)
19,456,793
(50.99 %)
91,414
(1.45 %)
83 Goodes thornscrub tortoise (Sinaloan 2019)
GCF_007399415.2
57,442
(3.17 %)
14,852
(1.00 %)
18,125
(1.49 %)
31,841
(1.80 %)
44.14
(98.71 %)
562
(1.29 %)
383
(100.00 %)
1,630,271
(13.86 %)
387,796
(2.00 %)
11,572,827
(33.36 %)
71,687
(2.29 %)
84 Goodes thornscrub tortoise (Sinaloan alternate hap 2019)
GCA_007399395.1
n/a 13,359
(0.95 %)
19,347
(1.51 %)
n/a 44.27
(100.00 %)
n/a 8,736
(100.00 %)
1,404,513
(13.79 %)
334,726
(2.35 %)
9,735,007
(33.33 %)
61,680
(2.32 %)
85 gopher snake (HBS135680 alternate hap 2023)
GCA_029215685.1
n/a 12,291
(1.06 %)
19,125
(2.02 %)
n/a 40.55
(100.00 %)
584
(0.00 %)
1,233
(100.00 %)
1,259,781
(7.92 %)
925,571
(7.56 %)
7,739,320
(45.92 %)
73,681
(2.81 %)
86 gopher snake (HBS135680 primary hap 2023)
GCA_029215655.1
n/a 13,289
(1.09 %)
20,513
(2.09 %)
n/a 40.35
(100.00 %)
603
(0.00 %)
1,029
(100.00 %)
1,325,747
(8.26 %)
973,338
(7.56 %)
8,352,703
(45.38 %)
72,941
(2.59 %)
87 graceful crag lizard (Gifberg primary hap 2022)
GCF_027244095.1
86,666
(4.30 %)
14,269
(0.91 %)
18,195
(1.57 %)
n/a 44.82
(100.00 %)
42
(0.00 %)
44
(100.00 %)
1,644,976
(6.04 %)
823,058
(3.00 %)
11,991,046
(41.43 %)
80,718
(1.90 %)
88 Grand Cayman blue iguana (hap1 2023)
GCA_030412105.1
n/a 14,094
(1.03 %)
17,875
(1.65 %)
n/a 41.62
(99.95 %)
28
(0.05 %)
30
(100.00 %)
1,100,228
(6.21 %)
423,695
(1.33 %)
11,521,828
(32.55 %)
62,978
(2.00 %)
89 Grand Cayman blue iguana (hap2 2023)
GCA_030412085.1
n/a 13,758
(1.02 %)
16,909
(1.62 %)
n/a 41.53
(99.01 %)
19
(0.99 %)
52
(99.01 %)
1,069,189
(6.12 %)
410,262
(1.25 %)
11,390,195
(32.28 %)
60,835
(1.92 %)
90 gray bichir
GCF_016835505.1
48,178
(1.88 %)
12,963
(0.44 %)
24,479
(1.21 %)
n/a 39.32
(99.96 %)
3,166
(0.04 %)
9,856
(100.00 %)
1,765,862
(2.54 %)
1,017,723
(2.38 %)
20,924,763
(47.66 %)
98,862
(1.64 %)
91 great white shark (alternate hap 2021)
GCA_017639455.1
n/a 20
(0.30 %)
63
(2.06 %)
n/a 45.02
(99.98 %)
28
(0.02 %)
39
(100.00 %)
8,165
(60.43 %)
2,740
(27.09 %)
15,863
(31.63 %)
167
(5.51 %)
92 great white shark (primary hap 2021)
GCF_017639515.1
49,865
(1.46 %)
13,010
(0.37 %)
19,263
(0.92 %)
46,152
(1.30 %)
45.21
(99.55 %)
2,645
(0.45 %)
719
(100.00 %)
1,046,023
(4.00 %)
1,584,100
(21.25 %)
23,278,563
(52.42 %)
77,021
(1.94 %)
93 green anole (JA03-04 2024)
GCF_035594765.1
56,324
(5.85 %)
14,020
(1.12 %)
20,096
(1.86 %)
n/a 40.60
(98.38 %)
841
(1.62 %)
211
(100.00 %)
4,859,635
(53.14 %)
909,429
(5.19 %)
8,304,332
(44.07 %)
56,404
(1.78 %)
94 green anole (v1 2011)
GCF_000090745.1
38,096
(3.63 %)
13,021
(1.08 %)
20,780
(1.86 %)
38,266
(3.08 %)
40.32
(94.57 %)
35,533
(5.44 %)
41,987
(94.56 %)
2,415,433
(28.92 %)
702,538
(2.99 %)
8,199,653
(39.69 %)
42,151
(1.18 %)
95 green anole (v2 2010)
GCF_000090745.2
38,096
(3.63 %)
13,140
(1.11 %)
20,772
(1.86 %)
38,229
(3.08 %)
40.32
(94.57 %)
35,530
(5.44 %)
41,986
(94.56 %)
4,455,733
(51.37 %)
702,537
(2.99 %)
8,199,580
(39.69 %)
42,151
(1.18 %)
96 green sea turtle (v2 alternate hap 2021)
GCA_015220195.2
n/a 13,635
(1.05 %)
19,414
(1.61 %)
n/a 44.16
(99.95 %)
60
(0.05 %)
6,797
(99.95 %)
3,221,668
(44.97 %)
275,275
(1.28 %)
9,802,895
(32.14 %)
45,469
(1.48 %)
97 green sea turtle (v2 primary hap 2021)
GCF_015237465.2
84,366
(4.63 %)
14,725
(1.06 %)
17,444
(1.56 %)
n/a 44.01
(99.44 %)
298
(0.56 %)
93
(100.00 %)
1,701,640
(14.83 %)
304,306
(1.25 %)
11,135,147
(31.96 %)
49,025
(1.44 %)
98 High Himalaya frog
GCF_000935625.1
26,109
(1.87 %)
13,695
(0.94 %)
28,085
(2.39 %)
n/a 42.55
(96.32 %)
122,325
(3.70 %)
147,513
(96.30 %)
536,058
(1.39 %)
794,563
(5.48 %)
11,465,450
(37.44 %)
219,772
(3.92 %)
99 horn shark (hap1 2024)
GCA_036365525.1
n/a 15,006
(0.28 %)
22,481
(0.80 %)
n/a 45.05
(99.53 %)
2,781
(0.47 %)
2,532
(99.97 %)
1,344,546
(5.76 %)
2,364,825
(28.34 %)
5,088
(99.53 %)
89,340
(2.10 %)
100 horn shark (hap2 2024)
GCA_036365495.1
n/a 12,766
(0.30 %)
21,591
(0.87 %)
n/a 44.88
(99.43 %)
2,790
(0.57 %)
1,496
(100.00 %)
1,008,880
(5.19 %)
1,596,129
(22.32 %)
22,180,341
(62.98 %)
82,276
(1.85 %)
101 hourglass treefrog (maternal 2023)
GCA_027789725.1
n/a 14,359
(0.89 %)
32,575
(2.67 %)
n/a 43.88
(95.18 %)
788
(4.82 %)
3,358
(95.18 %)
922,807
(2.38 %)
1,744,603
(15.45 %)
10,318,168
(48.47 %)
244,270
(5.02 %)
102 hourglass treefrog (paternal 2023)
GCA_027789765.1
n/a 14,058
(0.89 %)
31,050
(2.69 %)
n/a 43.97
(99.70 %)
804
(0.30 %)
2,200
(100.00 %)
906,816
(2.43 %)
1,710,859
(17.48 %)
10,069,798
(51.41 %)
235,277
(5.56 %)
103 Iberian parsley frog (aPelIbe1 2024)
GCA_036172795.1
n/a 14,141
(0.97 %)
22,232
(2.16 %)
n/a 39.73
(100.00 %)
262
(0.00 %)
99
(100.00 %)
944,742
(4.86 %)
1,927,659
(22.26 %)
8,988,510
(49.29 %)
77,721
(1.73 %)
104 Iberian ribbed newt (20211129_DDA 2022)
GCA_026652325.1
n/a 15,136
(0.10 %)
n/a n/a 45.95
(100.00 %)
922
(0.00 %)
296
(100.00 %)
4,478,794
(1.33 %)
6,452,537
(8.86 %)
1,189
(100.00 %)
1,581,360
(4.00 %)
105 Indian cobra (NN01 2019)
GCA_009733165.1
n/a 13,028
(1.10 %)
17,854
(1.73 %)
n/a 40.46
(93.80 %)
11,910
(6.20 %)
1,897
(100.00 %)
1,114,498
(5.61 %)
671,854
(2.20 %)
8,205,261
(40.40 %)
47,381
(1.37 %)
106 Indo-Pacific tarpon (alternate hap 2020)
GCA_013368575.1
n/a 17,858
(2.43 %)
32,738
(5.46 %)
n/a 43.05
(100.00 %)
3
(0.00 %)
4,333
(100.00 %)
583,632
(3.71 %)
418,411
(3.74 %)
5,198,155
(21.50 %)
76,879
(3.71 %)
107 Komodo dragon (SLA01 2019)
GCF_004798865.1
43,331
(4.33 %)
13,543
(1.31 %)
18,081
(2.11 %)
n/a 44.04
(99.03 %)
19,737
(0.97 %)
1,411
(100.00 %)
753,603
(4.91 %)
263,965
(1.41 %)
8,061,012
(24.65 %)
49,808
(4.28 %)
108 Lataste's viper (alternate hap 2022)
GCA_024294605.1
n/a 13,155
(1.15 %)
22,239
(2.06 %)
n/a 41.01
(100.00 %)
1
(0.00 %)
6,800
(100.00 %)
1,155,093
(7.75 %)
707,777
(4.25 %)
7,071,611
(44.00 %)
104,556
(4.39 %)
109 Lataste's viper (primary hap 2022)
GCA_024294585.1
n/a 13,350
(1.17 %)
18,904
(1.93 %)
n/a 40.96
(99.78 %)
769
(0.22 %)
56
(100.00 %)
1,209,793
(7.69 %)
762,735
(5.06 %)
7,424,674
(44.80 %)
110,631
(4.07 %)
110 leatherback sea turtle (v2 alternate hap 2020)
GCA_009762595.2
n/a 11,035
(1.05 %)
16,064
(1.50 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
7
(0.00 %)
9,006
(100.00 %)
2,685,200
(47.08 %)
208,060
(1.19 %)
7,184,246
(33.31 %)
25,133
(1.42 %)
111 leatherback sea turtle (v4 primary hap 2021 refseq G10K)
GCF_009764565.3
73,318
(3.97 %)
14,610
(1.03 %)
16,358
(1.45 %)
n/a 43.35
(99.74 %)
668
(0.26 %)
40
(100.00 %)
1,694,449
(14.90 %)
304,773
(1.14 %)
11,121,962
(34.21 %)
35,485
(1.36 %)
112 leopard gecko (TG4126 2023)
GCF_028583425.1
37,120
(2.89 %)
14,358
(0.93 %)
23,080
(1.92 %)
n/a 44.06
(100.00 %)
62
(0.00 %)
76
(100.00 %)
969,188
(4.21 %)
557,245
(2.88 %)
11,096,222
(37.91 %)
82,956
(2.56 %)
113 lesser devil ray (2024)
GCF_963921235.1
49,601
(2.40 %)
12,335
(0.44 %)
22,690
(1.20 %)
n/a 42.91
(100.00 %)
697
(0.00 %)
200
(100.00 %)
7,453,775
(54.11 %)
677,453
(5.15 %)
18,943,414
(51.98 %)
87,750
(1.43 %)
114 Lilford's wall lizard (2023)
GCA_947686815.1
n/a 14,239
(1.41 %)
19,740
(2.33 %)
n/a 43.80
(99.98 %)
2,346
(0.02 %)
2,149
(100.00 %)
830,790
(4.33 %)
445,450
(2.12 %)
7,171,057
(36.69 %)
86,200
(2.56 %)
115 little skate (New England 2023)
GCF_028641065.1
40,008
(3.35 %)
11,836
(0.67 %)
25,770
(1.80 %)
n/a 44.13
(100.00 %)
862
(0.00 %)
1,769
(100.00 %)
8,221,960
(66.45 %)
1,044,111
(3.71 %)
10,050,264
(53.79 %)
205,567
(4.36 %)
116 lizards E.multicarinata webbii (San Diego HBS135686 primary hap 2024)
GCF_023053635.1
33,415
(3.07 %)
14,091
(1.15 %)
19,337
(1.96 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
73
(0.00 %)
34
(100.00 %)
1,577,747
(7.81 %)
774,112
(3.78 %)
9,248,016
(40.42 %)
80,183
(2.48 %)
117 loggerhead turtle (SJ_126:Eziel1 2022)
GCF_023653815.1
61,631
(3.99 %)
14,678
(1.05 %)
17,405
(1.52 %)
42,180
(2.89 %)
44.04
(99.90 %)
745
(0.10 %)
2,008
(100.00 %)
1,279,721
(12.58 %)
319,729
(1.29 %)
10,705,612
(33.91 %)
49,015
(1.39 %)
118 mainland tiger snake
GCF_900518725.1
34,251
(3.18 %)
13,445
(1.15 %)
23,410
(1.90 %)
n/a 39.72
(95.17 %)
79,478
(4.84 %)
52,414
(100.00 %)
1,081,503
(6.00 %)
711,408
(2.47 %)
8,047,065
(40.24 %)
61,669
(2.47 %)
119 many-banded krait (BM01 2022)
GCA_023653725.1
n/a 13,269
(1.19 %)
18,533
(1.94 %)
n/a 39.87
(99.25 %)
1,631
(0.75 %)
448
(100.00 %)
1,104,569
(6.42 %)
703,174
(3.07 %)
8,451,422
(40.97 %)
65,260
(2.74 %)
120 marbled whiptail (SIMRID8450 2020)
GCA_014337955.1
n/a 13,646
(1.27 %)
18,378
(2.09 %)
n/a 42.67
(94.37 %)
166,840
(5.67 %)
3,826
(100.00 %)
809,278
(4.31 %)
439,020
(1.66 %)
8,665,254
(33.02 %)
41,638
(1.70 %)
121 meadow viper (alternate hap 2022)
GCA_947247025.1
n/a 10,549
(1.13 %)
20,171
(2.08 %)
n/a 41.02
(100.00 %)
12
(0.00 %)
9,587
(100.00 %)
889,533
(7.84 %)
565,831
(6.37 %)
5,968,624
(41.74 %)
73,632
(3.80 %)
122 meadow viper (primary hap 2022)
GCA_947247035.1
n/a 13,282
(1.16 %)
18,653
(1.90 %)
n/a 40.93
(99.98 %)
1,819
(0.02 %)
384
(100.00 %)
1,187,501
(7.72 %)
762,639
(6.28 %)
7,428,147
(45.35 %)
101,007
(3.95 %)
123 Mexican burrowing toad (hap1 2024)
GCA_037306005.1
n/a 14,442
(0.44 %)
24,630
(1.28 %)
n/a 41.94
(99.99 %)
2,032
(0.01 %)
464
(100.00 %)
1,928,361
(2.22 %)
2,955,095
(11.97 %)
25,178,773
(53.55 %)
165,699
(1.23 %)
124 Mexican burrowing toad (hap2 2024)
GCA_037306015.1
n/a 13,824
(0.44 %)
23,296
(1.27 %)
n/a 41.86
(99.99 %)
2,009
(0.01 %)
656
(100.00 %)
1,860,053
(2.17 %)
2,751,941
(10.76 %)
24,252,866
(53.00 %)
157,012
(1.21 %)
125 Mexican gopher tortoise (WGS:JAMKFC01 2022)
GCF_025201925.1
62,007
(3.15 %)
14,883
(0.96 %)
18,524
(1.48 %)
n/a 44.69
(96.36 %)
1,866
(3.64 %)
621
(100.00 %)
1,372,189
(11.32 %)
472,501
(3.42 %)
11,362,604
(34.69 %)
73,700
(2.04 %)
126 Mexican gopher tortoise (WGS:JAMKFD01 2022)
GCA_025201965.1
n/a 15,425
(0.94 %)
20,005
(1.48 %)
n/a 44.46
(95.51 %)
1,790
(4.49 %)
4,782
(95.51 %)
1,404,726
(11.28 %)
453,302
(2.47 %)
11,996,092
(34.08 %)
77,167
(2.14 %)
127 mimic poison frog (primary hap 2023)
GCA_032444005.1
n/a 14,957
(0.34 %)
n/a n/a 44.95
(100.00 %)
765
(0.00 %)
1,686
(100.00 %)
1,716,760
(1.89 %)
4,088,695
(23.45 %)
2,437
(100.00 %)
n/a
128 Mississippi paddlefish
GCF_017654505.1
66,226
(6.17 %)
21,806
(1.85 %)
31,525
(3.80 %)
n/a 39.02
(99.89 %)
2,963
(0.11 %)
7,192
(99.89 %)
1,126,936
(3.66 %)
877,525
(6.33 %)
9,039,918
(36.85 %)
29,954
(1.06 %)
129 Northern rubber boa (HBS 135849 alternate hap 2022)
GCA_023362785.1
n/a 12,816
(1.09 %)
18,099
(1.83 %)
n/a 41.86
(100.00 %)
84
(0.00 %)
224
(100.00 %)
1,081,107
(4.01 %)
728,703
(4.64 %)
6,961,724
(42.46 %)
128,617
(3.90 %)
130 Northern rubber boa (HBS 135849 primary hap 2022)
GCA_023362775.1
n/a 13,531
(1.08 %)
18,971
(1.81 %)
n/a 41.83
(100.00 %)
85
(0.00 %)
289
(100.00 %)
1,138,891
(3.99 %)
798,941
(5.00 %)
7,476,142
(42.85 %)
135,874
(3.88 %)
131 Northwestern pond turtle (WTP2003 alternate hap 2022)
GCA_022086895.1
n/a 14,212
(1.00 %)
20,203
(1.65 %)
n/a 44.72
(99.99 %)
1,800
(0.01 %)
2,508
(100.00 %)
4,246,095
(48.91 %)
442,393
(1.88 %)
10,453,096
(35.71 %)
134,572
(3.12 %)
132 Northwestern pond turtle (WTP2003 primary hap 2022)
GCA_022086475.1
n/a 14,862
(1.02 %)
19,830
(1.62 %)
n/a 44.76
(100.00 %)
148
(0.00 %)
48
(100.00 %)
4,413,681
(48.88 %)
459,701
(1.92 %)
11,014,102
(35.89 %)
141,800
(3.08 %)
133 olive python (hap1 2023)
GCA_030867105.1
n/a 13,448
(1.31 %)
17,745
(2.07 %)
n/a 40.20
(99.98 %)
73
(0.02 %)
116
(99.98 %)
741,052
(2.98 %)
411,477
(3.31 %)
7,668,994
(30.14 %)
34,560
(2.18 %)
134 olive python (hap2 2023)
GCA_030867085.1
n/a 13,421
(1.31 %)
17,659
(2.08 %)
n/a 40.15
(99.66 %)
93
(0.34 %)
158
(99.66 %)
733,358
(2.95 %)
403,552
(3.04 %)
7,746,871
(29.97 %)
34,363
(2.08 %)
135 one-colored caecilian (2021)
GCA_901765095.2
n/a 14,569
(0.43 %)
30,498
(1.16 %)
n/a 44.01
(98.99 %)
2,452
(1.01 %)
1,081
(100.00 %)
1,894,383
(1.68 %)
1,670,443
(3.30 %)
22,207,143
(52.43 %)
414,828
(3.91 %)
136 painted frog (alternate hap 2022)
GCA_027410455.1
n/a 7,223
(0.52 %)
11,927
(1.11 %)
n/a 38.96
(100.00 %)
76
(0.00 %)
4,081
(100.00 %)
988,792
(3.99 %)
1,766,202
(10.24 %)
9,974,001
(52.99 %)
64,462
(1.33 %)
137 painted frog (primary hap 2022)
GCA_027410445.1
n/a 14,522
(0.54 %)
21,861
(1.14 %)
n/a 39.52
(98.39 %)
3,681
(1.61 %)
1,318
(100.00 %)
1,928,844
(4.34 %)
3,684,477
(13.44 %)
19,091,818
(55.21 %)
127,760
(1.34 %)
138 Papuan ground boa (hap1 2024)
GCA_035125265.1
n/a 13,365
(1.26 %)
17,388
(1.98 %)
n/a 41.07
(100.00 %)
99
(0.00 %)
279
(100.00 %)
726,428
(2.81 %)
331,756
(2.05 %)
7,184,711
(33.57 %)
51,973
(2.70 %)
139 Papuan ground boa (hap2 2024)
GCA_035149785.1
n/a 13,390
(1.26 %)
17,496
(1.99 %)
n/a 41.07
(100.00 %)
101
(0.00 %)
150
(100.00 %)
728,574
(2.82 %)
348,605
(2.13 %)
7,199,124
(33.55 %)
51,807
(2.69 %)
140 Peter's clawed frog (aXenPet1 2024)
GCA_038501915.1
n/a 21,977
(1.55 %)
31,925
(2.52 %)
n/a 39.40
(99.99 %)
1,072
(0.01 %)
1,183
(100.00 %)
825,817
(1.86 %)
1,047,172
(7.89 %)
12,996,911
(44.48 %)
99,118
(1.26 %)
141 Peter's clawed frog (aXenPet1 2024)
GCA_038501925.1
n/a 23,766
(1.52 %)
34,093
(2.42 %)
n/a 39.52
(100.00 %)
500
(0.00 %)
897
(100.00 %)
919,152
(1.89 %)
1,157,711
(8.01 %)
14,217,996
(45.44 %)
108,139
(1.26 %)
142 pitted-shelled turtle (YL-2023 2023)
GCA_033958435.1
n/a 14,675
(1.05 %)
16,697
(1.47 %)
n/a 45.55
(100.00 %)
12
(0.00 %)
134
(100.00 %)
3,772,260
(47.94 %)
322,081
(1.52 %)
11,123,166
(34.14 %)
129,645
(3.29 %)
143 plains spadefoot toad (alternate hap 2022)
GCA_027382365.2
n/a 10,906
(1.98 %)
19,820
(4.33 %)
n/a 40.04
(100.00 %)
n/a 1,516
(100.00 %)
390,896
(3.25 %)
482,493
(7.83 %)
4,361,670
(34.36 %)
52,508
(3.70 %)
144 plains spadefoot toad (primary hap 2022)
GCF_027358695.1
41,009
(4.67 %)
13,912
(2.00 %)
25,745
(4.50 %)
n/a 40.45
(99.61 %)
102
(0.39 %)
17
(100.00 %)
497,976
(3.84 %)
645,915
(10.08 %)
5,232,342
(36.26 %)
72,598
(4.35 %)
145 prickly gecko (False Entrance Well CCM8104 2023)
GCF_032191835.1
35,366
(2.07 %)
14,394
(0.79 %)
23,371
(1.60 %)
n/a 44.78
(99.99 %)
1,608
(0.01 %)
661
(100.00 %)
1,995,033
(8.75 %)
823,022
(6.51 %)
12,116,860
(46.84 %)
117,191
(3.14 %)
146 Puerto Rican coqui (hap1 2024)
GCA_035609145.1
n/a 13,881
(0.57 %)
32,313
(1.67 %)
n/a 44.91
(100.00 %)
659
(0.00 %)
963
(100.00 %)
1,044,181
(1.98 %)
1,442,189
(16.51 %)
14,710,175
(54.00 %)
501,931
(8.81 %)
147 Puerto Rican coqui (hap2 2024)
GCA_035609135.1
n/a 13,892
(0.57 %)
32,011
(1.64 %)
n/a 44.93
(100.00 %)
685
(0.00 %)
843
(100.00 %)
1,042,636
(2.00 %)
1,430,690
(16.22 %)
14,621,029
(53.91 %)
503,166
(8.84 %)
148 red-eared slider turtle
GCF_013100865.1
47,272
(3.27 %)
13,909
(1.05 %)
16,674
(1.54 %)
n/a 43.81
(96.14 %)
25,390
(3.86 %)
138
(100.00 %)
1,686,633
(15.06 %)
271,837
(0.81 %)
10,802,900
(30.74 %)
93,811
(1.90 %)
149 reedfish (alternate hap 2021)
GCA_900700845.3
n/a 11,382
(0.41 %)
28,399
(1.33 %)
n/a 39.39
(99.99 %)
17
(0.01 %)
17,099
(99.99 %)
6,708,926
(37.23 %)
883,916
(2.81 %)
16,745,782
(46.94 %)
74,951
(1.15 %)
150 Reeves's turtle
GCF_016161935.1
86,238
(3.40 %)
15,165
(0.98 %)
21,405
(1.66 %)
n/a 44.98
(100.00 %)
398
(0.00 %)
230
(100.00 %)
1,854,279
(14.68 %)
448,403
(2.11 %)
11,329,581
(34.64 %)
119,002
(2.82 %)
151 Ringneck snake (HBS135679 primary hap 2022)
GCA_023053685.1
n/a 13,357
(1.06 %)
20,426
(1.94 %)
n/a 41.20
(100.00 %)
723
(0.00 %)
444
(100.00 %)
1,451,537
(9.36 %)
1,095,484
(10.35 %)
7,870,309
(48.66 %)
142,495
(4.04 %)
152 royal ground snake (hap1 2023)
GCA_031021105.1
n/a 13,327
(0.96 %)
20,347
(1.68 %)
n/a 41.25
(99.99 %)
1,391
(0.01 %)
400
(100.00 %)
1,983,903
(10.40 %)
1,698,731
(7.29 %)
9,084,707
(53.44 %)
130,852
(4.47 %)
153 royal ground snake (hap2 2023)
GCA_031021085.1
n/a 13,845
(0.96 %)
23,108
(1.86 %)
n/a 41.26
(100.00 %)
n/a 1,128
(100.00 %)
2,008,682
(10.16 %)
1,718,408
(7.36 %)
9,467,451
(52.99 %)
140,557
(4.65 %)
154 royal ground snake (hap3 2023)
GCA_031001685.1
n/a 12,606
(0.83 %)
22,421
(1.62 %)
n/a 41.63
(100.00 %)
n/a 3,543
(100.00 %)
2,080,172
(11.19 %)
1,814,619
(9.22 %)
8,889,119
(57.36 %)
145,328
(4.63 %)
155 rufous frog (hap1 2023)
GCA_031893025.1
n/a 13,727
(0.84 %)
24,896
(2.06 %)
n/a 42.95
(99.51 %)
973
(0.49 %)
2,266
(100.00 %)
729,332
(2.15 %)
1,402,564
(24.45 %)
8,156,596
(55.96 %)
175,180
(3.64 %)
156 rufous frog (hap2 2023)
GCA_031893055.1
n/a 13,538
(0.88 %)
24,311
(2.15 %)
n/a 42.96
(99.07 %)
976
(0.93 %)
1,266
(100.00 %)
711,895
(2.18 %)
1,219,160
(21.56 %)
7,988,458
(54.14 %)
170,920
(3.48 %)
157 San Diegan legless lizard (HBS135921 alternate hap 2023)
GCA_029215795.1
n/a 14,039
(1.09 %)
19,528
(1.85 %)
n/a 43.71
(100.00 %)
31
(0.00 %)
122
(100.00 %)
1,307,065
(5.31 %)
672,219
(3.50 %)
9,949,858
(39.30 %)
83,890
(3.97 %)
158 San Diegan legless lizard (HBS135921 primary hap 2023)
GCA_029215775.1
n/a 14,065
(1.09 %)
19,430
(1.84 %)
n/a 43.71
(100.00 %)
21
(0.00 %)
155
(100.00 %)
1,307,771
(5.32 %)
672,054
(3.42 %)
9,846,806
(39.03 %)
83,805
(3.99 %)
159 San Diegan tiger whiptail (alternate hap HBS 135688 2022)
GCA_023333555.1
n/a 13,288
(1.15 %)
18,137
(1.98 %)
n/a 43.29
(100.00 %)
44
(0.00 %)
227
(100.00 %)
909,096
(6.37 %)
544,302
(5.70 %)
8,280,652
(39.20 %)
51,923
(2.21 %)
160 San Diegan tiger whiptail (HBS 135688 2022)
GCA_023333525.1
n/a 10,727
(1.18 %)
14,669
(1.99 %)
n/a 43.32
(100.00 %)
39
(0.00 %)
113
(100.00 %)
741,937
(6.29 %)
448,194
(5.60 %)
7,227,870
(36.97 %)
42,621
(2.15 %)
161 San Diego alligator lizard (HBS135686 alternate hap 2022)
GCA_023053675.1
n/a 14,107
(1.14 %)
19,600
(1.95 %)
n/a 43.58
(100.00 %)
27
(0.00 %)
627
(100.00 %)
1,563,836
(7.79 %)
758,521
(4.15 %)
9,213,810
(40.44 %)
81,126
(2.79 %)
162 San Diego alligator lizard (HBS135686 primary hap 2022)
GCA_023053635.1
n/a 14,075
(1.15 %)
19,587
(1.99 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
23
(0.00 %)
85
(100.00 %)
1,577,744
(7.81 %)
774,690
(3.78 %)
9,248,062
(40.42 %)
80,183
(2.48 %)
163 San Diego ringneck snake (HBS135679 alternate hap 2022)
GCA_023053665.1
n/a 10,911
(1.00 %)
17,586
(1.79 %)
n/a 41.17
(100.00 %)
572
(0.00 %)
2,064
(100.00 %)
1,265,045
(10.30 %)
989,149
(13.38 %)
6,503,035
(50.62 %)
123,274
(4.17 %)
164 sand lizard (alternate hap 2019)
GCA_009819545.1
n/a 14,226
(1.28 %)
25,396
(2.33 %)
n/a 43.80
(100.00 %)
2
(0.00 %)
12,662
(100.00 %)
1,001,433
(5.27 %)
445,157
(1.79 %)
7,227,826
(34.26 %)
80,300
(2.76 %)
165 sand lizard (primary hap 2019)
GCF_009819535.1
41,701
(3.64 %)
14,350
(1.48 %)
19,231
(2.45 %)
32,804
(4.14 %)
43.75
(99.75 %)
379
(0.25 %)
29
(100.00 %)
975,474
(5.32 %)
425,414
(1.76 %)
7,135,165
(34.49 %)
76,053
(2.68 %)
166 Sardinian treefrog (hap1 2023 refseq)
GCF_029499605.1
108,406
(1.98 %)
13,959
(0.46 %)
n/a n/a 43.90
(99.99 %)
2,297
(0.01 %)
3,474
(100.00 %)
1,903,654
(2.85 %)
2,970,691
(16.56 %)
15,354,577
(64.31 %)
652,708
(8.36 %)
167 Sardinian treefrog (hap2 2023)
GCA_029493135.1
n/a 14,077
(0.47 %)
36,608
(1.60 %)
n/a 43.86
(99.99 %)
2,097
(0.01 %)
2,802
(100.00 %)
1,819,971
(2.73 %)
2,865,173
(16.12 %)
15,335,602
(63.85 %)
651,438
(8.09 %)
168 Schlegel's Japanese gecko
GCF_001447785.1
25,177
(1.78 %)
14,549
(0.82 %)
28,002
(1.69 %)
n/a 45.48
(96.46 %)
143,970
(3.54 %)
335,470
(96.46 %)
889,760
(2.21 %)
666,492
(2.83 %)
12,865,811
(39.14 %)
160,022
(2.80 %)
169 sea lamprey (alternate hap 2020)
GCA_010993595.1
n/a 6,180
(0.71 %)
31,191
(4.14 %)
n/a 48.30
(100.00 %)
11
(0.00 %)
4,064
(100.00 %)
1,494,745
(38.42 %)
891,392
(20.02 %)
4,259,383
(49.70 %)
147,499
(35.87 %)
170 sea lamprey (primary hap 2020)
GCF_010993605.1
41,241
(6.50 %)
7,638
(0.70 %)
36,336
(4.06 %)
83,714
(10.03 %)
48.31
(98.62 %)
930
(1.38 %)
1,434
(100.00 %)
1,920,851
(39.36 %)
1,194,165
(21.47 %)
5,320,620
(50.50 %)
178,590
(35.88 %)
171 sharpnose sevengill shark (hap1 2024)
GCA_035084215.1
n/a 12,780
(0.49 %)
24,543
(1.38 %)
n/a 44.37
(99.99 %)
1,834
(0.01 %)
1,880
(100.00 %)
597,122
(2.28 %)
1,112,137
(17.97 %)
12,108,056
(57.48 %)
117,585
(3.42 %)
172 sharpnose sevengill shark (hap2 2024)
GCA_035084135.1
n/a 12,603
(0.52 %)
23,419
(1.42 %)
n/a 44.36
(99.99 %)
1,695
(0.01 %)
2,889
(99.99 %)
559,171
(2.08 %)
973,228
(15.01 %)
11,768,442
(55.69 %)
108,468
(3.25 %)
173 smaller spotted catshark (alternate hap 2021)
GCA_902713625.2
n/a 11,589
(0.31 %)
32,603
(1.10 %)
n/a 47.54
(100.00 %)
6
(0.00 %)
26,655
(100.00 %)
1,346,532
(1.83 %)
1,273,326
(5.35 %)
19,727,443
(51.55 %)
427,693
(8.25 %)
174 smaller spotted catshark (v1.2 primary hap 2021 genbank)
GCA_902713615.2
n/a 12,587
(0.36 %)
23,986
(1.08 %)
n/a 47.65
(98.48 %)
7,146
(1.52 %)
645
(100.00 %)
1,451,634
(1.94 %)
1,448,619
(6.25 %)
20,884,741
(51.41 %)
456,658
(8.18 %)
175 smalltooth sawfish (alternate hap 2019)
GCA_009764485.1
n/a 9,086
(0.58 %)
20,468
(1.57 %)
n/a 42.65
(100.00 %)
n/a 10,892
(100.00 %)
315,695
(1.23 %)
320,148
(1.73 %)
8,305,059
(38.33 %)
37,147
(1.43 %)
176 smalltooth sawfish (primary hap 2019 refseq)
GCF_009764475.1
40,257
(2.94 %)
12,157
(0.69 %)
18,627
(1.55 %)
n/a 42.38
(99.09 %)
698
(0.91 %)
172
(100.00 %)
4,824,261
(54.91 %)
391,531
(1.52 %)
11,282,260
(38.19 %)
45,398
(1.34 %)
177 snake C.aspera (hap2 2024)
GCF_035149785.1
31,826
(3.55 %)
13,389
(1.26 %)
17,495
(1.99 %)
n/a 41.07
(100.00 %)
101
(0.00 %)
149
(100.00 %)
728,567
(2.82 %)
348,603
(2.13 %)
7,199,026
(33.55 %)
51,807
(2.69 %)
178 Southern alligator lizard (San Diego HBS135686 primary hap 2024)
GCA_023053635.2
n/a 14,093
(1.15 %)
19,338
(1.96 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
73
(0.00 %)
35
(100.00 %)
1,577,751
(7.81 %)
774,117
(3.78 %)
9,248,069
(40.42 %)
80,183
(2.48 %)
179 Southern Pacific rattlesnake (HBS135844 alternate hap 2022)
GCA_024509165.1
n/a 13,381
(1.17 %)
19,541
(1.96 %)
n/a 39.82
(100.00 %)
34
(0.00 %)
340
(100.00 %)
1,137,408
(8.97 %)
740,163
(7.59 %)
7,520,676
(44.43 %)
47,268
(1.61 %)
180 Southern Pacific rattlesnake (HBS135844 primary hap 2022)
GCA_024509115.1
n/a 12,626
(1.16 %)
18,965
(1.95 %)
n/a 40.05
(99.99 %)
443
(0.01 %)
1,139
(99.99 %)
1,095,605
(9.34 %)
713,734
(8.45 %)
6,942,208
(44.93 %)
46,378
(2.04 %)
181 Southwestern pond turtle (HBS135687 alternate hap 2022)
GCA_023634275.1
n/a 14,998
(0.98 %)
20,146
(1.60 %)
n/a 44.84
(100.00 %)
64
(0.00 %)
324
(100.00 %)
1,562,785
(12.68 %)
484,638
(2.00 %)
11,089,433
(36.29 %)
143,601
(3.21 %)
182 Southwestern pond turtle (HBS135687 primary hap 2022)
GCA_023634205.1
n/a 14,971
(0.99 %)
19,756
(1.60 %)
n/a 44.77
(100.00 %)
53
(0.00 %)
106
(100.00 %)
1,545,155
(12.63 %)
465,697
(1.95 %)
11,181,681
(36.13 %)
142,383
(3.05 %)
183 spotted gar
GCF_000242695.1
45,681
(8.02 %)
13,054
(1.95 %)
46,362
(15.00 %)
n/a 39.59
(91.93 %)
43,276
(8.08 %)
45,199
(91.92 %)
203,614
(1.02 %)
123,247
(0.80 %)
5,837,321
(22.82 %)
38,507
(2.24 %)
184 spotted ratfish (hap1 2024)
GCA_035084065.1
n/a 10,920
(1.26 %)
14,403
(2.60 %)
n/a 43.46
(99.96 %)
2,088
(0.04 %)
1,042
(100.00 %)
3,325,883
(44.48 %)
604,780
(8.87 %)
5,926,808
(44.92 %)
64,249
(4.00 %)
185 spotted ratfish (hap2 2024)
GCA_035084275.1
n/a 10,694
(1.38 %)
13,221
(2.62 %)
n/a 42.85
(99.96 %)
1,952
(0.04 %)
532
(100.00 %)
3,108,151
(44.68 %)
498,592
(6.00 %)
5,634,132
(43.16 %)
50,785
(2.94 %)
186 sterlet (maternal hap 2022 refseq)
GCF_902713425.1
110,154
(7.62 %)
25,364
(1.76 %)
40,715
(4.06 %)
n/a 40.11
(100.00 %)
433
(0.00 %)
1,731
(100.00 %)
4,055,215
(43.14 %)
1,124,096
(10.13 %)
9,426,172
(41.81 %)
64,522
(2.85 %)
187 sterlet (paternal fAciRut3.2 2022)
GCA_902713435.2
n/a 24,717
(1.73 %)
40,151
(4.13 %)
74,807
(5.54 %)
40.09
(99.99 %)
475
(0.01 %)
1,517
(100.00 %)
1,844,596
(9.77 %)
1,119,340
(9.88 %)
9,372,934
(41.58 %)
65,007
(2.74 %)
188 sterlet (v2 Gen_M01 2020)
GCF_010645085.2
73,195
(5.77 %)
24,716
(1.77 %)
39,692
(3.97 %)
n/a 39.75
(99.93 %)
6,251
(0.07 %)
3,368
(100.00 %)
3,869,521
(43.26 %)
1,093,425
(6.82 %)
9,976,052
(39.33 %)
60,325
(1.97 %)
189 Suwannee snapping turtle (hap1 2023)
GCA_033296515.1
n/a 14,713
(1.06 %)
18,602
(1.60 %)
n/a 44.58
(100.00 %)
290
(0.00 %)
366
(100.00 %)
1,352,115
(12.17 %)
388,630
(1.94 %)
10,550,154
(33.42 %)
113,023
(3.09 %)
190 Suwannee snapping turtle (hap2 2023)
GCA_033349115.1
n/a 12,226
(1.01 %)
14,117
(1.42 %)
n/a 43.77
(100.00 %)
361
(0.00 %)
199
(100.00 %)
1,202,345
(11.93 %)
304,674
(1.45 %)
9,752,924
(32.81 %)
92,993
(2.75 %)
191 thorny skate (alternate hap CabotCenter1 2020)
GCA_010909745.1
n/a 5,885
(0.35 %)
24,457
(1.45 %)
n/a 44.61
(100.00 %)
3
(0.00 %)
21,995
(100.00 %)
553,415
(2.65 %)
761,469
(4.53 %)
6,043,769
(57.75 %)
159,552
(5.54 %)
192 thorny skate (primary hap CabotCenter1 v1.1 2020)
GCF_010909765.2
45,968
(2.40 %)
11,437
(0.60 %)
26,341
(1.72 %)
n/a 44.30
(92.54 %)
3,753
(7.46 %)
957
(100.00 %)
888,163
(2.58 %)
1,176,348
(3.79 %)
9,964,038
(52.25 %)
242,676
(4.73 %)
193 three-toed box turtle
GCF_002925995.2
35,807
(2.28 %)
16,429
(1.00 %)
26,460
(1.60 %)
33,673
(1.75 %)
44.26
(94.87 %)
53,635
(5.13 %)
48,497
(100.00 %)
2,007,347
(15.00 %)
351,871
(0.86 %)
12,385,245
(31.74 %)
138,405
(2.40 %)
194 tiger rattlesnake
GCF_016545835.1
58,085
(4.72 %)
13,597
(1.18 %)
20,553
(2.03 %)
n/a 39.88
(100.00 %)
n/a 4,228
(100.00 %)
1,142,521
(7.92 %)
739,406
(5.17 %)
7,749,366
(42.91 %)
45,588
(1.61 %)
195 tiny Cayenne caecilian
GCF_901765095.1
41,333
(1.27 %)
14,569
(0.43 %)
30,499
(1.16 %)
n/a 44.01
(98.99 %)
2,452
(1.01 %)
1,081
(100.00 %)
1,835,191
(1.59 %)
1,670,443
(3.30 %)
22,207,145
(52.43 %)
414,828
(3.91 %)
196 tiny Cayenne caecilian (alternate hap 2019)
GCA_901765105.1
n/a 12,197
(0.36 %)
33,747
(1.15 %)
n/a 43.95
(100.00 %)
1
(0.00 %)
23,871
(100.00 %)
1,453,442
(1.57 %)
1,309,062
(3.23 %)
17,953,416
(52.19 %)
326,452
(3.86 %)
197 Townsend's dwarf sphaero (gecko TG3544 2022)
GCF_021028975.2
41,266
(3.35 %)
13,505
(1.05 %)
19,294
(1.78 %)
n/a 45.92
(99.99 %)
2,590
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(8.81 %)
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(5.78 %)
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(38.57 %)
91,919
(2.91 %)
198 tropical clawed frog
GCF_000004195.4
50,557
(4.71 %)
14,679
(1.97 %)
20,138
(2.76 %)
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(5.20 %)
40.73
(99.80 %)
684
(0.20 %)
167
(100.00 %)
2,289,618
(34.82 %)
708,472
(13.14 %)
6,816,377
(41.73 %)
52,647
(1.35 %)
199 two-lined caecilian (alternate hap 2019)
GCA_901001175.1
n/a 13,456
(0.33 %)
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2
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(100.00 %)
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(1.91 %)
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(3.97 %)
25,847,315
(43.76 %)
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(6.59 %)
200 two-lined caecilian (v1.2 2021 genbank)
GCA_901001135.2
n/a 14,449
(0.38 %)
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n/a 44.40
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(0.64 %)
1,330
(100.00 %)
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(1.91 %)
2,036,107
(4.34 %)
29,400,957
(44.09 %)
602,911
(6.66 %)
201 valley gartersnake (HBS 135685 alternate hap 2023)
GCA_029207655.1
n/a 13,267
(1.12 %)
21,667
(2.38 %)
n/a 41.05
(100.00 %)
403
(0.00 %)
226
(100.00 %)
1,344,601
(8.29 %)
1,035,785
(7.00 %)
8,436,473
(45.10 %)
82,750
(2.69 %)
202 valley gartersnake (HBS 135685 primary hap 2023)
GCA_029207665.1
n/a 12,430
(1.10 %)
20,286
(2.36 %)
n/a 41.12
(100.00 %)
446
(0.00 %)
413
(100.00 %)
1,299,478
(9.62 %)
1,018,398
(8.41 %)
7,790,758
(46.28 %)
81,352
(2.71 %)
203 viviparous/common lizard
GCF_011800845.1
47,034
(5.17 %)
14,311
(1.43 %)
20,571
(2.35 %)
32,442
(3.15 %)
43.97
(97.04 %)
51,275
(2.97 %)
25,252
(100.00 %)
949,801
(5.41 %)
498,048
(1.91 %)
7,668,731
(34.21 %)
88,947
(2.62 %)
204 West African lungfish
GCF_019279795.1
41,847
(0.19 %)
n/a n/a n/a 40.21
(97.52 %)
n/a 12,668
(100.00 %)
16,163,808
(2.67 %)
13,992,750
(5.30 %)
n/a 502,751
(0.52 %)
205 western fence lizard (IW3139 2022)
GCA_023333635.1
n/a 26,067
(1.12 %)
46,795
(2.72 %)
n/a 41.28
(100.00 %)
51
(0.00 %)
1,771
(100.00 %)
2,075,491
(6.60 %)
1,603,401
(7.34 %)
15,565,775
(40.61 %)
184,134
(3.16 %)
206 western fence lizard (IW3139 primary hap 2022)
GCA_023333645.1
n/a 24,835
(1.20 %)
42,146
(2.78 %)
n/a 41.16
(100.00 %)
51
(0.00 %)
659
(100.00 %)
1,842,497
(6.34 %)
1,335,245
(6.14 %)
15,103,683
(37.84 %)
158,311
(2.92 %)
207 western painted turtle (v5 RCT428 2020)
GCF_000241765.5
64,782
(3.76 %)
15,184
(1.08 %)
21,463
(1.64 %)
n/a 44.19
(87.54 %)
184,311
(12.48 %)
259,085
(87.52 %)
4,079,404
(44.68 %)
316,232
(0.93 %)
11,848,718
(27.60 %)
103,623
(1.74 %)
208 western red-tailed skink (HBS 135693 alternate hap 2022)
GCA_026170595.1
n/a 14,019
(1.31 %)
17,620
(2.13 %)
n/a 45.76
(100.00 %)
15
(0.00 %)
39
(100.00 %)
862,216
(4.87 %)
557,627
(3.17 %)
8,002,559
(36.95 %)
183,292
(4.74 %)
209 western red-tailed skink (HBS 135693 primary hap 2022)
GCA_026170395.1
n/a 13,064
(1.32 %)
16,407
(2.16 %)
n/a 45.81
(100.00 %)
12
(0.00 %)
50
(100.00 %)
794,996
(4.86 %)
514,021
(3.46 %)
7,339,914
(37.02 %)
168,847
(4.76 %)
210 western spadefoot toad (hap1 HBS 135690 2023)
GCA_029215705.1
n/a 13,914
(1.72 %)
27,496
(4.28 %)
n/a 40.81
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198
(0.00 %)
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(100.00 %)
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100,334
(5.41 %)
211 western spadefoot toad (hap2 HBS 135690 2023)
GCA_029215755.1
n/a 13,991
(1.72 %)
27,685
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n/a 40.90
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190
(0.00 %)
541
(100.00 %)
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(5.00 %)
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(42.25 %)
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(5.32 %)
212 western terrestrial garter snake (alternate hap 2019)
GCA_009769695.1
n/a 13,101
(0.94 %)
24,980
(1.75 %)
n/a 41.02
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19
(0.07 %)
13,642
(99.93 %)
1,410,212
(7.70 %)
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(4.56 %)
9,112,844
(43.96 %)
91,606
(2.53 %)
213 western terrestrial garter snake (primary hap 2019)
GCF_009769535.1
33,492
(3.42 %)
13,074
(1.13 %)
18,807
(1.93 %)
31,660
(2.61 %)
40.95
(97.72 %)
1,518
(2.28 %)
365
(100.00 %)
1,271,255
(7.73 %)
979,057
(4.48 %)
8,396,200
(42.63 %)
81,829
(2.47 %)
214 whale shark (14 2022 Squalomix)
GCF_021869965.1
42,052
(2.43 %)
12,059
(0.52 %)
18,460
(1.22 %)
38,963
(1.77 %)
41.51
(91.61 %)
95,208
(8.40 %)
16,684
(100.00 %)
402,747
(0.97 %)
389,119
(1.49 %)
15,298,245
(34.14 %)
21,050
(0.30 %)
215 whale shark (Ralph 2017 Emory U)
GCF_001642345.1
31,857
(1.52 %)
11,884
(0.43 %)
28,482
(1.15 %)
n/a 41.78
(100.00 %)
900,650
(0.03 %)
57,334
(100.00 %)
413,201
(1.16 %)
426,542
(2.75 %)
16,418,143
(38.85 %)
35,192
(0.95 %)
216 whitespotted bambooshark
GCF_004010195.1
54,886
(2.03 %)
12,065
(0.44 %)
19,805
(1.08 %)
n/a 42.06
(94.27 %)
156,554
(5.74 %)
101,977
(100.00 %)
559,291
(0.96 %)
641,094
(3.66 %)
19,566,199
(38.21 %)
28,353
(0.49 %)
217 yellowpond turtle (Southern MM-2020 2021)
GCF_020497125.1
65,526
(3.36 %)
15,560
(0.99 %)
21,233
(1.66 %)
n/a 45.17
(96.24 %)
1,041
(3.76 %)
595
(100.00 %)
1,904,996
(14.25 %)
468,779
(2.21 %)
11,403,005
(33.86 %)
135,646
(3.23 %)
218 zebra shark (6-17 2022 Squalomix)
GCF_022316705.1
48,447
(2.64 %)
11,974
(0.57 %)
15,459
(1.26 %)
n/a 41.78
(93.81 %)
87,372
(6.20 %)
1,266
(100.00 %)
392,676
(0.96 %)
348,115
(1.22 %)
15,176,805
(32.93 %)
20,647
(0.38 %)
219 zebra shark (hap1 2023 refseq)
GCF_030684315.1
58,105
(2.61 %)
12,291
(0.48 %)
16,769
(1.14 %)
n/a 43.41
(99.47 %)
1,159
(0.53 %)
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(100.00 %)
8,087,543
(64.92 %)
798,373
(9.17 %)
14,838,773
(42.39 %)
45,284
(1.67 %)
220 zebra shark (hap2 2023)
GCA_030684295.1
n/a 12,516
(0.44 %)
17,465
(1.05 %)
n/a 44.66
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1,203
(0.35 %)
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(99.65 %)
8,278,458
(59.68 %)
903,434
(18.42 %)
14,975,344
(48.25 %)
48,378
(1.60 %)
TOTALS:total assembly count 220

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Primates 214 assemblies assembly stats track stats
Mammals 533 assemblies assembly stats track stats
Birds 353 assemblies assembly stats track stats
Fishes 387 assemblies assembly stats track stats
other vertebrates 220 assemblies assembly stats track stats
Invertebrates 698 assemblies assembly stats track stats
Plants 296 assemblies assembly stats track stats
Fungi 648 assemblies assembly stats track stats
Viruses 281 assemblies assembly stats track stats
Bacteria 96 assemblies assembly stats track stats
legacy/superseded 442 assemblies assembly stats track stats
collections below are subsets of the assemblies above
VGP - Vertebrate Genome Project 865 assemblies assembly stats track stats
CCGP - The California Conservation Genomics Project 126 assemblies assembly stats track stats
HPRC - Human Pangenome Reference Consortium 96 assemblies assembly stats track stats